静息态处理全过程

Resting-statefMRI:

DataProcessing严超赣Ph.D.Candidateycg.yan@

北京师范大学认知神经科学与学习国家重点试验室©SKLCNL1静息态处理全过程第1页Outline预处理ALFF,ReHo,FC计算统计结果展现文件管理2静息态处理全过程第2页预处理数据整理DICOM->NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealignNormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.083静息态处理全过程第3页数据整理被试信息整理4静息态处理全过程第4页数据整理被试信息整理5静息态处理全过程第5页数据整理被试信息整理原始数据整理静息功效数据结构数据DTI数据6静息态处理全过程第6页数据整理被试信息整理原始数据整理静息功效数据结构数据DTI数据7静息态处理全过程第7页预处理数据整理DICOM->NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealignNormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.088静息态处理全过程第8页DICOM->NIFTIMRIcroN’sdcm2niiguiSPM5’sDICOMImport9静息态处理全过程第9页预处理数据整理DICOM->NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealignNormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.0810静息态处理全过程第10页预处理数据整理DICOM->NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealignNormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.0811静息态处理全过程第11页SliceTimingWhy?12静息态处理全过程第12页SliceTimingWhy?Huetteletal.,13静息态处理全过程第13页SliceTiming1:2:33,2:2:323322-(2/33)3314静息态处理全过程第14页SliceTiming15静息态处理全过程第15页预处理数据整理DICOM->NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealignNormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.0816静息态处理全过程第16页RealignWhy?17静息态处理全过程第17页Realign18静息态处理全过程第18页Realign检验头动?b=load(‘rp_name.txt’);c=max(abs(b));c(4:6)=c(4:6)*180/pi;19静息态处理全过程第19页预处理数据整理DICOM->NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealignNormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.0820静息态处理全过程第20页NormalizeWhy?Huetteletal.,21静息态处理全过程第21页mean_name.imgr*.imgEPI.nii-90-126-72;909010833322静息态处理全过程第22页Normalize23静息态处理全过程第23页预处理数据整理DICOM->NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealignNormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.0824静息态处理全过程第24页SmoothWhy?降低被试间空间结构差异；有利统计检验有效性;25静息态处理全过程第25页w*.img平滑核Smooth26静息态处理全过程第26页预处理数据整理DICOM->NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealignNormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.0827静息态处理全过程第27页去线性漂移28静息态处理全过程第28页预处理数据整理DICOM->NIFTI去前10个时间点SliceTimingRealignNormalizeSmooth去线性漂移Filter:0.01-0.0829静息态处理全过程第29页滤波Why?关心低频活动30静息态处理全过程第30页滤波31静息态处理全过程第31页Outline预处理ALFF,ReHo,FC计算统计结果展现文件管理32静息态处理全过程第32页ALFFZangetal.,33静息态处理全过程第33页ALFF34静息态处理全过程第34页ReHo注意：预处理时不做平滑，计算完ReHo后再进行平滑。Zangetal.,35静息态处理全过程第35页ReHo36静息态处理全过程第36页功效连接提取协变量

头动参数:rp_name.txt全脑信号、脑脊液、白质信号37静息态处理全过程第37页提取协变量38静息态处理全过程第38页提取协变量39静息态处理全过程第39页提取协变量40静息态处理全过程第40页提取协变量41静息态处理全过程第41页提取协变量42静息态处理全过程第42页提取协变量43静息态处理全过程第43页提取协变量44静息态处理全过程第44页功效连接提取协变量

头动参数:rp_name.txt全脑信号、脑脊液、白质信号协变量组合：RPCov=load('rp_name.txt');BCWCov=load('ROI_FCMap_name.txt');Cov=[RPCov,BCWCov];save('Cov.txt','Cov','-ASCII','-DOUBLE','-TABS');45静息态处理全过程第45页功效连接Voxel-wiseROI-wiser=0.3646静息态处理全过程第46页Voxel-wise47静息态处理全过程第47页Voxel-wise48静息态处理全过程第48页Voxel-wise49静息态处理全过程第49页Voxel-wise50静息态处理全过程第50页Voxel-wise51静息态处理全过程第51页Voxel-wise52静息态处理全过程第52页Voxel-wise1by1Cov.txt53静息态处理全过程第53页ROI-wise54静息态处理全过程第54页ROI-wise55静息态处理全过程第55页ROI-wise1by1Cov.txt56静息态处理全过程第56页Outline预处理ALFF,ReHo,FC计算统计结果展现文件管理57静息态处理全过程第57页统计单样本T检验双样本T检验58静息态处理全过程第58页单样本T检验统计准备

ALFF:mALFFReHo:smReHoFC:zFC59静息态处理全过程第59页单样本T检验mALFF-1,smReHo-1m图像1by1i1-160静息态处理全过程第60页单样本T检验m*-1图像;zFC图像存放SPM.mat目录61静息态处理全过程第61页单样本T检验上一步生成spm.mat62静息态处理全过程第62页单样本T检验上一步生成spm.mat163静息态处理全过程第63页单样本T检验HeightthresholdT=2.687659{p<0.05(FDR)}Extentthresholdk=10voxelsspmT_0001.imgPD_1T.img准备制作双样本T检验MASK64静息态处理全过程第64页双样本T检验统计准备

ALFF：mALFFReHo:smReHoFC:zFCMask65静息态处理全过程第65页双样本T检验MaskMask=PD_1T.img+CON_1T.img>0PD_1T.imgCON_1T.imgMask_2T.imgi1+i2>066静息态处理全过程第66页双样本T检验两组m*图像;zFC图像存放SPM.mat目录Mask_2T.img67静息态处理全过程第67页双样本T检验上一步生成spm.mat68静息态处理全过程第68页双样本T检验上一步生成spm.mat1-169静息态处理全过程第69页双样本T检验HeightthresholdT=Inf{p<0.05(FDR)}Extentthresholdk=0voxelsspmT_0001.img70静息态处理全过程第70页Outline预处理ALFF,ReHo,FC计算统计结果展现文件管理71静息态处理全过程第71页结果展现SPM5xjviewrest_sliceviewerMRIcroN72静息态处理全过程第72页结果展现—SPM573静息态处理全过程第73页结果展现—SPM574静息态处理全过程第74页结果展现—xjview75静息态处理全过程第75页结果展现—xjview76静息态处理全过程第76页结果展现—rest_sliceviewer77静息态处理全过程第77页结果展现—MRIcroN78静息态处理全过程第78页结果展现—MRIcroN79静息态处理全过程第79页Outline预处理ALFF,ReHo,FC计算统计结果展现文件管理80静息态处理全过程第80页文件管理81静息态处理全过程第81页文件管理82静息态处理