NCBI分子生物学数据库应用简介

1、NCBI分子生物学数据库分子生物学数据库应用简介应用简介NCBI分子生物学数据库分子生物学数据库:/ 美国国立医学图书馆NLM于1988年11月4日建立国家生物技术信息中心National Center of Biotechnology Information,简称NCBI。 GenBank数据库(Nucleotide) (1988) 三维蛋白结构的分子模型数据库MMDB 在线人类孟德尔遗传(OMIM数据库 生物门类Toxonomy数据库 等Entrez 数据库检索系统(1991)BLAST相似性检索系统数据库：检索系统:NCBI数据库内容简介一. Nucleotide(GenBank) 该数

2、据库由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研究院GenBank、日本DNA数据库(DDBJ)和英国Hinxton Hall的欧洲分子生物学实验室数据库(EMBL三局部数据组成。 Nucleotide 包含： 所有的核苷酸及蛋白质序列 与之相关的生物学信息 参考文献二 . Genome 即基因组数据库，提供了多种基因组、完全染色体、临近序列图谱以及一体化基因物理图谱。三. Structures 即结构数据库或称分子模型数据库MMDB，包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据。MMDB的数据从PDBProtein Data Bank获得。 四. Taxonomy 即生物学门类数据库，可以按生物学门类

3、进行检索或浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等。五. PopSet 包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群变化的一组组联合序列。PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白质序列数据。 六. OMIM 孟德尔遗传学(OMIM)数据库是人类人类基因和基因疾病基因和基因疾病的目录数据库。该数据库包括原文信息、图片和参考信息，同时还可以链接到Entrez系统MEDLINE数据库中相关文献和序列信息。NCBI数据库检索1. ENTREZ高级检索系统： 在检索框中输入检索词，检索词间默认逻辑关系为AND 还可用来检索核酸与蛋白质序列、MEDLINE相关文献或专利PubMed、 基因组及MMDB分子结构模型

4、库信息。 显示格式 ：Summary Report格式GenBank Report格式FASTA Report格式.2. BLAST相似性检索系统 BLASTBasic Local Alignment Search Tool 是用于序列相似性检索的一个重要数据库，是区分基因和基因特征的工具。该软件能在15秒内完成整个DNA数据库的序列检索。 在NCBI主页的左工具条中，点击BLAST图标，即进入BLAST主页 可通过WWW途径或E-mail途径查询。3.向向GenBank递交数据递交数据GenBank数据的一个主要来源是通过数据的一个主要来源是通过作者直接递交；目前许多期刊也希望刊作者直接递交；目前许多期刊也希望刊登的登的文章中的文章中的DNA或氨基酸序列能在发或氨基酸序列能在发表前输入数据库。表前输入数据库。NCBI为此设计了方便、快捷的数为此设计了方便、快捷的数据递交软据递交软件：件：BankIt:直接通过直接通过WWW进行简便、快进行简便、快捷的递交。捷的递交。Sequi