Q91ZN7 基因生物分析

1、编号 名称 网址 主要功能1 ProtParam http:/ /webexpasyorg/protparam/ 对蛋白质理化性质的预测2 NCBI http:/ /wwwncbinlmnihgov/gorf/orfigcgi 分析并找到序列的 OF 区3 NCBIhttp:/ /wwwncbinlmnihgov/Structure/cdd/wrpsbcgi 保守结构域预测http:/ /blastst- vancbinlmnihgov/Blastcgi 氨基酸序列相似性分析4 PSOT 7 http:/ /psorthgcjp/formhtml 亚细胞定位预测5 SignalP 8 http

2、:/ /wwwcbsdtudk/services/SignalP/ 信号肽预测6 TMHMM 9 http:/ /wwwcbsdtudk/services/TMHMM/ 跨膜结构域预测7 ProtScale http:/ /webexpasyorg/protscale/ 亲水性/疏水性分析8 KinasePhos 10 http:/ /kinasephos2mbcnctuedutw/indexhtml 激酶磷酸化修饰位点分析9 ProtFun 11 http:/ /wwwcbsdtudk/services/ProtFun/ 蛋白质功能预测10 PSIPED 12 http:/ /bioinfc

3、suclacuk/psipred/ 蛋白质二级结构预测2.1 F1MEY1 基因序列2.2Q91ZN7氨基酸一级结构及理化性质预测通过 ExPASy ProtParam 在线预测 Q91ZN7基因编码的氨基酸序列的组成成分和理化质。结果显示这2430个氨基酸原子组成式为C2430H3822N668O708S22共7650 原子， 相对分子质量为165453.8 Da。其带正电荷氨基酸数目(65)大于其带负电荷氨基酸数目61，偏酸性。Q91ZN7在280 nm 的波长下的消系数为 71890MM1·cm1 ， 其半衰期为 30小时， 不稳定系数分值为41.45， 大于40， 推测此蛋白

4、质结构不稳定。.3 Q91ZN7 信号肽预测根据 Signal P41 Server 软件预测Q91ZN7 信号肽的结果如表 2 所示。其中 C 代表剪切位点的记分， 越高表示出现剪切位点的可能性就越大。S 表示信号肽记分， 高分位置表示相应的氨基酸位于信号肽部分概率较大， 低分位置表示位于成熟蛋白部分。Y 是基于 C 和 S 的综合记分， 通常被视为最理想的剪切位点， 具有最高的 C 值， 同时又是 S 值由高转低的位点。D 记分值是 S 和 Y 的加权平均值。ELOVL7 的 C、 S 和 Y 的最高得分分别为 0、32、 0.82和 0.33， 均远低于 05， 因此可以推测出 Q91Z

5、N7 基因所编码的蛋白不存在信号肽。根据信号肽假说，可以推测出此蛋白不是分泌蛋白。表2 Q91ZN7 信号肽预测指标 位点 分值 Max C 22 0.32 Max Y 22 0.33 Max S 2 0.82Mean S 1-21 0.48 D 1-21 0.43.4 Q91ZN7保守结构域预测通过 NCBI 保 守 结 构 域 数 据 库 ( ConservedDomainDatabase， CDD)， 分析 Q91ZN7 中的保守结构域， 结果显示 Q91ZN7 只含有 1 个属于 GNS1/SU4家族的保守结构域(见图2)。 2.6Q91ZN7跨膜结构域预测和分析 跨膜结构域是膜内在蛋

6、白与膜脂相结合的主要部位，它固着于细胞膜上起锚定作用， 一般由 1641个左右的 疏 水 氨 基 酸 组 成。通 过 Expasy 软 件 中 的TMHMM Server v 2 0 工具预测Q91ZN7基因的跨膜螺旋区(见图 6)。预测结果显示， Q91ZN7基因氨基酸序列中不存在跨膜螺旋区， 蛋白质整体1476个氨基酸残基全部在膜外， 为非跨膜蛋白。27 Q91ZN7亲水性/疏水性分析通过 ExPASy ProtScale 在线软件， 对 Q91ZN7氨基酸序列的疏水性/亲水性预测结果如图 4， 通过分析发现， 在整条链中， 最高的分值为 4.500， 为排在位的ILe， 代表其疏水性最强

7、;最低的分值为 -4.500， 为排在 123 位的Arg， 代表其 亲 水 性 最 强。 GAVY ( Grand average ofhydropathicity)值为 0。GAVY 是测蛋白质的亲疏水性标准， 其定义为序列中所有氨基酸亲水值的总和与氨基酸数量的比值，通常 GAVY 值分布在 2 至 2 之间， 负值越大表示亲水性越好， 正值越大表示疏水性越强另外从整体看整条肽链的疏水性氨基酸残基多于亲水性氨基酸残基， 因此可以推测出Q91ZN7 是一种非溶性蛋白。28 Q91ZN7 激酶磷酸化修饰位点分析 蛋白质的磷酸化则是指在蛋白激酶催化作用下把 ATP 或 GTP 的磷酸基转移到底物蛋白质氨基酸残基的过程。蛋白质链的磷酸化一般只发生在丝氨酸( serine， S)， 苏 氨 酸 ( threonine， T) 或 酪 氨 酸(tyrosine， Y)这三个残基上。通过 KinasePhos 网站预测， 结果显示 Q91ZN7 有0个丝氨酸激酶、0个苏氨酸激酶和0个酪氨酸激酶潜在磷酸化位点。210 Q91ZN7二级结构预测蛋白质的二级结构是指多肽链主链骨架盘绕折叠而形成的构象， 借氢键维系。主要有 螺旋、 折叠、 转角、 无规卷曲。3结论：本研究通过生物信息学手段， 系统地研究了野猪Q91ZN7基因及其编码蛋白质的特征， 为野猪脂肪酸调控网络提供理论依据。Q91