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文档简介

1、PCR引物设计软件引物设计软件primer Premier 5.0 运用简介运用简介温州医学院附属第一医院检验科温州医学院附属第一医院检验科陶志华陶志华一. 引物设计的根本原那么 引物长度primer length 产物长度product length 序列Tm值 (melting temperature) G值(internal stability) 引物二聚体及发夹构造 duplex formation and hairpin 错误引发位点false priming site 引物及产物GC含量composition 1. 引物的长度 普通为15-30bp，常用的是18-27bp，但不能大

2、于38，由于过长会导致其延伸温度大于74，即Taq酶的最适温度2. 引物3端的序列 引物3端的碱基普通不用A，由于A在错误引发位点的引发效率相对比较高 引物间3端的互补、二聚体或发夹构造也能够导致PCR反响失败 3. 引物的GC含量 普通为40-60%，过高或过低都不利于引发反响。上下游引物的GC含量不能相差太大。4. 引物所对应模板序列的Tm值 最好在72左右5. G值(自在能) ， 反映了引物与模板结合的强弱程度。普通情况下，引物的G值最好呈正弦曲线外形，即5端和中间G值较高，而3端G值相对较低6. 引物二聚体及发夹构造的能量 普通不要超越4.5，否那么容易产生引物二聚体带而且会降低引物浓度从而导致PCR正常反响不能进展二. Primer Premier 5.0 引物设计软件简介 Primer Premier 5.0用途： 引物分析评价功能； 引物的自动搜索功能 Premier的主要功能：Premier 的主要功能分四大块， 其中有三种功能较常用，即引物设计()，限制酶切点分析()，基元查找()。另个功能是同源性分析（） ，并非Premier 的特长，

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