染色质免疫沉淀课件

染色质免疫沉淀Chromatinimmunoprecipitation基因型决定表型破坏了基因型也就改变了表型什么是表观遗传学?是DNA及其染色质环境的稳定改变，这些可遗传的变化并不涉及DNA序列的突变。表观遗传修饰

在不影响DNA序列的情况下改变基因组的修饰，不仅可以影响个体的发育，而且还可以遗传下去。这类变异被称为“表观遗传修饰”，并被认为是导致遗传物质一致的孪生子出现个体差异的主要原因。染色质重塑染色质重塑在广义上是指染色质结构的动态调整或重新塑造染色质结构。在一些核内因子作用下，染色质DNA与其包绕的核心组蛋白之间亲和力的变化或相对位置的改变使得染色质结构变得较为松散，DNA更易于暴露。染色质重塑就是通过这样的变化来调控基因的转录。在狭义上，染色质重塑专指由ATP提供能量的、通过依赖于ATP的染色质重塑复合物改变组蛋白与DNA的结合状态，在靠近核心组蛋白的DNA表面建立特殊的构象，使转录因子较易于接近DNA的过程。染色质免疫沉淀技术的发展使染色质重塑研究得以进步实验原理

甲醛的作用在各种交联试剂中，甲醛（HCHO）的应用最为广泛。甲醛的浓度、作用时间及交联的温度等均可能影响交联的程度。甲醛可以通过赖氨酸、精氨酸和组氨酸以及那些DNA的氨基和亚氨基基团之间的交联，高效地在体内交联蛋白质-DNA、蛋白质-RNA以及蛋白质-蛋白质，形成生物复合体，防止细胞内组分的重新分布。除此之外，HCHO可以忠实地保留染色质结构，而且在温和条件下交联很容易逆转。通常交联所用的甲醛终浓度为1%，在12-37℃作用30min。但是如果反应温度超过30℃，本底就可能增加。因此，当必须在高温进行交联时，则应减少作用时间或甲醛浓度。过度交联将影响细胞的裂解，并且在超声处理时不能获得理想长度的DNA片段及影响DNA的溶解。对于特别容易进行交联的目的蛋白质（例如，组蛋白）需减少交联时间或甲醛浓度。甲醛的交联反应可被加入的甘氨酸终止。3.用500μl预热至室温带有蛋白酶抑制剂的SDS裂解液重悬并裂解细胞，冰浴10分钟；超声波处理剪切染色质DNA，使其形成300-1000bp即大约相当于2-5个核小体长度的片段；

①超声条件对实验的影响及超声注意事项②设置超声破碎的条件③酶消化与超声消化相比较的区别

①超声条件对实验的影响及超声注意事项

超声波是使用机械力断裂染色质，容易引起升温或产生泡沫，这都会引起蛋白质变性，进而影响ChIP的效率。所以在超声波断裂染色质时，要在冰上进行，且要设计时断时续的超声程序，保证低温。另外，超声探头要尽量深入管中，但不接触管底或侧壁，以免产生泡沫。总超声时间也不要太长，以免蛋白降解。②设置超声破碎的条件超声处理的条件通常可以设置为10秒每次，共3-4次，功率为50W时设置为最大功率的30%，采用2mm超声头。不同的超声处理仪器的设置不太一样，摸索超声条件时，可以先固定其他条件，先确定每次超声多长时间不会导致明显发热，然后摸索不同的超声次数。直至找到比较合适的超声次数可以使大部分基因组DNA断裂成200-1000bp大小。需要注意的是每次的超声体积和细胞用量宜固定，否则就不能使用一个相对比较固定的超声条件用于后续实验。③酶消化与超声消化相比较的区别MicrococcalNuclease可以将染色质切成一到几个核小体，比超声波处理的结果更精致，更均一。另外，酶反应的条件比较温和，对DNA和DNA-蛋白复合物的损伤较小，而且蛋白不易变性。酶处理染色质适用于新鲜的细胞或组织样品和冰冻样品。在研究组蛋白时，经常采用没经过甲醛固定的NativeChIP（N-ChIP）的研究方法。因为N-ChIP没经过甲醛固定，超声波处理会打断组蛋白和DNA的结合，所以只能选择酶处理染色质的方法。对于甲醛固定的样品，一般选择超声波处理方法。也有研究人员使用酶处理的方法研究甲醛固定较温和的样品。Millipore公司有商品化的MicrococcalNuclease处理的ChIP试剂盒（EZ-Enzyme）提供。Enzyme和sonication处理结果比较酚/氯仿抽提步骤

按照1：1体积比加酚/氯仿充分混匀后离心，取上层水相至新管，加入1/10体积3MNacl，2倍体积无水乙醇，大转数离心5min5.将超声处理过的样品在4℃13000rpm离心10分钟收集上清，10倍稀释，将其移入一新的2mlEP管中；6.按照每2ml稀释后液体加入75μl的比例加入蛋白A-琼脂糖/鲑精DNA(50%混悬液)，4℃摇动30分钟，预处理，短暂离心(700-1000rpm4℃，小于1分钟)，收集上清液；

①Beads的选择②Input的设置7.向2ml上清液中加入适量的抗乙酰化组蛋白H3的抗体(20μl)，4℃摇动过夜，阴性对照组不加抗体同样摇动过夜；

①抗体的选择②对照的设置二、免疫沉淀染色质DNA片段免疫共沉淀和染色质免疫沉淀input设置在进行免疫沉淀步骤前的样品②对照的设置ChIP实验至少应设立3种对照：①未经免疫沉淀的超声处理样本（input）；②阳性对照。一般用组蛋白抗体或anti-RNAPolymeraseII抗体这些比较保守的在所有细胞中都能结合基因的蛋白的抗体；③阴性对照。即用一种无关抗体（或相应动物的免疫前血清），与抗目的蛋白质抗体同时分别与交联染色质样本进行免疫沉淀反应；④选择不与目的蛋白质结合的基因组区域作对照，即“基因组对照”。另外，还应根据对ChIP的不同的特殊应用设立不同的实验对照。例如，试图检测目的蛋白质是否与某一推测的结合位点结合，则必须将此位点突变后作为对照；又如，欲测定突变细胞株中目的蛋白质与基因组DNA结合情况时，必须用野生型细胞株作对照等。8.加60μl蛋白A-琼脂糖/鲑精DNA(50%混悬液)，4℃摇1小时；短暂离心(700-1000rpm，4℃，小于1分钟)收集沉淀，分别用低盐免疫复合物洗液、高盐免疫复合物洗液、LiCl免疫复合物洗液洗涤沉淀各一次，每种液体每次用1ml，摇动3-5分钟后短暂离心收集沉淀。然后用同样的方法用TE缓冲液洗涤沉淀两次三、PCR鉴定结合于乙酰化组蛋白H3的DNA片段10.向上步所得沉淀中加入250μl洗脱液(1%SDS,0.1MNaHCO3)，震荡，室温孵育15分钟，离心收集上清；11.加入10μl0.5MEDTA、20μl1MTris-HClpH6.5、和2μl20mg/ml蛋白酶K，45℃孵育0.5-1小时；12.酚/氯仿抽提一次，乙醇沉淀并重溶于20μl的ddH2O中，取1μl作模板，按以下配方加样，PCR扩增实验组和对照组以及Input组的GAPDH启动子序列，扩增条件95℃1分钟，95℃30秒、55℃30秒、72℃30秒、30个循环，72℃5分钟，1.5%琼脂糖电泳检查结果。①此步DNA纯化可以选择适当的DNA纯化试剂盒②PCR的策略PCR的策略

引物的选择取决于实验目的。如若鉴定目的蛋白质特异结合的位点，除了必须设计一对能使扩增片段跨过该位点的引物外，至少还应设计一对扩增的DNA序列中没有目的蛋白质结合位点的对照引物。对于平均长度为500bp的DNA分子，它的大部分片段长度是500-1000bp，以至远离真正的结合位点1000