水稻品种指纹检测及其应用

水稻品种指纹检测及其应用第一页，共十六页，2022年，8月28日实验目的学习SSR指纹图谱的构建原理与方法应用SSR指纹图谱进行水稻品种的鉴别第二页，共十六页，2022年，8月28日实验原理1、生物具有丰富的遗传多样性，并在个体形态上表现出千姿百态。2、DNA分子标记技术的发展，使得在DNA分子水平揭示生物的遗传多样性成为可能。（稳定性好、不受环境和发育时期限制等多方面优越性）3、DNA指纹图谱（条码技术）能有效鉴别不同生物物种或同一物种的不同基因型。4、常用的几种DNA分子标记：1）RFLP2）SSR3）RAPD4）AFLP5）SCAR：sequencecharacterizedamplifiedregion6）CAPS：cleavedamplifiedpolymorphicsequence7）InDel第三页，共十六页，2022年，8月28日SSR分子标记的原理：

SSR序列特征：如：————(AG)n————(AG)n,n=36(AG)n,n=112(AG)n,n=75第四页，共十六页，2022年，8月28日SSR的PCR扩增及电泳检测

一般为共显性，在F2群体中，理论上[A]：[AB]：[B]=1：2：1

ABABBABA…………

第五页，共十六页，2022年，8月28日标记等位基因的识别与标识RM267多态性RM522单态性标记RM552多态性ABCABDC第六页，共十六页，2022年，8月28日表1不同基因型SSR指纹图谱示例标记基因型M1M2M3M4M5M6M7M8M9…P1ABBABCABFP2CBAADDBACP3BBADCFEBAP4EBADCBBAB影响指纹图谱特异性的主要因素：1、生物内在的遗传多样性2、标记的多态性3、标记的数目第七页，共十六页，2022年，8月28日应用SSR指纹图谱鉴定杂交稻真假杂种的实例Ref：彭锁堂、庄杰云、颜启传、郑康乐.我国主要杂交水稻组合及其亲本SSR标记和纯度鉴定.中国水稻科学,2003,17(1):1～5SSR标记RM17对杂交稻“两优培九”100粒单种子的扩增结果(M分子量Marker，A不育系，R恢复系，2轮点样）第八页，共十六页，2022年，8月28日实验材料1、2个杂交稻品种及其4个亲本品种1）红莲优6号（粤泰/扬稻6号）2）两优培九（培矮64S）3）P14）P25）P36）P42、6个SSR标记（见右表）3、分组：1）4人一组，用2个标记分别对6个水稻品种进行PCR扩增2）每3个小组的实验结果整合到一起，用于实验报告的撰写Chr.Markers引物编号Chr.6RM587引物1Chr.8RM264引物2Chr.9RM278引物3Chr.10RM228引物4Chr.11RM202引物5Chr.12RM17引物6第九页，共十六页，2022年，8月28日实验方法

反应因子单个反应体积（ul）9个反应用量（ul）1、ddH2O10.090.02、10×buff2.018.03、25mMMgCl21.816.24、10mMdNTPs1.09.05、5uMprimer2.018.06、5U/ulTaq酶0.21.8(取用前先离心)7、DNA模板3.0

1、PCR反应体系配制：在0.5ml离心管中配制反应混合液第十页，共十六页，2022年，8月28日1)先按9个反应所需量配制因子1-6的混合液，瞬时离心混匀2)将混合液分装到6个反应管中，每管17ul3)向每管分别添加6个水稻品种的DNA模板，4)再向每管各加1小滴矿物油，瞬时离心5)按标记（每标记1列）将反应管安放到PCR仪上每个标记分别在1个0.5ml离心管中配制反应混合液第十一页，共十六页，2022年，8月28日

①94℃预变性5min ②94℃变性1min ③55℃退火1min ④72℃延伸1min ⑤重复步骤②-④35次 ⑥72℃延伸10min注：退火温度对扩增产物的影响？2、PCR扩增程序第十二页，共十六页，2022年，8月28日1）制胶：用1×TAE液配制4%琼脂糖凝胶70ml,加染色剂2）点样：每管加入2ul溴酚兰加样缓冲液，瞬时离心。取15ul扩增产物点样

(请注意点样顺序)3）电泳：稳压（100V），电泳1-1.5h4）观察：紫外灯下观察电泳结果3、琼脂糖凝胶电泳第十三页，共十六页，2022年，8月28日多态性标记的筛选4