TaxonGap操作说明课件_第1页
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文档简介

分析软件TaxonGap

BioEditDNASTARJAVA(TaxonGap运行环境)GSview(查看结果)Ghostscript(输出PDF结果)种内种间序列差异－TaxonGapTaxonBioMarker灰色柱和黑色柱分别标示种内和种间差异，黑色细线标示最小种间差异，左侧的名称表示参试种，黑色柱右侧的名称表示亲缘关系最近和种，灰色柱表示参试种的种内差异。BioEdit－序列比对File—open。可以输入多种格式的文件，如.fas,.aln,.bio,.txt等AccessoryApplicationClustalWMultiplealignment弹出下面对画框点击该键进行多重比对种内种间序列差异－MegAlignDNASTAR的MegAlign软件种内种间序列差异－MegAlign种内种间序列差异－Excel

处理数据

粘贴到新建的Excel标格中粘贴—选择性粘贴—转置—选出下三角数据（见下页）种内种间序列差异－相似性矩阵复制，粘贴到.txt文件中把上页中***替换为100种内种间序列差异－Taxonfile参试种名称清单，Taxonfile.txt（参试种数量应与参生矩阵种的数据相同）重要提示运行Taxongap软件前必须正确安装对应版本的以下三个软件。1.Java操作环境/zh_CN/

2.GSviewsoftware/~ghost/gsview/

3.Ghostscriptsoftware/~ghost/

详见“TaxonGap_Tutorial.pdf”文件中“3.1Softwaredependencies”。若不正确安装以上3个软件或者“环境变量”没有修改，Taxongap软件不能运行或不生成PDF文件。如何修改“环境变量”WindowsXP开始->控制面板->系统->高级单击“环境变量”，然后在“系统变量”下找到

PATH

并单击。在“编辑”窗口中，通过将类的位置添加到

PATH

的值来修改

PATH。如果没有项

PATH，可以选择添加新变量，然后添加

PATH

作为名称，添加类位置作为值。PATH路径间用分号”;”分开。关闭窗口。再次打开命令提示符窗口，然后运行Java代码。种内种间序列差异－TaxonGap去掉“√”种内种间序列差异－TaxonGapTaxonFile：导入参试种的.txt文件OutputFile：设置输出路径和输出文件名种内种间序列差异－TaxonGapAdd：增加BioMarker的信息Name：输入基因的名称Filesimiliartytable：

load对应基因的txt格式的下三角矩阵文件。（见第9张PPT）然后点Run—Execute,程序运行，即可输出结果。设置以下参数，输出合适的大小、布局的结果页面高度页面宽度左空白，左端右空白，左端上边距下边距生物标记位移比例尺字体大小比例尺字体大小刻度

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