滨说明文件microrna seq结果

1、MicroRNA seq 说明所有分析使用 clc_genomics_workbench 4.9 商业分析完成一，序列修剪(trim)和计数(count)：A、Small RNA sle.csv有效序列总表Small RNA：小 RNA 序列Expresvalues：表达量（等于 count）Length：序列长度 Count：序列计数二、序列与数据库的比对：比对实验物种的miRBase（v18）数据库和非编码数据库ncRNA、pirna、Rfam：允许与目标序列有2碱基错配、允许比目标序列两端各缩短或延长2碱基A、 Small RNA s1、 总结：Name:样本名le annoion re

2、port.pdf：序列与数据库的比对后的结果Small RNAs: 同类(unique) 小RNA序列的计数(count) Anno ed:有注释的同类(unique) 小RNA序列的计数 Percentage:有注释的同类(unique) 小RNA序列的比例 Reads: 所有read的计数Annoed:有注释的read的计数 Percentage:有注释的read的比例 2、比对数据库资源信息： Resource:比对数据库来源SequenSequenin resource:该数据库所有的小RNA数目found: 该数据库被测到的小RNA数目Percentage found: 该数据库被测

3、到的小RNA比例3、read 比对数据库信息： Annoion: 比对数据库来源 Count:总read计数分布 Percentage:总 read 百分比分布Perfect matches, 1 mismatch,2 mismatch: 完全匹配,单碱基错配,双碱基错配的read计数分布%: 完全匹配,单碱基错配,双碱基错配的 read 百分比分布4、小RNA 比对数据库信息:5、小 RNA 数量的分布情况图:X 轴是小 RNA 的计数, Y 轴是同一种计数的小 RNA 的比例;例如总共有 10 种序列不同的tag 其中 5 种计数都是 2,那么对应实线 X 轴等于 2 Y 轴等于 0.5

4、6、小RNA 在 miRBase 数据库注释的情况:anism:物种Total: 所有比对上的小RNA数目Mature total: 比对上Mature小RNA的数目Page 1 of 3Mature exact matches: 完全匹配Mature小RNA的数目Mature length variants: 匹配Mature但是长度有改变的小RNA的数目(在设定阈值内)Mature mutant variants: 匹配Mature但是有碱基错配的小RNA的数目-mature total: 没有比对上Mature小RNA的数目Mature*:比对上Mature*小RNA的数目Precurs

5、or: 匹配Mature但是长度有改变的小RNA的数目(在设定阈值外)7、小RNA 在 ncRNA 数据库注释的情况Resource :数据库来源Total : 比对上ncRNA的数目Exact matches: 完全匹配ncRNA的数目Mutant variants: 有碱基错配的ncRNA数目B、 Small RNA sle annoev 有注释的序列总表Small RNA：小 RNA 序列Expresvalues：表达量（等于 count）Length：序列长度 Count：序列计数Name：注释名Resource：数据库来源 Match type：匹配类型Mature : 完全匹配 m

6、ature 序列Mature super: 在 mature 两侧多碱基（在定义的阈值内） Mature sub :在mature 两侧少碱基（在定义的阈值内）Mature sub/super: 在 mature 一侧多碱基而在另一侧少碱基（在定义的阈值内） Mature* : 完全匹配 mature*序列Mature* super : 在 mature*两侧多碱基（在定义的阈值内） Mature* sub : 在 mature*两侧少碱基（在定义的阈值内）Mature* sub/super : 在 mature*一侧多碱基而在另一侧少碱基（在定义的阈值内） Precursor : 与 mat

7、ure 匹配但是两侧延长或缩短的碱基数超过定义的阈值 Exact：完全匹配Variant：有错配（在定义的阈值内）Mismatches：错配数C、 Small RNA s的阈值内）Feature ID：序列le groupev合并相同的小rna序列注释总表（在设定ExpresName:values：表达量（等于 Mature）名Resource：数据库来源Exact mature：完全匹配到mature序列的数目 Mature：匹配到mature序列的数目（在允许错配的阈值内）Page 2 of 3Unique exact mature：唯一的完全匹配到mature序列的数目Unique ma

8、ture：唯一的匹配到mature序列的数目（在允许错配的阈值内） Exact mature*：完全匹配到mature *序列的数目Mature*:匹配到mature *序列的数目（在允许错配的阈值内） Unique exact mature*：唯一的完全匹配到mature *序列的数目Unique mature*：唯一的匹配到mature*序列的数目（在允许错配的阈值内） Exact other: 完全匹配到miBase数据库外序列的数目Other: 匹配到miBase数据库外序列的数目（在允许错配的阈值内）Total：总共匹配到的序列数目D、 Small RNA sle grouped on mature.xls合并相同的成熟小rna序列的注释总表（在设定的阈值内）Feature ID：序列ExpresName:values：表达量（等于 Mature）名Resource：数据库来源Exact mature：完全匹配到mature序列的数目 Matu