野生动物腺病毒高通量快速鉴定技术规程-准编制说明

《野生动物腺病毒高通量快速鉴定技术规程》协作单位：无和保存、样本处理及核酸提取、病毒DNA建库、病毒DNA测序、女男男男制定标准的必要性：腺病毒（adenovirus，AdV）是腺病毒科7～9nm。壳粒里是线状双链DNA分子，约为30～47kb的碱基序列，两端各有长约100bp的反向重复序列。腺病毒科成员感染包括人类人类腺病毒D型的天然宿主仅为人类，牛腺病毒2型的天然宿主仅未薄弱。近年来，通用PCR的低灵敏度以及二代高通量测序在一定程度已经促进了我们对新发腺病毒的了解。但传统PCR鉴定方式在PCR扩增过程中会引起准确性有所偏差，二代高通量测序不仅需要物是否感染和携带腺病毒；6h小时内获得初步鉴定结果；通过进一步的分析及人工校对，24小时内可获得准确鉴定结果。通过高通量快速鉴定技术鉴定腺病毒为阴性的动物样本，普通PCR和二代高通提高对野生动物腺病毒跨物种传播导致的潜在传染性疾病的预警与范围广，传播速度快，对国家安全、政治稳定和经济发展的危害大，西南，有4060公里的边境线，同老挝、越南和缅甸接壤，腺病毒是双链DNA病毒，感染宿主非常广，感染可导致人类轻法可实现对Mb级的DNA进行直接测序，文库制备简单高效，可实2.1样品的制备及DNA提取学技术手段进行病毒DNA提取。组织样品DNA的提取，推荐在低温研磨、离心后，使用组织样本DNA病毒核酸提取试剂盒进行DNA提取；其他样本推荐在样品充分涡旋、离心后，使DNA病毒核酸提取试剂盒进行手动或自动化提取。本标准中采用的样品病毒DNA提全二级实验室操作规定进行野生动物样本的取用与销毁、DNA样品2.2病毒DNA质量检测提取的基因组DNA浓度用Qubit荧光计测定，核酸浓度宜大于件的高质量DNA宜进行核酸建库反应。2.3病毒DNA的保存针对近期使用的DNA，将装有DNA的离心管保存于-20℃冰箱中。近期不使用，需长期保存的DNA离心管保存于-80℃超低温冰箱中。同时应避免DNA反复冻融，尽可能保证DNA的高质量。2.4病毒DNA样品测序文库的制备本标准中采用的测序仪为成都齐碳科技有限公司研发生产的纳米孔基因测序仪QNome-3841，因此使用配套开发的DNA文库构建试剂盒（QDL-EV1.1）进行测序文库的制备。2.5病毒DNA样品测序文库的质量检测制备完成的DNA文库用Qubit荧光计测定核酸浓度，浓度宜等库可直接进行病毒DNA测序反应或放于-20℃冰箱保存。2.6病毒DNA样品测序本标准中采用的测序仪为成都齐碳科技有限公司研发生产的纳米孔基因测序仪QNome-3841，因此使用配套开发的DNA文库测序试剂盒（QDSV1.1）进行的病毒DNA测序。2.7病毒DNA序列分析鉴定及全基因组信息获取酸上机2～3分钟内，程序会自动识别测序输出文件夹中的改变，每当一条DNA序列被测序输出后，便会立马使用通用系列对比程序含的信息有：病毒名、病毒NCBI的ID、病毒的分类、宿主名、宿主NCBI的ID、宿主的分类、信息来源、文章的DOI等。该标准适用野生动物血液、组织、病毒分离培养物等样品及相关样本处理及核酸提取、病毒DNA建库