合成生物学“细胞工厂”生产过程的实时代谢流分析与优化软件服务合同

合成生物学“细胞工厂”生产过程的实时代谢流分析与优化软件服务合同鉴于甲方希望利用先进的合成生物学技术，通过构建和优化“细胞工厂”以实现特定化学物质的高效、低成本生产，并希望通过实时代谢流分析技术对生产过程进行精细调控和优化；

乙方拥有在合成生物学、代谢工程及实时代谢流分析领域的专业技术、软件平台和丰富经验，能够为甲方提供“细胞工厂”生产过程的实时代谢流分析与优化软件服务；

为明确双方的权利与义务，经友好协商，达成如下协议：

###**一、服务内容**

1.**实时代谢流分析平台搭建**：乙方根据甲方的“细胞工厂”模型需求，提供定制化的实时代谢流分析软件平台，包括数据采集模块、代谢通路分析模块、动态调控模块及可视化界面。

2.**数据采集与整合**：乙方协助甲方采集“细胞工厂”培养过程中的关键代谢物浓度、酶活性等实时数据，并整合至分析平台。

3.**代谢通路分析与瓶颈识别**：乙方利用软件平台对“细胞工厂”的代谢网络进行动态模拟，识别生产过程中的速率限制步骤和代谢瓶颈。

4.**优化方案设计**：基于分析结果，乙方提供基因工程、酶工程或培养条件优化等策略建议，以提升目标产物的产量或降低副产物生成。

5.**软件培训与技术支持**：乙方为甲方提供实时代谢流分析软件的操作培训，并承诺在服务期内提供技术支持，解决使用过程中遇到的问题。

###**二、服务周期与费用**

1.**服务周期**：本合同项下的服务自双方签署之日起至合同终止，具体分为三个阶段：

-第一阶段：平台搭建与初步分析（为期3个月）；

-第二阶段：深度优化与验证（为期6个月）；

-第三阶段：成果交付与后续支持（为期3个月）。

2.**费用与支付方式**：

-第一阶段费用：人民币伍拾万元整（￥500,000.00），合同签署后7日内支付；

-第二阶段费用：人民币壹佰万元整（￥1,000,000.00），完成阶段性报告后支付；

-第三阶段费用：人民币伍拾万元整（￥500,000.00），项目验收后支付。

费用包含软件开发、数据分析、技术支持及培训费用，不含甲方提供的实验材料成本。

###**三、知识产权归属**

1.**背景知识产权**：双方各自拥有的独立知识产权仍归各自所有。

2.**项目成果知识产权**：

-由乙方独立开发的软件平台及相关算法，其知识产权归乙方所有；

-双方共同完成的优化方案或改进技术，其知识产权归双方共有，具体权利义务另行协商。

乙方应协助甲方在服务期内产生的数据及分析结果形成技术文档，用于甲方内部生产改进。

###**四、保密条款**

1.双方应对本合同履行过程中知悉的对方商业秘密、技术信息等承担保密义务，未经对方书面同意，不得泄露给第三方或用于合同目的之外的其他用途。

2.保密期限为合同终止后3年，或直至相关信息进入公共领域为止。

###**五、违约责任**

1.若乙方未能按合同约定完成服务内容，应承担相应的违约责任，并退还已收取的部分费用。

2.若甲方未能按时支付费用，每逾期一日，应按逾期金额的千分之五向乙方支付违约金。

###**六、合同终止**

1.本合同在以下情形下终止：

-双方协商一致解除；

-一方严重违约，守约方有权解除；

-服务周期届满且双方无续约意向。

2.合同终止后，乙方应向甲方交付所有已完成的软件平台、分析报告及技术文档，甲方支付全部未付款项。

###**七、争议解决**

因本合同引起的或与本合同有关的任何争议，双方应友好协商解决；协商不成的，任何一方均有权向乙方所在地人民法院提起诉讼。

###**八、其他**

1.本合同自双方签字盖章之日起生效，一式两份，甲乙双方各执一份。

2.未经双方书面同意，任何一方不得修改或转让本合同。

3.本合同未尽事宜，双方可另行签订补充协议，补充协议与本合同具有同等法律效力。

**甲方（盖章）：**_________________________

**授权代表（签字）：**_________________________

**日期：**_________________________

**乙方（盖章）：**_________________________

**授权代表（签字）：**_________________________

**日期：**_________________________

###**附件列表**

1.**实时代谢流分析软件平台用户手册**

2.**“细胞工厂”初始代谢模型数据**

3.**服务阶段验收标准与报告模板**

4.**背景知识产权说明文件**

5.**保密信息清单（可选）**

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###**违约行为罗列及认定**

####**甲方违约行为**

1.**未按时支付费用**：包括阶段付款逾期、拒绝支付未完成服务的费用等。

-**认定**：根据合同金额和逾期天数计算违约金（千分之五/日）。

2.**提供虚假或关键不完整的数据**：导致乙方无法完成分析或优化。

-**认定**：乙方有权暂停服务或解除合同，已付款项不予退还。

####**乙方违约行为**

1.**未按期交付核心服务内容**：如平台搭建延迟、分析结果严重偏差等。

-**认定**：按延迟程度扣减相应费用，若影响甲方生产，需额外提供补偿方案。

2.**泄露甲方商业秘密**：包括技术数据、成本信息等。

-**认定**：承担赔偿责任（如实际损失×2），并可能被诉侵权。

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###**法律名词解释**

1.**实时代谢流分析**：通过实时监测代谢物浓度，动态模拟细胞内代谢网络，以优化生产效率的技术方法。

2.**知识产权归属**：指合同中约定成果（如软件代码、专利）的归属权，通常需明确是独占、共有或授权使用。

3.**商业秘密**：不为公众所知、具有商业价值并经权利人采取保密措施的技术信息或经营信息。

4.**违约金**：当事人约定或法律规定的，因违约行为需支付的金钱责任。

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###**执行过程中可能遇到的问题及解决办法**

####**问题1：数据质量不足**

-**现象**：甲方提供的实验数据不连续或存在异常值，影响分析准确性。

-**解决办法**：

-合同中明确数据提交标准（如采样频率、检测方法）；

-乙方提供数据清洗工具或预处理服务。

####**问题2：优化方案未达预期**

-**现象**：乙方提出的基因改造建议效果不佳，导致甲方产量未提升。

-**解决办法**：

-约定优化效果的量化标准（如目标产物提高≥20%）；

-免费提供二次优化方案（若非乙方主观失误）。

####**问题3：知识产权纠纷风险**

-**现象**：甲方担心乙方软件侵犯第三方专利。

-**解决办法**：

-乙方提供专利合规证明；

-合同中约定侵权责任由乙方承担。

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###**适用场景总结**

1.**生物制药企业**：优化抗生素或疫苗生产菌株。

2.**化工企业**：通过工程菌生产生物基化学品（如乙醇、乳酸）。

3.**科研机构**：开发新型代谢通路用于基础研究。

4.**农业领域**：改良作物光合效率或抗逆性。

5.**合同需特别注意**：涉及基因编辑技术的场景需额外审查监管合规性（如CRISPR专利争议）。

###**特殊应用场合及需增加的条款**

**1.场合：生物基材料生产（如生物塑料PHA）**

***特殊需求：**生产过程可能涉及复杂的代谢平衡调控，副产物（如乳酸）积累可能影响目标产物PHA的合成。需要更精细的过程调控和长期稳定性验证。

***需增加条款：**

***条款：长期稳定性测试与验证**

***内容：**乙方需对优化后的“细胞工厂”在连续培养（例如，至少30代）或间歇培养（例如，6个月周期）下的性能进行测试，确保目标产物产量和纯度稳定，并提交详细测试报告。若稳定性未达约定标准（如初始产量的90%），乙方需提供额外的稳定性提升方案。

***条款：副产物抑制与管理**

***内容：**明确约定针对可能影响目标产物合成的副产物（如在本例中为乳酸），乙方需提供至少两种不同的管理策略（如反馈抑制调控、基因剂量调整），并进行分析评估。

**2.场合：抗肿瘤药物前体化合物生产**

***特殊需求：**药物前体合成路径可能复杂且对宿主细胞毒性较高，需要高浓度目标产物产出，同时需严格控制代谢副产物，且涉及严格的生物安全等级要求。

***需增加条款：**

***条款：生物安全与风险评估**

***内容：**乙方需提供针对高毒性中间体或最终产物的生物安全风险评估报告。若涉及改造高风险菌株，需明确生物安全操作规范（如BSL级别要求），并承担因自身操作违反规范导致的安全责任。

***条款：高浓度目标产物优化承诺**

***内容：**明确乙方需致力于将目标产物浓度提升至特定水平（如细胞干重或培养基体积的X%），并分阶段提供进展报告。若最终浓度未达约定下限，需退还部分服务费或提供免费强化优化服务。

**3.场合：燃料乙醇工业化生产**

***特殊需求：**工业化规模要求低成本、高效率、耐高浓度底物（如糖蜜、玉米浆）的菌株。需关注发酵过程的动态调控和放大效应。

***需增加条款：**

***条款：工业发酵适应性验证**

***内容：**乙方需在至少两种代表性的工业级底物（如甲方提供的实际原料）上测试优化后的“细胞工厂”性能，验证其在真实生产环境下的适应性和效率，并提供测试报告。

***条款：过程放大与优化**

***内容：**增加关于中试或工业化规模（如100L以上）发酵的模拟或实际测试要求，乙方需提供考虑放大效应的优化建议。

**4.场合：环境污染物（如石油烃）降解工程菌构建**

***特殊需求：**需要长期、持续地分泌降解酶或维持特定代谢活性，可能涉及多基因表达调控，且需在复杂环境（如土壤、水体）中表现稳定。

***需增加条款：**

***条款：长期外源代谢活性维持**

***内容：**若优化涉及外源基因表达，需明确约定外源基因的稳定表达机制（如强启动子、核糖体结合位点优化）及长期活性维持策略，并提供相关验证数据。

***条款：极端环境适应性（如适用）**

***内容：**若工程菌需在特定极端环境（如高温、高盐、高压）下工作，需增加相关适应性改造的条款，并明确性能指标（如存活率、降解效率）。

**5.场合：合成生物学工具酶开发**

***特殊需求：**重点在于开发具有新功能或更高效率的工具酶，而非直接生产最终产品。需要详细的酶学性质表征和知识产权（特别是专利）的明确约定。

***需增加条款：**

***条款：工具酶专利策略与归属**

***内容：**明确乙方在开发过程中产生的新酶或关键改造区域的专利申请策略（如是否申请专利、申请主体）。约定由谁承担专利申请和维护费用，以及专利权归属的具体细节。

***条款：详细酶学表征要求**

***内容：**列出对工具酶的具体表征指标（如比活性、米氏常数Km、最适pH/温度、底物特异性、稳定性等），并要求乙方提供完整的酶学性质报告。

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###**附件条款补充**

**1.当有第三方介入时，需要增加的第三方的款项（责权利）及具体内容**

***场景描述：**甲方可能引入设备供应商、上游原料供应商或其他技术服务方（如基因合成公司），这些第三方与“细胞工厂”的生产或优化过程相关。

***需增加的附件条款（可命名为“第三方参与管理”）：**

***条款：第三方识别与信息提供**

***内容：**甲方应在合同签订后XX日内，向乙方提供可能参与本项目的关键第三方清单（名称、角色、合作内容）。若第三方提供的技术或服务对乙方分析或优化有影响（如提供的菌株、原料批次差异），甲方有义务及时通知乙方。

***条款：第三方接口协调**

***内容：**若第三方提供的服务（如基因合成、设备安装）与乙方提供的软件分析或模型优化存在接口或数据交换需求，甲方负责协调双方沟通，确保信息顺畅。因协调不力导致的延误或错误，由甲方承担相应责任。

***条款：第三方责任界定（可选）**

***内容：**可约定，若因第三方提供的产品（如基因片段质量不合格）或服务（如设备故障）直接导致乙方服务无法按预期完成，相关责任由提供该产品或服务的第三方承担，甲方应在合理范围内协助乙方向第三方追责。

**2.当以上合同是以甲方为主导时，需要额外增加的甲方主动性（责权利）合同条款及具体内容**

***场景描述：**甲方在项目方向、实验执行、数据提供等方面扮演更主动的角色。

***需增加的合同条款（可命名为“甲方主导责任条款”）：**

***条款：关键实验资源提供保障**

***内容：**甲方承诺提供必要的实验设施（如生物反应器、发酵罐）、核心试剂、宿主菌株基础库等，并保证其处于良好运行状态。若因甲方提供的资源问题导致乙方无法开展必要实验，甲方应承担相应延误责任。

***条款：优先决策权（特定领域）**

***内容：**对于与甲方核心业务直接相关的最终工艺参数选择（如目标产物纯化策略、培养基优化细节），甲方拥有最终决策权，但需在乙方提供技术评估报告后做出决策。

***条款：数据真实性及完整性保证**

***内容：**甲方保证向乙方提供的所有背景数据（如原始菌株代谢谱、底物成分）真实、准确、完整。因数据虚假或不全导致乙方分析结果偏差或无法服务的，甲方承担全部责任，并可能被要求退还费用。

**3.当以上合同是以乙方为主导时，需要额外增加的乙方主动性（责权利）合同条款及具体内容**

***场景描述：**乙方在技术方案制定、平台开发、分析主导等方面拥有更大自主权。

***需增加的合同条款（可命名为“乙方主导责任条款”）：**

***条款：技术方案主导与甲方确认机制**

***内容：**乙方在服务各阶段拥有技术方案制定的主导权，但关键方案（如引入核心改造基因、调整软件核心算法）需在实施前提交甲方进行技术评审和确认。甲方应在收到方案后XX日内给予书面反馈。

***条款：软件平台迭代与更新义务**

***内容：**乙方承诺，在服务期内及之后的一定年限内（如1年），将持续对实时代谢流分析软件进行功能迭代和性能优化，并根据合同约定或实际需求进行版本更新，并通知甲方。

***条款：乙方知识产权的许可使用**

***内容：**明确乙方提供的软件平台及部分分析算法（若未明确归乙方所有）在甲方使用范围内的许可性质（如是否为排他性、是否可再许可给第三方等），以及可能的许可费用（若适用）。

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###**原始合同所需的所有的详细的附件列表**

1.**实时代谢流分析软件平台用户手册**(包含界面操作、功能介绍、数据导入导出说明等)

2.**“细胞工厂”初始代谢模型数据**(包括基因组序列、已发表代谢通量数据、初步实验测量数据等)

3.**服务阶段验收标准与报告模板**(明确各阶段交付物的质量要求和格式)

4.**背景知识产权说明文件**(列出双方各自拥有的可能影响本项目的已授权专利、软著等)

5.**保密信息清单（可选）**(明确约定哪些信息属于需要保密的范围)

6.**第三方参与管理（如适用）**(见上文补充条款内容，可单独成附件)

7.**甲方主导责任条款确认函（如适用）**(甲方确认理解并同意其主导责任)

8.**乙方主导责任条款确认函（如适用）**(乙方确认理解并同意其主导责任)

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###**原始合同所涉及到的法律名词及名词解释**

1.**实时代谢流分析(Real-timeMetabolicFluxAnalysis):**通过实时监测生物体内关键代谢物浓度变化，结合模型计算，动态追踪代谢物跨步骤的流动速率（通量），从而评估代谢网络状态、识别瓶颈并进行过程调控的一种技术方法。

2.**知识产权归属(IntellectualPropertyOwnership):**指合同中约定创造性的智力成果（如软件代码、专利申请权、技术秘密等）的法定权利归属主体（例如，属于甲方、乙方单独所有，或双方共同所有）。

3.**商业秘密(TradeSecret):**指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息（如配方、工艺流程、客户名单、技术数据等）。

4.**违约金(LiquidatedDamages):**合同双方事先约定的，在一方违反合同时应向对方支付的一定金额的金钱，用以弥补守约方的实际损失或作为惩罚。

5.**合同终止(TerminationofContract):**指合同因约定的终止条件成就（如合同履行完毕、协商一致解除、一方违约导致合同目的无法实现等）而归于消灭的法律状态。

6.**生物安全(BiologicalSafety):**指为防止生物因子（如病原微生物、转基因生物）对人体健康、生态环境造成危害而采取的一系列防护措施和管理制度。

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###**本合同在实际操作过程中，会遇到的相关问题及注意事项进行罗列，并给出具体的解决办法**

1.**问题：数据质量与完整性不足**

***现象：**甲方提供的初始数据零散、错误或缺失关键测量点，影响模型构建和分析精度。

***解决办法：**

***预防：**合同中明确约定所需数据的类型、格式、采样频率和精度要求。要求甲方在项目启动前提供详细的数据清单和获取方式。

***处理：**若数据不满足要求，乙方有权暂停服务，要求甲方补充或修正。若甲方无法提供所需数据，项目可能需要调整范围或目标。乙方应提供数据清洗和插值方法建议，并在报告中说明数据限制对结果的影响。

2.**问题：分析结果与实际生产偏差**

***现象：**软件模拟的优化方案在实际发酵罐中效果不佳，与模拟结果差异较大。

***解决办法：**

***预防：**合同中增加“工业放大适应性验证”条款（见特殊场合补充），要求在中试规模进行验证。

***处理：**分析偏差原因（可能是模型简化、实际环境条件未考虑、菌株稳定性问题等）。乙方应结合实际生产数据，重新运行模型或调整参数。若偏差显著且非甲方原因，乙方应承担相应优化工作，直至达到约定标准或双方协商新的验收标准。

3.**问题：知识产权纠纷风险**

***现象：**乙方开发的软件或提出的改造方案可能侵犯第三方专利，或甲方使用的背景技术可能涉及乙方专利。

***解决办法：**

***预防：**乙方应在合同前进行专利自由实施（FTO）分析。合同中明确约定知识产权归属，并要求乙方提供相关专利合规性保证或承诺。甲方需确保其使用的技术不侵犯第三方权利。

***处理：**如发生侵权纠纷，由侵权方承担全部法律责任和费用。合同中可约定违约金或赔偿上限，以降低风险。

4.**问题：保密信息泄露风险**

***现象：**在合作过程中，甲方的核心技术数据或乙方的分析算法被不相关人员知悉或泄露。

***解决办法：**

***预防：**签订详细的保密协议（NDA），明确保密范围、期限、责任和违约后果。对接触敏感信息的员工进行保密培训。限制参与项目的第三方接触核心保密信息。

***处理：**一旦发生泄露，立即采取措施（如通知对方、冻结相关数据访问）并调查原因。根据合同追究泄密方的责任，并要求赔偿损失。

5.**问题：项目范围蔓延（ScopeCreep）**

***现象：**甲方在项目执行过程