一步一步教你使用NCBI查找DNAmRNAcDNAProteinpromoter引物设计BLAST序列比对等

1、一步一步教你使用 NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter 、弓 I物设计、BLAST序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST进行序列比对，这些问题在 NCBI上都可以方便的找到答案。现在我就结合我 自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI的使用。希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI的使用：Part one 如何查找基因序列、 mRNA、PromoterPart two如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS查找已经公

2、布的引物序列Part four如何运用 BLAST进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于 NCBI其他方面的使用也请水平较高 的战友给予补充First of all ,还是让我们从查找基因序列开始。第一部分利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子(Promoter )下面以人的IL6 (白细胞介素 6)为例讲述一下具体的操作步骤1 . 打开Map viewer 页面， 网址为：

3、在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：% NCBINCBi Map ViewernameTax电力。myS电却匚h Homo sapiensBuiU 96for2 .点击GO”出现如下页面:fw q+”，P1L«": M brilMtp iinnfT*"LSep,阕 m Effl-krJuxi 右？ LL& >贽1奥TWKCWPTSmtRXABvi iww1I4i.就口舞u如 hSCUFlBl RMHoqcWrinAxi 6 H_61. diRA?Ot WWQ 1加ns打把1H4riaMl opffl ie

4、admi： Li4皿IQ；理J血苫部水呻时也审OnropmaOtlErKiyrfilfl (iffitWWQRIf.Mak«vMwrbdd 1W10IM：Id g»；H*Lu7IT ftSTSMwittrld §11ILA A3时命必IL&GatGeno C% *3.在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框,前面的小方框里打勾，然后点击 Filter.出现下图:在 GeneQhk± f iks G* 一二口 STOSodrcfa renits forqurQ lL .SD genc|obj_n pe"

5、;"i 5 binChr Aisfmbh'Mal由&emrit TypeMapsreiaciiceafl mn 忙 hesIL6 iuerlmkin 6 liniwferaii, betJ)IL6GctjcGenet cmq«ggIL« : ENSGOOOOOB6244瓜6GENE* CFtAJdY立L皿IL4GA。166GENETCAG GeneEIL6 Mnlffakia 6betA 3)IL&GESE<rd|C1L6 intrrtrukin 6 ininfprori beta 2)IL6GENE说明一下：1、染色体的红色区域即为

6、你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异， 但碱基基本一致，不影响大家研究分析序 列。现在普遍采用的是最上面的那个序列， 这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。4 .点击上述三条序列第一条序列（即reference ）对应的"Genes seq",出现新的页面，页面下方为：Samman- of Maps:Map 1: Genes On SequenceTable ViewRegion Displayed，J2*

7、 700 22,741,700 bp Downlmd View Suqueny Eviden*Total Genes On Chroniosame: 1452 11 M QakzudGenes Labeled: 1 Total Genes in Region 15 .点击上图出现的 Download/View Sequence/Evidence ”,即下载查看序列等功能，结果如图所示：Hbhq $曲型;二（Biiild 36 21Region to ictiiek e in chromosome cooidiikaies）:ChromD&ame: 7Strand plus vfrom

8、22729748 adjust by： +0KM； 22741739 adjust by *欣 ChangQ R四川mStoridSequttice Format FASIA *This chromosoiue region corresponds Id tbe coutig regiouf s）:Contig start stop strandNT_W7819.16 22252181 22264171 .西曲 S-gDiA VkwE施力,:t M kMMAct先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format （序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为 FASTA格式，还

9、有一个是 GenBank格式。我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。6 .在 Sequence Format 后选择 GenBank,然后点击下面的 Display ,目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：口1; NT j,Oj 19. tr_ri Homo sapirns chro-r.gj-S9024S90LOCUSNT 0Q-&1911991 bp DUH llne&F ZON 79-AUG-20QDEFINITION Hcso 9«pien9 e

10、hrenosc&e 7 genouiLcreferenee wwMbly.ACC£SS：C51 UT 二一二 皿二8门 2222-1. ,222641-1'JTRSIONnF00wT. 1 GX；S$024890KEYWORDS. *BOITRCEHcac aepiens(humanjORGAHISH“aaEukaryoti ; Xet azea; Chordata; Cra.nLat-a; Vcrtebrita; EteLeostcu.; la; Eucher la; E- a rchanT.D ylires; PrxmaE.es; H&pLorrhxnr;

11、Cacirrhici; HcnLLnidat; Hcsu.RFFTR£JJCT :AUTHORSGriffith3'JoSr Grocock R7, van Maqun 5.Bbcnun A 餐d EscxghTITLECOVRJiMF3M£& ftZFZRENCE AJTMCRS TITLE 中加:K二PU3H£& KEF三RZ：；止 ATTHCRSrLLnS&ae : crcBJIA seqescesr 二良=，e=3 gen« oreclaure Nu门U# MLS R3. 31 (QA1UUE ISSUE) r &

12、amp;li0-&i44 (200ti) 】63E YK 2 (basea 1 to 11991) InLercaLianal Man j«tQiie 5七g隹匚ulr# 二qrj。=匚=um Fl工:！zte ecnrc.aLXC 5eqecce of 二已士 Mirza.n ijenae Nature 131 ("Oil), 33工一355 (200t) 93 6913 3 (sitea k GxifSira-Jcnes 3.TITLE TTl七 JucroRJfA RegistryJOURJiJLL Kucleie AClds Red. 32 tDATABAS

13、E ISSUE) , D1O&-D1LL (2004)PUBMID "依门"COKHZirr SENCMK KimOTATIOti KEFSEQ： Features OQ 匚«qp金nc上 h&ve been produced for build 36 version 2 of cne MC3I1aionsee d/叠M-E - t-力. On or before Kar 1 r 200 this 鼻 version replaced在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。你会看到:mRNA jo

14、in(3598.3678,3841.4031,5090.5203,5911.6057, 7803.8394)这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的 mRNA片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。CDS join(3660.3678,3841.4031,5090.5203,5911.6057, 7803.7970)CDS代表编码序列，即蛋白编码区是从 3660开始的(ATG),由于剪接作用所以CDS区也是不连续的。说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的

15、位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究 promoter区的话，建议你选择转录起始位点前的 2000 个碱基进行研究，一般默认的是这样。 当然你如果觉得长度太长不好研究的话， 也可以只研 究-1000到0这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。希望大家可以发帖交流，让我们把NCBI用的更好！6第二部分如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列（依然以人类的IL6为例）1 .进入NCBI主页：在search后面选择 G

16、ene,在for后面填写需要查找的基因的名字。如图所示：2 NCB1National Center tor Biotechnolngjr Information工川IrilKd 11人方、M '果点击“G。1*'出现以卜界面;2 NCBIEntrez GeneutIwiim116aoJfljErairtiriUni CImtL EhiMrjftwMMMJtFMJHifrlpiSeVe1 K Lnridk>OdJk I:41DwmiwdiCFTPJOlUcufl 飙桦Ml Crbpb a mr CCAAT 0KVT Eduprm (C E3P) twti t(R4mOeUf

17、 a&Bp LAP. NF H. TCF<Qebrr DrirtHiihn: CEBPbm. CCAAT nfamccrtalfaK protcBbc% bnr lOntfmproQcn (LAP «H6 okIcb bdct-HC 产cimlv dfpwirdTCF<i. Lftwrpx4m CLAP, 4m> VF US. wrV« TL£ pr*fcmi-* rlFiifiHTCT4 fori tok-mgproem (LAFlX1工$3; LwafiM；Aim ta hew ； 6towbc3 NC.WB102 2 (15&

18、;S?旗露 1J«82"M8)G#»rD： 2J：SJE<W. 04nolm(M屁Ml 於lEbql 1116 nd、1mB iKNVn"g bra 2.) 族-曰U4r； B&FLHGLHSLtFNBML-i(IraMMBT： -t 14KMiM*甲Wl& chnww 1NCJWW IIQZ-JJIJS iriSUb W'l HFQG”“。： 5(e出现了很多基因序列，在每个序列的右边还有Order cDNA clone ”的链接，这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名（Other Aliases ）与你的目

19、的基因一IL6是标号为2的序列。致，根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的查找cDNA序列点击 Order cDNA clone, 出现目的页面如图所示:«CBI Clone RegistryPubMed NucMide Protein Gencme Structure PopSet Jaxon&mySearch A11 abasesOrder cDNA Clones for Homo saptens gene IL6IL6: Inter leu kin 6 (Imerferon, betfl 2JTheloilowirtg done(s ncar)be pu

20、rcnased onrough jn/ of me Ml*GE drributors Some of them have mmHetJ meCbne MGC:9215 (iMAG:38«4652)Clone S«quefl“ 6C515511 1Vector pCMV-SPORT6CtHresponding R«fSfrq mRMA NL1_000600 1QR perLQROEPOROEPQRDEFORDERfrm Americart Typ Culture Celleein from RZPD German es«urce Cenie; for Ge

21、nom9 Researchfrom G&neservice Ltd from Harvard hstitute of Proleomicsfrom Open 8iosys(ems-点击Clone Sequence后面的链接即可得到 cDNA序列。点击后如图所示（只抓取其中一部分）* forSearch nucleettde二 NucleotideGenomeLimilsFreviewlndexHl5tOTClip%印lay GenSan k * Show * Send to * Hide. Q1 sefflce Q alt bui smt C3S and mRNA nf*«*

22、 "in :wmpkitatiitM strtftd Femv： SNP 0MQC 1 1: BC0H5H. Reports Homo sapiens inre 国 15930148Commcru F已己! uE3 CuquurKcLOCUSDE FI WIT IONACCESSION ；TRSI02；SOURCEQR*SHBCD155111127 bp ±ANA linear FRi ：5-JUL-2004Hotoc sapiens inerleulcin 6 (lurerfero,. beta 2) t rJUlA (cDHA clone MGC;SI15 IMAjE;

23、t, ccuvlete Cds* BC*5 二工 BCO：S511b1 GIS15&3011S HOC* Uch =曰审工若=3 Ram二 口年工工七门， Eukaxyoca; MeLaso& Ch4工口息七也；Cxadata; VefLeraL;白才accu：XanrBlia;官"二a; Eu4 rcccccglx=es; Frix4ces; Hplc rrhm i;R£FtRE：iE二的EH二M上工ML；-二皿匚14篇伫；Hc="c . 1(t)«SC9 1 TQ查找mRNA、蛋白序列回到步骤1点击Go”之后出现的页面，点击目的基因的

24、名字，出现以下页面（只抓取相关部分）：Entrez Gene|>年始 尸& Rtpotf回 Stov 2Q 三I §已府 © 三AH： I Gjjnenl Qni 'Gcn«s GcrKxne " St*P Gcrte 1 太F 4： IL6 tHt*rl«ukin 6 (inf«rferon. b«u 2) H<wo sa户福口与updatedJneia msw, - -SumrnjiyOfHcJdl Symbol IL 白H IO£Ofitcla1 Full ttrtmc mt4de

25、ukrt 6 (mterfern, beta 23,m 厢-cMnwrv source同K$tee rdocel Ensembl; ENSG00«roi362H： HPffOiP97Q：Gene type protein codmgflefSeqPrOvm&nalOrgani+E miz %取二、史立瑞Lineage fukatya； Metazoa； CrtortfitJ； Cranti; Weftetrata； Eutc/eostom; Wi.nmjus.Eghena； SuanJtQnCoglrrs; Prtances; zapgrrh疝;Catrrtunc； wmjn

26、vda.Al«4 knewn m HGF； HSF： CSFZ； IL-6； IFN&2页面的下半部分，即可以获取mRNA和蛋白序列的部分:NCBI£*4)inaintiiHftd nd*p*nd«ntiy 心Te事nom婚事- -L.-T -r , c cr-1 inf"，*” 14y nfF i.-ri- bn- T . LsfcUjfimRNA and 痴otvi#柞JI* MM Qt»frM F OM5M.1 InterWukln 6 (inted«n>nr >)%urcd tequence(B) -1-，

27、口三Cont<n4iJl CDS f CD55c75.1C&niErvrd Domimi (1) synmnnflrvoc-g书，?-i it) miatK s< bemx。iLfi! J litvilflU lonA& eZ”U.工 F.f|，i-HClwdita gr，G5ldcyl, CQ*e< n« - «trinw I iih ng fMter (G-CSF ' '4 my*lervieniQcrii c bnpeHi f»cto* (PGF). tL*6 n «lia> 6hh ，色&q

28、uot; itviTiuliBlwv fxtw NMft44|* 6f Annvteted O*nom»t: Bodd 3号$Tti噂tU启Min< %Wdi心门(*Wth整样'。2 M > ”“fxrbwld ExoldlRelerence assembtyCWTOfFTfC1. NC_000007.1 2 Relrrence看mmblySLBFiqciiTQwnitcadNT_00 7619.1Ka ngie找到 NCBI Reference Sequences (RefSeq) ”,它分为几个板块，第一个 mRNA andmRNA序列和蛋白序列。在 mRNA

29、 and Protein 下,这代表了 mRNA序列和蛋白序列。分别点击就Protein ”区可以让我们找到连续的编码 面有两个序列代码（中间划有一个箭头） 可以得到相应的序列页面。点击后如图所示，mRNA序列:ORIGIN1 Lctgcccuc gagcccaccg ggecgaaag1 cacaccc 121 ZQQtqzrijec LSI cc5cccraca 241 tctcae3：" gcagcAJftgaccccceaca tffcLGectce c&?aeagc=a *Ateteaei (gjgcacnggca361 421 Ml 51 j1 61721，守:事

30、工0口匚隼n caqtjcitjz gcagatgagt atctAQatgc aataaccacc aggccagaa 7ca(jtggctg aqcetp=a 5*ceaqcc-3 tq七wqt七bbt g(jffcactccc7B1 gctgtxetctagagaactaflc-scctcq cotqe匕匕亡区中 ctcacctctt -0 & G 区&aqq gA-aAA ca&ec " Eg&qq&g Q4gc«cccc eciBAd&g*cG CctQacccaa caqcacaTijacccct7grc 也 1a

31、lagg匚83gaaqaaqsc 匚口 acce*ej-*njc EseCCCCAQQ cagaac?&at ag&edtt&& u5aace-t cc CC3839 0 aQQAGAQ4C Hjatccdflut; ccacaaatc caactcazct 5gcaaa-E1： a agaaaeeTt Qcgtaggaeccucgccucc aQacccaq ctcctccc3c acCiacuca &C&Aactce a.4 tf&eft&Aeaa &七七七中中七机u占 CAiigtaAe att-5aaa atgag

32、gcc geaaaga?占二U32口 叁g=3中写 cctjca?aaa u&j匚匚t；q匚kq a二二二二3二号二 ycatc5<jcac ccAczgggca. actatretaaacTqqsum qaqqdAOG ac?gcaaaca 号CQseg匚tqu a5cZTtaagij ctcA-jaz-7- 壮agzeEttau ttATttLtaiMl 9Q1 961181LDS1 /aaea<7ta 3S tgaaqtttgA 二二以0七二七之上匚:事=事事n:事：?事49。二0博 匚特*二二与二q息匕也出仃仃匕匕匕q QQCXRCt":qtataaa匚丁

33、 guutcauactt ccagaigcG匚之匚匚匚CA-aLA&aiugg匚鼻匚a亡 a：百事taa匚qg ttggaaagtg 二C匚汪匚3:匚：T【 aasc0匕在qtggc'd taqqc匚匚阜gu 刍二三一3二二二土aORISIII1 xnstgtsafg 61 Idgisalrke 121 *ftvyleylq 151 aqnqulqteaphrtipLtss ericlJcqiTyi cfq3Ot-«c clvkiircll Ld&tttpdpt呵呵。 这样我们就可以找到基因的 列以及含有内cDNA序列、连续的编码 mRNA序列、蛋白序量白序列

34、如下;pvatslglll vlpajitpttFV ppqedskdva tcnlcsnmcea aJceal&ennl nlpkTLaelcd? nz fesseeqa xavcputkvl iqflkkAkn hlilr5fke qmNCBI Reference Sequences (RefSeq) 的第二个板块是 Reference assembly ,它下面显示的 是 Genomic，点击 Genomic 下面 Reference assembly 对应的 Genbank 或 FASTA 即可 出现编码的 DNA序列（注意：只是编码序列，其中包括内含子，但一般没有 5非编码区

35、）步就不做贴图演示了吧,含子的编码DNA序列了。相信这些操作对很多战友还是有用的。如果大家有更好的方法，欢迎发帖交流！友情提示：在 NCBI里打开的每一个页面都会给我们提供大量的信息，大家不妨好好看看，可能会有令我们惊喜的收获！最后唠叨一句：最近我实验比较忙，只能在深夜发帖，可能要过几天再发第三部分 Partthree运用STS查找已经公布的引物序列,希望 期待下集”的朋友可以理解。第三部分 运用STS查找已经公布的引物序列STS,序列标签位点(Sequence Tagged Site ): 一段短的 DNA 序列( 200 - 500 个碱 基对)，这种序列在染色体上只出现一次，其位置和碱基

36、顺序都是已知的。在PCR反应中可以检测处STS来，STS适宜于作为人类基因组的一种地标，据此可以判定DNA的方向和特定序列的相对位置。以上内容基本是 STS的定义，我主张活学活用，下面就介绍一下我个人用STS数据库查找引物的一点经验。还是使用人的IL6基因为例，呵呵1 .打开NCBI主页，在 Search 后面的下拉菜单选择UniSTS ,在FOR后面填写目的基因。操作完毕如图所示NCB1National Center for Biotechnology InformationSil 1 jNjj) ul McdLttiini 口I |：g U” 川 1 k jll：j点击的以后门/以下页面.

37、NCBIUniSTSInt-erafind M34 m3 and MPVDMMBlASTQU*| MarrhU划写TSg C*串 J §peLimas1口。已，NesIoW口日国il工与uEE.ryMl； £4ao 司'$<<4睥HEftlQutry 叩方Lil;EsgjQ4i】rILfrduou»»m( 工 koi IL4chr emo seme【locus 1L6Fouad by ePCR m yuengf from H«no ipieec icd Pu if咽.已 sjiewfrPCR 射却ViewerGeneUltC

38、El 白 C»SNF eg u&RGEIRHdO 占IM 2,IL工3”工工 dnomomme locus H_6 chrono socne - loots IL6Fcundby t PCRim ggidcc kom Hocso so骄m >nd Pail frcdodytoLb 5Ts上飕E3 且中药口 Mp ： E，二 17口二的9 / 尸Hl考DT5H43till C*IUO itMllt . locus tL6 chrcMtosome locus L6 ihr cyrwiMie - lurus H_6Found hy r-PCj? tn srqumcr wum

39、H cmtjo gbew Jtnd Pan trotifcHhtrsFVb 56028P2EhromoQtne ' looij 肥Fn>db" c-PCRmEi<m Mli uufLUhxi «cdR±nLD thru%3融nomic biokTlfCchromo scsme & locus 116这是你会发现 NCBI又提供了很多序列，下面我们还是要初步筛选我们需要的序列。2 .根据物种、目的引物所在染色体的位置等选择相应序列（可能不只一个），点击。卜面以点击第一个进入的画面为例。C NCBiUniSTSPubMdErtreiBLAS

40、?OMIMTaxon omStrudure-Scar ch UniSTS-f&rEritrea Un ST 8Help Otwry也照 SubmitSubm it map rrs*teStahsii 邙R肥的忙d 5rtE5 ftiPCR 植却UlOWE Gene UMS候 dbSNP 白的出口口中RHdfrGDB MGDZF1NGenorrn 加口的Bos iaumsUnTS 55d57IL6Hbma sapiens chromcnome 7, locus IL6口m r华七小匚 chromosome 7 locus iL6Found e-PCR in sequences (rom

41、l . l and Pd-Primer Informationpr mer eerse primer PCR product size Gen日ank Act*?ionHomo sapiensName:Alfio known as:Cross Re.fer&ncesG，n金GeneiD symbol Descripticr PoSflign|_mk$gTWCAAAAAC>GAGTGACA TACJU'TTTfcGCGTTCCflGTT 247 (t)p Wwno sapens G*E76IL65WSS1282学55$IL6interleukin 6 (rnterieror

42、, bet曰"2)7p2i你会发现这个页面直接就给出了引物序列，PCR之后的片段长度也是给了的（247bp）下面还有很多相关的信息 3 .点击GeneBank Accession 后面的代码，进入下一个页面。Pxiaer A: GGTGOCBMNUSfiAGZGJlCA ffrrecaiTTST3 aiLite ± 34 -FCS Pre Hie:0c。.口口注；Ti-e 1 3工,”，耳二二丁石厂二。口:92device5u±cr1.00g JIUTC! ( 5 ：三二或3 工二.；60n ufor2 H0Ortu.n-temlF 口 /rm 1 ：1 5 ：C

43、forJ +0DEl*i £：?CR Cycles： 35 7hernial Cycler : FerJcirElmer 1 二 匕二to二:lereplate-：30-130 zFrimer:each 1 uMeintWh*q揖4a ?CO 同二 aq P =- 1 tle Jr a a e i Z . 3 s ;工工七 m.二1 Tarai Vol：S u工3-fCer;MgC12:，.匕趣KC1:SO nWTri5-HCl：10 嘲两日.二Th±» STB h&s been mearpari-ted int-B 七匕色 N11GR1 ehToraaa

44、aiu 7physical rfip, t Jt we.B "le'/elcped £ anotner inesnjitcr.5e*融二号匚口二口； 丫:二二工Fai 小寸=L=:卞n工 r.：寻匕n二: te NESm：二七.工二tezz b zire rrapprzj f -C J e t =eeh七七厂：/www. =hqH z. . mh. g匚 中，。艮，/idZH3.T «4二 n 匚 see Gupi ;七j_gi;”号F-H J-931) (WUX92i28 937l .啊！前后引物都呈现在眼前了，还有反应体系和反应条件！其中 Primer

45、 A是前引物序列，Primer B则是后引物序列，并且给出了他们在DNA序列中的位置。有兴趣的朋友可以在序列中找一下，是可以找到的，不过要注意，PCR是双链扩增，在序列中可以直接找到的是 Primer A 的原序列 和Primer B的互补序列。在步骤二里面我只点开了一个序列，继续打开其他的可能还会有对自己有用的引物，不 过这要你自己慢慢发掘了。这种寻找引物的方法有点投机取巧的味道，实用程度不是很高，但如果这里面恰好有你想P的片段的话，恭喜你，这些引物都是很成熟的引物，可以直接拿过来使用了。如果想寻找引物，大家可以查阅相关论文，已经报道的引物我们为什么不用呢？ ！既省时间，可靠性又强。如果这两

46、种方法都不能找到你需要的引物的话，那就自己设计吧，建议使用 Primer 5和Oligo o引物设计的详细内容我在这里就不多说了，推荐两个帖子给大家看一下，第一个是本版版主liuzeyi2002发起的，内容很丰富，很值得学习，另一个则是我发的。第四部分 如何运用 BLAST进行序列比对、检验引物特异性提到序列比对，绝大多数战友都会想到BLAST,但BLAST的使用确实又是一个很大的难题，因为他的功能比较强悍，里面涉及到的知识比较多，而且比对结束后输出的结果参数（指标）又很多。如果把 BLAST的使用详细的都讲出来，我想我发帖发到明天也发不完，更何 况我自己也不是完全懂得BLAST的使用。 所以

47、我在这里也就 画龙点睛”一一以比对核酸序列为例来给大家介绍一下BLAST的使用， 也算是BLAST的入门课程吧。 请看帖的战友好好体会，如果你用心看，在看帖完毕之后BLAST的基本使用（包括其他序列的比对）应该没有问题了。1.打开BLAST页面， 打开后如图所示： I, 口！ BLAST HomfJLAST (i nd* rtglam of sJinilorilri! Miwe冷江 bl&lQgirnl m qu&noi. mQrtt 1H,并，口生 about hoift- to u，用 性* *w*r ETl AST dtesgnBLAST Assembled Genome

48、sChQidtt 4 mptc伯3 genomt co stwch. or iuw-ll <”批11" diiiihMfibra Huuti日附口 UfilHF° RasB Arai31GP®rm徘总何Qjnw rec加9呻用mm同wg福ter° G41bgi律训心口 Ran isrogloM/aa° WcrolmB函标/耐陀出Baste BLASTGhoo*4 ©LAST /妁rvn(o iunmiEiuQil* bl小第prolein bJ-alhlMSUtrhlA4JY54中-h i nuclswrtj-tie rAtsh

49、A jcirg a nLclnbtidP qj=-,肉grr*皿 口的帆 m«F3toia6t。暗二。/可口网由加中abi庄$15fid -ch prtrifihi databa -ig s 黑岫旧小”？凡手th sir »弓，岳力，phi-bl2='S-ea,th piatein database u&ing a trnsJated nuclieotide 中电r>Salr ami died nuclealldE ; Jtah.iHm umar, m prafgln qugr.q”arh FrHE*1jit*>，1 mtrl«nhri

50、Fi ，M Hi”,门门 i -*nclatmrl rukrk«rdirl» ar对上面这个页面进行一下必要的介绍:BLAST的这个页面主体部分（左面）包括了三部分： BLAST Assembled Genomes、BasicBLAST、Specialized BLAST。相信大家可以看懂这三个短语的意思，我就不多说了；我要说的是，可以认为这是三种序列比对的方法，或者说是BLAST的三条途径。第一部分 BLAST Assembled Genomes 就是让你选择你要比对的物种，点击相应物种之后 即可进入比对页面。第二部分 Basic BLAST包含了 5个常用的 BLAST

51、,每一个都附有简短的介绍。第三部分 Specialized BLAST 是一些特殊目的的BLAST,如IgBLAST、SNP等等，这个时候你就需要在 Specialized BLAST部分做出适当的选择了。总之，这是一个导航页面， 它的目的是让你根据自己的比对目的选择相应的BLAST途径。下面以最基本的核酸序列比对来谈一下BLAST的使用，期间我也会含沙射影的说一下其他序列比对的方法。2.点击Basic BLAST部分的nucleotide blast链接到一个新的页面。打开后如图所Qu/F rrtef ac cotBion number , yi. di FAST AOi uplaiJEl fileJoHb Tillie&ieabaw心 Htimj p gtnonrw * Iran ic 甲 O H hum 斜nonng * 1 iMMLFiptpftfwmie plu iTMMriftv IProgram SelectionHi