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文档简介
化学绘画软件第1页,共45页,2023年,2月20日,星期三3.1化学绘图软件Chemoffice2004:chemDraw,chem3D,chemFinder
平面结构、装置、立体模型、量化计算、数据库ChemWindow3.0-6.0:化学结构制作ISIS_Draw:化学结构制作ACD/ChemSketch:化学结构制作ChemLab:基本玻璃仪器软件★下载网址★中国化学软件网:/第2页,共45页,2023年,2月20日,星期三3.2ChemWin的基本用法基本工具键(线型)工具环型工具箭头(含园弧)工具文字工具(两种)选择工具(两种)处理工具(组合、删除,变型,旋转等)结构模板工具第3页,共45页,2023年,2月20日,星期三1基本工具第4页,共45页,2023年,2月20日,星期三2.基本用法选工具单击,即画出结构①孤立点-画结构②支点-接基团③环状键中点-并环支点中点选单击单击单击【例】第5页,共45页,2023年,2月20日,星期三基本用法图形的移动、旋转与缩放
①移动:选箭头工具,鼠标左键按住图形上的线或黑点,即可移动。或单击图形线段,即可选定图形,再按住图形拉动。按住线段,即可拉动拉虚线框罩住图,即可拉动第6页,共45页,2023年,2月20日,星期三图形的移动、旋转与缩放②旋转选定图形,点旋转工具移鼠标到任意一个边框黑点上,即出现一环形箭头,可以按住左键绕中心轴旋转。见右图。鼠标在这里,变环形箭头旋转后的情况见右图。第7页,共45页,2023年,2月20日,星期三图形的移动、旋转与缩放③缩放选定图形,在图形外围有8个黑点,用鼠标按住中部的黑点(右图的蓝圈指示),拉动,可以使图形变形;若按住四个角的任一黑点(右图的红圈指示),拉动,可以按比例整体缩放。④删除线段选工具“橡皮”,鼠标点图形顶角,删二线,点线中点删一线。第8页,共45页,2023年,2月20日,星期三图形的移动、旋转与缩放其他的方法:鼠标在图形的线段上移动时,会出现黑点,按住任一黑点拉动,图形被移动;若选按住Alt键,再按住任一黑点拉动,图形便被局部拉长或短小----变形缩放。第9页,共45页,2023年,2月20日,星期三3.线与箭头工具单双三键变换-不断单击单键的中部:不同键的变换-新键自动替换原来的键端基接基团-输入C、N、P、S等中心单击中心单击中心单击选单击选单击输入C第10页,共45页,2023年,2月20日,星期三4.环状工具控制点:支(端)点和中点单击:端点──连接基团中点──增加环第11页,共45页,2023年,2月20日,星期三4.环状工具选苯环:在多元环中单击──加共轭环第12页,共45页,2023年,2月20日,星期三5.曲线工具平滑曲线、曲线箭头第13页,共45页,2023年,2月20日,星期三5.曲线工具圆弧曲线箭头第14页,共45页,2023年,2月20日,星期三6.结构标准原子与文字输入纯文字输入:用“T”工具结构标注基团或原子:用特殊文字工具选输NH3第15页,共45页,2023年,2月20日,星期三7.结构的选取与结构的处理采用“矩形”或“套索”工具选择第16页,共45页,2023年,2月20日,星期三删除:选取后按Del键或用图标单击对象删除组合、去组合:若干图元作为一体处理或拆散处理立体化:移动某些键使其立体化对称变换:左右、上下镜像旋转:任意角度排列对齐:与文字类似,可左右、上下、居中均匀分布:上下、左右均匀分布8.结构的处理左右镜像第17页,共45页,2023年,2月20日,星期三自己制作的结构保存后即为模板9.模板的制作与使用取出后即可使用第18页,共45页,2023年,2月20日,星期三插入表格,拖动后形成表格,即可输入内容10.其他功能第19页,共45页,2023年,2月20日,星期三质谱碎片10.其他功能画好结构后,选取按钮,在结构断点画直线即可第20页,共45页,2023年,2月20日,星期三结构图形标注10.其他功能画好结构后,选取按钮,在结构的原子位置上拖动,输入文字标注即可选第21页,共45页,2023年,2月20日,星期三复制粘贴到其他软件如Word中修改:粘贴到ChemWin中修改或双击直接修改11.与其他软件的共享第22页,共45页,2023年,2月20日,星期三12.应用输入反应式第23页,共45页,2023年,2月20日,星期三线段的端点和中点为控制点曲线中间有两个控制点单击,画或改图元或基团用苯环工具可画共轭圆按住Shift键画,可改图元大小输入文字要注意小结第24页,共45页,2023年,2月20日,星期三3.3化学office
Chemoffice:每年出新版本版本:3.5:约20MB2002:约80MB2006:约270MB基本功能
ChemDraw:结构制作与简单仪器制作
Chem3D:空间结构显示与量化计算
ChemFinder:化学数据库制作第25页,共45页,2023年,2月20日,星期三3.3.1ChemDraw简介基本功能与chemwind相同特殊功能:分子结构模板众多玻璃容器与玻璃管模板:可制作实验装置缺少功能圆弧箭头,Kekule结构,结构大小的控制键第26页,共45页,2023年,2月20日,星期三1结构与仪器模板模板按钮氨基酸(AminoAcids),芳族(Aromatics),双环(Bicyclics),生物与胶体(Bioart),仪器1(Clipware,part1)仪器2(Clipaware,part2)构型(Conformers),五元环(CpRings),环烃(Cycloalkanes),DNA(Templates),功能团(FunctionalGroups),杂环(Hexoses),苯环(PhRings),多方体(Polyhedra),RNA(Templates),立体异构体(Stereocenters),超分子(Supramolecules)第27页,共45页,2023年,2月20日,星期三应用示例反应装置第28页,共45页,2023年,2月20日,星期三2特殊工具插入表格、括号、薄层色谱图(04版)、对象加标注按钮薄层色谱图第29页,共45页,2023年,2月20日,星期三3质谱碎片第30页,共45页,2023年,2月20日,星期三4显示分子性质“View/ShowChemicalPropertiesWindow”菜单第31页,共45页,2023年,2月20日,星期三5保存格式常用格式:cdx交换格式:mol其他格式:众多第32页,共45页,2023年,2月20日,星期三3.3.2Chem3D简介提供功能制作结构:单键、双键、三键,氢分子键,立体旋转读取chemDraw结构进行结构优化计算进行量化结构第33页,共45页,2023年,2月20日,星期三1基本制作制作结构:单键、双键、三键,氢分子键,立体旋转第34页,共45页,2023年,2月20日,星期三2结构不同显示方式View/ModelDisplay/DisplayModel/菜单或F6键:五种WireFrameSticksBall-SticksCylindricalBondsSpaceFilling第35页,共45页,2023年,2月20日,星期三3读取chemDraw结构例如:在chemDraw中画甲苯结构,保存成C6H6CH3.MOL则chem3D可打开.第36页,共45页,2023年,2月20日,星期三4溶剂化影响模型View/SolventAccessible菜单甲苯结构第37页,共45页,2023年,2月20日,星期三
MM2计算例如:甲苯结构,MinimalEnergy计算,运算完后,执行“Analyze/showmeasurements”菜单,可显示键长BondLengths
键角BondAngles
二面角DihedralAngles等分子优化前后的内坐标参数。第38页,共45页,2023年,2月20日,星期三计算结果:BondLengthsC(1)-C(2) 1.397 1.392C(1)-C(6) 1.400 1.392C(1)-H(15) 1.102 1.100C(2)-C(3) 1.396 1.392C(2)-H(14) 1.102 1.100C(3)-C(4) 1.396 1.392C(3)-H(13) 1.102 1.100C(4)-C(5) 1.397 1.392C(4)-H(12) 1.102 1.100C(5)-C(6) 1.400 1.392C(5)-H(11) 1.102 1.100C(6)-C(7) 1.509 1.497第39页,共45页,2023年,2月20日,星期三6性质计算选择菜单“Analyze/Computeproperties”
选择“Available”中要计算的性质,单击“add”按钮,单击“OK”,即算出分子的性质。例如甲苯的沸点399.895K第40页,共45页,2023年,2月20日,星期三7其他计算从头算程序:GamessGaussian
需另外安装这两个程序。半经验或分子力学计算
MechanicsMopac(Am1,Mindo/3,Mndo,PM3)计算方式:计算性质,最小能,过渡态优化,光谱分析第41页,共45页,2023年,2月20日,星期三1.进入中国化学软件网(/)或(),下载Chemwin和Chemoffice。2.安装Chemwin和Chemoffice软件3.用chemwin和chemoffice软件制作如下结构,比较它们的差异。第42页,共45页,2023年,2月20日,星期三4画出如下的结构5输入如下的反应式第43页,共45页,2023年,2月20日,星期三
6.图元的组合(Group)与取
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