基因芯片分析的基础方法

1、会计学1基因芯片分析的基础方法基因芯片分析的基础方法第1页/共56页第1页/共56页第2页/共56页原始值第2页/共56页第3页/共56页4Affymetrix 全基因表达谱芯片基础分析软件第3页/共56页第4页/共56页第4页/共56页第5页/共56页解析原始数据芯片质控标准基因信息注释6第5页/共56页第6页/共56页7第6页/共56页第7页/共56页www. affymetrix .com 第7页/共56页第8页/共56页9第8页/共56页第9页/共56页10第9页/共56页第10页/共56页11第10页/共56页第11页/共56页12第11页/共56页第12页/共56页RMA 误差最小

2、化 小差异不敏锐MAS5 算法独立 小差异不敏锐PLIER 发现小差异 误差较大13第12页/共56页第13页/共56页14第13页/共56页第14页/共56页15信号分布箱型图相关性MvA图第14页/共56页第15页/共56页16芯片扫描图芯片扫描图信号值分布图信号值分布图箱型图箱型图探针信号强度探针信号强度箱型图箱型图相对探针信号强相对探针信号强度度箱型图箱型图探针集信号强度探针集信号强度箱型图箱型图相对探针集信号强度相对探针集信号强度相关性图相关性图第15页/共56页第16页/共56页17第16页/共56页第17页/共56页18芯片扫描图芯片扫描图信号值分布图信号值分布图箱型图箱型图探针

3、信号强度探针信号强度箱型图箱型图相对探针信号强相对探针信号强度度箱型图箱型图探针集信号强度探针集信号强度箱型图箱型图相对探针集信号强度相对探针集信号强度相关性图相关性图第17页/共56页第18页/共56页19第18页/共56页第19页/共56页20芯片扫描图芯片扫描图信号值分布图信号值分布图箱型图箱型图探针信号强度探针信号强度箱型图箱型图相对探针信号强度相对探针信号强度箱型图箱型图探针集信号强度探针集信号强度箱型图箱型图相对探针集信号强度相对探针集信号强度相关性图相关性图第19页/共56页第20页/共56页21第20页/共56页第21页/共56页22芯片扫描图芯片扫描图信号值分布图信号值分布图

4、箱型图箱型图探针信号强度探针信号强度箱型图箱型图相对探针信号强相对探针信号强度度箱型图箱型图探针集信号强度探针集信号强度箱型图箱型图相对探针集信号强度相对探针集信号强度相关性图相关性图只有MAS5方法以及外显子水平分析才能够得到P值第21页/共56页第22页/共56页23芯片扫描图芯片扫描图信号值分布图信号值分布图箱型图箱型图探针信号强度探针信号强度箱型图箱型图相对探针信号强相对探针信号强度度箱型图箱型图探针集信号强度探针集信号强度箱型图箱型图相对探针集信号强度相对探针集信号强度相关性图相关性图第22页/共56页第23页/共56页24 较差的数据 较好的数据第23页/共56页第24页/共56页

5、第24页/共56页第25页/共56页第25页/共56页第26页/共56页校正小样本的均值和方差，以适应于常规统计方法第26页/共56页第27页/共56页药物处理的时间点1药物处理的时间点2对照组时间点1对照组时间点2T-Test单因素方差分析多次T-Test双因素方差分析第27页/共56页第28页/共56页TwoClassDif两种分类样本的差异基因筛选MultiClassDif多种分类样本的差异基因筛选第28页/共56页第29页/共56页第29页/共56页第30页/共56页第30页/共56页第31页/共56页筛选诊断标志物筛选诊断模型交叉检验构建诊断软件扩大样本量修正模型第31页/共56页第

6、32页/共56页93.2%83.1%76.2%73.2%95.8%64.1%77.2%65.3%87.3%89.8%73.3%79.3%61.2%67.1%96.2%62.2%88.2%88.1%83.2%91.3%78.3%66.1%78.3%76.2%94.3%0.0%10.0%20.0%30.0%40.0%50.0%60.0%70.0%80.0%90.0%100.0%mRNA Marker1mRNA Marker2mRNA Marker3mRNA Marker4mRNA Marker5. Accuracy rateEvaluation of Diagnosis Efficiency SV

7、MDTANNLDABayesianKNNMarker CombinationAmountmRNA Marker113mRNA Marker243mRNA Marker325mRNA Marker419mRNA Marker532第32页/共56页第33页/共56页n可能有导致样本差异的基因第33页/共56页第34页/共56页上海其明信息技术有限公司分类评价表灵敏度=14/17=83%特异性=17/23=74%阳性率=14/20=70%阴性率=17/20=85%第34页/共56页第35页/共56页第35页/共56页第36页/共56页第36页/共56页第37页/共56页n有发现新诊断标志物的价值第

8、37页/共56页第38页/共56页第38页/共56页第39页/共56页第39页/共56页第40页/共56页HPRDBIND第40页/共56页第41页/共56页表达抑制第41页/共56页第42页/共56页差异基因、差异蛋白等任何一组目标基因（如miRNA靶向基因，组织特异表达基因)差异基因中核心调控基因差异基因中核心调控基因关键信号传递枢纽第42页/共56页第43页/共56页第43页/共56页第44页/共56页基因间多元相关分析发现潜在蛋白间相互作用关系定位网络中的核心调控蛋白条件：获得每个基因的表达量第44页/共56页第45页/共56页抑制关系激活关系核心调控基因第45页/共56页第46页/共56页第46页/共56页第47页/共56页李奇上海其明信息技术有限公司Affymetrix 中国授权服务中心电话mail: Thank You For Your Attention 第47页/共56页第48页/共56页49第48页/共56页第49页/共56页50第49页/共56页第50页/共56页51第50页/共56页第51页/共56页52 较差的数据 较好的数据第51页/共56页第52页