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文档简介

4.2比对分析序列比对（sequencealignment）指将两个或多个序列排列在一起，标明其相似之处。序列中可以插入间隔（通常用短横线“-”表示）。对应的相同或相似的符号（在核酸中是A,T或U,C,G，在蛋白质中是氨基酸残基的单字母表示）排列在同一列上。序列比对常用于研究由共同祖先进化而来的序列，特别是如蛋白质序列或DNA序列等生物序列。在比对中，错配与突变对应，而空位与插入或缺失对应。4.2.1

BLAST比对BLAST主页http:///Blast.cgi各个序列比对的详情4.2.2

双序列比对举例：RDGV基因组S8片段的中国广西分离物（DQ364683）与泰国分离物（NC_009241）序列之间是否相关？1.打开bl2seq程序http:///Blast.cgi

2.提交序列3.参数设置4.比对结果序列比对的点矩阵示意图目的序列参考序列比对信息4.2.3

多序列比对多序列比对(MutipleAlignment)软件：ClustalX1.载入序列note：存储的文件路径及名称不能含有中文。ClustalX载入序列界面2.参数设置双序列比对参数设置3.完全比对完成比对输出设置4.结果输出比对完成界面5.结果解读ClustalX比对文件窗口4.3基因结构识别ORF识别启动子及转录因子结合位点分析重复序列分析CpGisland3′UTR区4.3.2

ORF识别及其可靠性验证开放阅读框（openreadingframe,ORF）：从mRNA5端起始密码子AUG到3端终止密码子之间的核苷酸序列，各个三联体密码连续排列编码一个蛋白质多肽链，称为开放阅读框。RDGVS8geneORFFinder主界面1.提交序列RDGVS8gene2.参数设置ORF识别网址：http:///projects/gorf/ORFFinder预测结果3.预测结果选取预测的ORF4.验证参数设置BLASTP查询界面5.结果解读BLASTP比对结果总览图BLASTP比对结果描述4.3.2

启动子及转录因子结合位点分析启动子（promoter

）：位于基因上游，与RNA聚合酶识别、结合并起始转录有关的DNA序列。转录因子（transcriptionalfactor,TF）：能识别并结合启动子核心序列，直接或间接参与转录起始复合体的形成的蛋白因子。PromoterScan界面启动子预测网址：/molbio/proscan/Human78kdalton

glucose-regulated

protein

(GRP78)genePromoterScan预测结果启动子阈值与该启动子可能结合的转录因子考核操作题（四）在NCBI核酸数据库中查找并下载AY999078、AY999077、AY216767三个基因cDNA序列，并进行如下操作（10分）：

1.在命名为基因登录号.txt的文件中，以FASTA格式分别保存上述三个基因cDNA序列;

2.对上述三个基因

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