项目名称：核小体定位序列识别算法的设计及应用

1、一、项目名称：核小体定位序列识别算法的设计及应用二、推荐单位：唐山市科技局三、项目简介主要技术内容：本项目通过分析核小体定位序列的dna结构特征，发现了 核小体定位序列和核小体缺失序列dna结构特征的差异性；提岀了一套基于 dna结构特征预测基因组中核小体定位序列的新方法，揭示了基因组中核小体 定位的生物学意义及其物理本质，在国际上首次提岀了伪核昔酸组分的概念并在 生物信息学领域进行了推广应用。主要科技创新：1. 依据最新的分子动力学实验数据，求解并修正了 16种碱基对梯阶的扭 角，翘角，转角，移位，滑动和上升等双螺旋结构参数的数值；据此阐明了 dna序列柔性与核小体定位的相关性，即基因组中d

2、na柔性越强的区域越容 易形成核小体。2. 揭示了核小体在基因组重要功能位点邻近的分布规律，剪接位点邻近， 外显子区的核小体形成能力较强，而内含子区域的核小体形成能力较弱；复制 起始位点邻近，复制起始核心区域的核小体形成能力较弱，而其两侧区域的核 小体形成能力则较强。3. 开发了可用于多物种核小体定位序列识别的在线服务器，构建了酵母基因组中调控核小体定位的新“密码表j4. 首次提出了伪核昔酸组分(pseknc)的概念并开发了用于计算pseknc的 软件pseknc和pseknc-general;开发了一系列用于基因组功能元件识别的生物 信息学工具。主要完成单位及创新推广贡献1、河北联合大学：为

3、本项目的顺利完成提供了充裕的资金保障，在设备、 场地、科研人员的配备方面提供了便利条件；对该课题在立项、实施、结题、应 用、申报成果、论文的撰写等各阶段都给予了指导、支持，同时协调解决了科研 中岀现的各种问题。总之，河北联合大学对本项目技术创新和应用做出了重要的 贡献。2、电子科技大学：作为本项目协作单位，在项目的实施过程中为项目配备了 专业的科研人员，在科研的组织实施，算法设计，软件编写和调试方面给予了支 持，对成果应用验证和方案完善做出了贡献。五、推广应用及经济社会效益情况本项目研究成果自2011年以来，已被河北联合大学，电子科技大学，内蒙 古科技大学，内蒙古工业大学等单位用于核小体定位分

4、析和基因组功能元件的注 释工作。依托该项目，项目组共获得软件著作权2项，发表sci收录论文13篇， 其中jcr 一区论文4篇，jcr二区论文6篇，单篇最高影响因子8.808o论文在 sci数据库中已被累计他引125次，3篇jcr-区论文已被基本科学指标数据库 esi 收录。发表于 jcr 一区杂志（nucleic acids research）的论文”irspotpsednc: identify recombination spots with pseudo dinucleotide composition"还入选了 2013 年中国百篇最具影响国际学术论文2013-2014年度河北

5、省唯一一篇入选论文。六、曾获科技奖励情况2015年4月获唐山市科技进步二等奖七、代表性论文专著目录1. uinuc-physchem: a sequence-based predictor for identifying nucleosomes viaphysicochemical properties <plos ono （sci 收录）2. "inuc-pseknc: a sequence-based predictor for predicting nucleosome positioning in genomes with pseudo k-tuple nucleoti

6、de composition <bioinformatics> （sci 收录）3- “dna physical parameters modulate nucleosome positioning in the saccharomyces cerevisiae genome59 <current bioinformatics> （sci 收录）4. uirspot-psednc: identify recombination spots with pseudo dinucleotide composition5' <nucleic acids resea

7、rch> （sci 收录）5. "pseknc: a flexible web server for generating pseudo k-tuple nucleotidecomposition <analytical biochemistry> （sci 收录）6. "itis-psetnc: a sequence-based predictor for identifying translation initiation site in human genes using pseudo trinucleotide composition <an

8、alytical biochemistry> （sci 收录）7. "prediction of cpg island methylation status by intergrating dna physiochemical properties <genomics> （sci 收录）8. "iori-pseknc: a predictor for identifying origin of replication with pseudok-tuple nucleotide composition <chemometrics and intelli

9、gent laboratory systems> （sci 收录）9. "pseknc-general: a cross-platform package for generating various modes ofpseudo nucleotide compositions <bioinformatics> （sci h攵录）10. "ipro54-pseknc: a sequence-based predictor for identifying sigma-54 promoters in prokaryote with pseudo k-tuple nucleotide composition'5 < nucleic acids research > （sci 收录）八、主要知识产权证明目录1.伪核昔酸在线计算软件vl.0.登记号：2014sr145562.2. inuc-pseknc核小体定位预测在线服务软件.登记号：2014sr048528.九.主要完成人情况表姓名排名技术职称工作单位/完成单位创造性贡献曾