中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)实验室检测ppt课件

1、中东呼吸综合征冠状病毒实验室检测中东呼吸综合征冠状病毒实验室检测参考规范l 中东呼吸综合征冠状病毒MERS-CoV实验室检测技术指南l WHO: Laboratory Testing for Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus：interim recommendations (revised) . (September 2021 l US CDC：Interim Guidelines for Collecting, Handling, and Testing Clinical Specimens from Patients Under In

2、vestigation (PUIs) for Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) - Version 2MERS-CoV感染标本采集对象中东呼吸综合征冠状病毒感染疑似病例、临床诊断病例及需求进一步研讨确实诊病例；其它需求进展MERS-CoV感染诊断或鉴别诊断者。标本采集要求从事MERS-CoV检测标本采集的技术人员应经过生物平安培训，培训合格且具备相应的实验技艺。在标本采集过程中，采样人员进展平安防护。住院病例的标本由所在医院医护人员在当地疾控机构专业人员指点下采集。亲密接触者标本由当地疾控机构担任采集。根据实验室检测

3、任务的需求，结合病程再次采样。采集标本种类和要求采集标本种类和要求l 呼吸道上、下呼吸道和其他样品血清、尿液和粪便、尸检标本。l 每个病例应尽能够同时采集上、下呼吸道标本，下呼吸道标本最正确，建议同时采集粪便和尿液标本。l 应尽能够采取发病初期和恢复期双份血清标本以确定能否感染，双份血清样品间隔1421天采集比较理想，第一份血清应在发病第一周内采集。但单份样品的检测对于确定疑似病例也有价值，假设只能采集一份样品，应该在出现病症后至少14天采集。标本的保管l 样品采集后应尽快送至实验室，运输过程需合理。l 假设呼吸道样品72小时以上才干到达实验室，剧烈引荐将样品储存在-80并运用干冰进展运输，应

4、防止样品反复冻融。l 从全血分别的血清应4储存并运输，或用干冰、液氮冷冻并运输。由于无霜冰柜温度动摇较大，应防止运用无霜冰柜储存呼吸道和血清样品。u 院内转运时，标本应该放置在耐用、防浸透的二级容器中进展转运。为减少任何标本破、漏的风险，不要运用任何气动传输系统来转运任何能够疑似患者标本。u 转运至CDC的MERS-CoV标本应该充分包裹，转运时不能开盖或分装标本。标本转运应该符合三重包装系统要求：内层是主要的容器一个可密封的标本袋缠绕以可吸收资料，第二层是防水、防渗漏的容器，外层是用于转运的包装。MERS-CoV感染标本包装和运输 MERS-CoV感染实验室检测方法l核酸检测：为目前早期诊断

5、、早期发现核酸检测：为目前早期诊断、早期发现MERS-CoV感染病例的感染病例的主要检测方法，采用主要检测方法，采用Real-time PCR 进展病毒核酸检测和诊断，进展病毒核酸检测和诊断，患者呼吸道样本中扩增到特异性核酸，可确诊患者呼吸道样本中扩增到特异性核酸，可确诊MERS-CoV感染感染 。传统传统RT-PCR因易出现污染运用受限，但可以获得病毒基因序因易出现污染运用受限，但可以获得病毒基因序列。列。l抗原抗体检测抗原抗体检测:lIgM捕获法捕获法ELISA检测血清特异性检测血清特异性IgM抗体抗体l间接法间接法ELISA或免疫荧光方法检测或免疫荧光方法检测IgG抗体抗体l利用假病毒进

6、展中和抗体检测利用假病毒进展中和抗体检测MERS-CoV的实验室检测靶标 目前病毒核酸的检测方法主要有：检测E蛋白上游基因upE、ORF1b、ORF1a 、 N2基因四种。 这些方法均高度敏感，引荐upE检测用于初筛;检测ORF1b基因的方法不如针对ORF1a的方法敏感，但比其更加特异;N2基因检测具有较高的灵敏性。 另外，已确定了中东呼吸综合征冠状病毒基因组中位于RNA依赖的RNA聚合酶RdRp和衣壳蛋白N基因的几个适宜测序验证的靶序列。巢式巢式PCRPCR普通普通PCRPCRPCRPCR产物电泳或测序产物电泳或测序逆转录，获得逆转录，获得cDNAcDNA核酸提取核酸提取标本采集标本采集PC

7、RPCR检测检测荧光定量荧光定量PCRPCR实验方案待检样品待检样品upE 特异性RT-PCR检测阳性阴性ORF1a RT-PCR检测阳性阴性确确 诊诊RdRp测序或N 测序阴性抗原检测抗体检测病毒分别阳性实验流程继续采样，如有必要应送样至有MERS-CoV检测阅历的参比实验室进展检测入选病例rRT-PCR upE基因进展筛查实验阳性阴性rRT-PCR ORF1a、ORF1b或N基因区进展确证明验阴性，但假设临床和流行病学证据阴性，但假设临床和流行病学证据充分，继续采样反复检测充分，继续采样反复检测阴性阳性RdRp或N区测序实验阴性显示为其他序列显示MERS-CoV确诊病例确诊病例upEupE

8、-Fwd 5-GCAACGCGCGATTCAGTT-3upE-Rev 5-GCCTCTACACGGGACCCATA-3upE-Prb 5FAM-CTCTTCACATAATCGCCCCGAGCTCG-TAMRA 3ORF1bORF1b-Fwd 5-TTCGATGTTGAGGGTGCTCAT-3ORF1b-Rev 5-TCACACCAGTTGAAAATCCTAATTG-3ORF1b-Prb 5FAM-CCCGTAATGCATGTGGCACCAATGT-TAMRA 3ORF1aORF1a-Fwd 5- CCACTACTCCCATTTCGTCAG-3ORF1a-Rev 5- CAGTATGTGTAGT

9、GCGCATATAAGCA-3ORF1a-Prb 5FAM- TTGCAAATTGGCTTGCCCCCACT-TAMRA 3N2N2-Fwd 5- GGGTGTACCTCTTAATGCCAATTC-3N2-Rev 5- TCTGTCCTGTCTCCGCCAAT-3N2-Prb 5FAM- ACCCCTGCGCAAAATGCTGGG-BHQ-3分子检测引物与探针Y=-3.56x+39.19R2=0.9881e6 1e4 1e3 1e2 荧光定量RT-PCR检测结果判别阴性: 无Ct值或Ct为40。阳性：Ct值37, 可报告为阳性。Ct值在37-40之间的样本建议重做, 假设重做结果Ct值 37，

10、该样本判别为阳性, 否那么为阴性。MERS-CoV核酸检测结果报告核酸检测结果报告在实验室要确认一个样本为阳性，需求满足以下两个条件的其中一个：至少两种MERS-CoV特异性PCR结果阳性；一种PCR结果为阳性，另外一种PCR产物序列测序，与MERS-CoV序列相符。当针对MERS-CoV的两种不同的检测方法结果不一致的时候，该当采用反转录PCR扩增，对扩增产物进展测序以确认检测结果。检测结果判读检测结果判读阴性结果也不能排除临床病人的感染，一些要素能够产生假阴性，包括：样本质量差，比如口咽等部位的呼吸道样本；样本搜集的过早或过晚；没有正确的保管、运输和处置样本；技术本身存在的缘由，如病毒变异

11、，PCR抑制等。当PCR检测结果为阴性，但临床表现和流行病学特点提示是MERS-CoV感染时，可采用血清学方法进展检测。双份血清标本可以满足血清学检测的要求。我国首例输入性中东呼吸综合征病例的我国首例输入性中东呼吸综合征病例的实验室快速确诊实验室快速确诊 2021年5月27日晚10时世界卫生组织向中国卫生计生委通报，韩国1例确诊中东呼吸综合征MERS病例的亲密接触者经香港入境广东省惠州市。 5月28日下午，经广东省疾控中心对病例标本进展核酸检测，初筛结果为阳性。 样本接纳时间：2021.5.29日凌晨1点40分中国疾控中心病毒病所 实验室确诊结果上报： 2021.5.29日凌晨5点40分疑似疑

12、似MERS-CoV感染的实验室快速确诊感染的实验室快速确诊样本来源：KIM MYEONGSHIK (韩国广东省惠州市样本类型：鼻咽拭子(3份 血清(1份采样日期：2021.5.28实验室复核检测流程：BSL-3实验室：分装灭活 BSL-2实验室：核酸提取 荧光定量RT-PCR (三个靶标UpE、ORF1b和N2) 结果断定与报告 广东省广东省CDC疑似疑似MERS-CoV感染的复核检测感染的复核检测UpE检测扩增曲线检测扩增曲线ORF1b检测扩增曲检测扩增曲线线N2检测扩增曲线检测扩增曲线靶标靶标鼻咽拭子鼻咽拭子血血（）（）（）（）（）（）（）（）1 12 23 3UpE 34.1833.93

13、3.84No CtNo CtNo CtNo Ct25.51ORF1b 35.8535.1634.73No CtNo CtNo CtNo Ct27.95N2 31.2131.2730.7636.5No CtNo CtND21.34疑似疑似MERS-CoVMERS-CoV感染的送检样本复核检测感染的送检样本复核检测荧光定量荧光定量RT-PCR检测结果检测结果Ct 值值结论l 采用upE/ORF1b/N2 三个靶标，进展三种荧光定量RT-PCR扩增，在对照成立的根底上，三管咽拭子样本检测结果皆为阳性。l 基于N2靶标的荧光定量RT-PCR扩增，血清标本呈弱阳性。l 结论：广东疑似MERS-CoV病人

14、实验室检测确定为MERS-CoV感染阳性。上海辉瑞协作研发试剂盒单管双靶标运用验证上海辉瑞协作研发试剂盒单管双靶标运用验证MERS-CoV RNA双色检测试剂盒双色检测试剂盒ORF1b/upE FAM/VIC1 34 2 样品编号样品编号CT值值1阳性对照阳性对照22.5822.582咽拭子样本咽拭子样本36.3536.35样品编号样品编号CT值值3阳性对照阳性对照22.5422.544咽拭子样本咽拭子样本33.1733.17基于浊度仪和羟基萘酚蓝颜色变化的简单快速基于浊度仪和羟基萘酚蓝颜色变化的简单快速和灵敏的环介导逆转录等温扩增技术和灵敏的环介导逆转录等温扩增技术RT-LAMP检测方法的特

15、异性浊度图和显色图特异性高，检测下限分别为每管反响500与1000拷贝，有望运用于MERS-CoV感染的快速挑选，具有在基层医疗卫活力构和现场推行和运用的潜力RT-PCR扩增RdRp或N基因后测序检测MERS-CoVRdRpSeq assay:EMC-SeqRdRP-Rev: GCA TWG CNC WGT CAC ACT TAG GEMC-SeqRdRP-Fwd: TGC TAT WAG TGC TAA GAA TAG RGCEMC-SeqRdRP-Rnest: CAC TTA GGR TAR TCC CAW CCC AW=A/T, N=A/C/T/G, R=A/GFragment size

16、: first round : 242bp (including primers),second round 228 bp (including primers)Nseq assay:EMC-SeqN-Fwd: CCT TCG GTA CAG TGG AGC CAEMC-SeqN-Rev: GAT GGG GTT GCC AAA CAC AAA CEMC-SeqN-Fnest: TGA CCC AAA GAA TCC CAA CTA CFragment size: first round : 306-312 bp (including primers),second round 279-285

17、 bp (including primers)Reference:Corman/Mller et al.; Eurosurveillance, Volume 17, Issue 49, 06 December 2021通用引物检测冠状病毒冠状病毒通用引物RT-PCR扩增产物电泳One-step RT-PCR assays (OneStep RT-PCR kit； QIAGEN) 反响条件：1. 反转录: 50 for 30min 2. PCR扩增: 95 for 15 min (激活)，50 cycles (30 sec at 94 ；30 sec at 48 ；1min at 72 )，最后延伸 72 for 10min。引物对序列：引物对序列：Cor-FW (5-ACWCARHTVAAYYTNAARTAYGC-3) Cor-RV (5-TCRCAYTTDGGRTARTCCCA-3)IFA抗原片检测MERS-CoV特异抗体中和抗体检测中和抗体检测利用利用MERS-CoV假病毒体系进展中和抗体检测，实验操作简单而假病毒体系进展中和抗体检测，实