微生物,放线菌分类

放线菌的分类及农业应用123存在问题放线菌的分类放线菌农业应用目录78类似细菌的生物蓝细菌类原核后生动物约35亿年前21亿年前大约6亿年前人类诞生至今不过300万年鱼陆生生物两栖类爬行类1、微生物分类氧气臭氧有人认为，如果把地球年龄比喻为一年的话，则微生物诞生的时间是在3月20日左右，人类出现的时间是12月31日下午7时左右，所以可以毫不夸张地说，微生物是一切生物（包括人类）的“老前辈”。经典分类学：按微生物表型特征分类微生物系统学：按亲缘关系和进化规律分类表型特征：形态学、生理生化学、生态学等，推断微生物的系统发育。表型特征结合分子水平上的基因型特征（如16SrRNA)，探讨微生物进化地位、系统发育关系并进行分类鉴定。★微生物分类学的三个任务：分类、鉴定及命名☆分类是根据微生物的相似性和亲缘关系，将微生物归入不同的分类类群。☆鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的哪个分类类群的过程。☆命名是根据国际命名法规给每一微生物类群及种类以科学的名称。

1.放线菌分类地位的演变

放线菌最早由Cohn自人泪腺感染病灶中分离到1株丝状病原菌——链丝菌而发现的。由于大多数放线菌具有发育良好的菌丝体，19世纪前人们曾将其归入真菌中。随着科学的发展和新技术的应用，人们对微生物的认识逐渐深入，才将放线菌列于细菌中。2放线菌的分类S．A．Waksma分枝杆菌科,放线菌科,嗜皮菌科,游动放线菌，小单孢菌科,链霉菌科,诺卡氏菌科（7个）Stackebrandt分枝杆菌科,放线菌科,嗜皮菌科,游动放线菌,小单孢菌科（5个）Gottlieb分枝杆菌科,放线菌科,嗜皮放线菌科,游动放线菌科,小单孢菌科,链霉菌科,诺卡氏菌科,弗兰克氏菌科（8个）Crossand

Goodfellow分枝杆菌科,放线菌科,嗜皮放线菌科,游动放线菌科,小单孢菌科,链霉菌科,诺卡氏菌科,弗兰克氏菌科,高温放线菌科,高温单胞放线菌科（10个）中国科学院微生物研究所放线菌科,嗜皮放线菌科,游动放线菌科小单孢菌科,链霉菌科,弗兰克氏菌科（6个）

1968年Murry将放线菌入原核生物界厚壁菌门。《伯杰氏系统细菌学手册》第一版以表观特征将原核生物界分为4个门7个纲，放线菌被列入原核生物界、厚壁菌门、丝状菌纲放线菌目。Stackebrandt等根据多年对几百株放线菌与其相近的细菌进行了系统而深入的16SrDNA／rRNA序列分析，搞清了上述菌的亲缘关系，于l997年提出新的分类系统，建立了放线菌纲。

2001年出版的《伯杰氏系统细菌学手则》第二版把高G+C含量革兰氏阳性细菌确定为放线菌门，放线菌归于细菌域、放线菌门、放线菌纲(亚纲)、放线菌目(亚目)、放线菌科、放线菌属、放线菌种。2.放线菌的分类从1875年Cohn发现放线菌至今已有100多年的历史,放线菌分类学作为微生物分类学的分支学科得到了长足的发展。经典分类多相分类分子分类化学分类放线菌的分类研究

1.经典分类方法

传统分类也称描述分类，主要以形态特征、培养特征及生理生化特征等表观分类学指征，对微生物分类单位进行的描述分类。(1)形态特征基内菌丝体的发育程度，是否断裂，有无气生菌丝体和孢子、孢囊、菌核以及其他结构，此外还要说明孢子链、孢子、孢囊、孢囊孢子的形状、大小、数目等；能游动的鞭毛以及鞭毛的位置。(2)培养特征放线菌分类中基丝和生孢子气丝的颜色一向受到重视，基丝和可溶色素的颜色为辅新增加的色素对酸碱度是否敏感的方法极具鉴别价值。(3)生化特征

明胶液化、牛奶凝固和胨化、淀粉水解、纤维素分解或在其上生长、硝酸盐还原等。(4)生态条件

主要是好气与嫌气、腐生与寄生、中温与嗜热(少数嗜低温)以及对酸碱度(pH)的要求等。2.放线菌的数值分类第一步第二步第三步做成一个nxt的数据矩阵，t为性状指标，n为被分离菌株相似性或非相似性进行分析用聚类分析的方法划归类群第四步检验数值上定义的类群罗晓霞等人分离塔里木盆地两地区不同生态土壤中的放线菌，并以14个靶标植物病原真菌进行拮抗性测定，筛选出10个具有拮抗活性的放线菌菌株，以天蓝色链霉菌、紫色直丝链霉菌为参比菌株进行生理生化特性、生长条件、抗生素敏感性、抗菌活性等96项指标测定以及数值分类。2．3放线菌的化学分类0.380.57根据树状图谱和形态与培养特征观察结果,可以初步将10株拮抗放线菌归为链霉菌的3个类群和2个待定种。3放线菌的化学分类

化学分类是研究微生物细胞不同化学特性，并利用这些特性对生物个体进行分类和鉴定，从表观水平深入到细胞水平。(1)细胞壁化学组分分类

放线菌的细胞壁是由肽聚糖胞壁酸、多糖高分子物质组成，不同的放线菌的细胞壁组成差别很大。

根据肽聚糖的组分和结构的3个特征：四肽链3位上的氨基酸种类，肽桥上有无甘氨酸，肽聚糖中糖的成分。NA，或不适用，或无特征性糖放线菌全细胞糖模式类型糖模式类型a特征糖代表属A阿拉伯糖，半乳糖卡诺氏菌属，红球菌属，糖单孢菌属B马杜拉糖马杜拉放线菌，链孢囊菌属，嗜皮菌属C无高温单孢菌属，束丝放线菌属，地嗜皮菌属D阿拉伯糖，木糖小单孢菌属，游动放线菌属(2)磷酸类酯分类

磷酸类酯是位于放线菌细胞膜上的极性类酯，不同属的菌其磷酸类酯组分不同，它是鉴别属的重要依据之一。分类上重要的磷酸类脂有:磷脂酰乙醇胺(PE),磷脂酰甲基乙醇胺(PME),磷脂酰胆碱(PC),磷酸甘油(PG)及含有葡萄糖胺未知组分的磷酸类脂(GluNus)。(3)醌分类

醌是细胞原生质膜上的组分，在电子传递和氧化磷酸化中起重要作用，放线菌的醌有泛醌(辅酶O)和甲基萘醌等。甲基萘醌分子中的多烯侧链长度和3位碳原子上多烯侧链的氢饱和度具有分类学意义。Lechevalier夫妇分析了48个属典型的磷酸类脂，将放线菌分为6种磷酸类脂类型。(4)全细胞可溶性蛋白电泳

全细胞可溶性蛋白电泳是在细胞水平进行比较分析。菌体细胞破壁，水解得到全蛋白，经凝胶电泳所得到的图谱，用数字图象仪记录各蛋白的峰值，再用数值分类程序计算各菌株之间的蛋白质图谱相似性，进行分类。这个结果与数值分类和DNA-DNA杂交的结果高度相符。4放线菌的分子分类

1.DNA碱基组成分析

G+Cmol%分析已成为放线菌鉴定的基本方法,作为描述放线菌分类单位的特征之一。放线菌属于高G+C含量的生物,放线菌的G+Cmol%变化最多不超过30%。常常以G+C含量摩尔百分比的显著差异来纠正错误的种属划分。2基于核酸杂交的分析（1）DNA-DNA同源性分析

通常用于对种的同源性进行描述。1987年，国际系统细菌学委员会规定，DNA同源性≥70%，杂交分子的热解链温度差ΔTm≤5℃为细菌种的界限。在放线菌分类中DNA-DNA分子杂交已被确定为建立新种的必要依据之一。DNA-DNA分子杂交的方法也很多，按反应所处的环境可分固相滤膜法、液相羟基磷灰石法、液相复性速率法、S1核酸酶法等。

（2）DNA-rRNA同源性分析