转录及其调控

转录及其调控第1页，共86页，2023年，2月20日，星期二在生物界，RNA合成有两种方式：1、DNA指导的RNA合成，也叫转录，此为生物体内的主要合成方式，也是本章介绍的主要内容。2、RNA指导的RNA合成(RNA-dependentRNAsynthesis)，也叫RNA复制(RNAreplication),由RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependentRNApolymerase)催化，常见于病毒，是逆转录病毒以外的RNA病毒在宿主细胞以病毒的单链RNA为模板合成RNA的方式。第2页，共86页，2023年，2月20日，星期二转录(transcription)是生物体以DNA为模板合成RNA的过程。转录RNADNA

第3页，共86页，2023年，2月20日，星期二转录的知识是理解许多生物学现象和医学问题所必需的。对于RNA生物过程的调节可以导致蛋白质合成速率的改变，以及由此而引发的一系列代谢变化，因此，了解RNA代谢的基本原理就甚为重要。这些原理既关系到所有生物是如何适应环境变化的，也关系到细胞结构和功能的分化机制。

第4页，共86页，2023年，2月20日，星期二复制和转录的区别第5页，共86页，2023年，2月20日，星期二参与转录的物质：原料:

NTP(ATP,UTP,GTP,CTP)模板:

DNA酶:

RNA聚合酶(RNApolymerase,RNA-pol)其他蛋白质因子第6页，共86页，2023年，2月20日，星期二原核生物转录ProkaryoticTranscription第一节第7页，共86页，2023年，2月20日，星期二一、原核生物转录的模板DNA分子上转录出RNA的区段，称为结构基因(structuralgene)。转录的这种选择性称为不对称转录(asymmetrictranscription)，它有两方面含义：在DNA分子双链上，一股链用作模板指引转录，另一股链不转录；其二是模板链并非总是在同一单链上。第8页，共86页，2023年，2月20日，星期二5′···GCAGTACATGTC···3′3′···cgtgatgtacag···5′5′···GCAGUACAUGUC···3′N······Ala·Val·His·Val······C编码链模板链mRNA蛋白质转录翻译DNA双链中按碱基配对规律能指引转录生成RNA的一股单链，称为模板链(templatestrand)，也称作有意义链或Watson链。相对的另一股单链是编码链(codingstrand)，也称为反义链或Crick链。第9页，共86页，2023年，2月20日，星期二5335模板链编码链编码链模板链结构基因转录方向转录方向不对称转录第10页，共86页，2023年，2月20日，星期二二、RNA合成由RNA聚合酶催化（一）RNA聚合酶能直接启动RNA链的合成DNA依赖的RNA聚合酶催化合成RNA；RNA合成的化学机制与DNA依赖的DNA聚合酶催化DNA合成相似。(NMP)n+NTP→(NMP)n+1+PPiRNA延长的RNA第11页，共86页，2023年，2月20日，星期二DNA聚合酶在启动DNA链延长时需要引物存在，而RNA聚合酶不需要引物就能直接启动RNA链的延长。RNA聚合酶和DNA的特殊序列——启动子(promoter)结合后，就能启动RNA合成。第12页，共86页，2023年，2月20日，星期二（二）RNA聚合酶由多个亚基组成第13页，共86页，2023年，2月20日，星期二核心酶

(coreenzyme)全酶

(holoenzyme)转录起始阶段转录延长阶段第14页，共86页，2023年，2月20日，星期二三、RNA聚合酶结合到DNA的启动子上起动转录转录是不连续、分区段进行的。每一转录区段可视为一个转录单位，称为操纵子(operon)。操纵子包括若干个结构基因及其上游(upstream)的调控序列。5335结构基因调控序列RNA-pol第15页，共86页，2023年，2月20日，星期二调控序列中的启动子是RNA聚合酶结合模板DNA的部位，也是控制转录的关键部位。原核生物以RNA聚合酶全酶结合到DNA的启动子上而起动转录，其中由σ亚基辨认启动子，其他亚基相互配合。对启动子的研究，常采用一种巧妙的方法即RNA聚合酶保护法。第16页，共86页，2023年，2月20日，星期二RNA聚合酶保护法第17页，共86页，2023年，2月20日，星期二开始转录TTGACAAACTGT-35区(Pribnowbox)TATAATPuATATTAPy-10区1-30-5010-10-40-205335RNA-pol辨认位点(recognitionsite)55RNA聚合酶保护区结构基因33用RNA聚合酶保护法研究转录起始区第18页，共86页，2023年，2月20日，星期二RNA聚合酶全酶在转录起始区的结合:第19页，共86页，2023年，2月20日，星期二原核生物的转录过程TheProcessofTranscriptioninProkaryote第二节第20页，共86页，2023年，2月20日，星期二RNA聚合酶必须准确地结合在转录模板的起始区域。DNA双链解开，使其中的一条链作为转录的模板。一、转录起始需要RNA聚合酶全酶转录起始需解决两个问题：第21页，共86页，2023年，2月20日，星期二E.coli的转录起始和延长第22页，共86页，2023年，2月20日，星期二2.DNA双链局部解开，形成开放转录复合体(opentranscriptioncomplex)

；1.RNA聚合酶全酶(2)与模板结合，形成闭合转录复合体(closedtranscriptioncomplex)

；3.在RNA聚合酶作用下发生第一次聚合反应，形成转录起始复合物：RNApol(2)-DNA-pppGpN-OH3转录起始复合物:5-pppG-OH+

NTP5-pppGpN

-OH3+ppi转录起始过程：第23页，共86页，2023年，2月20日，星期二第一个磷酸二酯键生成后，σ亚基即从转录起始复合物上脱落，核心酶连同四磷酸二核苷酸，继续结合于DNA模板上，酶沿DNA链前移，进入延长阶段。第24页，共86页，2023年，2月20日，星期二二、原核生物的转录延长时蛋白质的翻译也同时进行1.亚基脱落，RNA–pol聚合酶核心酶变构，与模板结合松弛，沿着DNA模板前移；

2.在核心酶作用下，NTP不断聚合，RNA链不断延长。(NMP)n+NTP(NMP)n+1+PPi第25页，共86页，2023年，2月20日，星期二转录空泡(transcriptionbubble)：RNA-pol（核心酶）

····DNA

····RNA第26页，共86页，2023年，2月20日，星期二转录延长：第27页，共86页，2023年，2月20日，星期二53DNA原核生物转录过程中的羽毛状现象核糖体RNARNA聚合酶在同一DNA模板上，有多个转录同时在进行；转录尚未完成，翻译已在进行。这种形状说明：第28页，共86页，2023年，2月20日，星期二依赖Rho因子的转录终止非依赖Rho因子的转录终止三、原核生物转录终止分为依赖ρ(Rho)因子与非依赖ρ因子两大类转录终止指RNA聚合酶在DNA模板上停顿下来不再前进，转录产物RNA链从转录复合物上脱落下来。依据是否需要蛋白质因子的参与，原核生物转录终止分为：第29页，共86页，2023年，2月20日，星期二ρ因子是由相同亚基组成的六聚体蛋白质，亚基分子量46kD。ρ因子能结合RNA，又以对polyC的结合力最强。ρ因子还有ATP酶活性和解螺旋酶(helicase)的活性。（一）依赖ρ因子的转录终止ρ因子：第30页，共86页，2023年，2月20日，星期二ρ因子的作用原理：第31页，共86页，2023年，2月20日，星期二第32页，共86页，2023年，2月20日，星期二目前认为，ρ因子终止转录的作用是：与RNA转录产物结合，结合后ρ因子和RNA聚合酶都可发生构象变化，从而使RNA聚合酶停顿，解螺旋酶的活性使DNA/RNA杂化双链拆离，利于产物从转录复合物中释放。第33页，共86页，2023年，2月20日，星期二（二）非依赖Rho因子的转录终止DNA模板上靠近终止处，有些特殊的碱基序列，转录出RNA后，RNA产物形成特殊的结构来终止转录。第34页，共86页，2023年，2月20日，星期二5`UUGCAGCCUGACAAAUCAGGCUGAUGGCUGGUGACUUUUUAGUCACCAGCCUUUUU...3`5`UUGCAGCCUGACAAAUCAGGCUGAUGGCUGGUGACUUUUUAGUCACCAGCCUUUUU...3`

RNA5TTGCAGCCTGACAAATCAGGCTGATGGCTGGTGACTTTTTAGTCACCAGCCTTTTT...3DNAUUUU...…UUUU...…5`UUGCAGCCUGACAAAUCAGGCUGAUGGCUGGUGACUUUUUAGUCACCAGCCUUUUU...3`近终止区的转录产物形成发夹(hairpin)结构是非依赖ρ因子终止的普遍现象。第35页，共86页，2023年，2月20日，星期二茎环结构使转录终止的机理：

使RNA聚合酶变构，转录停顿；使转录复合物趋于解离，RNA产物释放。5´pppG5335RNA-pol第36页，共86页，2023年，2月20日，星期二第37页，共86页，2023年，2月20日，星期二真核生物RNA生物合成TheProcessofTranscriptioninEukaryote第二节第38页，共86页，2023年，2月20日，星期二真核生物的转录过程比原核复杂。二者的转录起始过程有较大区别，转录终止也不相同。第39页，共86页，2023年，2月20日，星期二一、真核生物有三种DNA依赖性RNA聚合酶真核生物具有3种不同的RNA聚合酶:RNA聚合酶Ⅰ（RNAPolⅠ）RNA聚合酶Ⅱ（RNAPolⅡ）RNA聚合酶Ⅲ（RNAPolⅢ）第40页，共86页，2023年，2月20日，星期二真核生物的RNA聚合酶第41页，共86页，2023年，2月20日，星期二真核生物RNA聚合酶的结构比原核生物复杂，所有真核生物的RNA聚合酶都有两个不同的大亚基和十几个小亚基.RNA聚合酶Ⅱ由12个亚基组成，其最大的亚基称为RBP1。RNA聚合酶Ⅱ最大亚基的羧基末端有一段共有序列(consensussequence)为Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser的重复序列片段，称为羧基末端结构域(carboxyl-terminaldomain,CTD)。CTD对于维持细胞的活性是必需的。第42页，共86页，2023年，2月20日，星期二二、转录起始需要启动子、RNA聚合酶和转录因子的参与（一）转录起始前的上游区段具有启动子核心序列不同物种、不同细胞或不同的基因，转录起始点上游可以有不同的DNA序列，但这些序列都可统称为顺式作用元件(cis-actingelement)。第43页，共86页，2023年，2月20日，星期二一个典型的真核生物基因上游序列:5’3’调控序列TATA盒InrYYANYYTA-30+1TATAAA第44页，共86页，2023年，2月20日，星期二顺式作用元件包括启动子、启动子上游元件(upstreampromoterelements)或promoter-proximalelements)等近端调控元件和增强子(enhancer)等远隔序列。起始点上游多数有共同的TATA序列，称为Hognest盒或TATA盒(TATAbox)。通常认为这就是启动子的核心序列。第45页，共86页，2023年，2月20日，星期二许多RNA聚合酶II识别的启动子具有保守的共有序列：位于转录起始点附近的起始子(intiator，Inr)。启动子上游元件是位于TATA盒上游的DNA序列，多在转录起始点约-40～-100nt的位置，比较常见的是GC盒和CAAT盒。增强子是能够结合特异基因调节蛋白，促进邻近或远隔特定基因表达的DNA序列。第46页，共86页，2023年，2月20日，星期二转录起始点TATA盒CAAT盒GC盒增强子顺式作用元件(cis-actingelement)AATAAA切离加尾转录终止点修饰点外显子翻译起始点内含子OCT-1OCT-1：ATTTGCAT八聚体第47页，共86页，2023年，2月20日，星期二真核生物RNA聚合酶Ⅱ转录的基因及其转录起始上游序列第48页，共86页，2023年，2月20日，星期二（二）转录因子能直接、间接辨认和结合转录上游区段DNA的蛋白质，现已发现数百种，统称为反式作用因子(trans-actingfactors)。反式作用因子中，直接或间接结合RNA聚合酶的，则称为转录因子(transcriptionalfactors,TF)。第49页，共86页，2023年，2月20日，星期二参与RNA-polⅡ转录的TFⅡ第50页，共86页，2023年，2月20日，星期二RNA聚合酶II与启动子的结合、启动转录需要多种蛋白质因子的协同作用。通常包括：可诱导因子或上游因子与增强子或启动子上游元件的结合；通用转录因子在启动子处的组装；辅激活因子和/或中介子在通用转录因子/RNA聚合酶II复合物与可诱导因子、上游因子之间的辅助和中介作用。因子和因子之间互相辨认、结合，以准确地控制基因是否转录、何时转录。第51页，共86页，2023年，2月20日，星期二Ⅱ型基因中的四类转录因子

转录因子具体组分结合序列功能基本组分TBP,TFⅡA,B,E,G,F和HTBP结合TATA盒转录起始定位；转录起始和延长辅激活因子TAFs和中介子在可诱导因子和上游因子与基本转录因子、RNA聚合酶结合中起联结和中介作用上游因子SP1、ATF、CTF等启动子上游元件协助基本转录因子，提高转录效率和专一性可诱导因子如MyoD、HIF-1等增强子等远隔调控序列时间和空间（组织）特异性地调控转录第52页，共86页，2023年，2月20日，星期二（三）转录起始前复合物真核生物RNA-pol不与DNA分子直接结合，而需依靠众多的转录因子，形成转录起始复合物(pre-initiationcomplex,PIC)

。第53页，共86页，2023年，2月20日，星期二PIC的形成第54页，共86页，2023年，2月20日，星期二（四）少数几个反式作用因子的搭配启动特定基因的转录为了保证转录的准确性，不同基因需不同转录因子。拼板理论(piecingtheory)

：少数几个反式作用因子（主要是可诱导因子和上游因子）之间互相作用，再与基本转录因子、RNA聚合酶搭配而有针对性地结合、转录相应的基因。可诱导因子和上游因子常常通过辅激活因子或中介子与基本转录因子、RNA聚合酶结合，但有时也可直接与基本转录因子、RNA聚合酶结合。第55页，共86页，2023年，2月20日，星期二三、真核生物转录延长过程中没有转录与翻译同步的现象真核生物转录延长过程与原核生物大致相似，但因有核膜相隔，没有转录与翻译同步的现象。RNA-pol前移处处都遇上核小体。转录延长过程中可以观察到核小体移位和解聚现象。第56页，共86页，2023年，2月20日，星期二RNA-PolRNA-PolRNA-Pol核小体转录延长中的核小体移位转录方向第57页，共86页，2023年，2月20日，星期二四、真核生物的转录终止和加尾修饰同时进行真核生物的转录终止，是和转录后修饰密切相关的。真核生物mRNA有聚腺苷酸(polyA)尾巴结构，是转录后才加进去的。转录不是在polyA的位置上终止，而是超出数百个乃至上千个核苷酸后才停顿。已发现，在读码框架的下游，常有一组共同序列AATAAA，再下游还有相当多的GT序列。这些序列称为转录终止的修饰点。第58页，共86页，2023年，2月20日，星期二真核生物的转录终止及加尾修饰第59页，共86页，2023年，2月20日，星期二真核生物RNA的加工和降解Post-transcriptionalModificationofEukaryoticRNA第四节第60页，共86页，2023年，2月20日，星期二真核生物转录生成的RNA分子是初级RNA转录物(primaryRNAtranscript)，几乎所有的初级RNA转录物都要经过加工，才能成为具有功能的成熟的RNA。加工主要在细胞核中进行。第61页，共86页，2023年，2月20日，星期二几种主要的修饰方式：1.剪接(splicing)2.剪切(cleavage)3.

修饰(modification)4.

添加(addition)第62页，共86页，2023年，2月20日，星期二一、真核生物mRNA的加工包括首、尾修饰和剪接（一）前体mRNA在5’-末端加入“帽”结构大多数真核mRNA的5’-末端有7-甲基鸟嘌呤的帽结构。这个真核mRNA加工过程的起始步骤由两种酶，加帽酶(cappingenzyme)和甲基转移酶(methyltransferase)催化完成。

第63页，共86页，2023年，2月20日，星期二帽子结构：第64页，共86页，2023年，2月20日，星期二5pppGp…5GpppGp…pppGppi鸟苷酸转移酶5

m7GpppGp…甲基转移酶SAM帽子结构的生成过程：5ppGp…磷酸酶Pi第65页，共86页，2023年，2月20日，星期二第66页，共86页，2023年，2月20日，星期二帽子结构的意义：可以使mRNA免遭核酸酶的攻击；也能与帽结合蛋白质复合体(cap-bindingcomplexofprotein)结合，并参与mRNA和核糖体的结合，启动蛋白质的生物合成。第67页，共86页，2023年，2月20日，星期二（二）前体mRNA在3’端特异位点断裂并加上多聚腺苷酸尾1.

hnRNA

和snRNA核内的初级mRNA称为杂化核RNA(hetero-nuclearRNA,hnRNA)snRNA(smallnuclearRNA)核内的蛋白质小分子核糖核酸蛋白体（并接体,splicesome）snRNA第68页，共86页，2023年，2月20日，星期二尾部修饰是和转录终止同时进行的过程。polyA的有无与长短，是维持mRNA作为翻译模板的活性，以及增加mRNA本身稳定性的因素。一般真核生物在胞浆内出现的mRNA，其polyA长度为100至200个核苷酸之间，也有少数例外。前体mRNA分子的断裂和加多聚腺苷酸尾是多步骤过程。

第69页，共86页，2023年，2月20日，星期二AAUAAAG/U5’3’Poly(A)信号Poly(A)位点mRNACPSFG/U5’3’CPSFCFI,CFII,CStFCPSFCStFCFICFIIPAPCPSFCStFCFICFIIPAPATPG/UPPPiCFIICFICStF慢速多腺苷酸化PABⅡCPSFAAAAAAAAAAOHPAPATPPPiPABⅡ快速多腺苷酸化CPSFAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAHOAAAAAAAAAAPAPCPSFAAAAAAAAAAOHPAP第70页，共86页，2023年，2月20日，星期二真核生物结构基因，由若干个编码区和非编码区互相间隔开但又连续镶嵌而成，去除非编码区再连接后，可翻译出由连续氨基酸组成的完整蛋白质，这些基因称为断裂基因。断裂基因(splitegene)CABD编码区A、B、C、D非编码区第71页，共86页，2023年，2月20日，星期二2.外显子(exon)和内含子(intron)外显子：在断裂基因及其初级转录产物上出现，并表达为成熟RNA的核酸序列。内含子：隔断基因的线性表达而在剪接过程中被除去的核酸序列。第72页，共86页，2023年，2月20日，星期二鸡卵清蛋白基因hnRNA首、尾修饰hnRNA剪接成熟的mRNA鸡卵清蛋白基因及其转录、转录后修饰第73页，共86页，2023年，2月20日，星期二鸡卵清蛋白成熟mRNA与DNA杂交电镜图DNAmRNA第74页，共86页，2023年，2月20日，星期二3.内含子的分类根据基因的类型和剪接的方式，通常把内含子分为4类：I：主要存在于线粒体、叶绿体及某些低等真核生物的rRNA基因；

II：也发现于线粒体、叶绿体，转录产物是mRNA；III：是常见的形成套索结构后剪接，大多数mRNA基因有此类内含子；IV：是tRNA基因及其初级转录产物中的内含子，剪接过程需酶及ATP。第75页，共86页，2023年，2月20日，星期二4.mRNA的剪接——除去hnRNA中的内含子，将外显子连接。snRNP与hnRNA结合成为并接体①第76页，共86页，2023年，