六核酸序列的一般分析

1、核酸序列的一般分析核酸序列的一般分析u 分子量（分子量（molecular weight）确定确定DNA序列的分子量和碱基组成序列的分子量和碱基组成v 单链单链DNA（single strand DNA，ssDNA）v 双链双链DNA（double strand DNA，dsDNA）u 碱基组成（碱基组成（composition）v 各种碱基数量各种碱基数量v 各种碱基比例各种碱基比例u 分析举例分析举例从美国从美国North Carolina State University微生物系的网页（微生物系的网页（/BioEdit/bioedit.htm

2、l）下载）下载BioEdit分析工具分析工具在本地计算机上利用在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析工具进行分析打开要分析序列的文件并打开要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工具的分析工具的“File”栏目选择栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列粘贴序列选择选择被粘贴序列被粘贴序列的名称，在的名称，在“Sequence”栏目点击栏目点击“Nucleic AcidNucleotide Composition”文字文字分析结果和分析结果和图形图形结果结果 （二）序列变换（二）序列变换AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATG

3、AATGCTAGATCTCACGAGA AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAGA 原始原始DNA序列序列TTTTTACCGGTACCCAGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTGCTCTTTTTTACCGGTACCCAGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTGCTCT互补序列互补序列（complement)AGAGCACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGGTACCGGTAAAAAAGAGCACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGG

4、TACCGGTAAAAA反向序列反向序列（reverse)TCTCGTGAGATCTAGCATTCATCTCACTGCGTGTGGACCCATGGCCATTTTTTCTCGTGAGATCTAGCATTCATCTCACTGCGTGTGGACCCATGGCCATTTTT反向互补序列反向互补序列（reverse complement)AAAAAUGGCCAUGGGUCCACACGCAGUGAGAUGAAUGCUAGAUCUCACGAGAAAAAAUGGCCAUGGGUCCACACGCAGUGAGAUGAAUGCUAGAUCUCACGAGARNA序列序列u DNADNA序列之间变换序列之间变换u DN

5、ARNA序列之间变换序列之间变换v 分析方法（举例）分析方法（举例）在本地计算机上利用在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析工具进行分析打开要分析序列的文件并打开要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工具的分析工具的“File”栏目选择栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列粘贴序列选择选择被粘贴序列被粘贴序列的名称，在的名称，在“Sequence”栏目点击栏目点击“Nucleic AcidComplete”获得互补序列、获得互补序列、“Nucleic AcidReverse Complete”获得反向互补序列、获得反向互补序列、“Nucleic A

6、cidDNA-RNA”获获得得RNA序列序列在在“Edit”栏目选择栏目选择“Copy Sequence to clipboard (Fasta Format)”将获得的序列粘贴到另一个文件将获得的序列粘贴到另一个文件u DNA蛋白质序列之间变换蛋白质序列之间变换AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAGAAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAG K N G H G S T R S E M N A R S H EK N G H G S T R S E M N A R S H

7、E阅读框阅读框 1K M A M G P H A V R K M A M G P H A V R * * M L D L T R M L D L T R阅读框阅读框 2K W P W V H T Q K W P W V H T Q * * D E C D E C * * I S R I S R阅读框阅读框 3v 分析方法翻译全长分析方法翻译全长DNA序列（举例序列（举例1）在本地计算机上利用在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析工具进行分析打开要分析序列的文件并打开要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工具的分析工具的“File”栏目选择栏目选择“New from

8、Clipboard”粘贴序列粘贴序列选择选择被粘贴序列被粘贴序列的名称，在的名称，在“Sequence”栏目点击栏目点击“Nucleic AcidTranslate Frame 1”获得氨基酸序列获得氨基酸序列分析分析结果结果利用BioEdit软件示例v 分析方法翻译选择的分析方法翻译选择的DNA序列区段（举例序列区段（举例2）在在SRS检索主页（检索主页（http:/srs.ebi.ac.uk）点击）点击“Tools”在在Tool网页网页选择选择“Nucleic ToolsNucleic Translation Transeq”，点击，点击“Launch”在在Transeq网页网页选择阅读框

9、和遗传密码类型，输入编码区，粘选择阅读框和遗传密码类型，输入编码区，粘贴序列贴序列分析分析结果结果选择阅读框 和遗传密码类型v 分析方法翻译选择的分析方法翻译选择的DNA序列区段，显示序列区段，显示DNA和氨基酸和氨基酸序列（举例序列（举例3）在在SRS检索主页（检索主页（http:/srs.ebi.ac.uk）点击）点击“Tools”在在Tool网页网页选择选择“Nucleic ToolsNucleic Translation ShowseqN”，点击，点击“Launch”在在ShowseqN网页网页在在“display format”栏目选择栏目选择“one frame translati

10、on”、选择阅读框和遗传密码类型，输入编码区，粘、选择阅读框和遗传密码类型，输入编码区，粘贴序列贴序列分析分析结果结果序列格式转化序列格式转化 各种软件为了自己的需要，通常对序列格式各种软件为了自己的需要，通常对序列格式有一定的要求，给我们的使用带来了一定的困难。有一定的要求，给我们的使用带来了一定的困难。格式转换软件可以将不同格式数据转换以方便使格式转换软件可以将不同格式数据转换以方便使用。很多综合性软件可以进行序列格式转换，如用。很多综合性软件可以进行序列格式转换，如DNAstar，seqverter等。等。 常见序列格式：常见序列格式：（1）FASTA格式格式： 又称又称Pearson格

11、式。是比较格式。是比较简单而使用最多的序列格式。序列以简单而使用最多的序列格式。序列以“”号开号开头，其后是单行的关于序列的描述信息，最后头，其后是单行的关于序列的描述信息，最后是序列。是序列。 例子：例子： 10KD_VIGUN P18646 vigna unguiculata 10 kda protein precursor MEKKSIAGLCFLFLVLFVAQEVVVQSEAKTCENLVDTYRGPCFTTGSCDDHCKNKEHLLS （2）plain text格式格式 是一个形式最简单的格式，是一个形式最简单的格式，没有任何的注释，每行没有任何的注释，每行60个字母，使用标准核

12、个字母，使用标准核甘酸符号或标准的氨基酸的单字母符号。例如：甘酸符号或标准的氨基酸的单字母符号。例如： MEKKSIAGLCFLFLVLFVAQEVVVQSEAKTCENLVDTYRGPCFTTGSCDDHCKNKEHLLS （3）GCG格式格式 是商业性的是商业性的GCG软件包的专用格软件包的专用格式，例如：式，例如： 1 ggagactttc ctgtcactgg ctactactac tcccaaccct cctcaaagcc gccggagcaa1 ggagactttc ctgtcactgg ctactactac tcccaaccct cctcaaagcc gccggagcaa 61

13、cccccaggtc tttactttac aatcggcaat ttgacttgct ctgctgcatg tctggaggga 61 cccccaggtc tttactttac aatcggcaat ttgacttgct ctgctgcatg tctggaggga121 ccaaggaaag tgtggagacg ctccaaggat taggtgatcg gagcttgaaa agaaaaaaag121 ccaaggaaag tgtggagacg ctccaaggat taggtgatcg gagcttgaaa agaaaaaaag（4）Genbank格式格式 例如：例如：LOCUS A

14、B094638_1 146 bp DNA 13-APR-2006LOCUS AB094638_1 146 bp DNA 13-APR-2006BASE COUNT 38 a 17 c 43 g 48 t 0 othersBASE COUNT 38 a 17 c 43 g 48 t 0 othersORIGIN ORIGIN 1 gttttaatgt gttgccttgg ttgagtggtg aagctggtta gggtagcgtg taaaacatgg 1 gttttaatgt gttgccttgg ttgagtggtg aagctggtta gggtagcgtg taaaacatgg 6

15、1 tgggtagatt aatgctttgt gtcaccatgc cgtttggttc gattaatgta atcataagga 61 tgggtagatt aatgctttgt gtcaccatgc cgtttggttc gattaatgta atcataagga 121 gagaccataa gttatgaata cgcaga 121 gagaccataa gttatgaata cgcaga(5) PIR格式格式DL;OsNIP1-1ATGGCAGGAGGTGACAACAACTCCCAGACCACCAATGGCGGCTCAGGTCACGAGCAGAGAGCCATGGAGGAAGGCA

16、GGAAGCAGGAGGAGTTCGCCGCCGACGGCCAGGGCTGCGGCCTCGCCTTCTCCGTCCCTTTCATCCAGAAGATCATCGCGGAGATCTTTGGGACATACTTCTTGATCTTCGCGGGGTGCGGGGCGGTGACGATCAACCAGAGCAAGAACGGGCAGATCACGTTCCCGGGGGTGGCGATCGTGTGGGGGCTGGCGGTGATGGTGATGGTGTACGCCGTGGGGCACATCTCCGGCGCGCACTTCAACCCCGCGGTGACGCTGGCGTTCGCGACGTGCCGGAGGTTCCCTTGGCGGCAGGTGC

17、CGGCGTACGCGGCGGCGCAGATGCTGGGCGCCACCCTCGCCGCCGGCACGCTCCGGCTCATGTTCGGCGGCCGCCACGAGCACTTCCCCGGCACGCTCCCCGCCGGCTCCGACGTGCAGTCGCTCGTCCTCGAGTTCATCATCACCTTCTACCTCATGTTCGTCATCTCCGGCGTCGCCACCGACAACCGAGCCATCGGGGAGCTGGCAGGGCTGGCCGTTGGTGCAACCATCCTGCTTAACGTGCTGATTGCTGGGCCGATCTCGGGAGCATCGATGAACCCGGCTCGGAGCCTGGGGC

18、CGGCGATGATCGGCGGCGAGTACAGGTCGATCTGGGTGTACATCGTCGGGCCGGTCGCCGGCGCGGTGGCCGGAGCTTGGGCCTACAACATCATCCGCTTCACCAACAAGCCCCTCCGGGAGATCACCAAGAGCGGCTCCTTCCTCAAGAGCATGAACCGGATGAACTCCTCCACCTAA*最新下载最新下载 http:/ *下载后直接安装即可下载后直接安装即可SeqverterPIRKa/KsPhylipphylogenetic treeMSFGeneDocPAUPPAUP tree construction序列翻译、序列翻译

19、、ORF查找查找 对于一条新的核酸序列，除了对数据库进行类对于一条新的核酸序列，除了对数据库进行类似性检索和同源性比较外，还有许多其他分析内似性检索和同源性比较外，还有许多其他分析内容。例如：计算容。例如：计算DNA的碱基组成、检索内部重复的碱基组成、检索内部重复序列、检索序列、检索DNA的特殊位点或信号、开放读框的的特殊位点或信号、开放读框的查找、鉴定查找、鉴定DNA的编码区和翻译基因序列等。的编码区和翻译基因序列等。 基因编码区是指可以由核糖体翻译成蛋白质的序列，基因编码区是指可以由核糖体翻译成蛋白质的序列，它的它的5端有转录和翻译的起始位点，端有转录和翻译的起始位点，3端有终止位点。基端

20、有终止位点。基因的起始位点通常是因的起始位点通常是ATG，终止位点为，终止位点为TAA、TAG、TGA。 一个起始和终止密码子之间的序列称为一个开放阅读一个起始和终止密码子之间的序列称为一个开放阅读框（框（Open Reading Frame，简称，简称ORF），它是一个潜在），它是一个潜在的蛋白质编码区。的蛋白质编码区。序列翻译、序列翻译、ORF查找查找Generunner http:/ finder /gorf/gorf.htmlGetorf http:/cbi.labri.fr/outils/Pise/getorf.htmlPlotor

21、f http:/bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/plotorf.htmlBestORF http:/ http:/ 序列编辑与类似序列查找、建立自己的序列数序列编辑与类似序列查找、建立自己的序列数据库进行查找、序列比较、序列翻译、蛋白序列据库进行查找、序列比较、序列翻译、蛋白序列分析等，还包括分析等，还包括DNA分析常用到的一些功能，如分析常用到的一些功能，如碱基百分组成、分子量计算等。碱基百分组成、分子量计算等。Generunner /gorf/gorf.htmlORF finder输入序列输入序列

22、在在Enter GI or ACCESSION 后面的框中输入公共序列后面的框中输入公共序列的的gi号或号或ACCESSION号号在在or sequence in FASTA format 后面的框中输入完后面的框中输入完整的序列整的序列设置序列范围设置序列范围 在在FROM: TO: 后面的框中输入进行后面的框中输入进行ORF查找的序列范围查找的序列范围Genetic codes 可以选择采用何种遗传编码可以选择采用何种遗传编码按按OrfFind 按钮即可执行按钮即可执行http:/cbi.labri.fr/outils/Pise/getorf.html根据预测结果，同时参考序列比对(bla

23、stx)结果。一般选择最长的ORF可选择特异的物种限制性内切酶分析限制性内切酶分析 每一种限制性内切酶都有特定的DNA识别顺序，并且呈回文排列。确定确定DNA酶切位点是基因操作的必不可少的步骤酶切位点是基因操作的必不可少的步骤:(1)在进行限制性片段长度多态性（在进行限制性片段长度多态性（RFLP）和）和cDNA扩增片段长扩增片段长度多态性（度多态性（cDNA-AFLP）分析时，试验前要对所有目的基因进）分析时，试验前要对所有目的基因进行限制性核酸内切酶酶切的理论分析，初步确定条带的长度和多行限制性核酸内切酶酶切的理论分析，初步确定条带的长度和多态性；态性；(2)在基因克隆时，要对目的基因片段

24、和载体进行酶切分析，以在基因克隆时，要对目的基因片段和载体进行酶切分析，以选择适当的限制性核酸内切酶对克隆位点进行酶切；选择适当的限制性核酸内切酶对克隆位点进行酶切；(3)可以通过序列分析，预测酶切位点的位置和酶切位点的特征。可以通过序列分析，预测酶切位点的位置和酶切位点的特征。 因此DNA序列分析软件包大多整合有检索酶切位点的程序。这些程序附带一个酶切位点的数据库文件，根据这个文件对序列作酶切位点的查找。限制性内切酶分析常用工具限制性内切酶分析常用工具 常用的软件有常用的软件有BioEdit，DNAstar， DNAssist， DFW 2.21， Generunner， DNAMAN，Ve

25、ctor NTI，BioXM等。等。 在线网站如在线网站如http:/www.in- 等等 限制性酶数据库（限制性酶数据库（restriction enzyme database，REBASE）。）。REBASE数据库的网址为：数据库的网址为：http:/ 该数据库提供了限制性核酸内切酶的各种信息，包括甲基化该数据库提供了限制性核酸内切酶的各种信息，包括甲基化酶、相应的微生物来源、识别序列位点、裂解位点、甲基化特酶、相应的微生物来源、识别序列位点、裂解位点、甲基化特异性、酶的商业来源以及参考文献等，但该数据库不提供酶切异性、酶的商业来源以及参考文献等，但该数据库不提供酶切图谱。图谱。 酶切结果

26、提供了限制性核酸内切酶的名称、内切酶识别序列、酶切位点和同一内切酶的酶切次数。 将所要分析的DNA序列输入方框中再点击“Get list of restriction enzymes”就可以得到下图的结果。限制性核酸内切酶酶切位点分析示例限制性核酸内切酶酶切位点分析示例http:/insilico.ehu.es/restriction/one_seq/u 分析方法（举例）分析方法（举例）在本地计算机上利用在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析工具进行分析打开要分析序列的文件并打开要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工具的分析工具的“File”栏栏目选择目选择“Ne

27、w from Clipboard”粘贴序列粘贴序列选择被粘贴序列的名称，在选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击栏目点击“Nucleic AcidRestriction Map”分析分析结果结果在在“Create Restriction Map”页面中选择限制性内切酶种类、选页面中选择限制性内切酶种类、选择阅读框等后点击择阅读框等后点击“Generate Map” 从原理来说，引物的设计和分析并不是从原理来说，引物的设计和分析并不是DNA序列分析序列分析的一个基本方法，但是在分子生物学研究中常常需要用的一个基本方法，但是在分子生物学研究中常常需要用到。主要介绍针对到。主要介绍针对

28、PCR的引物设计。的引物设计。引物设计引物设计u 确定确定PCR产物片段大小产物片段大小u 确定引物所在区段确定引物所在区段u 确定引物序列的长度范围确定引物序列的长度范围u 确定引物确定引物Tm（melting temperature）值范围）值范围人们总结出来的引物设计的标准有：人们总结出来的引物设计的标准有：引物的长度通常为引物的长度通常为20-30个碱基个碱基引物避免有发卡结构引物避免有发卡结构引物避免有彼此之间的互补配对引物避免有彼此之间的互补配对两个引物之间避免有类似序列两个引物之间避免有类似序列引物的特异性：引物的特异性：引物与核酸序列数据库的其他序列无引物与核酸序列数据库的其他

29、序列无明显类似明显类似引物引物5端能加上合适的酶切位点端能加上合适的酶切位点。添加酶切位点是将。添加酶切位点是将 PCR产物进行亚克隆使用得最多的手段。产物进行亚克隆使用得最多的手段。引物组成均匀引物组成均匀，避免含有相同碱基的多聚体，两个引，避免含有相同碱基的多聚体，两个引物的物的GC含量近似含量近似引物引物3端的碱基，特别是最末及倒数第二个碱基，应严端的碱基，特别是最末及倒数第二个碱基，应严格要求配对格要求配对，以避免因末端碱基不配对而导致，以避免因末端碱基不配对而导致PCR失失败。败。 引物设计引物设计 可见，引物设计包含可见，引物设计包含序列组成的计算、序列对序列组成的计算、序列对DN

30、A序列数据库的类似性检索、两个序列的比较、序列数据库的类似性检索、两个序列的比较、碱基互补配对和发卡结构分析以及酶切位点检索碱基互补配对和发卡结构分析以及酶切位点检索等基等基本的本的DNA序列分析过程。事实上，许多序列分析过程。事实上，许多PCR引物设引物设计程序会略过或简化上述的某些过程。计程序会略过或简化上述的某些过程。Primer Premier 5.0下载下载http:/ 执行安装程序即可执行安装程序即可 *下载的为下载的为demo版，只能对它的示例序列进行操作版，只能对它的示例序列进行操作在在C盘下找到盘下找到WIN.INI，将，将vspace=DU改为改为vspace=PU便便可以

31、使用全部功能）可以使用全部功能） 功能功能可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单。非常简单。Primer Premier 5.0其他引物设计软件：其他引物设计软件： 引物长度引物长度20-30个，最好不要超

32、过个，最好不要超过30个；个； Tm=（A+T）X 2+（G+C）X 4，退火温度为，退火温度为Tm-7 G+C%=40-60% 5、3 引物退火温度最好相等；引物退火温度最好相等； 最好不要出现四个及以上相同碱基相连的现象；最好不要出现四个及以上相同碱基相连的现象； 引物的最后一个避免为引物的最后一个避免为T。实际引物设计采用的几条原则实际引物设计采用的几条原则u 分析方法（举例）分析方法（举例）采用采用Primer3（/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi）软件进行分析）软件进行分析在在Primer3的网页粘贴序列，修改

33、参数的网页粘贴序列，修改参数分析分析结果结果RNA二级结构分析二级结构分析 无论是无论是mRNA、rRNA还是还是tRNA，它们的功能最，它们的功能最终是由它们的折叠结构来决定的终是由它们的折叠结构来决定的，尽管这种折叠的，尽管这种折叠的结构依赖于它的序列，但是它不仅仅由序列来确定。结构依赖于它的序列，但是它不仅仅由序列来确定。研究研究RNA空间结构对了解空间结构对了解RNA功能、开展基因工程功能、开展基因工程和探索与和探索与RNA有关的生命现象等有着重要的意义。有关的生命现象等有着重要的意义。但是，但是，RNA分子降解快，其晶体难以获得。分子降解快，其晶体难以获得。当前准当前准确测定确测定R

34、NA折叠结构还有赖于折叠结构还有赖于X射线衍射技术，但射线衍射技术，但是是很难获得很难获得RNA分子晶体分子晶体，所以测定的结构非常少。，所以测定的结构非常少。因此，人们希望能因此，人们希望能通过通过RNA的序列来预测其结构的序列来预测其结构，首先是二级结构。首先是二级结构。 RNA二级结构预测方法 1960年，Fresco等提出了第一个RNA二级结构预测方法，论述了RNA二级结构基本特征和预测原理。此后，各种RNA二级结构预测方法不断涌现。 4种典型的预测方法 Nussinov的碱基最大配对方法的碱基最大配对方法 改法的原理是通过求出改法的原理是通过求出RNA分子中的最大氢键数，以预测具有最

35、大碱基配对的分子中的最大氢键数，以预测具有最大碱基配对的RNA二级二级结构。结构。 Zuker极小自由能法极小自由能法 这是所有这是所有RNA二级结构预测方法中影响二级结构预测方法中影响最大的一种算法，目前开发的序列分析软件包中有许多基于最大的一种算法，目前开发的序列分析软件包中有许多基于该算法的预测模块，如该算法的预测模块，如GCG中的中的FOLD模块、模块、PCGENE中的中的RNA二级结构预测模块、二级结构预测模块、PCFOLD系统等。该算法主要分两系统等。该算法主要分两步：第一步计算所有子序列的最低自由能并填充相应矩阵，步：第一步计算所有子序列的最低自由能并填充相应矩阵，第二步根据矩阵

36、，采用递归方法找出序列的二级结构。第二步根据矩阵，采用递归方法找出序列的二级结构。 螺旋区组合类方法螺旋区组合类方法 该法用于该法用于RNA二级结构预测二级结构预测时，首先给出螺旋区列表，然后根据此结果对螺时，首先给出螺旋区列表，然后根据此结果对螺旋区进行堆积。旋区进行堆积。 基于多重序列比对的基于多重序列比对的RNA二级结构预测二级结构预测 该方法该方法的原理基于来自不同生物的同源的原理基于来自不同生物的同源RNA分子具有相分子具有相似的一级结构和二级结构，这种信息对构建某一似的一级结构和二级结构，这种信息对构建某一类生物的类生物的RNA二级结构模式具有重要意义。二级结构模式具有重要意义。

37、RNA分子通过分子内的碱基配对而折叠，碱基对的分子通过分子内的碱基配对而折叠，碱基对的氢键以及它们形成的局部螺旋的堆积力起着稳定的作氢键以及它们形成的局部螺旋的堆积力起着稳定的作用，即降低折叠结构的自由能。用，即降低折叠结构的自由能。RNA中能形成的碱基中能形成的碱基对包括对包括GC，AU、GU，他们分别有，他们分别有3个，个，2个，个，和一个氢键。分子的螺旋区形成茎（和一个氢键。分子的螺旋区形成茎（stem），那些不），那些不构成互补配对的单链碱基形成环（构成互补配对的单链碱基形成环（loop）。因此，预）。因此，预测测RNA二级结构的一个很自然的方法是二级结构的一个很自然的方法是寻找最大数

38、目寻找最大数目的碱基配对和计算的碱基配对和计算RNA分子的最低自由能分子的最低自由能。 RNA二级结构预测及分析软件二级结构预测及分析软件 /applications/mfold/ MFOLD ：这是一个私人建立的网站，有多个版本，含有众多RNA结构站点的超链接，内容主要集中在RNA二级结构预测理论和软件上，如RNAstructure工具软件，也可以将序列提交给MFOLD服务器来完成。Rnastructure最新下载最新下载/rnastructure.html*下载后直接安装即可下载后直接安装即可Rnastructure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将根据最小自由能原理，将Zuker的根据的根据RNA一级序列预测一级序列预测RNA二级结构二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块实验室获得。提供了一些模块以扩展以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友算法的能力，使之为一个界面友好的好的RNA折叠程序