Blast结果的详细解析

1、Blast结果的详细解析Posted on 2009 年 7 月 9 日 by boyun 要使用程序对blast结果进行解析、分析，就必须对BLAST的结果形式有深入的了解，本篇文章将向你详细说明Blast结果的数据结构，供参考。这里的指的是blast默认的结果，也是我们应用最多的结果。. 结果文件的结构一个BLAST的结果文件，大致结构如下：每个blast结果文件都以固定的header开头，里面包含了BLAST程序名称，版本与Reference信息。接下来包含一个或多个Query，每个query包含以下内容：Query informationSequences producing sign

2、ificant alignmentsSubjectsQuery information是对一个query 序列的基本信息描述，Sequences producing significant alignments是对所有subjects的简要list。每个subjects是query序列在数据库中比对上的一条序列。. HEADER每个blast结果文件都以固定的header开头，里面包含了BLAST程序名称，版本与Reference信息。blast结果解读-header. QUERY每个blast结果文件包含一个或多个Query，每个query包含以下内容：Query informationSe

3、quences producing significant alignmentsSubjectsblast结果解读-Query. QUERY INFORMATIONQuery information是对一个query 序列的基本信息描述。该部分包括 Name：Fasta序列对于序列描述的部分（见本文档section1.2部分说明）l Accession：接收号，或者locationl Description：序列描述l Length：序列的长度l Database：用户使用的数据库信息l. SEQUENCES PRODUCING SIGNIFICANT ALIGNMENTS该处的信息是所有su

4、bjects的简要list。blast结果解读-subjects list. SUBJECTS每个subjects是query序列在数据库中比对上的一条序列。每个subject部分包括 Subject序列信息l 一个或多个alignmentl. SUBJECT序列信息Subject序列信息包括该序列的： Name：Fasta序列对于序列描述的部分l Accession：接收号，或者locationl Description：序列描述l Length：序列的长度lBLAST-subjects. ALIGNMENT一个query序列和一个subject序列的比对结果，可能是一个或多个alignme

5、nt，每个alignment包括如下信息，其中strand，frame和positives三项，随着所用blast程序的不同而有变动： Score：281l Expect：2e-54l Percent_identityl Identitiesl bits ：110l Lengthl Mismatches= Length Identitiesl Gaps：为空时，Gaps=0l Strand （blastn）l Frame （blastx，tblastn，tblastx）l Positives (blastp, blastx，tblastn，tblastx)l Query_startl Query_endl Subject _startl Subject _endlBLAST-subjects. 数据结构总结比对结果分三个层次Query下面有一个或者多个Subject，一个Subject下面有多个Alignments。Query 从“Query=” 开始到下一个 “Query=”或者文件结束Subject 从“>”开始到下一个“&g