gromacs5x教程

1、这是从官网的教程完成的任务（gromacs5.x tutorial），按照官网的步骤完成的。 注意的是不能随便的复制粘贴贴，不然很多时候会出现input error 的，因为 这可能是你忘记下载对应的文件了，有几个mdp文件要进行下载的，比如ntp.mdp。 点击官网的教程里面的链接可以直接打开对应的文件，复制对应的内容到编辑器 另存为对应的文件就行了，改名的话自己看改，建议不改。下面是gromacs tutorial的全部命令gmx pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce然后选择15 也就是OPLS-AA/L这个。命令大概是

2、-f引入文件，-o输入文件，后面-water是选择水分子。第二页是用vi命令查看文件的，查看里面的情况，可以跳过，提醒一下vi中q!是强制退出不修改，wq是保存退出。查看的话建议用：q!gmx editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic 这是用editconf命令，同样有引入和输出步骤，输出新的盒子，-C大概是表示中心，-d是最小的距离，-bt是盒子的类型gmx solvate -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.

3、top 这一步大概是往我们新建的盒子里面填充东西，-p是输出拓扑文件，具体看官网的英文内容gmx grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 注意了，这里的ions.mdp是需要自己编辑的，也就是自己写入，从官网复制内容后进行编辑保存。否则会提示输出错误或者文件找不到。gmx genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 8 这也算先引入文件，然后生成文件，你会发现topol.top会经常使用，后面是加离子，

4、为了平衡呗gmx grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr 这里又有一个新的文件（minim.mdp）需要动手敲上去了。里面的参数从官网copy下来。输入em.tpr能量文件gmx mdrun -v -deffnm em gmx energy -f em.edr -o potential.xvg 输入"10 0"生成图像了，用xmgrace命令可以查看这个potential.xvg图像，远程就别想看了，都是曲线gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topo

5、l.top -o nvt.tpr 这里又一个要动手的文件来了gmx mdrun -deffnm nvt gmx energy -f nvt.edr -o temperature.xvg这里输入"15 0"注意空格，选择温度就行了。gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr这里的npt.mdp需要手动建立，内容在官网找gmx mdrun -deffnm npt 是不是发现有点规律了，这就对了！gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg 曲线图又要出来了，

6、这是"16 0"gmx energy -f npt.edr -o density.xvg上面的感觉不行，然后重新选择，注意了，这回不是按照官网的，不然不行哦，这回自己看density在哪里了，好像是"20"然后输入0进行终止gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr 嗯！这里的md.mdp也要自己找，自己弄gmx mdrun -deffnm md_0_1 感觉有规律就对了Estimate for the relative computational load

7、of the PME mesh part: 0.25这可不是命令了，这是说明，虽然官方显示是代码命令，反正错过就懂了。这一页后面的那几个命令是另一个gromacs版本的，不用理会，不然会报错，我的选择的跳过gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact 这是Analysis阶段，这一步选择0（"System"）gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns 同样是输入输出，但是意义可是不一样的，具体看官网的文档。这里选择"Backbone"gmx rms -s em.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd_xtal.xvg -