基于CANOCO的RDA数据统计分析

1、r一.群落的排序内容.二.Canoco软件简介三.数据分析基于CANOCO的数据统计分析MultivariateAnalysisofEcologicalDatausingCANOCO一.群落的排序群落排序：就是把一个地区内所调查的群落样地(物种)，按照相似度来排定各样地的位序，从而分析各样地(物种)之间及其与环境之间的相互关系。排序的目的：通过排序把多维空间压缩成低维空间，并且使降低维数引起的信息损失尽量少，实体按其相似关系重新排列，让人可以理解。同时，必须用统计手段来检验排序轴到底是否真能代表环境因子的梯度，排序类别(inCANOCO)间接排序(IndirectGradientAnalysi

2、s)：在特定的梯度上(环境轴)上探讨物种的变化情况。PCA(Principalcomponentsanalysis)CA(Correspondenceanalysis)DCA(DetrendedCorrespondenceAnalysis)直接排序(DirectGradientAnalysis)：寻求潜在的或在间接的环境梯度来解释物种数堀的变化。RDA(Redundanceanalysis)CCA(Canonicalcorrespondenceanalysis)DCCA(DetrendedCanonicalCorrespondenceAnalysis)二Canoco简介软件模块(1)CANOC

3、OforWindow4.5CANOCO的核心。CANOCOforWindow带有比较全面的排序方法。其核心部分是基于线性模型的PCA和RDA,基于单峰的模型的CA,DCA和CCAo在这些基木排序方法基础上，CANOCO也可以做CVA(典范变量分析)，PCoA(主坐标分析)。但NMDS并没有被包括，因为的确用得很少。<2)WCanoImp这个程序的功能是构建数据。但这个程序用法受到了window的剪贴板和电子表格文件的限制。比如在EXCH2003以前的版本，列数仅有256列，这就意味着样方数或物种数不能两个同时超过256个，否则需要分割。当然行数宽松点，但不能超过65536行。如果你的数据

4、超过这个限制，你可以将你的数据分割为几个部分，经过WCanoImp转化后，再用CanoMerqe程序拼接起来。(3) CanoMerge 1)首要的任务是连接两个或多个包含相同样方但不同变量的数据文件。 2)可以用来将您的数据文件输出带制表符分隔的ASCII(文本)文件。 3)最后一个功能是可以过滤掉一些低频率的物种。(4) CanoDrawforWindows用来做排序图的程序。AvailableDalaDATAAVAILABLEFORANALYSIS0曲speciesd&aavailablePCACADCA,3二rRDACCADCCASpecie,envwonmentordcova

5、naUeddtaav«bblepRDApCCApTMrSpecksandcovarbledataavaitableppCApCApDCASupplementaryenvtonmentdataavailable不进入分析.但小ENVIRONMENTALDATA.WHENAVAILABLE.SHOULDBEUSEDTO:6extractpattermfromtheexplainedvariationon(drectgradnntanasis)七动rtrnpcdpattetnsextractedhornalvariation(rdrectgradientanalysis)被成<NM&

6、gt;|CancelH*|分析流程环境数据列：采样点行：环境因子FrCaMceFract?DataFilesq凶f*/XAmarw+e-ConocoFr«j«ct上一步也）|下一步理）|俣存在口）：|。8心析文件名理）：deB【ow$eI212SJ?凶三囱行四。帮助打开）取消ZJBiome查找范flBg）|j）CC心析取消上一步）|下一步00|zJavetog|DataFilesCAIOCOSolQi”FilaJDCA文件名：即文件类型（I）（Solutioniol）r-Project：Cv6=detrendbysegmentsLJ三数据分析1.数据的整理物种数据列:采样点

7、行：生物数据注：数据（物种和环境数据）之间差别较大，如数量级之间的差别，雷进行吆（X+1）转换，pH不需要进行坨转换。2.操作步骤ina.程序TCanoe。forWindows-WCanolmp.在“savecondensedformat"的选线前面打上对勾（如图）。b.打开“CANOCO数据.xls”选择要分析的数据将要分析的数据（不要多选择空格）选中后，身制，在图1的界面点出“Save”，自己对其命名，后缀名为“.dta"，如aspecies.dtaMo同样,对环境因子选择后保存为“env.dta"。这时可以关掉图对话框。这样就得到一个spe.dta的文件和一

8、个env.dta的文件。对数据分析之前，先对物种数据进行DCA分析，来选择RDA分析或者CCA分析。SpeciedataMename:|CADocumen($andSetting$Admini$tjato<M£ffivEnvironmentdataMename：CovatiablesdatafienameSupptementaryenvironmentdatafiename:Canocosotutionfilename保存类S2复)：|Canocoprojects(.con)mutationtwt厂OtheroptionsAxes小结：排序的步骤1 .原始数据的整理：样方（生物

9、/环境）矩阵2 .排序方法选择3 .计算主轴及样点位置4 .排序轴的生态意义解释4TotalinertiaEigenvaluesLengthsofgradientCumulativepercentagevarianceofspeciesdata0,0110.36577.4SumofallexgenvaluesMonJul2211:05:292002CAWOCOcallsucceeded先用speciessample资料做DCA分析，看分析结果中Lengthsofgradient的第一轴的大小，如果大于40,就应该选CCA,如果3.0-4。之间,选RDA和CCA均可，如果小于3QRDA的结果要好

10、于CCA,RDA排序ATailableDataDATAAVAILABLEFORANALYSISOnljFspeciesda»aavadabteg中N.”必竺上9.斗3.9丫史地Species,envMonmentandcovariaUedataavailableSpecesandcovanabledataavailableSupplementaryenvironmentdataavailable0.0010.1000.0000.0820.0000.0810.01583.484.985.10.015*SurmoaryofMonteCarlotest*Test0.6922.2480.3450ENVIRONMENTALDATA,WHENAVAILABLE,SHOULDBEUSEDTO:Gextractpattefmfromtheeainedvariation*(diedgradientanalyst：)/<rrtt%ofsignificanceoffirstcanonicalaxi