SNP与疾病风险度关联之间的Meta分析 15-03-03

SNP与疾病风险度关联之间的Meta分析SNP背景简介SNP多态性与疾病风险度之间关联的Meta分析的步骤文献实例SNP(singlenucleotidepolymorphism)单核苷酸多态性：主要是指由于单个核苷酸的变异而引起基因组水平上的DNA序列多态性，形式包括单碱基的缺失、插入、转换及颠换等。一般而言，上述形式中最少1种等位基因在群体中的频率大于1％，但在某种特殊情况下(如cDNA中)也可以小于1％。SNPs是指在某一人群的正常个体基因组内特定核苷酸位置存在的单个碱基不同，且频率至少大于1%。继以SSR、ISSR为代表的第二代分子标记技术基础上发展起来的第三代分子标记技术。Part1-SNP背景简介基本概念多态性是指这个差异占群体的1%以上，小于1%则是突变。SNPs是指在某一人群的正常个体基因组内特定核苷酸位置存在的单个碱基不同，且频率至少大于1%。SNP是多态性的一种，但只限定在单碱基。一般说来，SNP是全部体细胞一样的基因型。突变一般不是一个个体全部细胞的变化。如果突变发生在生殖细胞，则可以遗传。但只要突变群还没有达到总群体的1%，就只能算是一个突变株/系，达到了1%就是多态性了。Part1-SNP背景简介SNP与突变的区别DNA片段长度多态性（FLP）由于单个碱基的缺失、重复和插入所引起限制性内切酶位点的变化，而导致DNA片段长度的变化DNA重复序列的多态性（RSP）特别是短串联重复序列，如小卫星DNA和微卫星DNA，主要表现于重复序列拷贝数的变异。小卫星（minisatellite）DNA由15~65bp的基本单位串联而成，总长通常不超过20kb，重复次数在人群中是高度变异的。这种可变数目串联重复序列（VNTR）决定了小卫星DNA长度的多态性。微卫星（microsatellite）DNA的基本序列只有1~8bp，而且通常只重复10~60次。单核苷酸多态性（SNP）单个碱基的置换，在CG序列上频繁出现。Part1-SNP背景简介SNP与DNA多态性的区别遗传稳定性高基于单核苷酸的突变，突变频率较低位点丰富且分布广泛广泛分布于动植物基因组中。人类基因组的30亿个碱基中，约每300-500个碱基就有一个SNPs发生，整个人类基因组大约有2000万SNPs。它是基因组中的一种数量非常丰富的变异形式,占人类基因组中遗传多态性的90％以上有代表性可能发生在编码序列上，也可能发生在非编码序列上。在编码序列内的SNP，包括同义突变（不改变氨基酸）及非同义突变（改变了氨基酸）。改变了氨基酸的非同义SNP就改变了生物性状，这可能是生物体变异或者病变的直接原因，因此可为个体形状遗传机理研究提供一定参考依据。Part1-SNP背景简介SNP特点二态性和等位基因性1个SNP在基因组某个位点上有单个核苷酸的变化，主要有两种形式：单个碱基的转换；颠换。原理上，突变处的碱基可为C、G、A、T，但SNP多发生在T和C间，原因为CG中C即胞嘧啶常为甲基化的、自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。SNP标记一般只有两种等位型的碱基组成，具有二态性。由于具有等位基因性，因而在任何群体中其等位基因频率可估计出来。检测快速基于自身的双等位标记特点，检测时无需像检测RFLP、SSR标记那样测量片段的长度，而通过测序直接进行比对来发现差异。Part1-SNP背景简介SNP特点一般的Meta分析步骤Part2-SNP与疾病关系的Meta分析步骤SNP的Meta分析步骤Part2-SNP与疾病关系的Meta分析步骤文献检索策略文献纳入排除标准数据提取及文献质量评估统计分析采用HWE方法检验对照中的基因型频率的稳定性分析比较各种基因型（5种，也可以是其中的几种）模型下多态性与疾病易感性的关联哈迪-温伯格平衡定律（Hardy-Weinbergequilibrium,HWE）亦称遗传学平衡定律，用于估测样本的群体代表性。是指在理想状态下，各等位基因的频率和等位基因的基因型频率在遗传中是稳定不变的，即保持着基因平衡。HEW对于一个大且随机交配的种群，基因频率和基因型频率在没有迁移、突变和选择的条件下会保持不变。检验方法常包括：针对大样本的拟合优度检验（Pearsonχ2检验和似然比检验）及针对小样本的精确检验。A.采用HWE方法检验对照中的基因型频率的稳定性Last,sensitivityanalysiswasalsoperformed,excludingstudieswhoseallelefrequenciesincontrolsexhibitedasignificantdeviationfromtheHardy–Weinbergequilibrium(HWE),giventhatthedeviationmaydenotebias.DeviationofHWEmayreflectmethodologicalproblemssuchasgenotypingerrors,populationstratification,orselectionbias.HWEwascalculatedbyusingthegoodness-of-fittest(拟合优度检验),anddeviationwasconsideredwhenP<0.05.A.采用HWE方法检验对照中的基因型频率的稳定性显性模型dominantmodelLys/Gln+Gln/Glnvs.Lys/Lys(AC+CCvs.AA)隐性模型recessivemodelGln/Glnvs.Lys/Gln+Lys/Lys(CCvs.AC+AA)纯合模型homozygousmodelGln/Glnvs.Lys/Lys(CCvs.AA)杂合模型heterozygousmodelLys/Glnvs.Lys/Lys(ACvs.AA加性模型additivemodel（等位基因模型）Glnvs.Lys(Cvs.