分子对接与全局最优化方法

关于分子对接与全局最优化方法第一页，共二十九页，2022年，8月28日分子对接配体－受体的相互作用结合自由能的理论计算优化方法第二页，共二十九页，2022年，8月28日配体与受体的相互作用生理过程与其有关生物大分子与大分子之间小分子与生物大分子之间蛋白质的生理和药物作用体现在蛋白质与小分子之间第三页，共二十九页，2022年，8月28日结合自由能的理论计算静电相互作用氢键相互作用范德华相互作用疏水作用第四页，共二十九页，2022年，8月28日结合自由能的理论计算几何形状互补静电相互作用互补氢键作用互补疏水作用互补第五页，共二十九页，2022年，8月28日几种计算方法分子动力学自由能微扰方法(FEP)经验计算方法第六页，共二十九页，2022年，8月28日自由能的经验计算方法(Autodock)第七页，共二十九页，2022年，8月28日自由能的经验计算方法(Autodock)第八页，共二十九页，2022年，8月28日网格能量(GridMap)近似计算利用计算好的参数三线性插值第九页，共二十九页，2022年，8月28日现在的问题和今后的方向溶剂化效应、水分子、柔性问题精确的计算和计算时间的问题表面计算数据库第十页，共二十九页，2022年，8月28日Autodock的处理Pdb文件的准备

小分子的准备第十一页，共二十九页，2022年，8月28日分子处理文件格式：pdb,mol2,mol,pdbq优缺点各种软件的使用

babel，chemoffice，weblabviewer，hyperchem等等第十二页，共二十九页，2022年，8月28日babel转换分子类型，支持几十种分子类型，dos界面。使用方法：babel–ipdb文件名[-h/-d]-omol2文件名Wendows界面babelwin第十三页，共二十九页，2022年，8月28日Chemoffice画小分子的三维结构(由分子式转化)计算其最小能量构形用PM3或者AM1计算原子电荷或者其他参数第十四页，共二十九页，2022年，8月28日处理蛋白质程序weblabviewer显示格式加氢减氢氨基酸显示去水除去小分子第十五页，共二十九页，2022年，8月28日显示格式第十六页，共二十九页，2022年，8月28日加氢减氢利用playscriptSetPropertyAtomelement="Oxygen":select=onSetPropertyAtomelement="Sulfur":select=onSetPropertyAtomelement="Nitrogen":select=onHydrogensAdd第十七页，共二十九页，2022年，8月28日多种显示模式NewHierarchyWindowNewDataWindow第十八页，共二十九页，2022年，8月28日去水第十九页，共二十九页，2022年，8月28日除去小分子第二十页，共二十九页，2022年，8月28日全局优化方法SAGA-NGATabu-Search第二十一页，共二十九页，2022年，8月28日Tabu-Search第二十二页，共二十九页，2022年，8月28日新的发展ReactiveTabuSearchEnhancedContinuousTabuSearchContinuousReactiveTabuSearch第二十三页，共二十九页，2022年，8月28日缺点初始解具有较强的依赖性单-单操作第二十四页，共二十九页，2022年，8月28日与NGA的结合现在的做法：

在NGA计算到减少Scale的时候，把最好的值作TabuSearch，TS时sacle也是逐步减少，到一定步数时如果数值不见好的话，就跳回到最好的地方重新开始。缺点第二十五页，共二十九页，2022年，8月28日计算结果计算次数NGANGA-TS计算结果所用时间(s)计算结果所用时间(s)10.2305083392900.2305083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950000350.2305083383470.230508338310.2305083385080.251533333370.2305083346890.4825583331190.23050833960100.251533333410.23050833963第二十六页，共二十九页，2022年，8月28日第二十七页，共二十九页，202