文献速递丨naica®微滴芯片数字PCR系统精准定量HIV潜伏病毒

文献速递丨naica®微滴芯片数字PCR系统精准定量HIV潜伏病毒自从引入联合抗逆转录病毒疗法(ART)以来，HIV-1感染已从一种致命疾病转变为一种可控制的慢性疾病。然而，虽然ART可有效抑制个体的病毒复制，但它并不能治愈HIV-1感染。这是由于患者体内存在一个潜伏病毒库（latentresservoir），其中包含一小部分具有复制能力的完整原病毒（约占1-5%），在ART停止后为病毒复制提供“燃料”。因此，科学家若想通过消除该病毒库达到HIV-1治愈的目的，就不得不对这些完整原病毒进行准确评估。但是，接受ART治疗的患者可能具有载量非常小的完整潜伏病毒库，在有限的血液采样中进行检测，可能会遗漏这些潜在储库。▲图源：网络（侵删）在过去的几年里，已经出现了几种基于PCR与二代测序(NGS)相结合来检测病毒库的方法。比如基于双重dPCR方法来量化HIV-1患者的完整原病毒，即IPDA（intactproviralDNAassay）方法，该方法通过双重实验检测HIV-1基因组中的PSI和ENV两个靶点。另一种常见方法是Q4PCR，其在HIV-1全长测序方案中引入了四重qPCR，在全长测序之前评估HIV-1基因组的完整性。尽管这些方法提高了检测灵敏度并且可以提供全长的HIV-1序列，但其成本效益不高，需要多步人工操作且耗时较长。比利时根特大学、根特大学数字PCR联盟、艾滋病毒治疗研究中心等科学家近日在知名期刊《Methods》上发表了一篇HIV-1病毒库研究相关文献，文章对IPDA方法和Q4PCR方法进行集成，并在naica®微滴芯片数字PCR系统进行验证，该方法增加了IPDA方法检测HIV-1的靶点数量，提高了检测灵敏度，实现对潜伏病毒库的精准定量。研究方法：结合IPDA和Q4PCR方法，设计基于naica®微滴芯片数字PCR系统的三重数字PCR实验。☑PSI靶点-FAM蓝色探针标记☑ENV靶点-HEX绿色探针标记☑GAG靶点&POL靶点-Cy5红色探针标记▲靶点对应的基因组位置图研究结果：☑使用J-Lat8.4细胞系（每个细胞含有1拷贝的HIV-1基因组）进行单重实验，并测定naica®微滴芯片数字PCR系统三重试验的性能，结果显示定量结果和理论值一致，重复性好；各靶标阴阳性微滴区分良好。▲对阳性对照J-Lat8.4细胞的拷贝数进行量化-设定PSI、ENV、GAG/POL单重检测及IPDA和三重等多重实验，并对DNA剪切情况进行校正（DSI）☑使用naica®微滴芯片数字PCR系统直接定量来自HIV-1患者的五个PBMC样本，这些样本病毒载量较低，且均经过ART治疗，检测结果显示5个患者均检出了HIV-1。此外，发现一个比较有趣的现象，在患者SLR_26样本中几乎没有检测到ENV且PSI也只有非常低的信号，该结果表明PSI和ENV序列中可能存在缺失或突变，如果只检测这两个靶点的话，该病人可能被判读为HIV-1阴性。幸运的是，使用naica®微滴芯片数字PCR系统设计的三重实验，GAG或POL基因正常检出，表明该样本含有HIV-1。▲使用naica®微滴芯片数字PCR系统对5个HIV-1病人的PBMC(每百万个)进行定量文章结论：通过naica®微滴芯片数字PCR系统对HIV-1患者潜伏病毒库进行了量化，相较于传统方法增加了亚基因组区域的检测数量，提高了对潜伏病毒库的检测的灵敏度，降低结果误判的可能性，且该方法甚至可以在未来开发的5色或6色的数字PCR系统中进一步放大。原文链接如下：/10.1016/j.ymeth.2021.05.006单位简介：根特大学（GhentUniversity），简称UGent，由荷兰国王威廉一世于1817年创办，迄今已有200多年历史，是比利时学术排名第一的世界顶尖研究型大学，一直以其极高的学术水平享誉全球，2020年世界大学学术排名中位列第66名，根特大学校友中诞生了4位诺贝尔奖得主。随着数字PCR技术的发展，根特大学已成立数字PCR联盟，该联盟致力于开发数字PCR检测和数据分析工具，同时该平台还会不定期举办数字PCR培训课程，帮助广大学子及专业人士更好的了解和应用数字PCR技术。naica®微滴芯片数字PCR系统法国StillaTechnologies公司的naica®微滴芯片数字PCR系统在进行核酸检测时具有独特的优势。该系统利用cutting-edge微流体创新型芯片—Sapphire芯片（或高通量Op