PubMed医学文献检索系统

1、PubMedPubMed 医学文献检索系统PubMed是因特网上重要的免费文献检索系统。目前全球最著名的医学文献数据库系统是美国国立医学图书馆的MEDLINE，该数据库重数据免费提供应各个检索系统的开发商，因此在因特网上有重多的免费MEDLINE检索系统。这些系统所涵盖的文献年代、检索结果的输出格式以及检索途径各不相同，但是，目前被医务人员广泛使用的仍然是美国国立医学图书馆的PubMed系统PubMedPubMed和NCBINCBI：1 美国国立医学图书馆“NLM2早在1879年，编译医学文献的检索刊物IM3 1964年采用计算机进行电子编辑和排版，在此根底上开发了“医学文献分析与检索系统(即

2、著名的MEDLARS)4 1971年正式建立了钙系统的联机系统，称为 “MEDLARS联机检索系统，MEDLARS online,既MEDLINE系统。5 PubMed那么是NLM的国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)开发的一个以网络为根底的检索系统，自1997年免费提供效劳PubMedPubMed特点：PubMed具有MEDLINE所具有的各种检索和数据库优势，同时还具有以下特点：连接广泛： 包括对外链接和对内链接，对内指与NCBI其它数据库的链接和PubMed文献相似度计算后的相关文献链接，对外连接指出版

3、商提供的文献全文的连接，有免费和需要注册的。更新速度快：出版商直接把电子版提供应NLM收录文献范围广：三个层次的数据库：MEDLINE数据库、PreMEDLINE数据库和出版商直接提供的文献数据库等PubMedPubMed收录范围 总体包括：收录年限：1966收录内容：70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊的文献和一些非医学内容的文献，主要是MEDLINE。内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科，另外有非医学内容的文献，如science和nature中具有地理学方面的文献。收录文献量：1100，000条记录文献来源:MEDLINE： 自1966年以来71个国家出版

4、的4000多种期刊。 有UI和PMID。 带有标识PubMed-indexfor MEDLINEPreMEDLINE： 处于加工阶段的文献记录，尚未表引主题词。 有UI和PMID。 带有PubMed-in process标识。出版商提供的文献数据：出版商以电子版形式先将文献传送给PubMed。仅有PMID。带有PubMed-as supplied by publisher标识。MEDLINE对某些期刊中的文章是选择性的收录，一些非 医学的文章不被MEDLINE收录，但是出版商将这些文章的电子版提供应PubMed;另外一种情况是出版商还把不被MEDLINE收录的过期刊文章的电子版提供应PubMe

5、d,如：MEDLINE自1999年开始收录Molecular Diagnosis ,但是出版商把1999年以前的文章的电子版都提供应了PubMed。Pub主页：NCBI一.边框内容：1.EntrezEntrez PubMedPubMed： 有关PubMed概述、常见的问题解答、应用手册和New/Noteworthy：提供有关近期活即将发生的PubMed系统扩增的信息2.PubMedPubMed ServicesServices：journalsjournals databasedatabase：用期刊的全名、标准的缩写、国际标准系列号(ISSN)查询。如Blood为期刊的全文；而:“N Eng

6、l J Med为MEDLINE期刊的标准缩写。如果一个期刊的名称正好是MeSH主题词，PubMed将按MeSH转换同时加自由词检索，而不按期刊名称转换，如science。如果要检索Science杂志，应该写为 “scienceTA,表示:Journal Title Abbreviation包括期刊的全名、标准的缩写、国 际标准系列号(ISSNISSN) 。MeSHMeSH BrowserBrowser： 用于浏览MeSH词表。SingleSingle citationcitation matchermatcher：单批论文匹配器，可查询单批论文。允许用户使用填空形式输入期刊的著录信息来寻找一篇

7、论文，包括期刊名称、卷、期、起始页和终止 页、文章的题目等信息。BatchBatch citationcitation matchermatcher： 成批论文匹配器，可一次性查询多篇文章，允许用户按照指定的格式输入著录信息，包括刊名、卷、页等。格式为journal_title|year|volume|first_page|author_name|your_key|journal_title|year|volume|first_page|author_name|your_key|结果可以通过EMAIL返回ClinicalClinical querierquerier： 通过一种内置的检索过虑器

8、，即事先设计好检索策略的组合，保正用户可以检索到应用循证医学活动的相关文献，是为临床医生而设计，与疾病的治疗、诊断、病因和预后等相关的文献，设有循证医学的系统综述。通过设立2种Filter,限制检索范围。sensitivesensitive searchsearch (broad)(broad)：(sars) AND (randomized controlled trialPublication Type OR(randomizedTitle/Abstract AND controlledTitle/AbstractAND trialTitle/Abstract)specificspecifi

9、c searchsearch (narrow)(narrow)：(sars) AND (clinicalTitle/Abstract AND trialTitle/Abstract) ORclinical trialsMeSH Terms OR clinical trialPublication Type ORrandom*Title/Abstract OR random allocationMeSH Terms ORtherapeutic useMeSH Subheading)CubbyCubby： (小仓库)可以方面用户在屡次检索文献时自由的存储检索策略。但是1.不能保存通过Related

10、 Articles链接得到的相关文献。2.检索式的序号(3)不能用在此。所存检索结果以日期及保存的时间顺序递减排列，即后输先排。3.最多可存100个检索式3.RelatedRelated ResourceResource：orderorder documensdocumens： 直接通过当地的医学图书馆订全文NLMNLM gateway:gateway:另外一种文献检索系统，是由NLM的里斯特希尔国家生物医学交流中心 (Lister Hill National Cener for Biomedical Communications, LHNCBC) 开发建立，2000年10月16日正式向公众开

11、放。 它可以在一个界面上同时检索NLM的多个检索系统或数据库，多许多NLM的信息资源实现“一站检索 。 其使用对象主要是那些刚刚利用NLM网上资源，但又不知道有何资源可利用，也不知道如何进行检索的临床医师、卫生保健相关人员、图书馆员、研究人员、学生、患者及其家属等。检索者可快速查询到所需的信息资源。ConsumerConsumer health:health:基于网络的公共健康信息ClinicalClinical alerts:alerts:提供NIH资助的临床试验结果,这些结果能够明显的影响疾病的发生率和死亡率ClinicalClinical ::进

12、入NIH/NLM网页浏览定期更新的有关政府或私人资助的临床研究工程 的信息PubMedPubMed central:central:由NCBI主办的免费的医学全文电子期刊二. . PubMedPubMed检索一 一般检索：PubMed检索规那么和语法1布尔运算符AND，OR，NOT必须大写，例如，vitamin c OR zinc；2如想查找词组须用英文双引号，如t cell receptor3PubMed从左至右进行布尔运算，圆括符可以改变运算顺序；运算顺序是：NOTANDOR，利用括号可以不过多考虑运算顺序。如common cold AND vitaminc ORzinc。括弧内的字段是作

13、为一个整体来处理的。4如果输入的字段含有主题词组，PubMed优先按词组检索。如果不希望这样，应该加布尔运算符。例如输入：air bladder fistula，PubMed会将air bladder作为词组。此时应输入：air AND bladder AND fistula。5字段标记符tag使用规那么：只能在词后加字段标记符，如：romatherapy mh，mh为主题词缩写，必须用封闭的方括弧 ，大小写和空格会被忽略，如crabs mh= CrabsMH。6日期格式：采用YYYY/MM/DDDP 格式，如1998/03/06dp，1999/10 EDAT。月和日可以不写。 输入日期范围那

14、么用冒号连接， 如1996：1998dp ，1998/01：1998/04dp 。日期字段标记符有3个：Date of Publication DP：出版日期；Entrez DateEDAT：进入PubMed的日期；MeSH Date MHDA：该引文被MeSH主题词编入索引的日期。7期刊标记符有3个：jsubseta - Abridged Index Medicus只检索?医学索引?；jsubsetd-Dental只检索?牙科文献索引?；jsubsetn - Nursing只检索?护理学索引?的期刊例如: neoplasms AND jsubseta8检索须有摘要的文献，使用hasabstr

15、act。 如: neoplasms AND hasabstract9检索印刷前的引文，使用pubstatusaheadofprint。 例如: pubstatusaheadofprint AND特点：1.默认布尔逻辑运算符，但要大写，包括AND、OR、NOT。2.词组的检索要用双引号“XX XX3.截词符为星号，只能用在单词的后面，最多包括150个单词，不默认空格。4.检索词的自动转换功能：对于不标准的自由词通过以下方式顺序进行自动转换：MeSHMeSH TranslationTranslation TableTableJournalsJournals TranslationTranslati

16、on Table:Table:如果检索词既是MeSH又是Journals,只进行MeSH检索PhrasePhrase ListList： 包括：MeSH、Unified Medcal Language SystemUMLS和Name of SubstancesAuthorAuthor IndexIndex姓名格式： 姓+空格+名的缩写。自动截词名的缩写以搜索所有缩写，如果只有姓而没有名的缩写，将搜索作者和所有fields。经过上述搜索仍然没有结果时，PubMed将把短语分开后重复上述转换还没有结果时，将把每一个单词分别组合后进行搜索。如：查询词结果“head lice shampoo没有相匹配

17、的词组“head lice在MeSH转换中找到匹配的主题词head liceTW“shampoo没有相匹配的词组最终，PubMed以“AND组合上述检索词成为一个新的检索策略：pediculusMeSH OR head liceTW AND shampooall fields5.Features Bar：LimitsLimits： 限制检索字段不同年龄组、不同性别、人或动物研究限制文章的语言或文章的发表形式如综述等选择只有摘要的文章；限制Entrez日期或发表日期限制PubMed中的特殊子集，目前有9个数据库或过虑检索系统可供选择，包括AIDS、AIM、DentalMEDLINEN、ursin

18、g、PreMEDLONE、pUBLISHER、Publish、PubRef、Toxicology选择LimitsLimits后将在LimitsLimits按纽前的小方框中显示叉，并且在DisplayDisplay按纽上方显示黄色的具体限制内容。Preview/IndexPreview/Index： 预览/ /索引： 在显示检索到的文章前预览检索结果的数目重新组织检索策略从特殊检索字段中把检索词参加到检索策略中。浏览索引或从中选择检索词进一步扩展检索策略浏览检索策略HistoryHistory： 检索史保存所有检索策略和检索结果最多100条 ；只有在运行一条检索命令后才能进入检索史，在停止使用P

19、ubMed或使用任何其它Entrez数据库后的1小时自动消失； 所有Entrez数据库的检索历史是分开保存的，但是显示检索式的序号是所有数据库排列在一起。显示包括：检索词；检索时间；检索所命中的文章数目。可以在此进行检索词的逻辑组合。ClipboardClipboard： 剪贴板提供一个存放所选文献的空间，使用户保存或浏览所选择的一个或几个检索结果如果没有做标记将自动贮存最多500篇 。在此可以对文献进行分类可选择作者和期刊按字母顺序、发表日期最新的放在前面 、打印、保存或排序。被选择进入到Clipbord中的文章的记录号的颜色将改变。1.停止使用PubMed或使用任何其它Entrez数据库后

20、的1小时自动消失。2.PubMed需要使用cookies才能将所选文献参加到剪贴板，因此必须把网络浏览器设置成接受cookies。DetailsDetails： 检索细节查看检索策略被PubMed的自动单词匹配功能、检索规那么和句法转换后的形式。另外还可通过细节视窗查看出错信息何详细说明，以及重新编辑检索策略。注意：在应用DetailDetail中的URLURL按纽或准备储存在CubbyCubby中的检索策略时不能应用HistryHistry中的序号，因为只能保存1 1小时。二主题词检索：MeSH已有19000多个主题词、82个副主题词，加上词组搭配，已经有30多万个词和词组。以MeSH词表中

21、的主题词形式检索：PubMed将自动按自由词和主题词检索；同时自动进行扩展检索。 三. .结果显示：action自动术语组配过程pediculusMeSH ORshampooall fields1.查询框queryquery boxbox显示检索词：可以随时更改，或点击Clear按纽开始新的查询2.ActionAction BarBar选项 ：DisplayDisplay OptionOption： 选择结果显示形式，默认的是Summary Format包括作者、题名、出处、连接、PMID、Record as supplied by publisher,或MEDLINE record in p

22、rocess。 可以显示摘要格式SelectSelect PagePage： 选择每页显示文章数目，默认20篇。DetailsDetails： 显 示经过自动转换后的检索策略。一些有关输入词语中的错误信息如拼写错误、停止词、截词警告等也被显示。还可以重新编辑检索策略或储存检索策略。AddAdd toto ClipbordClipbord： 暂时在停止使用PubMed或使用任何其它Entrez数据库后的1小时能够使用户保存或浏览所选择的一个或几个检索结果最多500篇 。 在此可以对文献进行分类、打印、保存或排序。被选择进入到Clipbord中的文章的记录号的颜色将改变。SaveSave：保存检索

23、到的条目，可以选择保存的格式或选择标记后的文章进行保存。最多可以保存10，000篇。TextText：显示文本格式，去掉网页和HTML成分。 可以显示被标记的文章，或没有标记时显示当前页中所有文章。一般用于打印。PrintPrint：3种选择：应用网页中的打印功能将打印所有显示内容；应用文本格式后进行打印；应用下拉式菜单使所有文章显示在同一页中进行打印。OrderOrder： 使用其中的Loansome Doc程序对文件进行排序。也可以在Clipboard中进行排序。3.LinksLinks：RelatedRelated ArticlesArticles： 提供与原文最相关的文献的连接。通过比

24、拟文章的题目、摘要和MeSH中的每一个单词，应用word weighted algorithm确定相关文献。4.LinksLinks toto OtherOther ResourcesResources andand NCBINCBI Databases:Databases:LinkOut :提供PubMed之外的连接如出版商网站等Books：连接到分子生物学教科书Protein :来自Swiss-Port,PIR,PRF,PDB和TreEMBL数据库中的蛋白质序列Nucleoide：来自GenBank, EMBL和DDBJ数据库中的DAN序歹UPopSet:包含作为整套提供的比对序列，在进行

25、为生物基因或突变基因分析以研究种群进化或改变。Structure：分子模式MMDB,三维结构Genome：提供基因组信息Free in PMC：免费的全文期刊5.BooksBooks LinkLink：NCBI免费提供有关分子生物学的书籍PubMed检索练习：1.检索有关hypertension and nosebleed的相关文献， 然后1) 如何找到PubMed对检索词自动转换后的显示的结果；2)如何显示摘要和全文；3)如何调节每页显示的文献数目；4)对查询结果按发表日期排序2.检索有关背部损伤的(injuries backpacks)相关文献(截词检索)，查看PubMed自动转换的检索策

26、略并保存这个检索策略以备他日所用(URL) 。3.只用query box检索有关应用活体供者(living donor)进行肝脏移植(liver transplantation)的信息。然后1)应用limits限制近5年的综述类文献，2)显示记录中要包括摘要和MeSHheading.3)如何在一个页面显示所有结果。4.检索文章题目中含有“baby walkers . an underestimated hazard for our childrentM,如何查看与其中某1篇感兴趣文献的相关文献。5.Garcia-PaganJC的文章都被MEDLINE收录了吗。6.用主题词MeSH方式检索以前列

27、腺癌(prostate cancer)的诊断为主要内容的文章，并且只检索最近2年的文章。7.检索有关外科或药物治疗儿童骨肉瘤(osteosarcoma)文章，骨肉瘤为主要研究内容，同时限制在英文作为原文的文献。Clinical Queries using Research Methodology FiltersCategoryCategoryOptimizedOptimized ForForBroad/Broad/NarrowNarrowPubMedPubMed EquivalentEquivalenttherapysensitive/broad99%/70%(clinicalTitle/Abstract AND trialTitle/Abstract) OR clinicaltrialsMeSH TermsORclinical trialPublication TypeORrandom*Title/Abstract ORrandomallocationMeSHTermsORtherapeutic useMeSH Subheadingspecific/narrow93%/97%randomizedcontrolledtrialPublicationTypeOR(randomizedTitle/Abstract AND con