第一章 绪论-染色体DNA

分子生物学高清松Email:qsgao@第一章绪论一.基本含义

一.分子生物学的基本含义是人类从分子水平上研究细胞活动的规律，揭开生命本质的一门基础学科。

第一章绪论一.基本含义

-分子水平是指携带遗传信息的核酸和在遗传信息传递及细胞内、细胞间通讯过程中发挥着重要作用的蛋白质等生物大分子。-分子水平上研究生命的本质主要是指对遗传、生殖、生长和发育等生命基本特征的分子机理的阐明,从而为利用和改造生物奠定理论基础和提供新的手段。第一章绪论一.基本含义

分子生物学：是研究核酸等生物大分子的功能、形态结构特征及其重要性和规律性的学科，是人类从分子水平上真正揭开生物世界的奥秘，由被动适应自然界转向主动地改造和重组自然界的基础学科。分子生物学是目前现代生物学领域里最具有活力和发展最为迅速的学科之一。第一章绪论二.分子生物学发展简史

二.分子生物学发展简史分子生物学的发展大致可分为两个阶段1.准备和酝酿阶段19世纪后期--20世纪50年代产生了两点对生命本质的认识上的重大突破:

确定了生物遗传的物质基础是核酸,解决了遗传的物质基础问题。

确定了蛋白质是生命的主要基础物质。第一章绪论二.分子生物学发展简史

2.分子生物学的建立和发展阶段

主要进展:50年代提出了DNA分子的双螺旋结构模型和半保留复制机制,解决了遗传物质的自我复制和世代交替问题;50年代末至60年代,提出了“中心法则”和操纵子学说,成功地破译了遗传密码,阐明了遗传信息的流动与表达机制。P.10第一章绪论二.分子生物学发展简史

1957年,A.Kornberg在大肠杆菌中发现了DNA聚合酶;1965年,证明了细菌的抗药性通常由“质粒”DNA所决定；1967年,第一次发现DNA连接酶;

1970年,Smith,Wilcox和Kelley分离出第一种限制性核酸内切酶,Temin和Baltimore从RNA肿瘤病毒中发现反转录酶。1972-73年,Boyer,Berg等人发明了DNA重组技术,1972年获得第一个重组DNA分子；

1973年完成第一例细菌基因克隆。1978年,首次在大肠杆菌中生产由人工合成基因表达的人脑激素和人胰岛素。第一章绪论二.分子生物学发展简史

1981年,Palmiter和Brinster

获得转基因小鼠,

Spradliing和Rubin得到转基因果蝇。1982年,美、英批准使用第一例基因工程药物—胰岛素。1983年,获得第一例转基因植物。1994年,第一批基因工程西红柿在美国上市。1996年,完成了酵母基因组(1.25107bp)全序列测定。1997年,英国爱丁堡罗斯林研究所获得克隆羊。2000年,完成第一个高等植物拟南芥的全序列测定

(3.2108bp)。2001年,完成人类基因组全序列测定(3.5109bp)。第一章绪论二.分子生物学发展简史

2002年,英、美、德等国的上百位科学家在《Nature》

杂志上联合宣布他们成功破译了小鼠的基因组。

2004年，《科学》杂志发表了中国科学家的《家蚕基因组框架图》。

2005年，2005年8月11日中、美、日、法等10个国家和地区的科学家在Nature杂志发表了水稻基因组“精细图”，覆盖率达95.3％。我国对国际水稻基因组计划的贡献率达20％。共定位了37,500个基因，还率先在动植物中完成了对着丝粒的测序。第一章绪论二.分子生物学发展简史

2009年，由中国农科院蔬菜花卉研究所和深圳华大基因研究院领衔、14国科学家组成的国际马铃薯基因组测序协作组，分别在北京、阿姆斯特丹、伦敦、纽约、利马等地同时宣布：

马铃薯基因组序列框架图完成

马铃薯基因组有12条染色体、8.4亿个碱基对该框架图覆盖了:马铃薯95％以上的基因共发现3.5万多个基因第一章绪论二.分子生物学发展简史

2009年，中国颁发了具有自主知识产权的:

一个转植酸酶基因玉米品种生产应用安全证书两个转抗虫基因水稻品种

第一章绪论二.分子生物学发展简史

转植酸酶基因玉米:可以提高饲料的利用效率，减少饲料中磷酸氢钙的添加量，降低饲养成本；减少动物粪、尿中植酸磷的排泄，减轻环境污染，有利于环境保护.此外，利用农业种植方式生产植酸酶，还具有节能、环保、低成本的优势。植酸酶:是催化植酸及其盐类水解为肌醇与磷酸（盐）的一类酶的总称

第一章绪论二.分子生物学发展简史

转抗虫基因水稻:能有效控制螟虫等鳞翅目害虫危害，保障水稻增产，还能减少80%的化学农药用量。

第一章绪论三.分子生物学的主要研究内容

分子生物学的基本原理（p13)

构成生物体各类有机大分子的单体在不同生物中都是相同的。(2)生物体内一切有机大分子的建成都遵循共同的规则。

(3)某一特定生物体所拥有的核酸及蛋白质分子决定了它的属性。第一章绪论三.主要研究内容

2.主要研究内容

(1）DNA重组技术（2）基因表达调控研究（3）结构分子生物学（4）基因组、功基因组与生物信息学研究

分子生物学的研究内容DNA重组技术

（1）DNA重组技术（基因工程/遗传工程/基因操作/基因克隆/分子克隆）

在体外将不同的DNA片段(整个基因或基因的一个部分)按照人们的设计定向连接起来后，转入特定的受体细胞，使重组基因在受体细胞中与载体同时复制并得到表达，从而赋予生物体新的遗传特性,创造出更符合人们需要的新的生物类型和生物产品。

基因（gene）：产生一条多肽链或功能RNA所需要的全部DNA序列.GAATTCCTTAAGSV40GAATTCCTTAAGSV40病毒DNA噬菌体DNAEcoRIDNAligase连接SV40GAATTCCTTAAGSV40

DNAGAATTCCTTAAGDNAVS40GAATTCCTTAAGGAATTCCTTAAGSV405’3’5’3’切割图:SV40病毒DNA和噬菌体DNA的重组例1:例2:分子生物学的研究内容DNA重组技术

DNA重组操作主要包括:

DNA(基因组和质粒DNA)提取和纯化

PCR(聚合酶链反应)基因扩增DNA聚合酶

DNA分子切割限制性内切酶

DNA片段与载体连接DNA连接酶

DNA凝胶电泳细胞转化及重组子的筛选与鉴定等分子生物学的研究内容DNA重组技术

三大基本工具:“分子手术刀”限制性核酸内切酶“分子缝合针”DNA连接酶“分子运输车”基因进入受体细胞的载体

分子生物学的研究内容DNA重组技术

DNA重组技术应用前景可用来进行基因功能的研究。如利用反义技术、

RNA干扰等技术。可用于定向改造某些生物的基因组结构。如：转基因Bt抗虫棉，将苏云金芽孢杆菌编码Bt毒蛋白的抗虫基因转入棉花后获得的。

可用于大量生产某些在正常细胞代谢中产量很低不能产生的多肽，如激素、抗生素、酶类和抗体等，提高产量，降低成本。分子生物学的研究内容基因表达调控研究

基因表达(geneexpression):从DNA到蛋白质或功能RNA的过程被称为基因表达。实质上就是遗传信息的转录和翻译

基因表达调控(generegulation)：对基因表达过程的调节就称为基因表达的调控。

(2)基因表达调控研究分子生物学的研究内容基因表达调控研究

DNARNA反馈(?)转录复制

翻译

蛋白质生理功能图:遗传信息传递的“中心法则”示意图（21世纪后修正的）tRNA和rRNA小RNA（microRNAs）

非编码RNA（Non-codingRNA）P.12分子生物学的研究内容基因表达调控研究

基因表达调控类型:

时序调控(遗传特性)

区域调控(遗传特性)

环境调控(内外环境变化)基因表达过程中的调控主要发生在：

DNA的转录水平(原核生物和真核生物)RNA的翻译水平(此调控仅发生在真核生物的基因表达中)分子生物学的研究内容结构分子生物学

（3）生物大分子的结构功能研究——结构分子生物学一个生物大分子，无论是核酸、蛋白质等在发挥其生物功能时，必须具备两个前提：拥有特定的空间结构（三维结构）；发挥生物学功能的过程中必定存在着结构和构象的变化。分子生物学的研究内容结构分子生物学

结构分子生物学就是研究生物大分子特定的空间结构及结构的运动变化与其生物学功能关系的科学。主要包括三个研究方向：结构的测定采用X射线衍射、二维或多维核磁共振等方法结构运动变化规律的探索结构与功能相互关系的建立分子生物学的研究内容基因组、功能基因组与生物信息学研究

（4）基因组、功基因组与生物信息学研究基因组（genome):生物有机体的单倍体细胞中的所有DNA，包括核中的染色体DNA和线粒体、叶绿体等亚细胞器中的DNA。P.473

分子生物学的研究内容基因组、功能基因组与生物信息学研究

基因组计划:测定基因组序列。-人类基因组计划目的是揭开人类所有的遗传结构,包括所有的基因(尤其是与疾病相关的基因)和基因外序列的结构。1990年-2001年，美、英、法、德、日、中6国的合作已完成人类基因的全部序列测定工作。见表2-1,P.23.-小家鼠、果蝇、线虫、拟南芥、水稻、啤酒酵母，以及多种真菌、细菌的基因组研究相继展开。

分子生物学的研究内容基因组、功能基因组与生物信息学研究

功能基因组计划(蛋白组计划或后基因组计划):揭示基因产物和功能之间的关系。通过利用各种模式植物体基因的剔除和转基因来研究基因的功能。

生物信息学:将基因的结构、蛋白质功能以及物种的进化在基因信息的基础上统一起来。

第一章绪论四.课程学习目的和内容

学习目的:

掌握分子生物学的基本概念、基本原理

、基本操作技术等。学习内容:重点讲授

第三章生物信息的传递(上)-从DNA到RNA

第四章生物信息的传递(下)-从RNA到蛋白质第五章分子生物学研究法（上）第六章分子生物学研究法（下）第七章基因的表达与调控(上)-原核基因表达调节模式第八章基因的表达与调控(下)-真核基因表达调控的一般规律第一章绪论四.课程的学习目的和内容

参考书:<<基因工程原理>>吴乃虎主编<<分子生物学基础>>杨岐生主编浙江大学出版社3.<<基因工程术语>>吴乃虎主编第一章绪论

当你进入实验室时,要像脱去外衣那样放下你的想像力,因为实验操作中不能有一丁点的想像,否则,你对事物的观察就会受影响;而当你翻开书本的时候,你又必须尽可能展开想像的“翅膀”,否则,你就不可能走在别人前面。

朱玉贤第二章染色体和DNA

一.染色体

染色体:细胞(核)中由DNA、蛋白质组成的易被碱性染料着色的一种丝状或杆状物。

亲代是以染色体的形式将自己的遗传物质DNA传给子代，保持了物种的稳定性和连续性。因此，染色体在遗传上起着主要作用。

第二章染色体和DNA

一.染色体

染色体的特征:

(1)分子结构相对稳定;(2)能够自我复制，亲代能够将自己的遗传物质DNA以染色体的形式传给子代,使亲、子代之间保持了物种的稳定性和连续性;(3)能够指导蛋白质的合成，从而控制整个生命过程;(4)能够产生可遗传的变异。第二章染色体和DNA一.染色体

2.染色体的组成

(1)原核细胞染色体由DNA与非组蛋白质组成，两者结合呈松散状态。参与DNA折叠

染色体中的蛋白质参与DNA复制、重组及转录原核生物染色体一般位于类核体上。

第二章染色体和DNA一.染色体

原核生物类核的结构p.22第二章染色体和DNA一.染色体

原核生物基因组的特点：

多数只有一条染色体

基因组小大肠杆菌基因组仅含4000

多个基因。

DNA含量少大肠杆菌DNA的相对分子质量只有2.4109

第二章染色体和DNA一.染色体

原核生物DNA的主要特点:p.33结构简练大多数为单拷贝基因,只有很少数基因（rRNA）是以多拷贝形态存在。原核DNA分子的绝大部分是用来编码蛋白质的，只有非常少的一部分不转录。而且，这些不转录DNA序列通常是控制基因表达的序列。存在转录单元（操纵子）

原核DNA序列中功能相关的RNA和蛋白质基因，往往丛集在基因组的特定部位，形成功能单位或转录单元，它们可被一起转录为可翻译多个蛋白质的mRNA分子，这种mRNA叫多顺反子mRNA。第二章染色体和DNA一.染色体

有重叠基因

具有部分共用核苷酸序列的基因，也就是说，同一段DNA携带了两种不同蛋白质的编码信息。这样的两个基因称之为重叠基因。重叠的部分可以在基因的调控区，也可以在结构基因区。重叠基因主要有以下几种情况:一个基因完全在另一个基因里面;部分重叠;两个基因只有一个碱基对的重叠。第二章染色体和DNA一.染色体

噬菌体

X174P.34第二章染色体和DNA一.染色体

真核细胞染色体的组成组蛋白

蛋白质

染色体非组蛋白DNA

少量RNA

（主要是尚未完成转录而仍与模板DNA相连的那些RNA）(2)真核细胞染色质与染色体P25第二章染色体和DNA一.染色体

蛋白质

组蛋白(histone，H)

染色质中的蛋白质非组蛋白

(nonhistonechromosomalproteins,NHC)

真核染色质中蛋白质与相应DNA的质量比约为2:1。

第二章染色体和DNA一.染色体

组蛋白

一类小分子量的碱性蛋白质，是构成真核染色质的主要蛋白质。

真核生物的染色质中有H2A、H2B、H3、H4和H1(鸟类、鱼类及两栖类红细胞染色体不含H1而带有H5)

等5种主要类型的组蛋白。

第二章染色体和DNA一.染色体

表真核细胞染色质上的组蛋白成分分析

seeP.26.表2-5.__________________________________________________________

种类相对分子质量氨基酸数目分离难易度保守性染色质中比例染色质中位置______________________________________________________________________________

H121000223易不保守0.5接头H2A14500129较难较保守1核心

H2B13800125较难较保守1核心H315300135最难最保守1核心H411300102最难最保守1核心______________________________________________________________________-H3、H4富含精氨酸H1富含赖氨酸H2A、H2B介于两者之间-用2mol/LNaCl或0.25mol/L的HCl/H2SO4处理染色质，可将组蛋白与DNA分离。第二章染色体和DNA一.染色体

组蛋白的特性：p.26

进化上的极端保守性,组成相似,特别是H3、H4.对稳定染色体结构起作用。

无组织特异性,仅有两个例外。

肽链上氨基酸分布的不对称性,碱性AA集中分布在N-端的半条链上,与DNA的负电荷区结合,大部分疏水基团集中分布在C-端的半条链上,与其它组蛋白、非组蛋白结合.

组蛋白的修饰作用,主要为甲基化、乙酰化、磷酸化等,

可调控基因表达。

H5的磷酸化对染色质失活起作用。第二章染色体和DNA一.染色体

非组蛋白:是一类多种蛋白质的群体,大约100种,常见15-20种,

占染色体蛋白总量的60-70%.

HMG蛋白(highmobilitygroupprotein,高速泳动蛋白)

特性:-小分子量，高电荷;-通常与有能力进行转录的活性染色质特异性结合;-可用0.35mol/LNaCl

溶液提取，能溶于2%的三氯乙酸。

功能:与DNA的超螺旋结构有关。DNA结合蛋白特性:-能与DNA紧密结合;-只有用高浓度盐液提取，通常采用2mol/LNaCl

或

5mol/L尿素溶液。功能:参与DNA的复制或转录。第二章染色体和DNA一.染色体

A24非组蛋白小鼠肝脏中分离到一种蛋白质。氨基酸序列测定发现A24的C端与H2A相同，A24它有两个N端，一个N端的序列与H2A相同，另一个N端与泛蛋白相同，A24位于核小体内，功能不详。

泛蛋白：在真核细胞中普遍存在的小分子量的蛋白质。可以修饰核小体结构，与H2A组蛋白发生共价连接，形成修饰的uH2A组蛋白。第二章染色体和DNA一.染色体

真核细胞基因组的特点-真核基因组宠大,人类基因组的总长度为2907Mb，含39114个基因。-含有大量重复序列。-含有大量的非编码序列，占整个基因组序列的90%

（C值-一种生物单倍体基因组DNA的总量。p29

）。-真核基因绝大多数为断裂基因。-真核基因的转录产物为单顺反子。-真核基因组中存在大量的顺式作用元件.包括启动子、增强子、沉默子等。-真核基因组中存在大量的DNA多态性。-真核基因组具有端粒结构。是真核生物线性基因组DNA末端的一种特殊结构，是一段DNA序列和蛋白质形成的复合体，具有保护线性DNA的完整复制等功能。第二章染色体和DNA一.染色体

真核生物DNA序列真核生物DNA序列可分为三类:不重复序列(uniquesequence):在单倍体基因组内,这些序列仅出现一次或少数几次。占DNA总量的40-80%,在人类基因组中占60-65%。结构基因属于不重复序列。中度重复序列

(moderatelyrepetitivesequence):序列的重复次数为103-105,占DNA总量的15%。各种rRNA、

tRNA

和一些结构基因，如非洲爪蟾的rRNA基因都属于这类。P.29第二章染色体和DNA一.染色体

高度重复序列

(highrepetitivesequence):序列的重复次数在105以上,不转录。主要为卫星DNA(又称随体DNA)。卫星DNA:因为这种DNA含大量的A、T碱基，浮力密度小,在CsCl

密度梯度超离心时形成一条与DNA主带相伴的小带,形似卫星而得名。仅存在于真核生物DNA列。第二章染色体和DNA真核生物的DNA序列

C值(C-value):

一种生物单倍体基因组的DNA总量(P.29)。C值反常现象

(C值悖理,C-valueparadox):物种的C值和它进化复杂性之间不存在严格的对应关系,这一现称为C值反常现象。*C值反常现象暗示着真核生物基因组中必然存在大量的不编码基因产物的DNA序列。

第二章染色体和DNA一.染色体

断裂基因(splitgene):真核基因是不连续排列的，在编码多肽链的DNA序列中间插入与氨基酸无关的DNA序列。一个基因编码序列被分隔成不连续的若干区段。

编码序列:外显子(exon)编码序列中间的插入的非编码序列:内含子(intron)不连续基因是由外显子和内含子交替排列组成。内含子存在于转录的初始产物中，在基因产物成熟翻释之前必须被切除，切除的过程称为RNA的剪接。一般说来，剪接包括从初始转录产物精确地去掉内含子，然后切点两侧的RNA末端重新连接，外显子形成共价的完整分子。第二章染色体和DNA一.染色体

图:鸡蛋清蛋白基因的不连续性及与mRNA形成R-环。第二章染色体和DNA一.染色体

染色体的结构

核小体结构在细胞生活周期的大部分时间里都以染色质的形式存在。染色质是一种纤维状结构的细丝,又称为染色质丝,它的基本结构单位是核小体。

第二章染色体和DNA一.染色体

核小体中由各两个分子的组蛋白H2A、H2B、H3和H4组成的一种圆盘状的蛋白质核心,这个核心被称之为组蛋白八聚体或核小体核心。

H2A、H2B、H3、H4称为核心组蛋白

(corehistone)DNA双螺旋分子以146bp的长度盘旋1.8圈的形式缠绕在组蛋白八聚体的外周，形成核小体核心颗粒。

H1(H5)称为连接组蛋白

(linkerhistone)

相邻的两个核小体核心颗粒之间，有一段长60bp的连接DNA，连接DNA加上核小体核心颗粒便构成了核小体。MOV：MCB4.0\threedimensionalpackingofnuclearchromosomes2(H2A、H2B、H3、H4)第二章染色体和DNA一.染色体

核小体结构的修饰

在细胞周期特定时间，核小体中的组蛋白可发生甲基化、乙酰化（p31，图2-7）、磷酸化、

ADP核糖基化等修饰。H3、H4修饰作用较普遍，H2B有乙酰化作用、H1和H5有磷酸化作用。修饰作用的共同特点：是降低组蛋白所携带的正电荷。

组蛋白修饰的意义：一是改变染色体的结构，直接影响转录活性；二是核小体表面发生改变，使其他调控蛋白易于和染色质相互接触，从而间接影响转录活性。第二章染色体和DNA一.染色体

染色质与转录活性:

染色质的类型

真核基因组DNA被蛋白质包装形成染色质，其中的基因组处于完全抑制的状态，DNA不能够进行复制和转录。这种状态下的染色质称为非活性染色质。

在DNA的复制和转录过程中，染色质的结构受到暂时性的破坏，使得聚合酶等特异因子能够识别DNA序列中的结合位点，并阻止其装配成核小体，从而导致DNA的复制和转录。这种状态下的染色质称为活性染色质。

第二章染色体和DNA一.染色体

根据染色质的压缩程度的不同，在真核生物细胞分裂间期可以观察到两种不同类型的染色质：

常染色质：压缩程度较低，其中的基因可以表达；

异染色质：压缩程度高，其中的基因不表达。第二章染色体和DNA一.染色体

染色体染色体是染色质包装压缩形成的一种高级的染色质结构。典型的真核细胞的直径约为1µm，但却含有总长度达1-2m

的DNA分子。它们必须被有序地包装，才能保证遗传信息的有效储藏与表达。

6.8:140:11000:18000:1DNAdoublehelixNucleosome(10nmfiber)30nmFiberLoopsILoopsIIchromosome第二章染色体和DNA二.DNA的结构

二.

DNA的结构1.DNA的一级结构:是DNA分子内碱基的排列顺序。

在结构上，DNA是由单核苷酸通过3’，5’-磷酸二酯键连接而形成的高分子聚合物。从同一个磷酸基的3’酯键到5’酯键的方向定义为链的方向。DNA链的方向总是从5’-P端到3’-OH端(p.35)。

DNA分子中的核糖的2’位总是H(RNA中为OH)，所以

DNA分子对碱的作用具有抗性，在pH11.5时，链的一级结构几乎没有变化，稳定性很强，不易断裂。而RNA很容易被碱水解。第二章染色体和DNADNA结构--二级结构

2.DNA的二级结构:两条多核苷酸链反向平行盘绕所形成的双螺旋结构。DNA的二级结构分为两类:右手螺旋

A-DNA

和B-DNA构象

A-DNA:当DNA处于转录状态时,DNA模板链与由它转录所形成的DNA-RNA双链。

B-DNA:最常见的DNA双链构象,富含A和T碱基。左手螺旋Z-DNA构象，富含C和G碱基.

与基因转录起始活性有关.

图:A-,B-,Z-型DNA三种结构比较

第二章染色体和DNADNA结构--二级结构

Z-DNA调控基因转录的两种模式:-Z－DNA构象在转录区上游离转录区近时，抑制转录。-若离转录区远，可以增加转录区的负超螺旋程度促使转录。Z－DNA构象有转录起始的调节活性。Z-DNA的生物功能：Zig-zag之字与基因表达、基因调控有关。第二章染色体和DNADNA结构--高级结构

3.DNA的高级结构:DNA双螺旋进一步扭曲盘绕所形成的特定

空间结构.

DNA高级结构的主要形式-----超螺旋结构

正超螺旋负超螺旋负超螺旋拓扑异构酶溴乙锭松驰DNA正超螺旋拓扑异构酶溴乙锭MOV:PBC\A0267501\supercoilingofDNA第二章染色体和DNADNA结构--高级结构

图:环状DNA分子的连接数(L)、盘绕数(T)和超螺旋数(W)之间的相互关系。L=T+W其中L为常量,T和W是变量。第二章染色体和DNADNA结构--高级结构

超螺旋结构的形成是在拓扑异构酶的催化下进行链的切断-缝合反应。

根据酶的作用机理可分为:

拓扑异构酶I拓扑异构酶II

第二章染色体和DNADNA结构--高级结构

拓扑异构酶I

共同特点:

仅切断双链DNA中的一条链,随后进行连接；不需要能量辅助因子如ATP和NDP等,因而不能催化需能的超螺旋化结构的形成。

I型酶一般是使高度超螺旋的DNA松弛。

第二章染色体和DNADNA结构--高级结构

拓扑异构酶I使双螺旋DNA减少一圈,超螺旋DNA放松

图:拓扑异构酶I的作用机理第二章染色体和DNADNA结构--高级结构

E.coli的旋转酶(只有原核生物中有)

图:E.coliDNA旋转酶导入负超螺旋的作用机理细菌质粒DNA(环状双链DNA)第二章染色体和DNADNA结构--高级结构

拓扑异构酶II

共同特点:

双链DNA同时切断,随后进行连接；需要能量辅助因子如ATP和NDP等,催化需能的超螺旋化结构。

第二章染色体和DNADNA结构--高级结构

超螺旋结构的生物学意义:负超螺旋DNA在转录时起重要作用,在转录时,RNA聚合酶首先要与DNA特异性位点结合,DNA为负超螺旋对RNA聚合酶-DNA复合物形成速率、稳定性以及酶的转录活性都会大大提高。RNA聚合酶-DNA结合后，要解开12bp,而正超螺旋有利于链的解开。在转录时,DNA超螺旋形成和解旋是必不可少的,拓扑异构酶是转录过程必要的组分之一。

第二章染色体和DNADNA结构--高级结构

图:大肠杆菌的RNA转录过程图示第二章染色体和DNA三.DNA的复制1DNA的半保留复制:子代的DNA双链中一条来自亲代(模板)，另一条是新合成的子链，这种复制方式被称为DNA的半保留复制。

P.42第二章染色体和DNA三.DNA的复制

1958年Meselson&stahl用同位素示踪标记加密度梯度离心技术实验,证明了DNA是采取半保留的方式进行复制.[15N]DNA原始分子[14N-15N]DNA第一子代[14N]DNA[14N-15N]DNA第二子代第二章染色体和DNA三.DNA的复制

2DNA复制的一些基本概念复制子：生物体内能独立进行复制的单位。

复制叉：复制起始点呈现叉子的形式。复制起始点(Ori):是复制功能起始的特定位置。

DNA复制是由固定的起始点开始，并在特定的终止点结束。第二章染色体和DNA三.DNA的复制

复制方向:单向复制双向复制最普遍相向复制第二章染色体和DNA三.DNA的复制

复制速率:原核生物50000bp/min，每个复制单位在30~60min内完成复制。真核生物1000~3000bp/min，真核生物DNA的复制是多起点的。第二章染色体和DNA三.DNA的复制

冈崎片段与半不连续复制:

冈崎片段：在DNA半不连续复制中产生的长度为1000~2000个碱基的短的DNA片段，能被连接形成一条完整的DNA链。第二章染色体和DNA三.DNA的复制

3复制的几种主要方式:线性DNA双链的复制先导链、滞后链、冈崎片段环状DNA双链的复制可分为:型大肠杆菌滚环型X174D-型线粒体第二章染色体和DNA三.DNA的复制

大肠杆菌质粒DNAθ型复制模式图第二章染色体和DNA三.DNA的复制

滚环型复制模式图第二章染色体和DNA三.DNA的复制

D环型复制模式图第二章染色体和DNA三.DNA的复制

4原核和真核生物DNA复制的特点4.1原核生物DNA复制的特点

大肠杆菌复制起始点含有3个13bp的串联重复保守序列以及4个9bp的保守序列组成的能结合DnaA的起始结合位点。第二章染色体和DNA三.DNA的复制

1DNA双螺旋的解旋DNA拓扑异构酶DNA解链蛋白单链结合蛋白

第二章染色体和DNA三.DNA的复制

2DNA复制的引发

前导链的合成由引发酶合成一段RNA引物，然后由DNA聚合酶从RNA引物的3’端开始合成新的DNA链；后随链的引发较为复杂，由6种蛋白组成的引发体来完成。第二章染色体和DNA三.DNA的复制

3DNA复制的延伸4DNA复制的终止

当复制叉遇到22bp终止子序列（Ter）时，Ter-Tus复合物阻挡复制叉的继续前移，复制叉解体。未复制部分由修复机制填补。第二章染色体和DNA三.DNA的复制

5DNA聚合酶

第二章染色体和DNA三.DNA的复制

5DNA聚合酶

第二章染色体和DNA三.DNA的复制

4.2真核生物DNA复制的特点

真核生物含有多个复制起始点，复制只发生在S期。真核生物的复制起始点中，酿酒酵母的复制起始点已经被鉴定出来，称为自主复制序列（ARS）。第二章染色体和DNA三.DNA的复制

啤酒酵母的ARS分布在100～200bp的DNA序列中，ARS包括一个共有序列(A)和附加元件(B1~B3)。A元件是复制起始识别复合物（originrecognitioncomplex,ORC）结合复制起始位点所必需的，对起始因子在复制起始位点的组装起基本作用。第二章染色体和DNA三.DNA的复制第二章染色体和DNA三.DNA的复制第二章染色体和DNA三.DNA的复制真核生物染色体复制时，后随链以不连续的方式进行复制，必须有特殊的机制来安排5’端部分DNA链的复制问题，以免子代DNA5’端序列逐步缩短。端粒酶能利用自身携带的RNA链作模板，以反转录方式合成后随链5’端片段或外加重复单位，以维持端粒一定的长度。第二章染色体和DNA三.DNA的复制4.3DNA复制的调控大肠杆菌染色体DNA的复制调控主要发生在起始阶段，起始位点突变使复制停止，细胞死亡。ColE1质粒DNA复制的调控依赖负调控因子Rop蛋白和反义RNA（RNA1）。第二章染色体和DNA三.DNA的复制真核细胞DNA的复制调控

细胞生活周期水平调控决定细胞是否进入S期。染色体水平调控决定不同染色体或同一染色体不同部位的复制子按一定顺序起始复制。复制子水平调控决定复制的起始与否。第二章染色体和DNA四.DNA的修复

1.DNA的错配修复(DNAmismatchrepair):在DNA复制时，错配修复系统修复复制酶没能检出的错配碱基，或者由于化学修饰产生的错配，从而保证了遗传物质复制的高保真，确保遗传的稳定性。

P.57第二章染色体和DNA四.DNA的修复

目前，细菌的错配修复系统已经研究得比较透彻。在大肠杆菌错配修复系统中包含十多种蛋白：-错配矫正蛋白：MutS、MutL、MutH-单链结合蛋白(SSB)-DNA解旋酶II(DNAhelicaseII，UvrD，3′→5′解旋酶)-DNA聚合酶III全酶(DNApolymeraseIIIholoenzyme)-DNA连接酶(DNAligase)-核酸外切酶I(exonucleaseI)-核酸外切酶VII(exonucleaseVII)-核酸外切酶X(exonucleaseX)-RecJ第二章染色体和DNA四.DNA的修复

启始修复过程可以分为步骤切除

修复根据母链甲基化原则进行错配修复过程示意图启始：根据模板链上GATC中腺嘌（A）的甲基化原则错配校正蛋白MutS二聚体识别并结合错配位点；

MutL蛋白在水解ATP的作用的调节下，与MutS结合,MutS-

MutL在DNA双链上移动，发现离错配位点最近的甲基化碱基；发现甲基化碱基后，MutL-MutS-

错配复合物激活MutH蛋白的内切酶活性，在对应于母链甲基化腺苷酸上游鸟苷酸的5’位置切开非甲基化的子链。

Dam甲基化酶

甲基化指导的错配修复示意图

错配碱基位于切口3’下游端错配碱基位于切口5’上游端，切除：

DNA解旋酶II从缺口向错配方向解开双链；由核酸外切酶将距离

GATC到错配区域间的DNA链切除。为了防止剩下的暴露的单链遭到降解，需要有单链结合蛋白

SSB）将其保护起来。修复：由DNA聚合酶Ⅲ全酶进行合成，连接酶对缺口进行连接。【甲基定向错配修复(methyl-directedmismatchrepair,MMR)】

MutS蛋白的应用：错配矫正蛋白MutS具有结合错配碱基的能力，MutS蛋白可以用于检测

-突变-富集点突变-SNP（singlenucleotidepolymorphism，单核苷酸多态性）等方面

SNP主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性.第二章染色体和DNA四.DNA的修复

2.切除修复(excisionrepair):DNA切除修复有两种类型：碱基切除修复

和核苷酸切除修复

（1）碱基切除修复(baseexcisionrepair)研究发现，所有细菌中都带有不同类型、能识别受损核苷酸位点的糖苷水解酶。

第二章染色体和DNA四.DNA的修复

碱基切除修复系统糖苷水解酶AP核酸内切酶包括DNA聚合酶I

DNA连接酶

第二章染色体和DNA四.DNA的修复糖甘水解酶识别受损碱基，把碱基从N-β-糖苷键处切下来，在DNA链上形成去嘌呤或去嘧啶位点，统称为AP位点（无嘌呤嘧啶位点）。由AP核酸内切酶在AP位点附近（5`或3`位置）将受损核甘酸的糖甘-磷酸键切开移去包括AP位点核苷酸在内的小片段DNA（c）移去包括AP位点核苷酸在内的一小段DNADNA连接酶连接DNA聚合酶I将切除部位的核苷酸补齐（d)（e）

（2）核苷酸切除修复(Nucleotideexcisionrepair)

当DNA链上相应位置的核苷酸发生损伤，导致双链之间无法形成氢键后，核苷酸切除修复系统将受损的核苷酸切除。

核苷酸损伤发生后-先由DNA切割酶在己损伤的核苷酸5’和3’位分别切开磷酸糖苷键，产生一个由12-13个核苷酸（原核生物）或27-29个核苷酸（高等真核生物）组成的小片段，-解旋酶解旋，移去小片段-DNA聚合酶I（原核）或E（