Affymetrix基因芯片产品课件

Affymetrix基因芯片产品Affymetrix基因芯片产品1Upto~7,000,000features

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chip5-11µmRNAtargetThousandsofcopiesofaspecificoligonucleotideprobeineachfeatureRawdataimagewith1-6.9

milliondifferentcomplementaryprobes

Oligonucleotideprobe*****1.28cmHybridizedprobecell*5”5”Upto~7,000,000features/c2芯片产品分类表达谱芯片-mRNA3’IVTWTMicroRNA芯片lncRNA芯片SNP/CNV芯片甲基化&转录因子芯片芯片产品分类表达谱芯片-mRNA3表达谱芯片3’IVTHumanU133Plus2.0MouseU4302.0RatU2302.0PrimeView&AlmacXcelWTHuman/Rat/MouseGene1.0STHuman/Rat/MouseExon1.0STHTA2.0表达谱芯片3’IVT4表达谱芯片探针设计Exon1.0ST基因组DNA初始转录本RNA可变剪切转录本Gene1.0ST3’端表达谱表达谱芯片探针设计Exon1.0ST基因组DNA初始转录5表达谱芯片实验步骤样本RNA抽提&质检cDNA合成及片段化生物素标记芯片杂交-洗脱-扫描芯片数据标准化表达谱芯片实验步骤样本RNA抽提&质检6Gene系列芯片TranscriptcoverageofthearrayHumanGene1.0STArrayHumanGene2.0STArrayTotalRefSeqtranscripts

covered36,07940,716NM?RefSeqcodingtranscript,

well-establishedannotation32,02030,654NR?RefSeqnon-codingtranscript,

wellestablishedannotation2,9675,638XM?RefSeqcodingtranscript,

provisionalannotation579996XR?RefSeqnon-codingtranscript,provisionalannotation5133,428lincRNAtranscripts46611,086RefSeq(Entrez)genecount21,01424,838Gene系列芯片Transcriptcoverageof7EXON系列芯片DesignStatisticsSummaryProbeSets1.4millionExonClusters>1millionSupportedbyPutativeFull-LengthmRNA289,961probesetsSupportedbyEnsemblTranscripts306,583probesetsSupportedbyEST665,175probesetsSupportedbyMouseorRatmRNA220,262probesetsSupportedbyGenePrediction883,105probesetsProbeSelectionRegionAlongtheentirelengthofthetranscriptsProbes/ProbeSelectionRegion4BackgroundSubtractionStrategyMedianintensityofupto1,000backgroundprobeswiththesameGCcontentTotalFeaturesPerArray>5,500,000InterrogatedStrandSense²EXON系列芯片DesignStatisticsSumm8HTA2ArraycontentProteincodingcontentNon-proteincodingcontentGenes(transcriptclusters)44,69922,829Transcripts245,34940,914Exons560,472109,930Exonclusters296,05882,444Splicejunctions(probesets)339,1460HTA2ArraycontentProteincodin9表达谱芯片应用U133——经典，相对旧，无价格优势，不做推荐Gene系列——基本，仅满足一般表达量检测需求Exon系列——全面，精确表达量检测HTA2——最佳，最全&最精确表达量EG1.0——最佳，唯一能够获得转录本表达量表达谱芯片应用U133——经典，相对旧，无价格优势，不做推荐10MicroRNA芯片MicroRNA4.0microRNAPre-microRNAsnoRNA&scaRNAMicroRNA芯片MicroRNA4.011microRNA芯片实验步骤样本RNA抽提&质检Poly(A)加尾&FlashTagBiotinHSR连接生物素标记芯片杂交-洗脱-扫描芯片数据标准化microRNA芯片实验步骤样本RNA抽提&质检12microRNA4.0特点100%覆盖miRBaseV20包括所有数据库记录的物种人2578小鼠1908大鼠728重复性>0.95技术重复生物重复microRNA4.0特点100%覆盖miRBaseV2013lncRNA芯片Human/Mouse/RatGene2.0HTA2.0(Human)EG1.0-Human/MouselncRNA芯片Human/Mouse/RatGene2.14LNCRNA芯片实验流程样本RNA抽提&质检cDNA合成及片段化生物素标记芯片杂交-洗脱-扫描芯片数据标准化LNCRNA芯片实验流程样本RNA抽提&质检15SNP/CNV芯片SNP6.0CytoScan750KCytoScanHDOncoScan订制芯片SNP/CNV芯片SNP6.016Cyto芯片适用样本细胞组织血液唾液骨Cyto芯片适用样本细胞17CytoHD高覆盖率270万CNV探针75万SNP探针高性能特异性灵敏度高分辨率~1marker/1-3KB~1marker/5KBCytoHD高覆盖率270万CNV探针75万SNP探针高性18Affymetrix基因芯片产品课件19Affymetrix基因芯片产品课件20纯合杂合纯合杂合21父本母本子代父本母本子代22Affymetrix基因芯片产品课件23Cyto系列芯片价值杂合性缺失单亲二倍体三倍体样本异质性家系分析Cyto系列芯片价值杂合性缺失单亲二倍体三倍体样本异质性家系24甲基化芯片HumanPromoter1.0R甲基化芯片HumanPromoter1.0R25DNA甲基化CpG岛在CpG甲基化结合蛋白和DNA甲基化转移酶的作用下，使CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶转变成为5’甲基胞嘧啶。通常是基因的启动子区域，5’端非翻译区和第一个外显子区，CpG序列密度非常高，超过均值5倍以上，为鸟嘌呤和胞嘧啶的富集区。DNA甲基化CpG岛在CpG甲基化结合蛋白和DNA甲基化转移26研究甲基化意义肿瘤DNA甲基化过低CpG岛高甲基化发育出生后发育衰老整体甲基化水平研究甲基化意义肿瘤DNA甲基化过低CpG岛高甲基化发育出生后27Affymetrix基因芯片产品课件28样品交联染色质片段化CHIP洗涤纯化PCR扩增DNA片段化标记杂交洗脱扫描样品交联染色质片段化CHIP洗涤纯化PCR扩增DNA片段化标29Promoter1.0R实验流程Promoter1.0R实验流程30生活中的辛苦阻挠不了我对生活的热爱。12月-2212月-22Monday,December26,2022人生得意须尽欢，莫使金樽空对月。10:29:0910:29:0910:2912/26/202210:29:09AM做一枚螺丝钉，那里需要那里上。12月-2210:29:0910:29Dec-2226-Dec-22日复一日的努力只为成就美好的明天。10:29:0910:29:0910:29Monday,December26,2022安全放在第一位，防微杜渐。12月-2212月-2210:29:0910:29:09December26,2022加强自身建设，增强个人的休养。2022年12月26日10:29上午12月-2212月-22精益求精，追求卓越，因为相信而伟大。26十二月202210:29:09上午10:29:0912月-22让自己更加强大，更加专业，这才能让自己更好。十二月2210:29上午12月-2210:29December26,2022这些年的努力就为了得到相应的回报。2022/12/2610:29:0910:29:0926December2022科学，你是国力的灵魂；同时又是社会发展的标志。10:29:09上午10:29上午10:29:0912月-22每天都是美好的一天，新的一天开启。12月-2212月-2210:2910:29:0910:29:09Dec-22相信命运，让自己成长，慢慢的长大。2022/12/2610:29:09Monday,December26,2022爱情，亲情，友情，让人无法割舍。12月-222022/12/2610:29:0912月-22谢谢大家！生活中的辛苦阻挠不了我对生活的热爱。12月-2212月-2231Affymetrix基因芯片产品Affymetrix基因芯片产品32Upto~7,000,000features

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chip5-11µmRNAtargetThousandsofcopiesofaspecificoligonucleotideprobeineachfeatureRawdataimagewith1-6.9

milliondifferentcomplementaryprobes

Oligonucleotideprobe*****1.28cmHybridizedprobecell*5”5”Upto~7,000,000features/c33芯片产品分类表达谱芯片-mRNA3’IVTWTMicroRNA芯片lncRNA芯片SNP/CNV芯片甲基化&转录因子芯片芯片产品分类表达谱芯片-mRNA34表达谱芯片3’IVTHumanU133Plus2.0MouseU4302.0RatU2302.0PrimeView&AlmacXcelWTHuman/Rat/MouseGene1.0STHuman/Rat/MouseExon1.0STHTA2.0表达谱芯片3’IVT35表达谱芯片探针设计Exon1.0ST基因组DNA初始转录本RNA可变剪切转录本Gene1.0ST3’端表达谱表达谱芯片探针设计Exon1.0ST基因组DNA初始转录36表达谱芯片实验步骤样本RNA抽提&质检cDNA合成及片段化生物素标记芯片杂交-洗脱-扫描芯片数据标准化表达谱芯片实验步骤样本RNA抽提&质检37Gene系列芯片TranscriptcoverageofthearrayHumanGene1.0STArrayHumanGene2.0STArrayTotalRefSeqtranscripts

covered36,07940,716NM?RefSeqcodingtranscript,

well-establishedannotation32,02030,654NR?RefSeqnon-codingtranscript,

wellestablishedannotation2,9675,638XM?RefSeqcodingtranscript,

provisionalannotation579996XR?RefSeqnon-codingtranscript,provisionalannotation5133,428lincRNAtranscripts46611,086RefSeq(Entrez)genecount21,01424,838Gene系列芯片Transcriptcoverageof38EXON系列芯片DesignStatisticsSummaryProbeSets1.4millionExonClusters>1millionSupportedbyPutativeFull-LengthmRNA289,961probesetsSupportedbyEnsemblTranscripts306,583probesetsSupportedbyEST665,175probesetsSupportedbyMouseorRatmRNA220,262probesetsSupportedbyGenePrediction883,105probesetsProbeSelectionRegionAlongtheentirelengthofthetranscriptsProbes/ProbeSelectionRegion4BackgroundSubtractionStrategyMedianintensityofupto1,000backgroundprobeswiththesameGCcontentTotalFeaturesPerArray>5,500,000InterrogatedStrandSense²EXON系列芯片DesignStatisticsSumm39HTA2ArraycontentProteincodingcontentNon-proteincodingcontentGenes(transcriptclusters)44,69922,829Transcripts245,34940,914Exons560,472109,930Exonclusters296,05882,444Splicejunctions(probesets)339,1460HTA2ArraycontentProteincodin40表达谱芯片应用U133——经典，相对旧，无价格优势，不做推荐Gene系列——基本，仅满足一般表达量检测需求Exon系列——全面，精确表达量检测HTA2——最佳，最全&最精确表达量EG1.0——最佳，唯一能够获得转录本表达量表达谱芯片应用U133——经典，相对旧，无价格优势，不做推荐41MicroRNA芯片MicroRNA4.0microRNAPre-microRNAsnoRNA&scaRNAMicroRNA芯片MicroRNA4.042microRNA芯片实验步骤样本RNA抽提&质检Poly(A)加尾&FlashTagBiotinHSR连接生物素标记芯片杂交-洗脱-扫描芯片数据标准化microRNA芯片实验步骤样本RNA抽提&质检43microRNA4.0特点100%覆盖miRBaseV20包括所有数据库记录的物种人2578小鼠1908大鼠728重复性>0.95技术重复生物重复microRNA4.0特点100%覆盖miRBaseV2044lncRNA芯片Human/Mouse/RatGene2.0HTA2.0(Human)EG1.0-Human/MouselncRNA芯片Human/Mouse/RatGene2.45LNCRNA芯片实验流程样本RNA抽提&质检cDNA合成及片段化生物素标记芯片杂交-洗脱-扫描芯片数据标准化LNCRNA芯片实验流程样本RNA抽提&质检46SNP/CNV芯片SNP6.0CytoScan750KCytoScanHDOncoScan订制芯片SNP/CNV芯片SNP6.047Cyto芯片适用样本细胞组织血液唾液骨Cyto芯片适用样本细胞48CytoHD高覆盖率270万CNV探针75万SNP探针高性能特异性灵敏度高分辨率~1marker/1-3KB~1marker/5KBCytoHD高覆盖率270万CNV探针75万SNP探针高性49Affymetrix基因芯片产品课件50Affymetrix基因芯片产品课件51纯合杂合纯合杂合52父本母本子代父本母本子代53Affymetrix基因芯片产品课件54Cyto系列芯片价值杂合性缺失单亲二倍体三倍体样本异质性家系分析Cyto系列芯片价值杂合性缺失单亲二倍体三倍体样本异质性家系55甲基化芯片HumanPromoter1.0R甲基化芯片HumanPromoter1.0R56DNA甲基化CpG岛在CpG甲基化结合蛋白和DNA甲基化转移酶的作用下，使CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶转变成为5’甲基胞嘧啶。通常是基因的启动子区域，5’端非翻译区和第一个外显子区，CpG序列密度非常高，超过均值5倍以上，为鸟嘌呤和胞嘧啶的富集区。DNA甲基化CpG岛在CpG甲基化结合蛋白和DNA甲基化转移57研究甲基化意义肿瘤DNA甲基化过低CpG岛高甲基化发育出生后发育衰老整体甲基化水平研究甲基化意义肿瘤DNA甲基化过低CpG岛高甲基化发育出生后58Affymetrix基因芯片产品课件59样品交联染色质片段化CHIP洗涤纯化PCR扩增DN