lammps多机集群并行配置

1、-多机并行运算配置设置步骤第一步、安装Linu*在Win*P存在的前提下安装Linu*双系统在Win *P下右击“我的电脑管理磁盘管理右击D右击删除磁盘分区是.此局部硬盘将用于安装Linu*在Win *P开机状态下插入Red Hat光盘1、安装以四核计算机为例，在单一Linu*系统的前提下，重装Linu*系统。在Linu*启动状态下，插入Linu*安装光盘，点击菜单“系统，点击“关机，点击“重启，重启机器，双核计算机需要按“F9，出现Optical Drive后，按“回车键，出现“Install or upgrade an e*isting system后，按“回车键，出现“OK和“Skip后

2、，用键盘上的方向键选中“Skip，按“回车键，点击右下角的“Ne*t按钮，选中“ChineseSimipified(中文简体)，点击右下角的“Ne*t按钮，选中“美国英语式，点击右下角的“下一步按钮，选中“根本存储设备后，点击右下角的“下一步按钮，选中“全新安装， 点击右下角的“下一步按钮，主机名不改变，点击右下角的“下一步按钮，时区不改变，点击右下角的“下一步按钮，“根密码后输入：123456，敲“Tab键“确认后输入：123456，点击右下角的“下一步按钮，弹出一个警告窗口，点击其中的“无论如何都使用按钮，选中“使用所有空间，点击右下角的“下一步按钮，出现“将存储配置写入磁盘对话框，点击其

3、中的“将修改写入磁盘按钮，选中“软件开发工作站，选中右侧的全部选项，选中“现在自定义，点击右下角的“下一步按钮，选中左边的“开发，选中右侧的全部选项，依次选中右侧的每个选项，然后分别点击“可选软件包按钮，选中其中的全部选项，点击“关闭按钮，点击右下角的“下一步按钮，开场安装，等待较长时间，光驱自动翻开，屏幕上出现“祝贺您，您的字样，取出光盘，点击右下角的“重新引导按钮，机器重启后，屏幕上出现“欢迎“您的系统就绪前还需要进展等字样，点击“前进按钮，选中“是的，我同意许可证协议，点击“前进按钮，选中“不，以后再注册，点击“前进按钮，弹出一个窗口，点击其中的“不，以后再连接按钮，点击“前进按钮，点击

4、“前进按钮，点击“前进按钮，去掉“启用kdump，点击“完成按钮，弹出一个窗口，点击其中的“是按钮，弹出一个窗口，点击其中的“确定按钮，重启后，鼠标点击“其它，在“用户名后输入root回车，在“密码后输入123456回车，弹出一个窗口，选中其中的“不要再显示此信息，点击“关闭按钮。鼠标点击菜单“系统，选择其中的“管理，选择其中的“添加/删除软件，弹出一个“软件包安装程序 正以特权用户身份运行窗口，点击其中的“确认继续按钮，弹出一个 “组别列表不合法对话框，点击其中的“关闭按钮，在“添加/删除软件对话框左上角的查找框里输入“subscription，鼠标点“查找按钮，在其右侧出现三个组件，去掉这

5、些组件前的三个勾，点击“应用按钮，弹出一个窗口，点击其中的“删除按钮，鼠标点击“添加/删除软件窗口右上角的“关闭。2、关闭防火墙鼠标点击菜单“系统，选择其中的“管理，选择其中的“防火墙，点击“关闭按钮，点击工具栏里最后一个“禁用工具，点击工具栏里第二个“应用工具，弹出一个窗口，点击其中的“是按钮，点击“防火墙配置窗口右上角的“关闭。3、启用网络连接：确认网线已经连接到交换机上；鼠标右键单击右上方日期前“网络连接的图标，选中“启用通知；鼠标右键单击右上方日期前“网络连接的图标，左键单击“编辑连接，双击“System eth0，选中“自动连接，选择“IPv4设置选项卡，方法：“手动，点击“添加按钮

6、，在“地址栏输入：，单击“子网掩码，输入：，单击“网关，输入，在“DNS效劳器处，输入：。单击“应用按钮，单击“关闭按钮。第二步、准备安装文件配置之前需要下载四个压缩包：1、 下载P/getit/选“Python bzipped source tarball (for Linu*, Uni* or Mac OS *，more pressed)出现“正在翻开Python-.tar.bz2窗口选中“保存文件选项点击“确定按钮下载的文件名称为：Python-.tar.bz22、下载/download

7、.html*git点击Download LAMMPS一栏中第二个this page，选择最新的lammps安装程序，如lammps，点击lammps，选中“保存文件选项，点击“确定按钮下载的文件名称为：lammps-63、下载/downloads/点击“mpich2-1.5stable release MPICH2 22MB这一行中的“ 选中“保存文件选项点击“确定按钮下载的文件名称为：mpich2-1.4、下载/download.html点击“FFTW 目录下的“ ：fftw-2.1.5.tar.gz( ：fftw-2.1.5.tar

8、.gz)(1.2MB)中的“fftw-2.1.5.tar.gz，即可翻开下载选中“保存文件选项点击“确定按钮下载的文件名称为：fftw-.tar.gz注意：下载的四个压缩包Python-.tar.bz2mpich2-1.fftw-.tar.gz将会保存到root里的“下载文件夹中，将它们拷贝粘贴至桌面上的“root的主文件夹下。第三步、更新Linu*的Python在集群的每台机器上都需要完本钱步骤的操作。如果不更新，将会使得mpd & 出错双击桌面上的“root的主文件夹，在文件夹部单击鼠标右键，选择“在终端中翻开，tar *vfPython-.tar.bz2回车 输入文件名称时，先写开头几个

9、字母，点击Tab键可以自动补全文件全称cd Python-回车./configure回车make回车sudo make install回车鼠标点击当前终端窗口右上角的“关闭，关闭当前的终端，鼠标点击“root文件夹窗口右上角的“关闭，关闭“root文件夹。第四步 设置环境变量在集群的每台机器上都需要完本钱步骤的操作。1、双击桌面上的“root的主文件夹鼠标点击菜单中的“查看，选中“显示隐藏文件在文件夹部单击鼠标右键，选择“在终端中翻开cd vi .bashrc回车敲Insert键2、.bashrc中的所有命令行用以下容替换：* .bashrc* User specific aliases an

10、d functionsalias rm=rm -ialias cp=cp -ialias mv=rm -i*source global definitonsif -f /etc/bashrc ; then . /etc/bashrcfie*port PATH=/opt/mpich/bin:/opt/bin:$PATH e*port LD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich/lib:/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATHe*port MPI_USEP4SSPORT=yes e*port MPI_P4SSPORT=22e*port P4_RSHMAND=ssh3、

11、Esc保存，Shift+z+z退出，鼠标点击当前终端窗口右上角的“关闭，关闭当前的终端，鼠标点击“root文件夹窗口右上角的“关闭，关闭“root文件夹。4、重要：点击菜单“系统，点击“关机，点击“重启，重启计算机，使改动的环境变量生效。重启后，鼠标点击“其它，在“用户名后输入root回车，在“密码后输入123456回车。第五步 ssh配置1、修改所有机器上的/etc/hosts文件，在里面添加参与计算的ip地址和机器名，具体操作为：在桌面上鼠标双击“计算机，双击“文件系统，双击其中的“etc文件夹，在文件夹部单击鼠标右键，选择“在终端中翻开cd /cd etc当前路径是rootlocalho

12、st etc，vi hosts回车，敲Insert键，删除原来的容，如果有两台机器参与并行计算，hosts文件应当包含下面三行， localhost41 node0142 node02Esc保存，Shift+z+z退出，说明主机名为node01的机器ip地址为41；主机名为node02的机器ip地址为42。2、在所有的机器上创立密钥对：cd 回车ssh-keygen -t dsa回车，三个回车。3、给参与并行计算的两台机器进展授权，需在参与计算的两台机器上均执行以下命令，cd 当前路径是r

13、ootlocalhost ，cd.ssh回车，cp id_dsa.pub authorized_keys回车，chmod go-rw* authorized_keys回车，ssh-agent $SHELL回车，ssh-add回车，等待集群中所有计算机都完成上述步骤后，才能进展以下互访步骤，在node01机器终端中输入，当前终端提示符为rootlocalhost .sshssh node01回车，输入yes回车，输入密码e*it回车，当前终端提示符为rootlocalhost .ssh，ssh node02回车，输入yes回车，输入密码：123456回车，e*it回车，当前终端提示符为rootl

14、ocalhost .ssh，e*it回车，e*it回车，关闭终端。在桌面上鼠标右键选择“在终端中翻开。ssh-copy-id node02回车，输入密码：123456回车，ssh node02回车，当前终端提示符为rootlocalhost ，e*it回车，e*it回车，关闭终端。在node02机器终端中输入ssh node02，yes，输入密码e*itssh node01，yes，输入密码e*itssh-copy-id node01在node02机器终端中输入，当前终端提示符为rootlocalhost .sshssh node02回车，输入yes回车，输入密码当前终端提示符为rootloc

15、alhost ，e*it回车，当前终端提示符为rootlocalhost .ssh，ssh node01回车，输入yes回车，输入密码：123456(不显示)回车，e*it回车，当前终端提示符为rootlocalhost .ssh，e*it回车，e*it回车，关闭终端。在桌面上鼠标右键选择“在终端中翻开。ssh-copy-id node01回车，输入密码：123456不显示回车，ssh node01回车，e*it回车，e*it回车，关闭终端。4、检验ssh是否配置成功，需要在两台机器上均进展以下操作：在第一台计算机的桌面上翻开一个终端，ssh node02回车，如果不需要密码登陆，就说明成功e

16、*it回车，e*it回车，关闭当前终端。在第二台计算机的桌面上翻开一个终端，ssh node01回车，如果不需要密码登陆，就说明成功e*it回车，e*it回车，关闭当前终端。关闭所有翻开的窗口。第六步 MPI配置在两台计算机上分别做以下操作，在桌面上右键翻开终端，1、 编译MPI双击桌面上的“root的主文件夹，在文件夹部单击鼠标右键，选择“在终端中翻开，cd 回车回车，cd mpich2-1.5回车，对版本./configure -prefi*=/opt/mpich-with-pm=mpd:hydra回车，./configure -prefi*=/opt/mpichmake回车，sudo m

17、ake install回车，2、测试mpicd e*amplesp4 版本，vi /etc/mpd.conf当前是在/mpich2-1.5路径下，对版本vi /opt/mpich/etc/mpd.conf回车，敲Insert键，写入MPD_SECRETWORD=mr45-j9z等号后边容任意，下同，不同的机器上整行容一样Esc保存，Shift+z+z退出，p4 版本，chmod 600 /etc/mpd.conf对版本chmod 600 /opt/mpich/etc/mpd.conf回车。vi /.mpd.conf回车，敲Insert键，写入MPD_SECRETWORD=mr45-j9zEsc

18、保存，Shift+z+z退出，对版本chmod 600 /.mpd.conf回车。对两台计算机，点击菜单“系统，点击“关机，点击“重启，重启计算机。重启后，鼠标点击“其它，在“用户名后输入root回车，在“密码后输入123456回车。在第一台计算机上执行下面的命令双击桌面上的“root的主文件夹，在文件夹部单击鼠标右键，选择“在终端中翻开，cd mpich2-1.5回车，cd e*amples/回车，mpd &回车，假设命令运行出错，可能是Python的版本不适宜，如果想退出mpd，使用mpdalle*itmpirun -np 8 ./cpi回车其中8指的是线程数。mpdalle*it回车然后

19、在第二台计算机上执行下面的命令在桌面上翻开终端双击桌面上的“root的主文件夹，在文件夹部单击鼠标右键，选择“在终端中翻开，cd mpich2-1.5回车，cd e*amples回车，mpd &回车，假设命令运行出错，可能是Python的版本不适宜，如果想退出mpd，使用mpdalle*itmpirun -np 8 ./cpi回车其中8指的是线程数mpdalle*it回车2、 在启动mpdboot的机器上创立一个参与计算的host列表文件：当前终端提示符为rootnode01 e*amples和rootnode02 e*amples在集群的所有计算机上，依次cd 回车，touch mpd.ho

20、sts回车，vi mpd.hosts回车，敲“Insert键，在空白处参加下面两行node01node02Esc保存，Shift+z+z退出，在两台计算机上都要做以上操作。4、启动集群只能在其中一台计算机第一台计算机上启动集群，单机器计算时不需要执行此步命令。当前终端提示符为rootnode01 ，mpdboot -n 2 -f /mpd.hosts回车，其中2表示2台机器。然后退出集群，mpdalle*it回车。关闭两台计算机上的所有翻开的终端和文件夹窗口。第七步 FFTW的安装在两台计算机上均需要进展以下操作，双击桌面上的“root的主文件夹，在文件夹部单击鼠标右键，选择“在终端中翻开，c

21、d 回车tar *vf fftw-.tar.gz回车，cd fftw-回车，./configure -prefi*=/opt/fftw回车，make回车，sudo make install回车，关闭两台计算机上的所有翻开的终端和文件夹窗口。第八步 编译并行版本的lammps在两台计算机上均需要进展以下操作，双击桌面上的“root的主文件夹，在文件夹部单击鼠标右键，选择“在终端中翻开，cd 回车回车，cd lammps-6Dec12回车，cd src回车，cd MAKE回车，vi Makefile.g+回车，敲“Insert键，对Makefile.g+文件做以下修改：将编译器和器都设为g+，即将

22、 CC = g+4LINK= g+4 改为 CC= g+ LINK= g+指定MPI的安装路径，即将 MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICH* MPI_PATH = MPI_LIB = -lmpichlmpl -lpthread改为 MPI_INC = -I/opt/mpich/include -DMPICH_SKIP_MPIC* MPI_PATH = -L/opt/mpich/lib MPI_LIB = -lmpichlmpl-lpthread不改动指定FFTW的安装路径，即将 FFT_INC = -DFFT_FFTW FFT_PATH = FFT_LIB = -lfftw

23、改为 FFT_INC = -I/opt/fftw/include -DFFT_FFTW FFT_PATH = -L/opt/fftw/lib FFT_LIB = -lfftw 不改动Esc保存，Shift+z+z退出3、准备工作完毕，进展编译工作cd /lammps-6Dec12/src回车，make g+回车，将可执行文件lmp_g+从root的主文件夹/lammps-6Dec12/src目录下拷贝粘贴至桌面备用第九步、测试lammps并行计算1、 两台机器都连接到交换机上两机器的1） 多机并行l 将需要计算的文件夹拷贝粘贴到集群中的每台计算机上，需要存放到一样的路径下，如桌面上。l 在集群

24、的任意一台计算机上，在运算文件目录下翻开终端，在其中执行mpdboot n 2 f /mpd.hosts回车，确保集群中所有机器的运算文件夹里都有lmp_g+可执行文件，mpie*ec -n 6 ./lmp_g+ input.test回车，其中数字2指的是参与集群运算的机器数，6指的是线程数，此时点击菜单“应用程序，选“系统工具，点击“系统监视器，点击“资源选项卡，可以观察每台计算机CPU的运算情况。可以用Ctrl+C中断运算。注意：生成的文件在启动集群的那台计算机上。l 计算完毕后要输入mpdalle*it回车，如果计算完毕后还有计算机CPU在工作，则要在运算文件夹中翻开终端，用pstree p查看正在进展的进程，然后输入pkill lmp_g+回车杀死运行中的进程，确认所有CPU都停顿工作。2） 单机并行将需要计算的文件夹拷贝粘贴到当前计算机