序列比对,构建进化树

1、1从NCBI上下载某个基因在其他物种的序列比如，下载caveolin基因在其他物种的序列C NCBINational Library of MedicineNational Institutes of HealthPubMedAll DtabasesBLASTOMIMBooksTaxBrow&er StructureI Search Nuclectide for ceveolinGoNCBI 地址：/NCBI Web SiteHot SpotsSITE M/ Alphabet! Resourcedoes NCBI do?PubMed

2、ProteinAbout NAn introdi 忖CBIGenBarNucleotidsEST"“GSSStructure Genome Booksed in 1988 as a national resource for r biolog'/information, NCBI creates t日bases. conducts research in icnal biolog认 develops software analyzing genome data, and ates biomedical information - all for Tin dAm tandinn

3、 nf mnlAculAr Clusters of ortholoqous groups# Coffee Break,Genes & Disease, NCBI Handbook在search一栏的下拉列表中选择Nucleotide,for后面的一栏中输入自己要查询的基因。完毕，点 击 GO 确 认可 得 到下 结 果每一条记录分别是某个物种的caveolin的序列，以第10条记录为例，10： NM 001753ReportsOrder cDNAclone, LinksHomo sapiens caveolin 1, caveolae protein, 22kDa (CAV1 mENA

4、g|l 5451855|refmCOO 1753.3| 15451855L：1 . . 1 ：-；称为GenBank登录号'儿卞-为拉丁文的人类的字母，表示物种, w:一-表示基因名称（caveolin基因家族共有3个主要基因，分别称为 1，2，3）mKNA表示此序列为cDNA,不含内含子。F图中的NEXT表示翻页，查看剩余的记录。DisplaySummary»Show20 *Sort By -Send toItems 1 - 20 of S31of 27 NestPage 1打 开 第 10 条 记 录 可 看 到 下 图Format; GeriBank FAS建 Grap

5、hdw More FormatsTNCBl Reference Sequence- MV1_001753.3Homo sapiens caveolin 1. caveolae protein. 22kDa (CAV1). mRNACorriniEritF 已自 tur股&3旳11即“LOCUS DEFINITIOM ACCESSIOM VERSION KEYWORDS SOURCE 0RSANI5MNTI_0017532704 bp>RNAlineaxPRI 12-APR-2009Hoao sapiens caveolin 1 caveol&e protein, 22kD

6、a (CAV1)mRNA. 0_001753NhciM7533 SI; 15451355Hcao sap 1 ens (human)Homo sauiensEukaryota; Hetazo且；Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostoni; H&uualia； Eutheria； Ettatchontoelites； Ptiaates; Hap丄orrliini; Caratrhini; Hominida亡；Homo.EEFEREMCEAUTHORS1 (bases 1 to 2704)LufQ., Zhan,J.T AllisonR.f G

7、ayH.r Yang,U.X.y Ehowaick,N.A.f fi;elix7(?. j ShappeLl and ChenYrli,TITLEIdentification of extracellular 吐皀Lts-catenin accumulation for prostate cancer detectionJOURNALPUEMEDREMARKProstate 69 (4), 41L-4L3 (20Q刃19116986GeneRIF: In prostate cancer 亡m丄JLs in culture, delta-catenin was co-localized inti

8、i caveolinl and CD59, sugg-esting its potential excretion into extr.acellular milieu through exosone/prostasom.e associated pathways.FEFERENCE AUTHORS2 (bases 1 to 2704)SotgiaF., Del Galdo,F., CMimiro,M, fianuccelliTG*, Mercier,1*,现在你需要保存下来得就是上面的这一串（碱基）核酸序列。复制黏贴（包括上面表示顺序的数字）至U TXT文本中备用。出现下图打开 DNAMAN

9、 软件，左上角点击 file-new可以把先前从 NCBI下载的序列（保存到TXT文本中得）复制到箭头指示处，得到:邂 DNAMAN - DNAMAN?File Edit Sequence Restriction Primer Protein Database Info View WirdowNewOpen.H.Op 即 SpecialCloseSave5avetccaagcatc ccttvgccca gaaagaagat. gggggaggagSend MallPrirtn-print PreviewPage Setup.Ctrl+Praaaag匸attt匸get ggaataagtt c

10、aaattcttcacctgagtcg tacagaaagic tgcctggtat匸gaactcaaaatccaaaajgc1 barrio sapiens caveolin 12出对j ducav目的段色藹子CMl目的段accaattgt-gattc tgcrtttggg gact-tttct-tact匸段匕tyga. actctgcttg si匸tt-ttgcct&cctgtt.acctact-ttgact ttttgcsitt-taaaccttcagcttccagrctaaaacagaca13141516172401 tatagttttei&匸acttttta2461

11、aatgtaaagactttgtgatt2521 caatctgtaaagtccctcat25S1 gcaaatcaatata匸&匸匸匸匸&26叱1 caatcttttacttttaaactacttgtatttactggtccagtgtacataa etgaaaatgttttatatgaa gaaaatcactccaagacatg tctgttctecaaagattget gaaatttcatcccgtaaag ttacaagcct并按照上图左上角file-save as（注意此文件得保存名称为保存的此物中得名称DNAMAN软件中seq序列格式的保存方法。getataetget

12、aggaaeitggatagatgettaegettaetggcacaataaa），已上是18按照 1，2，3 得顺序依次打开，得到下图2序列编辑和比对（DNAMA软件）你们实验PCR得到的序列只是某个基因上的一部分， 所以为了进行不同物种间的比对, 要把下载下来的其他物种的某个基因的序列进行删减，以使两段基因是大约相同长度的片段进行比对。以人类 caveoli n1 基因为例说明一下DNAMANFile EditBestrlction Primer Prob&in Database Info View Window Help2345678910111213点击上图中的1，你会得到下图

13、，点击 2是清楚所有刚才选进比对的序列（为了重新选择序 列），3是有选择的删除某个序列。打开。再点下图中得确定键。图OutfiuillidmnUi如二 fl 1.95% 旳mw2S0303103£03 卸340350MO3703S0和 04! cavca 1±tl 1f aavl目的民匚 aiL3CTL3UJUTMgHAAATMGTWCTCMJLGCGJLCATeTC 丁心WGTTC0T<XGGG斗rw騎畑acngggcsacatQt-ajc-aAgccc-&anacEika c Hgocaga gg匸tg ur aagJlCJlGGGCAACAICTACAA

14、KCCIJlCIICA AClGGGCAJLCA-KTACjLAGCeCllCJLXCl当然，把你的所有准备的序列保存好以后，从查找范围这个下拉列表中寻找你要比对的序列。可以按住Ctrl点击你要比对的几个序列（同时选中）选完点击Multiple AlignmentMethod fast Alignment Optimal AlirunentOptimd. Allgmii«ntQuput srder* Full Aligrmient* InputAliProfile AllgxdnentTypeTranslationHew Sequencee on Pro-£FroteiFa

15、st AllFast Ali gnment II E1TAFile： 2Segueiv:电；2File :C : VfiocujTients :arid Se：ttiriL£sAdnriiikL stAddC MJocumftnts SettingsXAditinistEeiiiove凰】Selected7 Lad entire file if format确定取消帮助得至U下，然后打开你保存的seq格式的找好这两个物种重合的那个核苷酸的序号（前后两段都是）序列，数出刚才比对重合部分的后端的碱基数，把这个碱基后面的序列删掉，再用此方法把比对重合部分前段得序列删掉，保存。注：此处比对得

16、两个序列一个是你实验得到的基因序列，另一个是从NCBI下载的其他物种的序列， 一般情况下你试验得到的测序序列会短于下 载的其他物种的序列，所以要在这里进行下载的序列的编辑。把你已经编辑好的序列按照上述比对方法（用你的实验得到的序列和同基因在其他物种的序列（并且是你已经掐头去尾编辑过的）两两比对，可以得出某个基因在两两物种之间的同源性）如下图：Outputasvl目的氐椭圆中的数字就是某基因在两个物种间的同源性。是：打的方法http:/www. ncbi. nlm. /另一种获得两物种某基因之间同源性 开NCBISITE MAPAlphabetical ListResource G

17、uide What does NCBI do?HotEstablished in 1988 as a national resource for molecular biology information, NCBI creates Cluster ortholagoV NCBINational Librarv of Medicine¥National Institutes ofPubMed All DatabasesBL/3TMIMBo 口 ksTaxBrowser1 Search All Databases forGo|Choose a BLAST pro gram to run

18、iho忆iu hl"或blast ，Basic BLASTSearch a nucleotide database using a nucleotide queryAlgorithms' blasln, rmegablat, discontiguousSearch ixatein database using a piotin queryAlgorithms, blastp, psi-blast.卩hi-blast r .f n.'db n >Ln v n 4* ： is . jn鼻 l. tn l” u n a. m II ”p斗 >rx> .1

19、nx s.1 un> <n< 臺JI点击箭头指示处在1空白处黏贴上你的测序序列，2处选中，点击下面的blast“ Low complexity regions 址Species-specific repeats for Human 嗚MaskMask for lookup table only 越 /BLA>T )Search database nr using Mab 1 asr(0ptimize f(Show results in j nev* window你将得到一个你测序序列与多个物种间某个基因的同源性。如下图:Lfigmd for links to> o

20、lher fesourceg Q (OiGgne Ol GEO EDI Gene； B SthjetiMe 仙 Map ViewerDRrrlHiQniMum 暑匚oreTotalEOCTA<|E-E walme"Mam iia%nE:Llinks |U315B2.1Chickem c-aveolin mRNA5M100%Lfl-15794%EE 1XM 002192:346.1PREDICTED: Taefiiopyqis quttta simil-sr to cawodiri 1 (LOC1DD22D：52734帕2ft-14697%EfiUZHMdFoscicul尹i*

21、b嘗oin cQNA cIqti OmgA 11145 wimilpr* M hunt42§100%fte-Lld07%囚XM 001101323.1PREDICTED: Macac* mulrtt* wiilrto CavMlin-1. frwscxipt 丫胡刨100%&e-llriiE九rmXM Q011Q1417 JPREDICTED； Maca&a mulMta s-milar t& Caveclin-l. trwswirt v«riai4Z5100%&V416XM 001101509,1PREDICTED; M-scaca mul

22、lt-a snnil-ar to C-aveulin-li tramsorip: vari-ai425100%&9-11607%Z12161.1亡.f arriiliaria 口亡Die far VCP2142499%Zfi-115a?%E4706D.1匚anis familbaris caveolin-l mRNA, compJete cd42499%2e-115a?%XM Qdll 0126.1PREDICTED; Macac«i«<nil*rtQ Cawtulin-1. ir*n-5crjpt v*nar422射帕7e-lH柿蚯EEAB4B9179.1S

23、YntheUi: cnnstruict. DNA. done: DFlkEQ21fii Honw sapiens CAV1 屮420100%3S-114B7%St（ueii|icc-fl pHodcHng fiiqnifiCiWnt iqnnutnl曹： I：丄!匸k上1巴巴,日亡匸3 七口 吕口工匕匚口丄I.UT1 口巴）1为物种名称及描述，2为同源性为了进行比对，要把序列格式转化成FASTA格式。转化方法：新建TXT格式文档,文件（日編辑（或格式©查看帮助>anas第一排开始先写一个大于号（>），紧接着是写上物种名称。如上图。另起一行，把该物种的某基因的序列拷贝上。注

24、：这里的要拷贝过来的序列是经过上一步的掐头去尾的序列，得到：文件旧编辑（或格式 查看加帮助（出>andsACAGGGCAACATCTACAAGCCCAACAACAAGATI TCAACGACGACGTGGTCAAGATTGATTTTGAAGi TGGTTTTATCGTTTACTGTCfiGCfiATCTTTGGCl CTACCTGATTGAGATCCAGTGCA然后保存。方法：文件-另存为-保存类型选所有文件-文件名：物种名称 Fasta击添加序列就可载入第二条序列，后面要载入更多的序列也是点击添加序列。载入完你要比为了进行比对，要把序列格式转化成FASTA格式。转化方法：新建TXT格式

25、文档,击添加序列就可载入第二条序列，后面要载入更多的序列也是点击添加序列。载入完你要比为了进行比对，要把序列格式转化成FASTA格式。转化方法：新建TXT格式文档,3序列比对与进化树构建，打开Clustaxl软件，（可拷贝到你的论文中的图片）击添加序列就可载入第二条序列，后面要载入更多的序列也是点击添加序列。载入完你要比为了进行比对，要把序列格式转化成FASTA格式。转化方法：新建TXT格式文档,击添加序列就可载入第二条序列，后面要载入更多的序列也是点击添加序列。载入完你要比为了进行比对，要把序列格式转化成FASTA格式。转化方法：新建TXT格式文档,退出 nustal-RaindyftJQ文件（日漏極（日比对（茁树（I）预色©虎量帮助（也载入序列心添加序列個） 序列另存为（也 戟入轮廓轮I廓1另存轮廓2另存为（E） 将比对写入肯PostScript（S）单击在左上角的文件，载入序列，就可载入一条fasta格式的序列了。载入