蛋白质和的关系_第1页
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蛋白质和的关系第1页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网AAAADDAAAADMH1第2页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网AADMMajorA-TAADMT-AMinorA-TT-AAAAAAADHG-CC-GG-CC-GMajorHDAAAADAADMinorThe4MajorGroovePatternsAreDistinct2第3页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网AAAADDAAAADMH1HyrdophobicGroupsonBases第4页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网3Helix-Turn-HelixMotif34Aº第5页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网34125N-term3’4第6页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网SpecificityDeterminants?GenericInteractions?5第7页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网6>104>103第8页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网Gln33NetworkswithGln44Ser∆∆G=4.5kcalLeu∆∆G=>6.2kcal7第9页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网ConclusionDNAbindingspecificityfrommajorgrooveinteractionsMutationinoneAAaffectsneighbors-->Protein-DNAinterfacescontainanintricateNetworkofhydrogenbonds第10页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网BDNA434Complex94basesdon’tcontactproteinButveryImportant!第11页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网FilterBindingvacuum%BoundProtein[nM]02040608010010050Kd=20nM10第12页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网Immunoprecipitaiton%BoundProtein[nM]02040608010010050Kd=20nM10ASepharose第13页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网Gel-Shift%ShiftedProtein[nM]02040608010010050Kd=20nM[Protein]11第14页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网DNAseIFootprinting%ProtectedProtein[nM]02040608010010050Kd=20nM[Protein]+DNAseI12第15页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网CooperativeDNAbindingBytherepressor13第16页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网InterferenceFootprintingDNA+MMS+Saturating[Protein]GelShift14第17页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网ElectronMicroscopy15第18页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网YFPTilt+RollTilt-Roll19TiltRoll第19页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网InteractionofTBP(TATABindingProtein)WithDNAMajorGrooveMinorGroove17第20页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网Protein-InducedDNABendingFromPositiveRoll185’3’第21页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网Pyrimidine-PurineStepsHaveLittleBaseStacking5’3’3’5’CGAT19A(Lecture1)第22页,共24页,2023年,2月20日,星期四免疫学信息网Foradvancedreading:

NucleicAcids:

Structures,Properties,andFunctions

V.A.Bloomfield

D.M.

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