课程设计77297

1、1. 课程设计目的：专业课程设计 是面向生物技术方向高年级学生的综合性课程。 目的是使 学生进一步巩固加深所学的基础理论、 基本技能和专业知识， 使之系统化、 综合 化；培养学生独立工作、 独立思考并运用已学的基本理论和知识解决实际问题的 能力；培养学生的科学素质， 提高学生的抽象思维能力、 加强培养学生自己获取 知识和更新知识的能力。 本课程通过应用生物信息学的方法， 从公用数据库上收 集自己所需的数据，并用计算机进行处理，从而获取自己所需要的信息。独立于另外两个专业课设， 此次课设主要应用生物信息学的方法， 通过网络 资源挖掘所需的核酸与蛋白质的秘密，完成所给任务。2. 课程设计题目选择：

2、2.1 课设题目选择：此次课程设计包括两个方面（任选一个） ：为核酸和蛋白质。前者为在人的 基因组中，搜索可能的新基因。后者为应用网络资源对所感兴趣蛋白质进行分析， 分析其结构与功能关系或对一未知功能的蛋白质进行功能预测与分析。 蛋白质直 接关系表达结果问题， 研究意义重大。 分析蛋白质结构、 功能及其关系是蛋白质 组计划中的一个重要组成部分。 研究蛋白质结构， 有助于了解蛋白质的作用， 了 解蛋白质如何行使其生物功能， 认识蛋白质与蛋白质 （或其它分子） 之间的相互 作用，这无论是对于生物学还是对于医学和药学， 都是非常重要的。 对于未知功 能或者新发现的蛋白质分子， 通过结构分析， 可以进

3、行功能注释， 指导设计进行 功能确认的生物学实验。 通过分析蛋白质的结构， 确认功能单位或者结构域， 可 以为遗传操作提供目标，为设计新的蛋白质或改造已有蛋白质提供可靠的依据， 同时为新的药物分子设计提供合理的靶分子结构。2.2 课设题目确定： 上学期被选进福州大学生物工程研究所细胞组，承担对毕赤酵母发酵的PTD（TAT）-SO蛋白分子即PS2蛋白分子性质的表征。经过凝胶过滤层析技术和 SDS- PAGE糖蛋白的BSA染色，多糖电泳确定了 PS2在分子结构特征上存在多聚 体、和糖基化现象。为此想以此课程设计为契机，对PS2蛋白分子进行生物信息 学的分析进一步评价PS2蛋白结构和功能的关系。本文

4、借助从 UnProt蛋白数据 库中搜集到足够数量和不同物种来源 Cu,Zn SOD运用生物信息学软件进行序 列比对，和绘制进化树。 对所得结果进行分析。 然后用得到的保守序列作为出发 序列搜索相关数据库，（例如PROSITE数据库），从而分析该序列的功能和结构信 息，及功能和结构的关系，并对PS2蛋白分子进行基于一级结构的物理化学性质 和生物化学性质、二级结构信息等进行预测。3. PS2蛋白简介人铜， 锌超氧化物歧化酶 （hCuZn-SOD） 是一种重要的胞内酶，对机体的氧化和抗氧化平衡起着至关重要的作用，此酶能清除超氧阴离子自由基，保护细胞免受损伤，因此SOD有非常广泛的应用前景， 但是SO

5、D是一种大分子物质，外源的野生型SOD很难跨膜进入细胞发挥其生物活性。蛋白转导区域（PTD）的核心序列是段多肽片断，该多肽片断介导蛋白的 转导及其在细胞内的定位。本研究所巧妙地运用该多肽片断，构建毕赤酵母菌株将PTD与SOD联接，制备出PTD-SOD 4-5，即PS2活性蛋白。3.1 TAT-PTD 的发现人类免疫缺陷病病毒（HIV）表达反式激活蛋白 TAT是一个与RNA结合的核蛋白，为HIV感 染早期所合成的小分子调节蛋白，能促进HIV基因表达，增加 HIV病毒的复制和感染性。1988年Green56和Frankel57首次报告了 HIV-1TAT蛋白具有穿过生物膜的能力，全长86个氨基酸，

6、具有3个功能结构域：其一是对于反式激活尤为重要的酸性N-端区域；其二是富含半胱氨酸的DNA结合区（2237位氨基酸），带有一个锌指基元；其三为碱性区（包括第47 58位氨基酸），该功能区主要介导 Tat蛋白发生细胞内在化。1994年，Fawell et al60 将这一 理论衍生，他们指出将TAT的36个氨基酸与一个异源蛋白化学交联后可将此蛋白转导入细 胞。Vives61等对TAT通过细胞膜的转导作用进行了研究，发现该蛋白分子中一个富含碱性 氨基酸、具有较多正电荷的多肽片段（TAT48-60）与TAT的跨膜转导有关。随后， Dowdy 62等通过蛋白或多聚肽与 TAT短肽的融合改善 Tat蛋白

7、的跨膜递送，该短肽区域即Tat蛋白跨 膜递送的核心序列（4757残基）：YGRKKRRQRRR，这11个残基富含带正电荷的碱性氨 基酸：其中有6个精氨酸（Arg ）、2个赖氨酸（Lys）,简称TAT-PTD。3.2 Cu,Zn SOD 简介Cu/Zn-SOD乍为SOD吉构上的第一族，是人们对于SOD吉构研究的突破口，也是人们了解最多的一种SOD比较不同来源的Cu/Zn-SOD的氨基酸序列可以发 现，它们的同源性都很高。有些氨基酸还很保守，在所有序列中都不变，这暗 示着这些氨基酸与活性中心有关。如图1 1牛红细胞Cu/Zn-SOD的结构所示：每个铜原子除分别与4个组氨基酸残基（His 44 46

8、.61.118）的咪唑氮配位外，还与一 轴向水分子形成远距离的第五配位，Zn则与3个组氨酸残基（His 61 69 78）和1个 天冬氨酸（D81）配位。Cu Zn共同连接组氨酸61组成“咪唑桥”结构。【7图1 1 牛红细胞Cu/Zn-SOD的结构示意图3. 课程设计报告内容3.1课设软件的介绍:3.1.1 Un iProt3.1.2 SwissProt3.1.3 NCBI3.1.4 EBI3.1.5 CLC3.2各物种各类Cu,Zn-SOD氨基酸序列的获得：进入 UniProt 数据库：/界面如下:Search inQueryProtein Know

9、l(UniPratKB|t !>upenoxi4G dismutase Cu-ZnI Search ; (Clear；FieldTermI AMD J Enzyme classificatior (EC)IOlAdd & Search i)Virus hast OH Organella OG*SearchGeneral annotation CC Sequence annotation FT|AMP输入：Superoxide dismutase Cu-Zn后逐步进行限定，包括对酶标号EC,片段fragment，交叉参考：cross-referenee 进行限定。最终的检索词为：S

10、uperoxide dismutase Cu-Z n AND ec: NOT chaperone AND fragment:no NOT database:pir NOT database:refseq NOT database: refseq NOT database:unigene。运行输出界面如下：1 对 MJ77 唏Uh沏別p刑痂i ANOdiemutiiVK ANDCuinIHOTchaperw ANDfragrniitnQm NOTdatabaie rsfs«qp NOTdatabaSB；refs«| NOTdaUbaE0；unigerie -l

11、UniProiKBsoriidl icor-e descending：-.u Brrws? by raxorwmy. keyi已 fm lOrMQW，飘戸咅 dB35 psIhiBy I: Rsduce aequence redindancy 俑 1 Mfli. 9D*S or SOW | 陽 CMriz? display点击，进入下载页面：FASTASequence data in FASTA format| Download (200 KB) | Open | Open first 10 GFFSequence annotation in GFF form at.Download (700

12、 KB) | Open | Open first 10 获得FASTA文件。后将已知的PS2分子序列复制到FASTA文件的第一条序列。以 便一下分析。文件格式如下：I|>1DSU：A|PDBID|CHAIH| SEQUENCE!YGRKKRFtQRRRATKAUftVLKGDGPVqGtlNFEqKESNGPDKWJGSIKGLTEGLHGFHUHEEEbHTAGCTSAGrHFHPLSRK HGGPKDEERHIUGDLGNUTADKDGUADUSIEDSUISLSGDHSIIGRTLUUHEKADaLGKGGNEESTKrGNAGSRLACCKICKAqi >sp |S0

13、87;C1 DRAJU SuperoKLde dismutde Cu-Zn 1 OS-Brassica junccaGN=SODCC1 PE=2 SIJ=3IMGKGURULNSSEGUKGT FFTQEGHGTTTUTGTUSGLKPGLGFHUHALCDTTNGCMSTGI PHFHPEGKTHGAPEDANRHftGDLGHITVGDDGTATFTITDSQIPLDGPHSIUGRAUUUHAIEPDDLCKCGHELSLTTCNAGGHUACG1IGLQGI>£p|P93258|£ODC1_HESCR SupvroKide difUHitdse Cu -Zn

14、1 CS-HesenbryanttienuR crystallinun GH=S9DCC,1 PE=2 SU=1I MVKHUUUISSSEGUSGIUUFTQEGGPTTUTGISULKPGLHGFFIUHRLGDT INUCMSTGM PHFNPAnMFHRMPEDETRHAnt GHTTUnDDnTATFTIinSQTPI TnPNSTURAUUUHAI DPDDLGRGGHELSKATGNAGGRUACGUGLqGH>sp|A2XGP6|S0M1_0RYSI Superoxide dismutase Cu -Zu 1 OS=Ory£d SLlud Subsp. Indi

15、ca GH=S0I>CC1 PE-2 3U-2IMUKAUUULGSSEIVKGriHFUQEGIGPTTUTGSUSa.KPGLHISFIIIIiALGDTTNGCHSTGa3.3搜索保守序列clustalw2在线分析比对:进入网站：http:/www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/ ndex.htmlCAF OPENOUIPUOUTPUT FORMATaln 'numbersnsneEntei Qi pdbt-r b«< ulin 出11rTEAriCN1敕|琲;RunResetaligned t!OUTPUT ORDSRUpload a

16、 行II巳运行，输出结果如下:ClustalW2 ResultsNumber of s eaLences37BAlignment score15183S89Swumg forimetFtarsonSequence tfpeaaJalViewStart J al viewOutput fileclu血创wN空OD创INF&专实0245 口曲皿Aliginmcnt fileGuilder tree tileclu手创 12T-0653&B48 olncmstalWEZttMH 佃145530835 口YtMJir i nput fileclu 呂怡1 w 220 阳 112T 06

17、530848. m d utView Guide TreeSUBMfF ANOTHERt>白其中可以下载比对结果文件：.aln,.dnd/点击甲严竺山仙* '进入界面:ClustaIW2 ResultsScores TabloSort by) Sequence Mame :Back to Main Resut View Output FileScljA HdiLCLeraaIcl|3 ndJLt!icarr1LDSW_A |l ?DBIE| O1AIN |SEQUENCE164Aap1Q42CL1|SCDC1_BRSJULS2S41LDSW_A IIPOBIEI CHAIN I

18、SEQUENCE1£43jplP93258ISCDC1_HESCRLS2S41LDSW Jk II ?DBI EICHMNI SEQUENCE1£44>pISODC1_OR¥SILS2E71:DSWJk IIPDBT C | CHft TN | SEQUENCE1«4csp1Q42«12|SODC?_RR1JU电521tII ?DET EI HIR 7N | SEQUENCEF4fiplQ95QL51SODCaNRCOJ 57591:DSWJl 1 PI»ID| CHUN 1 SEQUENCE：643plQ£X156l

19、5CDcjPn.15：491:D前 A1 ?CbI E1 UiAh 1 EiUENCE264£沖IQ兀弟51咒DC_BCT珥154S51:DR A1 ?DEI E1 匚菲CH 1 JE'MNCE164Q5PIP41962I5CDC BRUPAL5£?51:DSW_A 1 ?DEIEI1 JE'UENCE164105P IASXC?3 15CDC_HRLEC541DSW_A 1 ?PEIEI CHAIN 1 JE'SUENCE164113p 105994|5CDC_CAKALL54S3J1DSW_A I ?DEIE| CHA：N ISE'UEN

20、CE16412sp IQ5FB2 9 I SCDC_CAPEI15；?e1LDSW_A I ?DEIE| CHAJWISE'UENCE16413mp 04641215CDC_CEREL15；eo1二Df | ?DBIE| CHAIN | SEQUENCE16414ap IQ96VLQ | SQDCjdAPaL54S3iLD5K_A| ?DE1L| CAZN |SEQUEL!Lt164153P IO3417S ISGDCCZQLGLL54511LD5K_A | ?ZiEIE| CA：N |SEQDELIE164isJpIQEJONZ | 3CC)C_C0E±IIL54*41LD

21、SW_A | ?DEIE| CHAIN | SEQUENCE164i?sp | 虻也U |SUDC_C1Y3A.L5421LDSW_A I ?DEI2| CHAIN I SEUEUCE164IB3PIQ9U4K4ISCDC_DROERLS3£S二LD£W_A II 5DEI2I CHAIN I SEQUENCE1£419jpipiesaiSCDC_DROMLLS5J4iLD£W_A | >DEIE| CRLIN |SEQUENCE164iD3PIQSU4XS | SCDC_DROORL6311D?W_A II ?DEIE| CHAIN ISEQOE

22、NCE1C4IIsp|Q9U4X2|SCDC_DRDTE153£51:DfW_h 1 ?DBIEl CHAIN 1 SEQUENCE1412iC 1Q郭4 X 3 1 SODC.DROYA1531IDSHLAinffll C l CHAIN I SEQUENCE164235PIQ9HEY7 IS0DCENEHI154S31LDSW_AIPDBIEICHAIN I SEQUENCE16424aplQ27fi56|SODC_EiAECO155S511DSW k1?DE IE|CHAIN I SEQUENCE16425ip|P81926|SCDC MALM15；531LD5W AI?DEI

23、EI CHAIN I SEQUENCE1«426JPIP83C34ISCDC HUM1TL53S3因此一般选同源的分数比较：一般70分以上的可以认定为在同一物种中， 用的分数为30分以上70分以下。这样分析出的结果既可保证其物种间的基本联 系，还可使所分析的不是同一物种，但是如果个数很多，这种方法就不适用了。 此次比对得分在30-70分的结果如下：3.3保守序列结构：QA1212T 13|a|a|li<GPVQGII.NiQKESNG 3855KAVAVL一厂口1|1口10口n noHm =56ED- NTAGCT 69141AGPHFNP78S|-|HGGP| g-E-RHG

24、| .GNVTA |K|-G|ApVS 109GK-EHGAPED E-N- -RHAGD L-GN I TA GAD-GVAKIT IlflnRrin口 口HI口匚十S.S.SG 刖SDD-GRTLVVH E $ADDLGK139IVDKQIPLTG P-GRAVVVH-DPDDLGK-|ririrnn nlno Dx一hi141CG158AGSRLAAGGRVAST|- -TGN 150A 1631GMjrr-1Q1643.4 级结构的分析：由上述详细的比对可以得出一个共同点：出现组氨酸（ H）,甘氨酸（G）的地方都 比较保守。一般情况下：出现组氨酸时一般是位金属离子提供配位点， 或者为活

25、 性中心。而出现甘氨酸时一般预示着存在着B折叠片二级结构。 通过比对得出保守结构（一般保守结构大于 8个AA）:148 161位置：TGNAGSRLACGKIG 二级结构分析： 三级结构分析：预测工具：Swiss-Model （由SwissProt提供的目前最著名的蛋白质三级结构预 测服务）预测思想： 同源比较建模 （homology comparatvie modeli ng）显示及分析工具：RasMol分析过程如下：首先将 PS2分子序列提交给SwissModel Automatic Modelling ModeMtp:/swissmodel.expasy.or

26、g/workspace/index.php?func=modelling simple1界面如下:SWISS MODEL WORKS尸ACEWQrik&pace Reposiioiry Modelling Tools Genaral Ink ) Lirku Help Battings lagcul SwissModel Automatic Modelling Mode Erncd-pjfcng123h3tmail comProjecl TlLePS?Proviiile a puiiii 号爭quM" -or a UniiPpot AC. Code £ Stjhmk

27、Mo4«llmg、输出结果如下:Woirkunrt: P000022 Title:PS2Go tn: Tatnplaio Sanction Alignment Mcdalling Log |BraludionModel Details: Segment 1Model info:modelled residue range: 12 to 164 based on temolate1dswA (9S.9 A)Sequence Ideitity % 100Evalue：1.29e-71display rnodel; ms pcb - as DeepVi&w project down

28、load model: as pdb ” as Deepview proect - as text由上述结果可以得出：直接生成三维结构：随后进行3D-Blast比对结果如下:3.1.5理化性质预测：分子量、等电点及化学组成：采用 SwissProt 在线预测软件 /tools/protparam.html界面如下：输出预测结果如下： 酶切和断裂位点预测: 跨膜预测：2.0采用 SwissProt 在线跨膜螺旋预测软件 TMHMM Server v.http:/www.cbs.dtu.dk/services/TMHM

29、M-2.0/进 入 界面如 下Prediction of transmembrane helices in proteinsPlease tryttie new server Phor-ii.sMOTE: 7au can submit many proteins at once in one faets file. Please limit each submission t eacti largesubrnissionSUBMISSIONSubmission of a local fileinFASTA format f HTML 3, Dor higherjOR by pa$tinQ

30、63;G<LiGrKe(s) in ：A£T必 rormat请输入氨基酸单字母序列Chjtpul format; E3(tensive with graphics j EMen sin e, no graphics One line per proteinOther options;-Use old modal iversion 1)(8ui>rriit)(Clea输出结果如下:TMHMM resultHELP with curput fbtmatit Sequence Len： 1 帀电t 5equen匚亡 Nur±i*r Df pr&dictec T

31、Mris: 0* Sequence Exp number of AAs iD TMris: 0.00105* Seqiience Exp njmi>srr first fO AAb: J.D0DE7f Sequence Total prob of lf-in:0,S6903SejenceTKiMMZ, 0insile1164TMHMIVI pa stere r xob&bilities fcr SequencetransnreHbFaneinsitecutsice根据上述预测结果PS2蛋白并不存在跨膜结构。3.162 Sig nalP 3.0 Server采用 SwissProt

32、 在线信号肽预测软件 Sig nalP 3.0 Server http:/www.cbs.dtu.dk/services/Sig nalP/进入界面如下：SUBUI&SIOK旳s酣sn抽删堆k阳血治seaberaK叫-二:.twrtf融臨fetffie訓r请输入氨基酸单字母序列1 in! ?张1U2曾型 上r it詢 搐(II®-!Crarisni joupEd(af；crtsGrarHiejat.e badEFOGramilwbtemMethod直闽n郎:側 OHtMaiMsiW models 细Ith)显p：sbdi：iiinE)'GI(HneandEPasM9)

33、Output bindQstindanlJ Full:Shor；nogs2hicsl)TnisatonTnjncjie 的d equeioe tpmanr«s 3u圧馳 recommend narmlfi N-ienninai 阳 it d m irNen sfiquMice is s ubrn 胞 1 ErtefO 匚观 1CLSc：l?7iric：hcSub Tit)(佻和琲输出结果如下:SignalP-NN result:* daca>Sequencelength = 70t Measure Position Value Cutoff signal peptide?max

34、.L280.8340.32YE.max.L7u. nsu ssKUmax.s60.5810.87NOmeans1-270.1350.48NOD1-270.1250.43NOSignaLF-fil*l result:Si jnalP-HllMl predi ctiDrl teuk model si» Sequence1.00.3Z： 1 eavage prob n-region prob, h-rioh prob G 4 2 0 -V 0 0 0 02 JOOW-.piYORKKRRQRRRflTKAVAVLKG.DGPVQS I INFEQK0132Q204Q501GS70PdSit

35、tOHt灶2匸遷y-SequencePrediction: Nn-secretor proteinSignal ptptitle probabili-yt 0»027Signal ancher probability: 0.000Hax cleavaje site probability: Q- 025 betwe已 pas. 27 and 2E说明：S -评分的信号肽预测是根据每个氨基酸所处提交序列的位置做出评分，高分数表 明了相应的氨基酸是一个信号肽，低分数表明氨基酸是一个成熟蛋白。C -评分是 ''裂解位点”评分。对于每个职位提出的序列，一架C -评分报告，其中

36、只应在显着高的裂解位点。当裂解位点的位置是指由一个单一号码第一个残留的成熟蛋白， 如裂解位点的氨基酸之间的对应26-27号这说明种成熟的蛋白质始于（并包括）的 27号氨基酸。由上述软件预测得出：PS2蛋白存在信号肽，并且不是分泌蛋白。在与实际PS2蛋白的性质不同，因为PS2本身就是一个成熟蛋白，并能在毕赤酵母中分泌表达。可能原因是：在PS2构建的毕赤酵母上就存在信号肽，并在酵母体系中分泌表达。3.163 预测真核蛋白的亚细胞定位。3.164 LipoP 1.0 Server LipoP 1.0 Server 脂蛋白信号肽、其他信号肽和格兰氏阴性菌用来预测脂蛋白，也用来区分 N端膜螺旋。3.1.

37、7.1 NetPhos 2.0 ServerNetPhos 2.0 Server 预测真核蛋白普通磷酸化位点，主要对 Ser,Thr,Tyr 位点进入界面:输出结果如下:1-64 Sc.u=ncc¥CEEKRRQREySAHaVAVLK3DCFVCG ITHFECHESHG FVKVWCSIEGLTE-3LEC FHVHEEEDNTAG CT SADFHFNFLSR 0KHGC PKDEE RHVGDEGWVT ADKE CVADVSIEDSVJ5 LS SFiSII CRTLWZHEKADDLGKG SlJEESTKTGNASSRIJiCGKI10KaQ2i0!*!¥FF

38、-l?-flR>4v7v¥!aV-BI Va*BVPei? l¥-l*-IV«e aW-VS-VI-«B¥Paq-PI9a9 l4>fP-!¥«VV»'«S-¥l-a4*B*!*aVFF4Ssz: 1 Thr: 1 Tyr: 0 C 1-C0 20Pi-Dsphcii /laclciL slLtiS fxedlctid:耳亘 x_xne weocxoxxn±5Joslrtcs17 d3C专S.XO 9X I 3 JLJL S 3F QKK STSTS-Bn ECVW

39、GS X KGLH 攻 F 二 3 1<KH S XTJkVS X E 匸> 导 3 I FZTVT 冃匸 r>S5JT： 3 J-S 13口 VISLSGDHS SODUS XXGrR CNEE： H 工K：r G PLT-ZLCO Q曰9o ,.3 SOO 日日3O N HT0 吕兮"7G N舄mQ ,吨93O ,哼3TO «.-a O-&O 2 XiO .ooeTTi 匸u 口n x. nu口匸u<JzL u仁：i_ dfi n£-3JXL&WQ 口匸o zrx匸Q m匸V0 QU 疋 W:t；工 0 dTine p-

40、xeciic匸zLoriHPc sC已n匸& 乂匸pHGRKKSssire：O SSClHq.uw-pod coSerineThuGonin Tyrosin?Thr?£hold 1 ,1111Nl#iPhos 2*0】： prfrdic 电!edl phesphary) a+ien si tes in SequenoB20406680lea120140160Sequence position NetPhosK 1.0 ServerNetPhosK 1.0 Server预测真核蛋白激酶特异磷酸化位点，蛋白激酶如PKA,PKC, PKG, CKII, Cdc2, C

41、aM-ll, ATM, DNA PK, Cdk5, p38 MAPK, GSK3, CKI, PKB, RSK, INSR, EGFR 和 Src。进入界面如下：SUBMISSION1/：sX.斗緡；H:=：=r. =；i；T.=1：=:.屮耳n 諮 j jr& sFcy，f 日 sequence or severe sequences informat into the F&d i> 引 sr请输入氨基酸单字母序列Eub/rntn 削右巧 -.-fiof/n at d e&y fr&m ycur l &ea? cf isk:Method to u

42、se:1t|- -'.； k .!:Q Precton withoutfiHering (fast)Predjction with £SS (Evoluticnar/ Stable Siies) Filter jvery siow)Kinase Landscapes (Graphics)Threshold o.55»fsub-mif) C Clear r)eds )Tt#、dr 7-；-,-c-1输出结果： NetNGIyc 1.0 ServerDictyOGIyc 1.1 Server 预测人体蛋白N-糖基化位点在线软件进入界面如下：NetNGIyc

43、 tO ServerTTie Nethlj>c sewr fedi ± N-Ghtc aDon site? in tiurngn prijtei usm vtiidai newal nt如曲 ttii 牡Tie sequence anlEKtcls 匚爲 p生吓s squ onsSUBMISSION» fifngi's ascj&we u 甜 ” eni棉 HS7flianiiaTJar*w 3w.请输入氨基酸单字母序列Si'jrr a'-e “尺 匚 fjymaC唧询*or 阿闵Ajpe阻K gem丿抄匚很厘 c&g_huma

44、n雪 Generate 銅pics _ Show aMtiwia I tve5hoW&(DJ2. D.75. OlQO in the oraphs: 切 脚It preMkcs are dunefcn-XaarSeiffiir sequons find. AsiyPra-SetfnflPrwiCl nnAsn 關略 “iseMts o 刚 j/ytm 紬她爾 艸 網(JWr-iJbr-it Qearlit js输出结果如下:N <w:曰口Lona th-;1 毎昭3D160YVRKiKRRQRKRATOKjC?»<- ->-v 1-riPH i 1 *”HI

45、 il<GPVfGI. NraQPE SNCrlRVWGS TKVLirEJGEHGFTfVTIKEEEJirTAGCTAGFHFNFLSR DCJMADVSi 止 fiD>SrV f 当 LJ£cJBLl<dX l«ik+P L_W1 UflUUlJ爷JTPG»込LJ驾 14LJWUK1!.frl'* ,. .He.ao ia 240(T'breano JL已口> -S阳Poas i tl onFot-en 11 iaiLJuryaq1 Tee»e n.tN-Glya T-esul tVJ WVTAQtiS

46、71;34-1Hu 七 IMG lye- 1.0i ar e-d i D"t e d H gi 1 y g o 31 -a l i on s i "t e-s in ScqiLidnce-Pct#r>tiaL Th re s h q 1 dAidd i t-1 on1 Threshio 1 ds bH廿日1日也&e-ciune posiTionldm14BLb0由上面可以看出：PS2蛋白序列中的确存在一个 N 糖基化位点。这与实验结果和文献介 绍都是相符的。 NetOGIyc 3.1 ServerNetOGIyc 3.1 Server预测哺乳动物

47、蛋白中O-糖基化预测 在线分析软件http:/www.cbs.dtu.dk/services/NetOGIyc/ 界面如下：SUBMISSION尸科施 日 期邙已花e口匚& 6心巳bEfaf 記 qtswce苕 的 产却 U format rnto the fie id below:请输入氨基酸单字母序列Submit & 伽 fr? UETA format dtrecky from yourlocf disk:丨国 Generate graphics * Run signal peptide checki Submit . Glearfields输出结果如下：Note; seq

48、ueDceLengun： 161YGHKjtR 耳 Q*RRATKAVAVLKK>&FQ(51INFE QSESNSPffl&S IKSLTE eLHGFTJVTTEEEDNTAGCT SAS?HFN?L5R O6?KDEERmrGl?LGNVTADKDG7aD75 IED3VI5L56DH51 IGRTLHIEKDLSKSGWEESTKTGNASSRLACGKI 6KAQ2JaorS/T?O3GscoreI-s corer/NCd znnuzit;Sequ.e:iceT1303电5 0563rqu.e:ice3960.2500.065Sequence3450 2100

49、0833-EqLiEnieT50 3150 079SequenceT各50. 020.071SequenceT£90. 4330.153SequenceS700-3710.DS5Sequence3790.3690.034由Seqiinc-eT330.39S0.061-Sequence：31090-2700.021-SequenceS113D-287O.01S«Science51160.2290.101S 亡 gauncicS1180,2290.052SEqvzcES1220.2080.021*SequenceT1270.2319,033SequenceS14514 60,2

50、 430,031SgqTiencTQ,3250.00SequenceT1480,325g, 077Seqpienaes1530, ?330,027n&tQijlyc 3.15 prediQ"ted Q-glycosltion sites in SequenceFct«htial ThresholdE0080I _21X由上述结果可以看出：PS2分子潜在多个不同的0-糖基化位点。符合实验猜想。3.1.8 NetGlycate 1.0 server为预测哺乳动物蛋白赖氨酸&氨基的糖基化在线分析软件：http:/www.cbs.dtu.dk/services/Ne

51、tGlycate/界面如下：SUBMISSIONsequence ar s&a/ s&(ju&nc&5 in "E format irrto tne ft&fcf bof&w,_rl .虱5亡代诃：几亍的 擞个的；书各不相同的.各自a£n不数牛Submit a trie in =£ SP ftxmaf UwcNy from your local disk'g enerate araphics电m 開陥)输出结果如下:>Seoue：Rce#50 jLOO 150 20050 XQO ISO同样得出:6&#

52、171;盹Sequence 戸口牙 i+icirnPS2蛋白存在赖氨酸的糖基化位点。riee1-401609 ne torlycat-e：>:-j,.。pr-iediGt-xciiresults#ScoreAnswer*Sequencew4SeQuence-40 906glycateTF 1tSequence5-O 甘52giycareYE5tSequence14-0 B SS7qJL yaate-#Sccme 口口亡200 G4SQlyciateYZ34Srquente3 4=0760g 1 yea terfSequence41Lb马g丄ycac e、mtScqucnac：47-0.d04glycaxehtSequchcc81-0.313l!«SeQuence-8