农业部2630号公告-16-2017 转基因生物及其产品食用安全检测 外源蛋白质与毒性蛋白质和抗营养因子的氨基酸序列相似性生物信息学分析方法

转基因生物及其产品食用安全检测外源蛋白质与毒性蛋白质和抗营养因子I农业部2630号公告—16—2017本标准按照GB/T1.1—1农业部2630号公告—16—2017转基因生物及其产品食用安全检测外源蛋白质与毒性蛋白质和抗营养因子的氨基酸序列相似性生物信息学分析方法本标准规定了利用生物信息学工具对转基因生物中外源蛋白质与数据库中已知毒性蛋白质和抗营养因子的氨基酸序列相似性进行搜索比对的方法本标准适用于转基因生物中外源蛋白质与日知毒性蛋白质和抗营养因子的氨基酸序列相似性比下列术语和定义适用于本文件用基因工程手段转人生物体内的外源基因所表达的蛋质生物信息学研究中能使各种数据库系统进行有效交流的发达、稳定的互联网络系统以及所需要的算法和软件。局部相似性基本查询工具BLAST(basiclocal基于序列相似性的数据库搜索程序。O生物信息学比对软件的概率阈值反映待测蛋白质氨基酸序列与比对序列的相似程度，相似程度越3原理利用生物信息学分析软件，将待测外源蛋自质的氨基酸序列与蛋白质数据库中的毒性蛋白质和抗营养因子的氨基酸序列进行序列相似性比较，E值越小，表明序列相似性越高。但是，生物信息学分析仅是毒性分析的第一步，如出现相似性较高的结果，应结合后续的毒理学试验进行进一步的验证。4评价工具4.1评价数据库选择的依据优先采用国际公认的权威公共蛋白质数据库；也可以通过对公共数据库中的蛋白质数据进行一定的处理，获得专门的毒性蛋白质和/或抗营养因子数据库。如NCBI数据库(http://www.ncbi.nlm.n2农业部2630号公告—16—20174.3评价程序蛋白质BLAST比对程序。5.1评价过程5.1.1进入蛋白质数据库界面，点击蛋白质BLAST搜索工具(参见附录A中图A.1、图A.2或附录B5.1.2在查询序列输入框中输入待测外源蛋白质序列(参见图A.3或图B.2);5.1.5如数据库提供矩阵选项选择打分矩阵为BLOSUM620参见图4或图B.2);5.2评价指标和判定Cp或抗营养因子(参见图A.5或图B.3)5.2.2如待测外源蛋白质确实与已知毒性蛋白质或抗营养因子具有较高的序列相似性，应对待测蛋白质与相似性序列进行进一步的保守序列同源性、结构比对等方面的分析5.2.3结合以上两点，推测待测外源蛋白质是否与已知毒性蛋白质或抗营养因府具有较高的序列相似6结果分析与表述6.1如果待测外源蛋白质与自前已知的毒性蛋白质或抗营养因子的比对结果E值≤0.01,结果表述为“××蛋白与来源于××的已知毒性蛋自质(或抗营养因子)具有较高的序列相似性，其相似性E值为××。应结合后续的毒理学试验进行进一步的验证。”6.2如果待测外源蛋白质与目前已知的毒性蛋白质或抗营养因子的比对结果E值>0.01,结果表述为“××蛋白与已知毒性蛋白质(或抗营养因子)无较高的序列相似性。”3biomedicalandgenomicnAbouttheNCBIIMsionlQiganization|NCBINen4BLASTNNEW5Anwese0240goftheBAST-eectabessnOwaableBLASTfindsretonsofsimilaritybetweencomparesnuleoideorprotensequencestoAnwese0240goftheBAST-eectabessnOwaablecalculatesthestatsticalsgnificance.5农业部2630号公告—16—2017Enteraccessionnumberts.gis)orFASTA选择文件未选择文件EnteradesciptvetefoOModelsOXMXP)OUncutured/emOPSl-BLAST(Position-图A.3输入待测蛋白质序列和搜索关键词67eoYouseacdhbslimitedtorecousmatchingentezqueEdlandReStrategieRIDU9KA52DN014(Expreson07Noncostranlation+PO8+SwipProotherreports:SearchSummanrUasonomwreoortsl[oiatansetreeofresuts]IMutplgalanmHoputatveeonserveddomainshavebeendetececertostheddlne,.clcktoshowSequeneesproduchgsignifeantslig027727752%3.152%AChainA.CardsToxin.Full27.7bts(60)2.9Compostion-basadtats.1121(52%)15/21(71gelatedIntorma8图B.1。ThemissionofUniprotistoprovidethescientificcommunitywithaco十Swiss-Prot(苜心出Downloadlatestr嘉Submityourdata9农业部2630号公告—16—2017sequences,whichcanbeusedevolutionaryrelationshipsProteinsequence,NucleotdeseouenceorUniPotTargetdatabase¹