单独选修04生信数据挖掘套路

第二章8节披沙拣金-5节常见数据库简介7节文章结果深度剖析6节常见分析方法概述5DATABASE5

伴医解螺 伴医5

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伴医解螺 伴医5DATABASE5DataDataDataPlotsPlotsPlotsPlotsRWeb5DATABASE55DATABASE5

5DATABASE55DATABASE5国NationalCancerInstitute（NCI）和NationalHumanGenomeResearchInstitute（NHGRI）于5DATABASE5TheGenomicDataCommons(GDC)DataPortalisanin datasystemforresearcherstosearch,yzeincludingTCGA.5DATABASE5,Copy由reverse-phaseproteinarray测得的相关蛋白的表达5DATABASE55DATABASE5GDCDataTransfer$ .exedownload–m<manifest第二章8节披沙拣金-5节常见数据库简介7节文章结果深度剖析6节常见分析方法概述6COMMON6差 筛选功能富集分析

聚类分析（Hierarchical

（PPI，Co-（Survival，correlation6COMMON6

差 筛Differential 6COMMON6Usinglog10Usinglog10forY4-Log10(P-Log10(P(1 2Effecthas 20.5(2raisedtothepowerof0.5)Usinglog2forX

Effecthas21(2raisedtopowerof6COMMON6UsinglogUsinglog10forY4

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CellularGeneOntology本体Cellular （GeneOntologyConsortium）所建立的数据库，6COMMON66COMMON6

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6COMMON6GeneExpression 3001426COMMON6RCluster&6COMMON6Network。6COMMON66COMMON66COMMON66COMMON66COMMON6A6COMMON6Clinicaltraitsassociation6COMMON6R第二章8节披沙拣金-5节常见数据库简介7节文章结果深度剖析6节常见分析方法概述7DATADEPTH7文章结果深度剖析目的 RawDEGFinal分析流 StepStepStepStep7DATADEPTH7文章结果深度剖析7DATADEPTH7文章结果深度剖析7DATADEPTH7文章结果深度剖析Fig.1A三个独立数据集DEG交集的 Fig.1B共同差 的蛋白互作网Fig.1C7DATADEPTH7文章结果深度剖析 7DATADEPTH7文章结果深度剖析Fig.2B对关键构建功能网7DATADEPTH7文章结果深度剖析TableTable27DATADEPTH77DATADEPTH7文章结果深度剖析Fig3A前期筛选到的关键Fig3B前期筛选到的关键7DATADEPTH7文章结果深度剖析7DATADEPTH7文章结果深度剖析Fig5A.ine分析TOP2A在肿瘤vs正常组织中的表达差异。1，2，3，4分别代表4个不同的Fig5B.ine分析CDK1在肿瘤vs正常组织中的表达差异。1，2，3，4分别代表4个不同的7DATADEPTH7文章结果深度剖析Fig.6A,B,C,D.ine分析TOP2A与肿瘤分级，肝炎病毒状态，灶，血管的相关性。Fig6E,F,G,H.ine分析CDK1与肿瘤分级，肝炎状态，灶，血管的相关性7DATADEPTH7文章结果深度剖析第二章8节披沙拣金-5节常见数据库简介7节文章结果深度剖析6节常见分析方法概述8DEEPER8

121233

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差 筛

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式的做法，一般采用RLIMMA

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上 和下 不建议分开进行功能富集分8DEEPER8

B-cellreceptorsignaling)Upregulate:8/35 Downregulate:11/32)DEG(Up,Down):)原本P8DEEPER