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文档简介
1、NTSYS-PC使用说明1、生成矩阵:在excel按如下规则输入数据,A1=1表示有带记为1,B1=13表示扩增的总条带数, C1=7表示样本数,D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示引物名称。见下图:输入完毕后,将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘。2、生成系统树:打开NTSYS-PC程序,点击similarity出现如下界面:再点击Qualitative data,出现下面的界面:点击input file,打开生成的excel文件,点击out file起一个文件名(假设叫A),然后点击compute按钮。继续点击cluster
2、ing,出现下面的界面, 再点SHAN,出现如下界面:点击input file,打开文件刚才保存的文件111,点击out file起一个文件名(假设叫222),把In case of ties改为Find,然后点击compute按钮。计算完成!点击input file,打开文件A,点击out file起一个文件名(假设叫B),然后点击compute按钮。然后点Graphics再点tree plot,出现下面的界面:点击input file,打开文件B,然后点击compute按钮,就会出现聚类图。3、生成遗传相似度表:点File中的Edit file,打开文件A,再点compute按钮,就会得到
3、遗传相似度表。这个软件的功能很强大,但我也只会做聚类图和遗传相似度,如果其他朋友还会使用其它功能,请多交流。缺失数据可用999代替,写在列的后面,软件就可以识别了TREE plotDisplays a tree matrix (such as produced by the SAHN module) or the NJOIN module. The algorithm used to convert a tree matrix into a dendrogram display is given in Rohlf (1975a). A generalization of this proced
4、ure is used to plot a tree with different heights for each OTU.The tree is displayed only a page at a time. The number of OTUs per page can be changed by either opening the plot options window or by pressing the + or - keys. The current page to be displayed can be selected either from the plot options window or by pressing the z and x keys.<Parameters> Progr
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