寻找启动子区域和预测转录因子结合位点演示文稿

寻找启动子区域和预测转录因子结合位点PPT演示文稿本文档共18页；当前第1页；编辑于星期一\14点22分优选寻找启动子区域和预测转录因子结合位点PPT本文档共18页；当前第2页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域用NCBI：用UCSC：用Ensembl：用公司信息（只包含公司拥有promoterclones的信息）：/本文档共18页；当前第3页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域NCBI选择Gene,输入ankh,点击search选择第一项，人类Homosapiens的ANKHChromosome5location14704909-14871887,complement(反义链)即-14871887到-14704909为基因范围此例中选取-14873887到-14871887约2000bp核苷酸序列作为启动子区域本文档共18页；当前第4页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域图形显示FASTA格式显示的核苷酸序列输入序列可以查询染色体位置ANKHgene在反义链上，所以用负数表示可以查询具体核苷酸序列点击GraphicsToolsSequeceTextView本文档共18页；当前第5页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域点击GoToPosition,输入-14873887，点击PrevPage找到具体位置复制白底黑色区域即为promoter区域。白底黑字为启动子区域紫底黑字为基因区域粉底黑字为编码区，ATG为启示密码子本文档共18页；当前第6页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域在前两张幻灯片中选择FASTA在右边Changeregionshown输入14871887到14873887Displayoptions选择Showreversecomplement可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一个bp的差距，可以输入14871887到14873886）本文档共18页；当前第7页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域

选择genomes在clade选择Mammal，genome选择Human，assmebly选择最新的数据库，gene中输入ANKH点击Tables在track中选择RefSeqGenes，在outputformat中选择sequence点击getoutput。选择genomic。本文档共18页；当前第8页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域选择Promoter/Upstreamby2000basesExonsinuppercase,everythingelseinlowercase外显子大写，其他小写本文档共18页；当前第9页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域选择Promoter/Upstreamby2000basesExonsinuppercase,everythingelseinlowercase外显子大写，其他小写本文档共18页；当前第10页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域小写字母为promoter区域大写字母为基因区域，与NCBI结果相同ATG为CDS区起始密码子本文档共18页；当前第11页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域

选择human输入ankh选择Gene，点击GeneIDENSG00000154122点击左边的Exportdata本文档共18页；当前第12页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域5Flankingsequence输入2000OptionsforFASTAsequence中Genomic选5Flankingsequence，deselectall点击Next本文档共18页；当前第13页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域得到2000

bases的核苷酸序列本文档共18页；当前第14页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域点击searchproduct，选择promoterclones，因为没有ANKH的信息，此处输入FIBRONECTIN选择目的基因本文档共18页；当前第15页；编辑于星期一\14点22分寻找promoter区域点击clickheretoviewthepromotersequence得到promoter信息本文档共18页；当前第16页；编辑于星期一\14点22分预测Transcriptionfactorbindingsite用Jaspar用PROMO用TFSEARCH（据说用的是TRANSFAC很旧的数据库）

用商业数据库TRANSFAC（要付费）本文档共18页；当前第17页；编辑于星期一\14点22分预测Transcriptionfactorbindingsite

点击JASPARCOREvetebrata左边转录因子选择MA0061.1

NF-kappaB，右边输入ANKH启动子区