蛋白质体核心实验室ppt课件

1、蛋白質體中心實驗室實驗室簡介製表人：韓至強實驗室簡介製表人：韓至強連絡分機：連絡分機：2761(2761(院，院，15411541校校資料更新日期：資料更新日期：9696年年1111月月2121日日實驗室簡史實驗室簡史 本校蛋白質中心中心於李英雄研發長的領導下建構於本校蛋白質中心中心於李英雄研發長的領導下建構於20192019年年1212月，李英雄研發長指出蛋白質體的研讨是為了在醫學研讨月，李英雄研發長指出蛋白質體的研讨是為了在醫學研讨上跟得上時代，這也是一項跨時代的突破，因為蛋白質體研讨上跟得上時代，這也是一項跨時代的突破，因為蛋白質體研讨層級是奈米層級的研讨，了解蛋白質比了解基因更重要，一

2、切層級是奈米層級的研讨，了解蛋白質比了解基因更重要，一切疾病的發生都是導因於蛋白質的作用，了解蛋白質才干了解整疾病的發生都是導因於蛋白質的作用，了解蛋白質才干了解整個基因的結構，未來可應用於預防醫學。個基因的結構，未來可應用於預防醫學。 蛋白質體學啟動計畫分為三期同時或依序進行，每一期都蛋白質體學啟動計畫分為三期同時或依序進行，每一期都有明確達成的目標，第一期是先導期，目標為執行一百個蛋白有明確達成的目標，第一期是先導期，目標為執行一百個蛋白質體學相關的研讨計畫，即所謂百蛋計畫，這項計畫的兩質體學相關的研讨計畫，即所謂百蛋計畫，這項計畫的兩大終極目標就是要增進醫學先知及拓展臨床應用大終極目標就

3、是要增進醫學先知及拓展臨床應用實驗室組織圖實驗室組織圖李英雄李英雄 研發長研發長韓至強韓至強 副研讨員副研讨員劉玉晴劉玉晴 助理研讨員助理研讨員廖欣儀廖欣儀 助理研讨員助理研讨員廖彣欣廖彣欣 研讨助理研讨助理實驗室遠景實驗室遠景n近程:促進中國醫藥大學和院區各種有關蛋白質體分析的研讨协作 。 n中程:透過生物醫學上蛋白質體分析於多方面的癌症研讨，達到提升中國醫藥大學和醫院的研讨及研讨技艺。 n長程:利用新穎的蛋白質體分析技艺，創造出新的生物資訊與研讨領域。 實驗室空間規劃實驗室空間規劃BenchBenchBench-80-80冰箱冰箱-20-20冰箱冰箱4 4 冰箱冰箱4 4 冰箱冰箱藥品櫃藥

4、品櫃廖欣儀廖欣儀專任研讨助理專任研讨助理助理研讨員助理研讨員助理研讨員助理研讨員副研讨員副研讨員水水 槽槽廖彣欣廖彣欣劉玉晴劉玉晴韓至強韓至強倒立倒立 顯微鏡顯微鏡正立正立 顯微鏡顯微鏡PCPCUltraflex TOF/TOFMASCOT資料庫資料庫PCLC-MassLC 樣品盤樣品盤搜集系統搜集系統RobotRobotRobotPCPC實驗設備儀器實驗設備儀器ultraflex III & ultraflex III TOF/TOFUltimate Performance MALDI-TOF & TOF/TOF Systems lsmartbeam laser techno

5、logy combines Nd:YAG laser characteristics with nitrogen laser performance, a must for MALDI Imaging lHigh mass resolution across a broad mass range, delivered by the proprietary panoramic PAN technology. Optimum result without tuning or changing parameters lUnique T3-sequencing capabilities, allowi

6、ng top-down sequence analysis on many intact proteins with ease lHigh-throughput analysis and sensitive detection of labile protein modifications delivered by tunable laser speed from 1-200Hz 實驗設備儀器實驗設備儀器HCTultraThe ultra Performance High Capacity Trap lprotein identificationlprotein characterizatio

7、nlde novo peptide sequencingldifferential proteomicslmetabolite profiling 實驗設備儀器實驗設備儀器PROTEINEER dpDigest & Prep Workstation PROTEINEER dp is an integrated workstation for gel spot digestion and processing including MALDI preparation, and thus automates the PROTEINEER workflow from 2D gel separa

8、tion to mass spectrometric identification and characterization 實驗設備儀器實驗設備儀器PROTEINEER spIIAutomated Spot Picker The PROTEINEER spII Spot Picker enables automated 2D gel imaging, spot detection and selection from 2D gels into 96 micro well plates. As part of the PROTEINEER system, the sp automates th

9、e Proteomics workflow from 2D gel separation to mass spectrometric identification and characterization. 實驗設備儀器實驗設備儀器ClinProtRobot The ClinProtRobot automatically carries out all necessary preparation steps of the samples including the final spotting on the MALDI target, ready for MS analysis. All pi

10、petting steps are performed by the robot without the necessity of user intervention thus providing highly reproducible mass spectra.等電位點聚焦儀(Iso-electric Focussing ；IEF):根據蛋白質等電點的不同進行分離，如: IPGphor (Amersham Biosciences)。二維電泳:依據蛋白質分子量的不同進行分離(如:HOEFER SE600 Ruby)。圖像分析:Coomassie、銀染或螢光染色等各種膠體的影像分析。PROTEI

11、NEER spII_Automated Spot Picker:膠體上的點以自動化機械手臂將點擷取。PROTEINEER dp_Digest & Prep Workstation:擷取後的點以自動化機械手臂進行in gel digestion。ClinProtRobot：尋找biomarker的自動化機械手臂。飛行式質譜儀(MALDI-TOF/TOF)：ultraflex III TOF/TOF液相層析質譜儀(LC-MS) : ESI-Ion Trap MS(n)_HCTultra Nano 2-D HPLC System with MALDI micro-Fraction Colle

12、ctor: PROTEINEER fc_LC-MALDI Fraction Collector資料庫(Data base): MASCOT (Intranet version of the internet search software from Matrix Science)實驗設備儀器實驗設備儀器實驗室編制狀況實驗室編制狀況n主持人：李英雄 研發長n成員：韓至強、劉玉晴、廖欣儀、廖彣欣n共計：5人n 實驗室主持人簡介實驗室主持人簡介 李英雄研發長於1969 年台大醫科畢業後於住院醫師期間開始涉獵心臟學。並在英國Midhurst Medical Research Institute 進修基

13、礎心臟學研讨。1976 年晉升為台灣大學醫學院講師及附屬醫院內科主治醫師。1977 年起李研發長到長庚紀念醫院擔任心臟血管內科系主任，並為長庚大學校院體系研發會主席。李研發長歷任長庚大學臨床醫學研讨所所長、長庚紀念醫院副院長、長庚大學醫學院院長，並擔任中華人民共和國中國科學院客座研讨員，北京大學、北京醫科大學、上海醫科大學、中國醫科大學、揚州大學、成都中醫藥大學及福建醫科大學客座教授，學術研讨橫跨海峽兩岸。李英雄研發長在臨床醫療任务領域上專精心臟導管術、冠狀動脈攝影術及臨床心電生理檢查。他是世界上首創以電極導管經主動脈到左心室紀錄His bundle electrogram 者。此外李英雄研發

14、長也是中華民國電子顯微鏡學會的創會理事長，並曾連任理事長達10 餘年，現為該學會的榮譽理事長；而蛋白質中心中心在李英雄研發長的領導下建構於2019年12月，應運有關蛋白質體之研讨是未來醫學研讨之趨勢，希望結合學校與附設醫院相關之研讨資源，提出100 個與蛋白質體有關之研讨計畫。研讨主題研讨主題nCMU95-149 CMU95-149 n基因受損時，基因受損時，RPH1RPH1與與GIS1GIS1對對SACCHAROMYCES CEREVISIAESACCHAROMYCES CEREVISIAE的的蛋白質體分析蛋白質體分析nCMU95-303CMU95-303nGLOBAL EPIGENETIC

15、 STUDIES OF ORAL CANCERGLOBAL EPIGENETIC STUDIES OF ORAL CANCER子計畫二子計畫二：口腔癌對組蛋種類和其蛋白質修飾的影響生物標記：口腔癌對組蛋種類和其蛋白質修飾的影響生物標記nCMU95-334CMU95-334n以蛋白質體方法探討病毒產肝炎及其併發症以蛋白質體方法探討病毒產肝炎及其併發症- -肝纖維化及肝纖維化及肝癌發之分子機轉肝癌發之分子機轉子計畫一：以蛋白質體方法探討慢性子計畫一：以蛋白質體方法探討慢性B B、C C型肝炎及肝纖維化之分子機轉型肝炎及肝纖維化之分子機轉nCMU95-336CMU95-336n以蛋白質體方法探討病毒

16、產肝炎及其併發症以蛋白質體方法探討病毒產肝炎及其併發症- -肝纖維化及肝纖維化及肝癌發之分子機轉肝癌發之分子機轉子計畫三：利用蛋白質體技術來分析肝癌子計畫三：利用蛋白質體技術來分析肝癌組織的早期生物指標以及它的功能分析和作用用機制組織的早期生物指標以及它的功能分析和作用用機制實驗專長實驗專長nConventional proteomics approaches: 2D-PAGE, In-gel digestion, MALDI-TOF/TOF, nanoLC-ESI-MS, data processing and analysis nClinical proteomics technologi

17、es such as magnetic-beads MALDI-TOF, MALDI mass spectrometric imagingnBioinformatics and software technology: multivariate statistical analysis, clinprotools, principle component analysis, self-organizing map and hierachical clustering analysis過去研讨領域過去研讨領域nVarious cDNA microarray development; functi

18、onal genomics / proteomics research in the area of cardiovascular diseases; development of diagnostic marker and protein network databases nStudy on the biological functions and processes of two UV damage-responsive transcriptional regulators of photolyase 1, Rph1 and Gis1 in Saccharomyces cerevisia

19、e and the blue light photoreceptor, DASH-Crytochrome, in vibrio choleraenInvestigate on the biological consequences and molecular mechanisms of the human endothelial nitric oxide synthase (eNOS) phosphorylation技術技術蛋白質體相關實驗： (1)Gel-based : 二維電泳、銀染及CBR染色、In-gel digestion技術 (2)Mass-based : MALDI-TOF-TO

20、F、LC MS/MS、MALDI-Imaging 技術 (3)Beads-based : Glycospecific Magnetic Beads : WGA、LCA、ConA、CovAc Hydrophobic related beads (4)軟體操作:2-D 軟體分析： Melanie software Mass-based 軟體分析:FlexControl、FlexAnalysis、Biotool、Mascot Database analysis (5)機械手臂操作： 二維電泳膠體自動截取機器、Clinprot 機器 研讨目標研讨目標The research goal of this

21、proteomics core facility laboratory is to embrace basic and clinical research and apply enabling technologies and resources from proteomics, functional genomics, and bioinformatics for the analysis of biological samples derived from patients, animals and culture cells, etc. The number of technologies available in this proteomics laboratory including MALDI mass spectrometric imaging, magnetic-beads based MAL