手把手教你构建系统进化树课件

如何构建系统进化树

YZU.TRY手把手教你构建系统进化树系统发生树（英文：Phylogenetictree）又称为演化树（evolutionarytree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。

手把手教你构建系统进化树MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的软件。现主要介绍使用Mega6.0构建系统进化树的方法。供大家参考。用MEGA构建进化树有以下步骤：1、测序：将克隆扩增测序得到的基因进行测序。2、NCBI上做Blast

比对找到相似度最高的几个基因，将这几个基因的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSATA格式，整合在一个*.txt文档中。手把手教你构建系统进化树3、比对序列，比对结果转化为*.meg格式用Mega6.0的ClustalW做多序列联配，比对结果用*.meg格式保存。或者用ClustalX软件进行比对，比对结果保存为*.aln,再用Mega6.0转化为*.meg格式。4、构建系统进化树打开保存的*.meg格式文件，选择邻接法构建系统发育进化树。手把手教你构建系统进化树手把手教你构建系统进化树手把手教你构建系统进化树以外米缀蛾的cds为例，点击cds，出现下图。手把手教你构建系统进化树手把手教你构建系统进化树点击FASTA，出现下图。手把手教你构建系统进化树该图为外米缀蛾的FASTA格式，如何保存见下图手把手教你构建系统进化树一般情况下点击该页的右上角有send图标，选择后点击createfile即可下载。Txt可以打开。该图显示的是序列全长的FASTA格式下载。手把手教你构建系统进化树因为我采取基于氨基酸序列比对，所以选择codingsequences和fastaprotein，下载编码区氨基酸序列。手把手教你构建系统进化树文件名未下载时不要更改，下下来之后再更改手把手教你构建系统进化树将所有下载下来的fasta格式序列用记事本打开，集中到一个记事本里手把手教你构建系统进化树MEGA6可以识别fasta格式文件。如图，将全部-基因.txt重命名为全部-基因.fasta手把手教你构建系统进化树选择打开方式为MEGA6，打开全部-基因.fasta，自动跳出序列窗口用ClustalW做多序列联配手把手教你构建系统进化树手把手教你构建系统进化树手把手教你构建系统进化树以.meg格式保存结果手把手教你构建系统进化树手把手教你构建系统进化树回到MEGA主窗口打开所保存的文件（.meg）手把手教你构建系统进化树点击按钮打开文件窗口手把手教你构建系统进化树显示保守位点显示变异位点手把手教你构建系统进化树回到MEGA主窗口构建进化树当前打开的文件选择邻接法建树手把手教你构建系统进化树选择Bootstrap检验手把手教你构建系统进化树设定完成，点compute，开始计算得到进化树构建的结果。手把手教你构建系统进化树双击文字，可以修改树枝后的名称，名称要么全部斜体，要么全部不斜体，无法只让拉丁文斜体手把手教你构建系统进化树双击文字，可以修改树枝后的名称，名称要么全部斜体，要么全部不斜体，无法只让拉丁文斜体手把手教你构建系统进化树系统发育进化树优化后，复制黏贴到WORD里，用Microsoftoffice打开可直接在原图上编辑，将拉丁文斜体，用WPSoffi