龙岩市艾滋病分子流行病学研究

龙岩市艾滋病分子流行病学研究AmolecularepidemiologicalstudyofAIDSinlongyancity目录TOC\o"1-4"\h\z\u摘要 IAbstract II前言 -3-1对象与方法 -3-1.1研究对象 -3-1.2主要仪器及设备 -3-1.3研究方法 错误!未定义书签。1.4统计方法 错误!未定义书签。2结果与分析 -6-2.1艾滋病病例收录情况 错误!未定义书签。2.2流行病学分析 错误!未定义书签。2.3基因型进化树分析 错误!未定义书签。3讨论 -6-结论 -21-致谢 错误!未定义书签。参考文献 错误!未定义书签。综述 错误!未定义书签。PAGEII龙岩市艾滋病分子流行病学研究摘要目的HIV是导致艾滋病发生的病原体，可分为HIV-1和HIV-2两种亚型，而HIV-1是引起中国乃至全球艾滋病流行的主要类型，本研究基于龙岩市近年来临床样本，分析龙岩市近年流行的HIV-1毒株流行病学相关数据，为龙岩市接下来针对性的艾滋病防控以及制定预防策略提供参考。方法对龙岩市各县（市、区）级疾控中心确认和管理的HIV-1感染者和AIDS患者为研究对象（包括既往感染者和新发感染者），在知情同意的基础上进行流行病学个案调查和静脉采血，采用nest-PCR(巢式PCR)方法扩增病毒pol、env、gag基因片段，将扩增成功的阳性产物送至上海生物工程生物科技有限公司测序，使用邻位连接法（Neighbor-Joining）构建系统进化树。综合考虑三个基因片段的亚型分析结果，最终确定样本亚型。结果用巢式RT-PCR检测59例HIV-1阳性血浆样本，结果分别检测到HIV-1pol基因56例、env基因37例，gag基因50例，gag，pol，env三种结构基因中至少有一种检出的有59例，三者均检出26例，三者均未检出0例。龙岩市2015-2017年出现的HIV-1亚型有CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、CRF55_01B、B、C亚型，其中以CRF07_BC以及CRF01_AE为主。分析样本库的人口学和地理学信息显示龙岩市艾滋病人群以男性为主，占80.1%；年龄集中分布在31-70岁年龄段的中老年人，占70.7%；亚型和病毒载量的分布差异与地区、性别、年龄、传播方式、职业、文化程度等因素均无关，主要流行株与病毒载量高者主要为31-60岁、经性途径感染、文化程度低的男性农民。结论龙岩市2015-2017年HIV-1流行以CRF07_BC与CRF01_AE重组型为主，且有继续发展的趋势，应加强对高危人群的监管和对高危行为的防控；加强艾滋病预防知识普及，从源头遏制疾病发生。关键词：艾滋病基因亚型病毒载量进化树分子流行病学AbstractObjectiveHIVisthepathogenthatcausesAIDS,canbedividedintotwosubtypesandHIVHIV-1-2,andHIV-1isthemaintypeofChinaandeventheglobalAIDSepidemic,thisstudybasedonlongyancityinrecentyearstheclinicalsamples,analysisoflongyancityinrecentyearspopularHIV-1strainofepidemiologicaldata,longyancitynexttargetedHIV/AIDSpreventionandcontrol,andprovidereferenceforpreventionstrategies.MethodsLeveloflongyancitycounties(city,area)thecentersfordiseasecontrolandpreventionconfirmedinfectedpeopleandAIDSpatients,andmanagementofHIV-1astheresearchobject(includingpreviousinfectionsandnewinfections),onthebasisofinformedconsentepidemiologicalcaseinvestigationandvenousblood,thenest-PCRamplification()nestedPCRmethodviruspol,env,gaggenefragments,sendingamplificationsuccessfulpositiveproducttoShanghaibiologicalengineeringtechnologyco,LTD,sequencing,useorthoconnectionmethod(Neighbor-Joining)buildsystemofevolutionarytree.Finally,thesubtypeofthesamplewasdeterminedbyconsideringthesubtypeanalysisresultsofthethreegenefragments.

ResultsNestedrt-pcrwasusedtodetect59casesofhiv-1positiveplasmasamples,andtheresultsshowedthat56casesofhiv-1polgene,37casesofenvgene,50casesofgaggene,and59casesofatleastoneofthethreestructuralgenesofgag,polandenvweredetected,allofwhichwere26cases,andnoneofthemweredetected.Thesubtypesofhiv-1inlongyancityfrom2015to2017includeCRF01_AE,CRF07_BC,CRF08_BC,CRF55_01B,B,andCsubtypes,mainlyCRF07_BCandCRF01_AE.ThedemographicandgeographicalinformationofthesamplebankshowedthattheAIDSpopulationinlongyancitywasmainlymale,accountingfor80.1%.Thedistributionofageinthe31-70yearsoldmiddle-agedandelderly,accountingfor70.7%;Thedistributiondifferencesofsubtypesandviralloadswerenotrelatedtoregion,gender,age,transmissionmode,occupation,andeducationallevel,etc.Themainepidemicstrainsandviralloadswithhighweremainlymalefarmersaged31-60yearsold,sexuallyinfectedandwithloweducationallevel.ConclusionFrom2015to2017,thehiv-1epidemicinlongyancitywasmainlycomposedofCRF07_BCandCRF01_AE,andtherewasatrendoffurtherdevelopment.Therefore,thesupervisionofhigh-riskgroupsandthepreventionandcontrolofhigh-riskbehaviorsshouldbestrengthened.StrengthenthespreadofAIDSpreventionknowledge,fromthesourceofthedisease.Keywords:AIDSgenesubtypeviralloadevolutionarytreemolecularepidemiology9-前言人类免疫缺陷性病毒（HIV）是导致艾滋病发生的病原体。1981年，美国报道了首例艾滋病确诊病例[1]，这种病毒的流行实际上从1959年的刚果便悄然开始了[2]。时至今日，全球已有3690万感染者，平均每天约有5000人成为新的感染者[3]，南非的艾滋病感染人数为世界第一，总人数超过700万，人口感染率达到了12.57%[4]在数量庞大的感染者中，15至24岁的青年人占比达33%。中国疾病预防控制中心的数据显示：截至2018年12月1日，我国HIV感染者已达到125万。此种疾病的流行对社会和医疗系统都造成了巨大的影响，由于其难以治愈的特性，故控制其传播流行，以及探求其亚型的分布和发展趋势成为了研究该种疾病的重点内容。本论文讨论了龙岩市2014年至2018年HIV-1发病情况，流行病学特点和短期预后，为龙岩市艾滋病，特别是HIV-1亚型的疫情监测、临床诊断以及防控策略的制定提供科学依据。对象与方法1.1研究对象将龙岩市2015-2017年各县（市、区）级疾控中心确认和管理的HIV-1感染者和AIDS患者列为研究对象（包括既往感染者和新发感染者）1.2主要仪器设备FACSCalibur型流式细胞仪，购自美国BD公司；Ampliprep型高通量核酸提取工作站，购自罗比诊断产品（上海）有限公司；RocheCOBASTaqMan48型HIV病毒载量检测系统，购自罗比诊断产品（上海）有限公司。1.3研究方法1.3.1流行病学调查根据龙岩市疾病预防控制中心收录的2015-2017各地区上报的艾滋病患者采取问卷调查并结合个人深入访谈的方式进行分子流行病学调查，收集患者的人口学信息，如：性别、年龄、民族、传染途径、文化程度和婚姻状况等；免疫学信息：CD4+T细胞数，病毒载量检测结果；地理学信息：HIV-1的地区分布情况等。1.3.2样品收集和处理对患者进行流行病学调查后，取无菌试管并对其编号，抽取患者静脉血5-10ml，去除针头后加到含0.15%EDTA抗凝剂的试管中，混匀，保存于-20℃备用。1.3.3HIV病毒RNA提取用艾德莱RN2701病毒RNA快速提取试剂盒提取HIV感染者血浆病RNA。研究步骤和方法按照试剂盒说明书进行。主要操作步骤：提示：第一次使用前请先在10ml漂洗液RW中加入40ml无水乙醇，充分混匀，加入后请及时在方框打钩标记已加入乙醇，以免多次加入。①待测样本血浆（或血清）200μl（需回复到室温，不足可用0.9%NaCl或者PBS补足）转入上述1.5ml离心管，加入400μl裂解液RLB，立刻涡旋振荡充分混匀。②室温15-25℃，放置10分钟，每隔5分钟，振荡混匀一次。③加入450μl无水乙醇，立刻涡旋振荡充分混匀。如果周围环境高于25℃,乙醇需要冰上预冷后再加入。④将上述混合物加入一个吸附柱RA中,（吸附柱放入收集管中）13000rpm离心30-60秒，倒掉收集管中的废液。如果总体积超过750μl，可分两次将溶液加入同一个吸附柱RA中。⑤加500μl去蛋白液RE，12000rpm离心30秒，弃废液。⑥加入500μl漂洗液RW（请先检查是否已加入无水醇），12000rpm离心30秒，弃废液，加入500μl漂洗液RW，重复一遍。⑦将吸附柱RA放回空收集管中，13000rpm离心2分钟，尽量除去漂洗液，以免漂洗液中残留乙醇抑制下游反应。⑧取出吸附柱RA，放入一个RNasefree的离心管中，在吸附膜的中间部位加30-50μlRNasefreeH₂O（事先在65℃-70℃水浴中加热效果更好），室温放置1分钟，12000rpm离心1分钟。如果想得到较多量的RNA，可将得到的溶液重新加入离心吸附柱中，12000rpm离心1分钟。洗脱体积越大，洗脱效率高。如果需要RNA浓度较高，可以适当减少洗脱体积，但是最小体积不应少于20μl，体积过小降低洗脱效率，减少RNA产量。⑨RNA立刻使用，或短期放置在-70℃备用。1.3.4PCR扩增主要参照QIAGEN公司DNABloodMiniKit操作步骤，从保存的血液样品中提取脱氧核糖核酸（DNA），选择HIV基因序列作为研究对象，使用套式聚合酶链反应（NestedPCR）的方法，扩增HIV的基因序列，对得到的基因序列进行亚型分析和系统进化分析。套式PCR方法所使用的引物见表1。以ED5/ED12为外侧扩增引物，进行第1轮PCR，反应条件为：94℃2分钟，55℃1分钟，72℃2分钟，1个循环；94℃30秒，55℃30秒，72℃1分30秒，30个循环；72℃延伸10分钟，4℃保温。取第1轮产物5μL，以E7/E8作为内侧引物进行第2轮扩增，反应条件如下：94℃1分钟，55℃1分钟，72℃1分30秒，1个循环；94℃30秒，55℃30秒，72℃1分钟，共35个循环，72℃延伸10分钟，4℃保温。1.3.5PCR产物验证①用1%琼脂糖凝胶电泳验证：1g琼脂糖加100ml1×TAE电泳缓冲液，微波炉中火加热30秒煮至沸腾，将融化的琼脂物冷却至60℃时，加入溴化乙锭（EB），EB至终浓度为5ug/ml，充分混匀，将温热的凝胶倒入己制好梳子的胶模中，高度约0.5cm，室温静置30-45分钟自然凝固后，小心拔出梳子，将平板放入电泳槽中，加样孔朝向阴极一端。电泳槽内倒入足够的1×TAE溶液。②加样：用微量加样枪吸取5μlPCR第二轮产物，移液管头伸入液面以下，对准加样孔，缓慢推出使样品垂直落入加样孔内。③电泳：盖上电泳槽，调节电压至100V，电泳时间30分钟。④结果观察及成像：小心取出凝胶置于紫外凝胶成像仪下，进行观察，用凝胶图像分析系统成像，判断结果如果有阳性条带，将PCR产物送华大基因公司测序。1.3.6PCR产物送华大基因公司测序并进行比对和分析用琼脂糖凝胶验证阳性的PCR产物，送华大基因公司测序，测序结果通过美国LosAlamos国家实验室HIV核酸序列库的HIV-BLAST工具，依据同源性对gag、pol、env三个基因区域的基因型进行初步鉴定。初步鉴定结果用系统树分析做进一步证实。序列的比对、同源性分析应用ClustalX1.83软件，使用Mega4.1软件利用Neighbor-joining法构建系统进化树。不同标准参考序列从美国LosAlamos网站上的HIVdatabases中下载(/content/index)。利用Mega4.1软件中的distance程序中的Kimura双参数方法计算序列间的基因离散率，即基因距离分析。1.4统计方法数据均采用SPSS21.0软件建立数据库并进行统计分析，计数资料的比较采用卡方检验或精确概率法，描述性分析病例在地区、时间、人群分布上的特征。以P＜0.05表示差异有统计学意义。2结果与分析2.1艾滋病病例收录情况龙岩市疾病预防控制中心收录的2015-2017各地区上报的艾滋病病例情况共583条，其中82例系同一患者重复就诊；另除去外省市居民119例，余有效病例382例。2.2流行病学分析2.2.1地区分布在382例病例中，艾滋病新发病例分布于全市7个县（市、区）中：连城县51例（13.3%）；上杭县73例（19.1%）；武平县48例（12.5%）；新罗区68例（17.8%）；永定区79例（20.6%）漳平市18例（4.7%）；长汀县45例（11.7%）。见图表1、2。2.2.2时间分布在382例病例中，排除10例发病时间早于2015年的个案，余372例。372例病例时间分布情况为：2015年121例、2016年112例、2017年139例，2017年新增病例数最多，占三年新增病例的37.3%（139/372）。将三年内的新增病例按月份整理发现，全年每月均有病例出现，分布较平均，发病高峰为5月份，占全年发病人数的12.3%（46/372）。2.2.3人群分布372例病例发病年龄在7岁-91岁之间，平均年龄（52.77±16.95）岁。其中男性298例（占80.1%），女性74例（占19.9%），男女比4.03:1，男性平均年龄（53.02±16.47）岁，女性平均年龄（51.76±18.84）岁，差异无统计学意义（t=0.575，p=0.566）。各年龄组病例分布情况为：0-10岁组1例（0.3%），11-20岁组2例（0.5%），21-30岁组40例（10.8%），31-40岁组64例（17.2%）,41-50岁组62例（16.7%），51-60岁组75例（20.2%），61-70岁组62例（16.7%），71-80岁组42例（11.3%）81-90岁组23例（6.2%），91-100岁组1例（0.3%）。发病以中老年为主，主要集中在31-70岁年龄段，占全年龄段的70.7%。人群中因异性传播感染艾滋病者304例（81.7%），因同性传播者60例（16.1%），母婴传播1例（0.3%），另有7例（1.9%）患者传播途径不详，经独立样本t检验显示：同性传播和异性传播在性别方面差异无统计学意义（t=-1.079p=0.282/t=-1.048p=0.297）。将年龄组与传播途径制成交叉表后发现，异性传播的人群主要为中老年人，年龄分布于31-70岁年龄段；而同性传播的人群主要为青中年，年龄分布于21-40岁年龄段。人群中因异性传播感染艾滋病者304例（81.7%），因同性传播者60例（16.1%），母婴传播1例（0.3%），另有7例（1.9%）患者传播途径不详，经独立样本t检验显示：同性传播和异性传播在性别方面差异无统计学意义（t=-1.079p=0.282/t=-1.048p=0.297）。将年龄组与传播途径制成交叉表后发现，异性传播的人群主要为中老年人，年龄分布于31-70岁年龄段；而同性传播的人群主要为青中年，年龄分布于21-40岁年龄段。新发艾滋病人群中学历为初中者占主体，共130例（34.9%）其次为小学，共102例（27.4%），初中学历及以下人群共276例（74.2%），可见艾滋病患者总体学历水平偏低。2.2.4龙岩市HIV-1基因型分布HIV-1基因型在不同性别人群中的分布实验成功提取HIV-1亚型共174例，排除14例龙岩市外病例，余有效数据160例。男女比为3.85/1，其中男性感染者检出CRF07_BC型70例（55.1%），为男性患者中的主要流行株；女性感染者的主要流行株亦是CRF07_BC型，共21例（63.6%）。经fisher检验显示，不同HIB基因型在不同性别人群中的分布差异无统计学意义（X²=7.497fisher’sP=0.427）HIV-1基因型在不同年龄人群中的分布将人群按照0-30/31-60/61-100分为三个年龄组，可见三个年龄组均以CRF07_BC亚型为主要流行株，其中0-30岁年龄组8例（42.1%）；31-60岁年龄组54例（59.3%）；61-100岁年龄组29例（58.0%）。其次为CRF01_AE亚型，不同亚型在三个年龄组中分布差异无统计学意义（X²=7.422fisher’sP=0.657）。HIV-1基因型在不同婚姻状况人群中的分布根据婚姻状况对人群进行分类后发现，三个组别仍都以CRF07_BC亚型为主，其中婚姻状况为离异或丧偶人群患该亚型者15例（62.5%）；未婚人群22例（61.1%）；已婚有配偶人群54例（54.0%）。其次为CRF01_AE亚型，不同HIV基因型在不同婚姻状况人群中分布的差异无统计学意义（X²=14.387fisher’sP=0.200）。HIV-1基因型在不同文化程度人群中的分布根据文化程度对人群进行分组后发现，CRF07_BC亚型在各组间仍是主要流行株，其中文化程度为文盲的人群患该亚型者7例（43.8%）；文化程度为小学的人群患该亚型23例（54.8%）；初中37例（57.8%）；高中或中专11例（52.4%）；大专及以上13例（76.5%）。其次为CRF01_AE亚型，各亚型在不同文化程度人群中分布的差异无统计学意义（X²=30.408fisher’sP=0.158）HIV-1基因型在不同职业人群中的分布同样在将人群根据职业分组后，CRF07_BC亦是各组间的主要流行株，其次为CRF01_AE亚型。其中职业为农民的人群检测出CRF07_BC亚型人数占最大比重，共51例，在11个职业中占比达56.0%。HIV-1基因型在不同感染途径人群中的分布将人群根据感染HIV-1的途径分组后发现，1例母婴传播的患者为CRF08_BC亚型，在同性传播和异性传播的人群中，CRF07_BC亚型为主要的流行株，分别为14例（58.3%）和77例（57.0%）。不同基因亚型在不同传播途径人群中分布的差异无统计学意义（X²=23.111fisher’sP=0.186）HIV-1基因型在不同地区人群中的分布将人群按照不同地区进行分类后发现，CRF07_BC亚型在各地区间占比较其他亚型更大，为各地区的主要流行株，其中连城县10例（52.6%）；上杭县20例（51.3%）；武平县10例（55.6%）；新罗区17例（58.6%）；永定区23例（67.6%）；漳平市2例（28.6%）；长汀县9例（64.3%）。其次为CRF01_AE亚型。不同亚型在各地区分布差异经fisher两两比较后均无统计学意义。2.2.5龙岩市病毒载量分布分析病毒载量在不同性别人群中的分布实验共检测了2015-2017年龙岩市新发艾滋病患者160例的病毒载量，其中缺失数据6例。本次试验中，男女比为3.85/1，其中男性感染者病毒载量多在500copies/ml，共58例（64.6%），男性中病毒载量>30000者共25例（19.7%）；女性患者中病毒载量亦多在500copies/ml以下，共26例（78.8%），女性患者中有6例病毒载量>30000（18.2%）。经fisher检验显示，不同病毒载量组在不同性别人群中的分布差异无统计学意义（X²=3.917fisher’sP=0.568）。病毒载量在不同年龄人群中的分布将人群按照0-30/31-60/61-100分为三个年龄组，可见三个年龄组中的人群病毒载量主要在500copies/ml以下，其中0-30岁年龄组12例（63.2%）；31-60岁年龄组65例（71.4%）；61-100岁年龄组31例（62.0%）。另外。三个年龄组中均有相当数量的个体病毒载量超过30000copies/ml，61-100岁年龄组最多，共11例，占同年龄组人群的22.0%。不同病毒载量组在三个年龄组中分布差异无统计学意义（X²=10.548fisher’sP=0.327）。病毒载量在不同婚姻状况人群中的分布根据婚姻状况对人群进行分类，三个组别的人群中病毒载量<500copies/ml者仍占大多数，其中婚姻状况为离异或丧偶且病毒载量低于500copies/ml者15例（62.5%）；未婚且病毒载量低于500copies/ml者27例（75.0%）；已婚有配偶66例（66.0%）。另外，在离异或丧偶人群中，病毒载量高于30000copies/ml者共5例，占同组总人数的20.8%；未婚人群中病毒载量高于30000copies/ml者7例（19.4%）；已婚有配偶人群中病毒载量高于30000copies/ml者19例（19.0%）。不同病毒载量组在不同婚姻状况人群中分布差异无统计学意义（X²=10.235fisher’sP=0.348）。病毒载量在不同文化程度人群中的分布根据文化程度对人群进行分组后发现，病毒载量低于500copies/ml者在各组间仍占多数，其中文化程度为文盲的人群中病毒载量<500copies/ml者共9例，占同组人群的56.3%；文化程度为小学的的人群中有27例（64.3%）病毒载量低于500copies/ml；初中40例（62.5%）；高中或中专18例（85.7%）；大专及以上14例（82.4%）。与其他文化程度人群比较下，文化程度为文盲的人群病毒载量于30000copies/ml以上者占同组比例最多，共5例，占比达到31.3%。各病毒载量组在不同文化程度人群中的分布差异无统计学意义（X²=18.545fisher’sP=0.458）病毒载量在不同职业人群中的分布同样在将人群根据职业分组后，各职业人群中病毒载量低于500copies/ml者占多数，餐饮食品业中4例（80.0%）；干部职员2例（66.7%）；工人4例（66.7%）；家政家务人员16例（84.2%）；教师3例（100%）；离退人员5例（55.6%）；民工2例（100%）；农民58例（63.0%）；商务人员8例（61.5%）；医务人员2例（100%）。在与其他职业比较下，职业为离退人员组中病毒载量大于30000copies/ml者占同组比例最多，达44.4%。各病载组在不同职业人群中的分布差异无统计学意义（X²=45.753fisher’sP=0.979）病毒载量在不同感染途径人群中的分布将人群根据感染HIV-1的途径分组后发现，病毒载量低于500copies/ml者在各组中均占多数，其中母婴传播感染人群病载量低于500copies/ml者1例（100%）；同性传播人群中19例（79.2%）病毒载量低于500copies/ml；异性传播人群中88例（65.2%）病毒载量低于500copies/ml。异性传播人群中病毒载量>30000copies/ml者占比相较其他组更多，共28例（20.7%）。各病载组间在不同传播途径人群中分布差异无统计学意义（X²=10.738fisher’sP=0.867）病毒载量在不同地区人群中的分布根据人群所在地区对其进行分组，各地区人群中病毒载量低于500copies/ml者占多数，其中连城县10例（52.6%）；上杭县32例（82.1%）；武平县10例（55.6%）；新罗区19例（65.5%）；永定区24例（70.6%）；漳平市5例（71.4%）；长汀县8例（57.1%）。另外，连城县病毒载量大于30000copies/ml者占同组比例相较其他地区更多，共6例，占比31.6%。2.3基因型进化树分析将基因序列测定后获得的58例pol基因片段Mega软件进行系统进化树的构建，pol基因片段的系统进化树分为4个分支，在进化树上从上到下分别为CRF07_BC型分支、CRF08_BC/C型分支、CRF55_01B型分支和CRF01_AE型分支，在CRF07_BC型分支内，CRF07_BC型分散在两个小的分支内，形成2个传播簇；CRF08_BC/C亚型以及CRF55_01B亚型相互独立，各自形成1个分支；CRF01_AE亚型分散在3个小分支内，形成3个传播簇。通过进化树的构建以及Blast比对后确定LY15020、LY15020-2、LY15069等共计33例样本为CRF07_BC型；LY15068样本为C型；LY15030样本为CRF08_BC型；LY15017、LY15031样本属于CRF55_01B型；LY15009、LY15023、LY15054等18例样本为CRF01_AE亚型将基因序列测定后获得的37例env基因片段Mega软件进行系统进化树的构建，env基因片段的系统进化树分为4个分支，在进化树上从上到下分别为CRF68_01B型分支、CRF01_AE型分支、B型分支和CRF07_BC/CRF08_BC型分支，在CRF01_AE型分支内，CRF01_AE型分散在三个小的分支内，形成3个传播簇；CRF68_01B亚型、B型以及CRF07_BC/CRF08_BC亚型相互独立，各自形成分支；通过进化树的构建以及Blast比对后确定LY15077、LY15078、LY15076等共计5例样本为CRF68_01B型；LY15007、LY15011、LY15061等11例样本为CRF01_AE型；LY15045样本为B型；LY15065、LY15018、LY15026等22例样本属于CRF07_BC/CRF08_BC型。将基因序列测定后获得的55例gag基因片段Mega软件进行系统进化树的构建，gag基因片段的系统进化树分为4个分支，在进化树上从上到下分别为CRF07_BC型分支、C型分支、CRF08_BC型分支和CRF01_AE/CRF55_01B型分支，在CRF07_BC型分支内，CRF07_BC型分散在两个小的分支内，形成2个传播簇；C型和CRF08_BC亚型相互独立，各自形成分支；CRF01_AE分散在两个分支内，形成两个传播簇；CRF55_01B亚型则在CRF01_AE亚型的分支内形成自己的传播簇。通过进化树的构建以及Blast比对后确定LY15062、LY15067、LY15079等共计31例样本为CRF07_BC型；LY15030为C型；LY15068为CRF08_BC亚型；LY15007、LY15011、LY15003等共计20例样本为CRF01_AE亚型；LY15017、LY15031样本为CRF55_01B亚型。讨论我国自1985年发现首例HIV感染者以来，HIV的流行趋势日趋严峻，现已成为世界上亚型最多的国家之一。[3][4]HIV是具有高突变率、高重组率和高复制率的逆转录病毒[1]，随着时间的延长和变异程度的不断增加会导致新的基因型产生。同时也将给HIV诊断和疫苗生产带来很多困难，加之不同亚型毒株的生物学特征、传播途径与分布特点在不同人群有明显的差异，HIV不同亚型的感染力、毒力也是不一样的，因此，通过分析HIV基因型的特点，能够有效地预测可能发生的毒株变异、基因重组变化等趋势。针对HIV基因亚型进行深入研究，能够为AIDS疫苗的设计与使用范围的确定以及HIV患者药物治疗工作提供坚实的理论基础，对指导AIDS的防治具有重要意义。在本次研究中：龙岩市艾滋病病例在全市呈散在分布，以永定区及上杭县为主，可能与这两个地区人口基数大有关，应加强这两个辖区内的艾滋病知识普及以及防控工作；病例的高发人群为青中年，且文化程度普遍偏低，文化程度在初中及以下学历者占全部患者的70%以上，应在HIV流行地区加强针对青中年的文化再教育以及知识普及工作；艾滋病患者中男性显著高于女性，男女比达到4.03:1,可能是由于男性性格特点与职业种类与女性相比更容易使自身接触到某些传播途径有关，在三种传播途径中，异性传播占主导地位，提示群众风险意识低下，在发生暴露或高危性行为后未及时进行HIV感染检测，HIV感染的早期诊断对于感染者而言具有重要的意义，对明确治疗方案、根据病情及时开展治疗以及延缓疾病进展、延长感染者生存年限具有决定性的意义，应加强针对非法性交易产业的打击工作，并建议曾有冶游史的人群及时进行HIV感染检测，以便及早发现病症，及时治疗；本此研究中HIV感染者感染时首次CD4细胞计数的平均水平为424.04±295.65/mm³，其中，CD4细胞计数在300及以下水平感染者共118例，占参与CD4细胞计数检测患者总数的37.7%，提示相当一部分感染者在出现了明显的临床症状后才进行就医和明确诊