基因组大项目-ont建库测序结题报告

基于OxfordNanoporeTechnologies平台DNA建库质控报告合同名称 合同编号 项目期号 客户单位 XXXX大报告单位 联系人 ： 真报告日项目 审核 项目概 合同关键指 分析结果概 原 实验流 2数据质 数据产出比例统 数据污染评 3总 参考文 合同关键指样品检测合格后，乙方基于Nanopore技术平台进序。260Gb。分析结果概通过三代Nanopore平台仪共测得317.46Gb原始数据280.75GbCleanData；NT污染评估结果显示数据无污染。原[1]DNA/RNADNA/RNA分子通过纳米孔通道时，会引起不学信号的变化[2]。通过对这些信号进行检测及图1ONT原理图Nanopore根据电流的大小及电流大小的变化情况，通过“递归神经网络（RecurrentNeuralNetwork）”的复杂算法对碱基进行判读[4]。图2ONT原理图实验流实验流程按照OxfordNanoporeTechnologies(ONT)公司提供的标准protocol执行，包括样品质量检测文库构建文库质量检测和文库等流程主要包括如下步骤BluePippin文库构建（SQK-LSK109连接试剂盒DNAQubit上机3Nanopore2数据质数据产出比例Nanopore的下机数据的原始数据格式为包含所有原始信号的二进制fast5格式，单条read对应单个fast5文件。通过MinKNOW软件包进行basecalling后会将fast5格式数据转换为fastq格式，用于后续分析。表1统计了本项目的1Data注Datatype:数据类型；SeqNum：序列条数；SumBase:总碱基数；N50Len：数据N50长度；N90Len：数据N902。2CleanreadsData Clean 注Datatype:数据类型；SeqNum：序列条数；SumBase:总碱基数；N50Len：数据N50长度；N90Len：数据N90将reads33CleanreadsReadsTotalLengthAverageLength注：Length：指reads的各个长度范围；ReadsNumber：指各个长度范围内序列的数目；TotalLength(bp)：指各个长度范围内序列的总长度；Percent：占总数据量比例；AverageLengthbp)：各个长度范围内序列的平均长度。通过对reads44数据污染评致组大小、杂合率、重复序列比例、GC含量等组特征评估结果出现较大偏差，使得组组装建库策略，最终影响后续的组组装效果。为了判断的数据是否包含污染，我们从数据中，随机取2,000条单端reads，与NT库进行BLAST[5]比对。评估标准：如果有一定比例（1%及以上）的reads比对上进从总数据集中随机挑取2,000条reads与NT对能够比对上的reads共95.2%XXXXXXX44NTAligned317,531bp，ReadN5029,746bp，最长read1,491,549bp，且不存在DeamerD,AkesonM,BrantonD:Threedecadesofnanoporesequencing.NatBiotechnol2016,34:518-524.MagiA,SemeraroR,MingrinoA,GiustiB,D'AurizioR:Nanoporesequencingdataysis:stateoftheart,applicationsandchallenges.BriefBioinformJainM,OlsenHE,PatenB,AkesonM:TheOxfordNanoporeMinION:deliveryofnanoporesequencingtothegenomicscommunity.GenomeBiol2016,17:239.KrishnakumarR,SinhaA,BirdSW,JayanH,EdwardsHS,SchoenigerJS,PaKD,BrandaSS,BartschMS:SystematicandstochasticinfluencesontheperformanceoftheMinIONnanoporesequenceracrossarangeofnucleotidebias.SciRep2018,8:3159.5AltschulSF,Gis