指纹图谱标记

指纹图谱标记第一页，共十八页，编辑于2023年，星期三汇报的主要内容1.研究的目的及意义2.研究材料与方法3.结果分析4.讨论第二页，共十八页，编辑于2023年，星期三1.目的及意义目的：利用SRAP和ISSR分子标记法构建石竹属DNA指纹图谱意义：此图谱的构建，一方面，为今后石竹属种间鉴定提供快速、科学的参照标准。另一方面，也为香石竹（康乃馨）杂交育种提供亲缘关系的遗传背景材料。第三页，共十八页，编辑于2023年，星期三2.研究材料与方法研究材料：从新疆乌鲁木齐、木垒、霍城、尼勒克、唐布拉、阿尔泰、布尔津、小东沟、庙儿沟等地采集野生石竹的种子，共计10个种。研究方法：DNA提取与纯化，PCR反应正交设计，电泳检测和指纹图谱构建第四页，共十八页，编辑于2023年，星期三DNA的提取与纯化采用改进的CTAB裂解-硅珠吸附法从新鲜的叶片中提取总DNA第五页，共十八页，编辑于2023年，星期三PCR反应的正交设计SRAP-PCR反应：针对影响PCR反应Mg2+、dNTPs、引物和Taq聚合酶4个因素，选用L9(34)在3水平上进行实验。使用的引物组合为Me6/Em1。L9(34)设计表见表:组合编号Mg2+(mmol/L)引物(µmol/L)Taq酶（U/L）dNTP（mmol/L）1234567891.51.51.52.02.02.02.52.52.50.150.250.350.150.250.350.150.250.350.51.01.51.01.50.51.50.51.00.150.200.250.250.150.200.200.250.15第六页，共十八页，编辑于2023年，星期三ISSR-PCR反应：针对影响PCR反应Mg2+、dNTPs、引物和Taq聚合酶4个因素，选用L9(34)在3水平上进行实验。使用的引物编号为855。L9(34)设计表见表:组合编号Mg2+(mmol/L)引物(µmol/L)Taq酶（U/L）dNTP（mmol/L）1234567891.251.251.251.751.751.752.252.252.250.40.60.80.40.60.80.40.60.80.51.01.51.01.50.51.50.51.00.3250.3750.4250.4250.3250.3750.3750.4250.325第七页，共十八页，编辑于2023年，星期三电泳检测ISSR琼脂糖凝胶检测SRAP聚丙烯酰胺凝胶检测第八页，共十八页，编辑于2023年，星期三指纹图谱的构建位点统计法：根据每对引物生成带型间的差别直接对带型进行分类编号，可得到每个种的带型编号。一个种的DNA经过不同引物扩增后，将获得一系列带型编号，按照固定的引物序列，串联各带型编号,形成一组数据。将这些图谱转换为由1和0组成的字串，构成数字指纹图谱。第九页，共十八页，编辑于2023年，星期三3.结果分析正交实验结果与分析指纹图谱的构建第十页，共十八页，编辑于2023年，星期三正交实验结果与分析SRAP-PCR反应：选取Me6/Em1作为扩增引物，以同一个种不同家系的4个DNA进行扩增，电泳图如图：M123456789第十一页，共十八页，编辑于2023年，星期三根据电泳图，经过极差分析可知：SRAP-PCR反应中，对反应影响最大的是Mg2+,引物，之后dNTP,最后是Taq酶。4个组分的最佳反应水平为：Mg2+2.5mmol/L、dNTP0.25mmol/L、引物0.25µmol/L、Taq酶为1.0U。第十二页，共十八页，编辑于2023年，星期三ISSR反应：选取855作为扩增引物，以同一个种不同家系的4个DNA进行扩增，电泳图如图：M123456789第十三页，共十八页，编辑于2023年，星期三根据电泳图，经过极差分析可知：ISSR-PCR反应中，对反应影响最大的是Mg2+、dNTP、之后是引物，最后是Taq酶。最佳水平为：Mg2+1.25mmol/L、dNTP0.425mmol/L、引物0.8µmol/L、Taq酶为0.5U。第十四页，共十八页，编辑于2023年，星期三指纹图谱构建SRAP数字指纹图谱材料编号Me3/Em12Me3/Em14Me8/Em14Me8/Em912345678910100110100100110011001001110010011000110100011000001100101001010010100111111001101101000001100110000001000001110000000100010001001001011110000101000011100001111001111011000100011101101010110110011111100110101000100001011100010100000011011100101001110101101001111001000001第十五页，共十八页，编辑于2023年，星期三ISSR数字指纹图谱材料编号82684286487882712345678910010101000100000100011001010010110000010000010000000100010001100111111010101001111010000110110010101101111010110011010110110101001010000101000010110100000110100010111000100000100000100010010101000000000100011100001101110010111001100111111000100011000111000001100101101001001000001000100011110111010110100110010111010110010010001100第十六页，共十八页，编辑于2023年，星期三4.讨论分子标记的体系优化：利用正交验直观分析方法，能迅速获得满意的试验结果，而且具有试验规模小，节省人力物力的优点。但该方法亦有一定的局限性，如对试验结