分子动力学模拟知识点总结_第1页
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文档简介

分子动力学模拟：对于原子核和电子组成的多体体系，求解运动方程（哈密顿,牛顿，拉格朗日），用经典和量子化方法求解粒子的运动状态.MC方法：系综（抽样）平均法分子动力学：时间平均一优点：遇到的不利影响因素回避掉，从而达到实验研宄难以实现的控制条件.核心算法:粒子的运动状态就必须把运动方程离散化，离散化的方法有经典Verlet算法、蛙跳算法（Leap—frog）^速度Veriet算法、Gear预估-校正法等・缺点：元胞体积和形状不变，不含有自由电子，对金属体系计算不理想。注意：一般而言，MD模拟时间足够长，初始条件不会影响计算结果，但是会加大构型平衡的计算时间。二步骤：选取所要研究的系统并建立适当的模拟模型。设定区域的边界条件，选取粒子间相互作用势模型；要注意^察PBCft界条件的使用，以及计算格子和建模的晶格子之间的关系。体系是单胞沿不同方向重复叠合而组成.但模拟时只保留基本单元，由平移对称矩阵计算得到其他原子的空间坐标。 最小近邻的截断半径。设定系统所有粒子的初始位置和初始速度；计算粒子间相互作用力和势能,以及各个粒子的位置和速度;最好与实际模型相符，以减少达到平衡的时间。势场参教调整，最小近邻的截断半径。对势：LJ势（惰性气体，过渡金属，柔韧材料）,Born-lande势（高子晶体），Morse势，Johnson势（金属）发展到三体势，缺点是导致Cauchy关系,即不能描述晶体的弹性性质。

多体势：80年代以后,EAM势等（晶体对势+核嵌入电子云嵌入能），多用于金待体系达到平衡后衲型积分获得体系的宏观性质。选取合适的系综，控制温度和压力的变化。控温方法：三.流程图四发展开发通用性强，功能强的势能模型多层次的研究：量子计算+分子模拟+介观模拟CPMD体系分割：不同部分使用不同算法分子动力学模拟分析工具：1.相空间变化（核心）径向分布函数1.相空间变化（核心）径向分布函数扩散系数：实验很难分子结晶态，

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