微生物基因组转录组分析

微生物基因组转录组分析第一页，共三十六页，编辑于2023年，星期六

微生物基因组denovo测序细菌基因组denovo测序真菌基因组denovo测序病毒（DNA病毒）基因组denovo测序

细菌和真菌基因组重测序

案例解析主要内容

第二页，共三十六页，编辑于2023年，星期六

微生物基因组denovo测序细菌基因组denovo测序真菌基因组denovo测序病毒（DNA病毒）基因组denovo测序

细菌和真菌基因组重测序

案例解析主要内容

第三页，共三十六页，编辑于2023年，星期六测序平台和策略

IlluminaSolexa测序---细菌基因组scanning、真菌基因组surveyRoche454+IlluminaSolexa测序---真菌精细图Roche454+IlluminaSolexa+ABI3730xl测序-完成图Roche454---病毒基因组测序；基因组水平开发SSR第四页，共三十六页，编辑于2023年，星期六Roche454Coverage40XcircleIlluminaCoverage100X基因组survey组装病毒基因组测序GS<500kShotgun测序GS<100k第五页，共三十六页，编辑于2023年，星期六

优化的基因组完成图策略1+1+1>3成为可能！第六页，共三十六页，编辑于2023年，星期六生物信息学分析基因组组装基因预测功能注释比较基因组学分析数据库提交一站式服务第七页，共三十六页，编辑于2023年，星期六细菌基因组圈图COG功能分类第八页，共三十六页，编辑于2023年，星期六细菌共线性分析第九页，共三十六页，编辑于2023年，星期六全基因组水平系统进化树构建第十页，共三十六页，编辑于2023年，星期六目前已完成细菌完成图测序20余例，包括链霉菌(高GC)、单胞菌(高GC、多复杂结构)、乳酸菌等；完成精细图测序上100例；名称双歧杆菌某海洋菌链霉菌假单胞菌核型多角体病毒基因组大小2.1Mb7.2Mb11Mb5Mb154K基因组复杂度简单中等高GCIS多，部分区域结构复杂中等GC含量59%34.4%71%63.9%40.1%测序方法454Single&Sanger454Paired-End&Sanger454Paired-End&Solexa454Paired-End&SolexaRoche454GSFLX(single)+IlluminaPEScaffolds（个）5132417circle

Contigs（个）58212547完成图周期1个月2.5个月4个月3个月1.5个月（精细图）最终，细菌基因组完成图测序实现零gap！第十一页，共三十六页，编辑于2023年，星期六

微生物基因组denovo测序细菌基因组denovo测序真菌基因组denovo测序病毒（DNA病毒）基因组denovo测序

细菌和真菌基因组重测序

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第十二页，共三十六页，编辑于2023年，星期六重测序分析及应用Agood

reference

genomeCore

genome

definitionMappingtoreferenceCallSNPsincoregenomeregionBuildingevolutionarytreeGenefunctionaffectedotherevolutionaryanalysis(mutationrateetc)第十三页，共三十六页，编辑于2023年，星期六

微生物基因组denovo测序细菌基因组denovo测序真菌基因组denovo测序病毒（DNA病毒）基因组denovo测序

细菌和真菌基因组重测序

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第十四页，共三十六页，编辑于2023年，星期六GeneAnnotationSSRIdentificationGOClassification&Enrichment第十五页，共三十六页，编辑于2023年，星期六SSRIdentification第十六页，共三十六页，编辑于2023年，星期六SSRIdentification第十七页，共三十六页，编辑于2023年，星期六SSRIdentification第十八页，共三十六页，编辑于2023年，星期六材料选择2株分离自自然界的真菌菌株---Y34andP131测序策略Sanger(insertionsizeof1.5kbto3.5kb)+RocheGS-FLX(readswithanaveragelengthof240-and380-bp)第十九页，共三十六页，编辑于2023年，星期六测序情况第二十页，共三十六页，编辑于2023年，星期六组装效果第二十一页，共三十六页，编辑于2023年，星期六生物信息学分析以strain70-15的基因组作为reference，对这两株菌进行比较基因组学分析基因预测及注释直系同源基因分析进化树构建（NJ法）Ka/Ks分析重复序列和转座元件分析第二十二页，共三十六页，编辑于2023年，星期六基因组概况第二十三页，共三十六页，编辑于2023年，星期六同源基因分析第二十四页，共三十六页，编辑于2023年，星期六基因家族分析OrthoMCL第二十五页，共三十六页，编辑于2023年，星期六重复序列分析第二十六页，共三十六页，编辑于2023年，星期六重复序列分析第二十七页，共三十六页，编辑于2023年，星期六H97——8.26XSangerJB137-S8—— 454&Illumina第二十八页，共三十六页，编辑于2023年，星期六H97——Sanger >50kbp19largestscaffolds &&GeneticMap:9213LGs第二十九页，共三十六页，编辑于2023年，星期六第三十页，共三十六页，编辑于2023年，星期六JB137-S8>50kbp50scaffolds第三十一页，共三十六页，编辑于2023年，星期六特色比较基因组分析

第三十二页，共三十六页，编辑于2023年，星期六特色比较基因组分析

第三十三页，共三十六页，编辑于20