靶向二代测序在感染性疾病诊疗中的规范化应用专家共识详细解读2026

靶向二代测序在感染性疾病诊疗中的规范化应用专家共识详细解读2026一、背景与目标感染性疾病诊疗痛点病原体多元化、复杂化，传统检测（涂片、培养、PCR等）存在局限性（如耗时长、灵敏度低）。tNGS技术优势：靶向富集病原体核酸，显著提高检测灵敏度（较mNGS提升约10倍），降低测序数据量（0.1M–3M序列）和成本。制定共识的必要性tNGS临床应用缺乏统一标准，导致样本采集、检测流程、结果解读参差不齐。目标人群：危急重症感染患者；应用场景：传统检测受限、病情复杂或需精准治疗的感染。二、tNGS与mNGS技术对比（共识1）参数mNGStNGS检测原理无偏倚检测所有微生物靶向捕获100–300种特定病原体测序数据量≥20M序列0.1M–3M序列（超多重PCR法最低0.1M）生信分析难度高（需去人源背景）低（靶向富集，人源干扰小）检测范围>10,000种微生物100–300种临床常见致病病原体灵敏度易受人源DNA干扰高（病原体序列占比50%–90%）检测周期/成本长/高短/低共识1：tNGS具有靶向性、数据量要求低、生信分析简单、成本低、灵敏度高、周期短的特点，但检测范围较窄三、tNGS临床应用场景与推荐意见1.血流感染（共识2）适应症：疑似脓毒症、感染性休克等危重症。推荐意见：共识2：抗菌药物使用前、用药有效时、停用24h后或下次用药前，同步送检tNGS和血培养。注意：tNGS特异性低于培养，需结合临床排除污染。2.呼吸系统感染（共识3–5）适应症：常规治疗无效、3天内病原学阴性、重症肺炎（共识3）。特殊病原体（军团菌、支原体、分枝杆菌等）感染进展快/免疫抑制者（共识4）。限制：共识5：疑似罕见/新发病原体（超出tNGS检测范围）推荐mNGS；样本质量差时不建议送检。3.泌尿系统感染（共识6）首选方法：尿培养。tNGS适用：共识6：尿培养阴性且疑特殊病原体（支原体、结核分枝杆菌等）时，先采用靶向PCR；无明确怀疑方向时送检tNGS。4.中枢神经系统感染（共识7–8）适应症：共识7：3天未明确病原体且经验性治疗无效的脑膜炎/脑炎。

共识8：疑隐球菌、结核分枝杆菌等特殊病原体且病情急/迁延者。5.局灶性感染（共识9）适应症：脓肿、骨髓炎、眼内炎等，常规检测阴性或治疗无效。共识9：推荐送检tNGS，尤其疑特殊病原体感染。6.其他感染（共识10）共识10：感染源不明、病情进展或抗感染无效时送检tNGS；复杂感染/多重感染首选mNGS。四、样本采集规范（共识11）关键原则：优先采集病灶部位样本（阳性率最高）。无菌操作，抗菌药物使用前采样。血液样本仅用于无法获取病灶样本时（灵敏度较低）。共识11：按感染类型选择样本（如BALF、脑脊液、组织等），规范采集容器、时机、保存及运输条件（参考微生物学标准）五、实验室检测流程1.样本前处理（共识12）要点：共识12：tNGS无需去宿主处理（人源背景影响小）。痰液/组织需完全消化/研磨破壁；血液按技术路线分离成分（探针捕获法优选血浆，超多重PCR法优选全血）。2.核酸提取（共识13）共识13：必须监控核酸浓度、纯度（A260/A280）、完整性；设置内参/阴/阳性质控品；低浓度样本需重提或重采。3.文库构建（共识14–15）建库路线：检测需求推荐建库方法DNA+RNA共检总核酸直接建库或DNA/cDNA混合建库仅DNA/RNA单独建库探针/引物设计：共识14：根据目标病原体（致病性>95%）和耐药基因选择建库路线。

共识15：每个物种需设计≥3对捕获区域（常见病原体≥5对）。4.测序与生信分析（共识16–18）数据量要求：共识16：探针捕获法≥1M序列；超多重PCR法≥0.1M序列。生信质控：共识17：去除低质量序列（Q<20、N碱基>5%、长度<30bp）。

共识18：报告需含数据量、Q30比例、内参序列数、物种拉丁名/归一化序列数、覆盖度/扩增子数。六、结果解读与报告（共识19–23）1.阳性阈值与报告原则（共识19）共识19：低于阈值不报告；达阈值且排除污染后报阳性。灰区结果（低序列数）：结合临床验证（如qPCR）；高致病病原体（如结核分枝杆菌）需确认。2.病原体分级报告（共识20–22）分级判定标准临床意义致病性微生物明确致病菌（如结核分枝杆菌）直接视为病原体（共识21）条件致病微生物结合宿主免疫状态、治疗反应等综合判断（共识21）定植/微生态微生物无相关临床表现通常非病原体；免疫抑制时谨慎考虑（共识22）3.耐药基因解读（共识23）共识23：重点报告临床常见耐药基因（如ESBL的blaCTX-M、碳青霉烯酶的blaKPC、万古霉素vanA等），需注意基因型与表型可能不一致。七、质量控制体系1.人员与培训（共识24–25）共识24：人员需按岗位培训（湿实验：分子生物学技能；干实验：生信分析；报告解读：感染病学背景）。

共识25：建立全流程SOP及质控手册。2.检验前–中–后质控（共识26–28）检验前：共识26：规范知情同意、申请单填写、样本接收/拒收标准。检验中：共识27：分区操作（防污染），监控每批次阴/阳性质控。检验后：共识28：双人复核报告；剩余样本保存>2周；环境定期消杀。3.性能确认（共识29）共识29：验证全流程精密度、检出限、交叉反应；生信分析需模拟数据集测试。八、局限性与前景局限性检测范围未统一：可能导致漏检（需制定行业最低检测范围标准）。低载量病原体偏向性：超多重PCR法存在扩增偏倚，探针捕获法对低丰度病原灵敏度不足。污染风险高：需自动化流程及严格环境监控。前景联合传统方法（培养、PCR）提升诊断效能；技术迭代后有望实现感染性疾病早诊早治。总结本共识系统规范了tNGS从临床应用到实验室操作的29条核心建议