APOBEC3B的相关生物信息学分析

1、20XX届生物信息学 APOBEC3B的相关生物信息学分析 班 级 ： 1 班 姓 名 ： XXX 学 号 ： XXXX专 业 ： 临床检验诊断学 联系方式: XXXXXX2014年12月30日APOBEC3B基因是胞苷脱氨酶基因家族中的一个，编码在结构和功能上与RNA编辑C变为U相关的胞嘧啶脱氨酶（APOBEC1）。它编码的蛋白质可能是RNA编辑酶，也可能会在细胞生长或者细胞周期调控中发挥一定的作用。为了分析APOBEC3B基因的生物学信息，通过NCBI查询APOBEC3B基因 mRNA序列和氨基酸序列，使用各大数据库对APOBEC3B基因的启动子、蛋白质结构域进行预测并构建蛋白质同源3D结

2、构。关键词：APOBEC3B；启动子；转录因子结合位点；蛋白质同源3D结构一 查找APOBEC3B基因的mRNA序列和氨基酸序列1. 进入/,选择“Gene”,输入APOBEC3B2.在搜索结果中选择第一条题目进入，从下图中的Summary可以确定目的基因 3. 同一个界面中点击，进入如下界面:4. 从上面的页面中我们可以看到基因APOBEC3B基因转录了两条mRNA链，与之相应的是两条氨基酸链，分别对应的文章题目如下：5. 从相对应的文章中我们可以得到基因APOBEC3B 的氨基酸序列和mRNA序列：transcript variant 1

3、, mRNA 的氨基酸序列为：MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGQVYFKPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTISAARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYAFLHRTLKEILRYLMDPDTFTFNFNNDPLVLRRRQTYLCYEVERLDNGTWVLMDQHMGFLCNEAKNLLCGFYGRHAELRFLDLVPSLQLDPAQIYRVTWFISWSPCF

4、SWGCAGEVRAFLQENTHVRLRIFAARIYDYDPLYKEALQMLRDAGAQVSIMTYDEFEYCWDTFVYRQGCPFQPWDGLEEHSQALSGRLRAILQNQGNtranscript variant 1, mRNA 的mRNA序列为： transcript variant 2, mRNA 氨基酸序列为：MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGQVYFKPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTISAARLYYYWERDYR

5、RALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYAFLHRTLKEILRYLMDPDTFTFNFNNDPLVLRRRQTYLCYEVERLDNGTWVLMDQHMGFLCNELDPAQIYRVTWFISWSPCFSWGCAGEVRAFLQENTHVRLRIFAARIYDYDPLYKEALQMLRDAGAQVSIMTYDEFEYCWDTFVYRQGCPFQPWDGLEEHSQALSGRLRAILQNQGNtranscript variant 2, mRNA 的mRNA序列为： 2 分析APOBEC3B基因的启动子区域。1. 在刚才确定目的基因的页面中点

6、击，得到APOBEC3B基因的DNA序列：2. 进入/molbio/proscan/，输入APOBEC3B基因的DNA序列：3. 得到APOBEC3B基因的启动子区域如下：4. 返回确定目的基因的页面中点击，调整显示碱基序列数目区域为38982399-38982649，得到APOBEC3B基因的启动子序列为：三分析APOBEC3B基因转录因子结合位点。1.进入 sapiens ,右边的方框里输入启动子序列:2. APOBEC3B基因的转录因子结合位点搜索结果如下：四 分析APOBEC3B基因的蛋白质结构域。1.进入http:/pr

7、/，将transcript variant 1, mRNA 的氨基酸序列输入下列框： 4. 从下图可以看出transcript variant 1, mRNA 的蛋白质有两个蛋白质结构域：第一个蛋白质结构域的氨基酸序列(66-104)为：HAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKL第二个蛋白质结构域的氨基酸序列(253-293)为：HAELRFLDLVPSLQLDPAQIYRVTWFISWSPCFSWGCAGEV5. 同样的我们可以得出transcript variant 2, mRNA 蛋白质仅有一个蛋白质结构域：蛋白质结构域

8、的氨基酸序列（66-104）为：HAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKL五 构建APOBEC3B基因的蛋白质3D结构。1.进入/tools/,选择Tertiary structure prediction SWISS-MODE进入下面界面：2.点击Start Modeling, 输入transcript variant 1, mRNA 的氨基酸序列：3.选择Identity大于80%的进行同源蛋白质建模:4. transcript variant 1, mRNA 同源蛋白质Identity大于80%同源蛋白质有两个，它们的3D