常见系统发育软件使用

常见系统发育软件使用方法XieLeiBJFUPaupMP流程：Mac准备nex文件(interleave和noninterleave均可)T存入新建文件夹T拖入paup或用paup打开―executeTlogfileTcstatusTtstatusThsearchTdefineoutgroupTroottreesTsavetreesTdescribetreesTcontree(savetofile)TsavepictTbootstrap(savetreefile)TprintbootstraptreeTsavepict.Tstoplog.PC版操作，可将附录批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。\PaupML流程：Mac准备nex文件(interleave和noninterleave均可)T存入新建文件夹T拖入paup或用paup打开TexecuteT从modeltest软件中打开paupblock运算检测模型―生成scorefileT打开modeltest中的bin读取score数据T生成结果文档T存档并打开此文档TAICT将beginpaup的运算模块贴至原nex数据文件后面T重新将其拖入paup运行T选择ML运算模式ThsearchT打印树图Tsavepict.Tbootstrap.PC版操作，可将附录5批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。Garli运算ML流程：准备nex文件(interleave)T存入新建文件夹T拖入paup或用paup打开TexecuteT输出noninterleave文档(若直接是noninterleave上述过程省略，又如果是PC机paup，无菜单操作，可在paup命令行中输入附录1*的命令回车即可生成noninterleave数据）。使用noninterleave文档（数据中类群名称不得有单引号，空格，所有方括号中内容删除）T新建文件夹存入T按照流程2进行modeltestT在苹果机上打开GarliT导入数据T把model定好Trun（切记此处不要激bootstrap选项）》将上次运算数据拷贝至一新建文件夹T导入苹果版GarliT激活bootstrap选项―定好modelTrun所有结果用paup软件打开TsavepictT打开bootstrap树T做50%majorityrulecontreeTsavepict.注：Garli苹果和PC版都有，但是操作不同。数据格式：和算PAUP一样的nexu，格式，但是这个格式有很多注意事项，一些常见的小错误会造成软件无法运行。参见下列常见问题：一定要noninterleave的数据，否则软件无法运算[]虽然在mrbayes和paup中不成问题但是在garli中有影响，里面内容在算之前全部删除为好。taxon名称中可以有下划线但是不得有空格，逗号句点等，否则无法运行。]Mac版GUI的菜单界面，只要有上述正确的nexu‘格式的数据文件即可运算。PC版Nexformatplusacommandfile每次使用时拷贝一个软件的文件夹，将此文件夹重新命名（尽量清楚易查询）。将正确的数据文件拷贝到此文件夹下（与garli运行程序在同一目录下）。编辑命令文档（名称是garli），进行参数设置。完成后双击garli运行程序图标即可运算。4Bayes流程<Noninterleave文件T贴运算程序到文件后面（见附录）T将其拷贝至MrBayes文件夹下T打开运行程序Texecute文件名.扩展名T运算结束后用paup运行源文件T从.t文件中取树TburninT做50%majorityrulecontreeTsavepict.r8s流程按照流程2进行modeltestT按照流程2进行ML运算T运算结束printtreeT检查这棵带枝长的树是否有分支长度为0的分支T如果有在restore和deletetaxa中将这些类群去除T存储带枝长的树到file（nex格式）T将树的taxa名称更换为实际类群名称T将树文件贴至运算模版（见附录）T首先进行第一步crossvalidateT得到smooth值T替换smooth值再算一遍即可。注：r8s:该软件与BEAST不同，是对已存在的树进行操作，校订分子钟。算法为PL法。先选择模型算出一个ML树（要带枝长），注意如果要用这个树算r8s要保证该树各个分支清晰，有较高的分辨率，没有0枝长分枝和polytomy。|在这个树的tre的nexus文件上面编辑各种命令，然后输入r8s进行运算。一定要固定root,ingroup最好有一个以上的constraints.运算两次，第一次为cross-validation得出smoothvalue,第二次再设置这个值算出最终结果。BEAST流程Noninterleave文档TBEAUTI打开T定义节点T基本设置T化石点标定T生成xml文档TBEAST打开运算T运算完成TTacer打开log文件TTreeAnnotator打开树文件T生成out文件TFigtree打开out文件。DIVA*在数据文件中确定树形，标注分布区，然后运算openDIVAproc;optimize;Batch:optimizemaxareas=8weight二bound=200hold=10000;Haplotypenetwork简明流程：'1、 NETWORK用DNASP软件打开fas或者nex文件T另存为RoehlFileFormat文件（rdf格式）T用NETWORK打开T进行编辑（更改名称、连续的gap合并、添加删除序列等）后保存T选择MedianJoining进行calculatenetworkT在新出现的窗口中导入rdf文件（也可以在这一步直接导入noninterleave的nex文件而省去以上步骤，但是不能重新编辑）T设置参数后进行计算，生成out格式的输出文件T选择drawnetwork，在新窗口中导入out文件T按照提示就可以生成network图，保存fdi文件或可另存为bmp或者pdf文件。2、 TCS准备noninterleave的nex或者phy文件T导入TCST设置ParsimonyLimit或FixconnectionLimit,并定义gap后点击runT运行完成后就会自动生成network图，编辑后保存GML文件或可另存为postscript或者PICT文件。9.推荐使用：Mega5.全能系统发育分析软件，从序列校对到系统发育分析、分子钟、性状演化、居群分析全能做。Mesquite也很全能，但是主要还是做性状演化分析。McClade是其收费版。TNT是原来的Hennig86，做系统发育分析。PAST十分强大的统计软件，居群分析，分类学的morphometric分析很好。S-DIVA川大开发的带统计功能的地理分析软件。建议访问：附录1・最大简约法分析批处理文件1.beginPAUP;logfile二;setautoclose二yes;《setmaxtrees=100increase二auto;hsearchstart二stepwiseaddseq=randomnreps=1000savereps=yesrandomize=addseqrstatus二yeshold=1swap二tbrmultrees=yesnchuck=200chuckscore=1;savetreesfile二brlens=yes;filterbest二yespermdel=yes;savetreesfile二file二all/majrule=yestreefile=；logstop;end;2.】beginPAUP;logfile=;setautoclose=yes;setmaxtrees=100increase=auto;hsearchstart=stepwiseaddseq=randomnreps=1000savereps=yesrandomize=addseqrstatus=yeshold=1swap=tbrmultrees=yes;savetreesfile=brlens=yes;filterbest=yespermdel=yes;savetreesfile=file=all/majrule=yestreefile=;[logstop;end;2的策略较好，是hsearch中首选，而如果此程序运算时间太长则用上面一个程序。本实用方法只提供hsearch，而branchandbound和exhaustive方法省略。附录1*exportformat二nexusinterleaved二nofile=（此为生成noninterleave文件命令）*附录2.ILD分析;endblock;charpartitiondna=ITS:1-848,trnLF:849-3051;beginpaup;setcriterion=parsimony;logfile=；hompartpart=dnanreps=100/addseq二random;（hsearchswap二tbr;endblock;附录3.Bayes分析1.单一模型beginmrbayes;lsetnst=6rates二gamma;mcmcpngen=2000000printfreq=1000samplefreq=100nchains=4savebrlens=yesfilename=P_combined;mcmc;sumtfilename二burnin=2000;end;Beginmrbayes;2.多模型beginmrbayes;charsetits=1-622;#charsettrnlf=623-1696;charsetmatk=1697-3221;charsetchs=3222-4406;charsetpsbm2trnd=4407-5506;charsetpsbm=5507-6279;charsetgpd=6280-6972;charsetLFY=6973-8426;partitionNames=8:its,trnlf,matk,chs,psbm2trnd,psbm,gpd,LFY;(end;beginmrbayes;[ThefollowinglinessetupamodelinwhichallfourgeneshavetheiruniqueGTR+gamma+propinvmodel]setpartition=Names;prsetratepr=variable;Isetapplyto=(1,2,3,4,5,6,7)nst=6;Isetapplyto=(8)nst=2rates二gamma;unlinkshape=(all)pinvar=(all);end;beginmrbayes;mcmcpngen=100000printfreq=1000samplefreq=100nchains=4savebrlens=yesfilename二solms8mys;'mcmc;sumtfilename二burnin=3000;end;带支长contree的运算batchbeginmrbayes;logstartfilename=；mcmcfilename二cpngen=2000000samplefreq=100;{sumpburnin=5000filename二cpprinttofile二yesoutputname=；sumtburnin=5000filename=cpcontype=allcompat;logstop;end;附录4.bootstrap分析beginpaup;logfile=;{setmaxtrees=100increase=auto;setcriterion二parsimony;setroot=outgroup;outgroup5657;bootstrapnreps=1000conlevel=50 treefile二 keepall=yescutoffpct=50/start二stepwiseaddseq=randomnreps=100savereps=yesnchuck=20chuckscore=5dstatus二none;logstop;end;附录5.Paup运行ML分析苹果机：BEGINPAUP;LsetBase=Nst=6Rmat=Rates=gammaShape=Pinvar=;EN