生物信息学序列分析课件

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Bioinformatics2.SequenceAnalysis1.Databases3.PhylogeneticanalysisREVIEWSIdentity/SimilarityHomology空位罚分打分矩阵:PAM/Blosum多序列比对REVIEWSBioXM的功能介绍BioXM的功能介绍以SRZ1基因序列为例Motif预测：什么是Motif?为什么要预测它？Motif（基序），即氨基酸序列中的一些作用位点，比如酶的活性位点，修饰位点等．在论文中常常对新蛋白进行此类分析，推测其可能的被修饰方式，或者具有什么活性．对我们进一步了解它的功能具有指导意义．事实上，motif预测依赖于庞大的数据库支持系统．说明：Prosite数据库中的motif都是已知功能或特性的．亚细胞定位：判断该蛋白可能在细胞内的位置：细胞核？细胞质？质体？线粒体？质膜？内质网？溶酶体？细胞外间隙……目的：该蛋白功能描述的重要依据．往往在进行实验验证之前进行初步分析，为实验方案提供依据．Softberry的不足：不能给出信号肽的（裂解）位置和核定位信号等序列的特征．因此：我们还采用SignalP和PredictNLS等程序进行预测．查找核定位信号：NLS分析的目的:2)启动子序列分析:a.可以初步判断基因的表达是否有特异性,是否与某个功能相关,为下一步的实验提供依据;b.为你当前的实验结果进行解释(或讨论).比如,你发现6PGDH基因的启动子区存在W-box,推测其可能受WRKY转录因子的控制,参与植物的生物胁迫应答,所以你打算做病原菌诱导的实验;或者,你首先实验证实了6PGDH基因受病原菌的诱导,进而你在启动子区域发现了这样的cis-element(如W-box),那么推测6PGDH基因受诱导可能通过WRKY因子控制,同时也验证了你的实验结果.

分析的目的:2)启动子序列分析:

所以首先,我们必须得到启动子序列,一般在TSS之前2000bp内（也可以选择起始密码子之前2000bp左右）如何通过生物信息学方法确定TSS?1)软件预测,如Softberry;2)搜索EST数据库;3)是否能找到全长cDNA序列.4)如果实在无法判断TSS,则将ATG之前2000bp序列进行预测.当然也可以配合实验!确定可能的TSS之后,通过RT-PCR进行验证.分析的目的:2)启动子序列分析:如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.首先要找到包含AF486280的基因组序列.分析的目的:2)启动子序列分析:如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.选择了大概13kb的包含AF486280的序列方法一:用FGENESH预测.TTATAAAAAGGATTGACATTTGTATTCCATTGTTA2)启动子序列分析:如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.选择了大概13kb的包含AF486280的序列方法二:用Fruitfly网站的promoter预测程序预测.2)启动子序列分析:如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.选择了大概13kb的包含AF486280的序列方法二:用Fruitfly网站的promoter预测程序预测.2)启动子序列分析:如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.选择了大概13kb的包含AF486280的序列方法三:用全长cDNA比对预测.(搜索nr数据库)ggctgcacgcctttccgcga与fruitfly网站的预测结果非常接近!!2)启动子序列分析:如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.选择了大概13kb的包含AF486280的序列方法四:搜索dbEST2)启动子序列分析:如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.方法四:搜索dbESTWecare??2)启动子序列分析:如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.方法四:搜索dbESTatcgctgcacgcctttccgcgatttcgtca与fruitfly的结果几乎一致.因此,我们初步认为ATC..为TSS2)启动子序列分析:确定TSS后的实验验证也是很重要的.可以选择推测的TSS之前,之后的序列设计引物,进行RT-PCR扩增,初步确定TSS.(该步骤也可以不做)下一步:

选择TSS(orATG)之前的2000bp左右的序列,通过MatInspector程序进行分析.1、BLAST检索NR或基因组数据库，打开检索结果，选取基因起始部分拷贝至BioXM软件，手工查找；2、自动搜索：适合于水稻等基因组公布的作物,而且一般只限定于查找ATG上游序列。2)启动子序列分析:Selectmorethan2000bpsequenceandcopyitintoBioXM注意是否需要将序列反向互补？查找SRZ1基因的起始序列．蓝色部分即为启动子序列2)启动子序列分析:Easyway:直接通过网站查询某个基因的启动子序列。2)启动子序列分析:2)启动子序列分析:2)启动子序列分析:2)启动子序列分析:2)启动子序列分析:可以直接将结果放在论文里发表.2)启动子序列分析:Stresspromoter1.02)启动子序列分析:Stresspromoter1.02)启动子序列分析:otherchoices:EMBOSS6.3.1:tfscanInClassExercise1.SearchforriceZFP252proteinsequence,predicttheMWandpI(BioXM);2.SubcellularlocalizationpredictionforZFP252(ProtCOMP);3.Motif(MotifScan)predictionforZFP252;4.E