CN113366316B 用于鉴定患有癌症的受试者是否将获得对免疫检查点抑制剂的应答的方法和组合物 （国家医疗保健研究所）

2021.07.28PCT/EP2020/0521652020.01.29WO2020/157131EN2020.08.06US2014341931A1,2014.用于鉴定患有癌症的受试者是否将获得对本发明涉及可溶性CD27作为生物标志物来该标志物更像是对抗PD-1/PD-L1治疗的应答的与接受抗血管生成剂治疗的转移性肾细胞癌患患者进行分类的常规临床严重程度标志物不相21.用于定量可溶性CD27的水平的试剂在制备用于确定患有肾癌的受试者是否将获得PD-1或抗PD-L1抗体治疗之前的所述受试者获得的生物样品中的可溶性CD27的水平进行定3将获得对免疫检查点抑制剂治疗的应答的方[0002]抗PD-1抗体(纳武单抗)已被批准用于转移性肾细胞癌肿瘤的二线治疗，3期研究PD-L1轴(程序性死亡配体1)的临床研究中，已经表明表达PD-1和CD28的CD8+T细胞是治疗[0006]本发明涉及一种用于确定患有癌症的受试者是否将获得对免疫检查点抑制剂的的水平进行定量，ii)对在步骤i)中定量的可溶性CD27的水平与其相应的预定参考值进行4好存活率无关。该标志物与对转移性肾癌患者进行分类的常规临床严重程度标志物不相的所述受试者获得的生物样品中的可溶性CD27的水平进行定量，ii)对在步骤i)中定量的的总存活率(OS)的方法，其包括以下步骤i)在从所述受试者获得的生物样品中确定sCD27受试者被鉴定为是应答者时，这意味着所述受试者改善了总存活率和无进展生存期(OS/某种疾病(如癌症)(根据本发明)后仍存活一段时间的5和毛细胞白血病。6外域相同，可在淋巴细胞激活后通过受体蛋白的差异剪接或蛋白酶从细胞表面脱落而释域技术人员公知的任何技术确定可溶性CD27基因的水平或浓度。特别地，浓度可以在基因组和/或核酸和/或蛋白水平测量。在一个特定实施方式中，通过测量每个基因核酸转录物的量确定基因的表达水平。在另一个实施方式中，通过测量每个基因相应蛋白的量确定表直接在提取的信使RNA(mRNA)样品上进行，或者在通过本领域公知技术从提取的mRNA制备个特定实施方式中，通过使用定量PCR确定表达水平。定量或实时PCR是本领域技术人员熟首先根据标准方法提取包含在生物样品中的核酸，例如使用裂解酶或化学溶液或按照生产 换扩增(SDA)和基于核酸序列的扩增(NASBA)。具有至少10个核苷酸并表现出与本文所关注的mRNA的序列互补性或同源性的核酸可用作杂交探针或扩增引物。应理解，此类核酸不需95％相同。在某些实施方式中，将核酸与合适的手段如可检测标记结合使用来检测杂交将长度在10至25个核苷酸之间，旨在完美或几乎完美匹配待扩增的目标核酸。探针和引物是上述扩增和检测方法中使用的核酸引物或探针组装成试剂盒。此类试剂盒包含共有引物和分子探针。试剂盒还包含确定扩增是否已经发生所必需的组分。例如，试剂盒还可以包含RNA进行扩增并与特定探针杂交，更具体地通过定量或半定量RT-PCR。在另一个实施方式中，通过DNA芯片分析确定表达水平。此类DNA芯片或核酸微阵列由化学附接到基底上的不7[0022]在一个特定实施方式中，例如通过检测在血浆样品中存在的sCD27的量确定在从受试者获得的血浆样品中存在的可溶性CD27(sCD27)的水平。在一些实施方式中，为确定或蛋白，如CD7)接触，并检测结合至sCD27的特异性结合剂的量。在本发明的背景下，将Procartaplex试剂盒(Thermofischer)用于进行一组可溶性抑制剂或激活剂受体(BTLA、据测试的功能和收益/风险平衡(假阳性和假阴性的临床后果)确定阈值以获得最佳灵敏度对待测样品中确定的表达水平进行统计处理，从而得到对样品分类有重要意义的分类标床生化诊断检测。ROC曲线是反映真阳性率(灵敏度)和假阳性率(1-特异性)连续变量的综8有的软件或系统绘制ROC曲线，如：MedCalc9.2.0.1医学统计学软件、SPSS9.0、确定受试者是否将获得对免疫检查点抑制剂治模型，用于根据每个受试者的生物标志物测量值的一个k维向量(称为k元组)将n个受试者的超平面(Vapnik,1998StatisticalLearningTheory.NewYork:Wiley)。然后根据观察分类器，使用最初由LeoBreiman(BreimanL,"Randomforests,"MachineLearning[0029]本发明的算法可以由一个或多个可编程处理器执行一个或多个计算机程序以通9表达的分子，其中或者打开信号(刺激性检查点分子)或者减弱信号(抑制性检查点分子)。IDO抑制T细胞和NK细胞，生成和激活Treg和髓系来源抑制性细胞，并促进肿瘤血管生成。死亡1(PD-1)受体，有两个配体，PD-L1和PD-L2。这种检查点是Merck&Co.黑色素瘤药物的人类CD4+T细胞上表达并调节Th1和Th17细胞因子。TIM-3通过与其配体半乳糖凝集素-9可能使VISTA阻断剂在广泛的实体瘤中有效。肿瘤细胞经常利用这些检查点来逃避免疫系[0032]在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂指抑制免疫检查点蛋白功能的任何化合[0035]在一个特定实施方式中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体，如在WO2011082400、WO2006121168、WO2015035606、WO2004056875、WO2010036959、WO2009114335、已商业化的抗PD-1抗体的实例是：纳武单抗(opdivoB,[0036]在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是抗PD-L1抗体，如在WO2013079174、WO2010077634、WO2004004771、WO2014195852、WO2010036959、WO2011066389、PD-L1抗体的实例是：阿特朱单抗(MPDL3280A,Genentech/Roche)、德瓦鲁单抗(AZD9291,[0037]在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是抗PD-L2抗体，如在US7709214、[0039]在一个特定实施方式中，免疫检查点抑制剂是抗Tim-3抗体，如在WO03063792、[0044]在一个特定实施方式中，有机小分子干扰吲哚胺-吡咯2,3-双加氧酶(IDO)抑制剂。IDO参与色氨酸分解代谢(Liu等，2010,Vacchelli等，2014,Zhai等，2015)。在WO2014150677中描述了IDO抑制剂的实例。IDO抑制剂的实例包括但不限于1-甲基-色氨酸酸、吲哚3-甲醇、3,3'-二吲哚基甲烷、表没食子儿茶素没食子酸酯(epigalloc(1-吡咯烷基)-5H-苯并环庚烯-2-基]-1H-1,2,4-三唑-3,5-二胺，并且在本领域中具有以(PD-L1)和T细胞活化的V结构域Ig抑制因子(VISTA)的一种口服小分子免疫检查点拮抗剂(Liu等2015)。CA-170的临床前数据由CurisCollaborator和Aurigene于11月在ACR-NCI-作为治疗实体的一个主要缺点是其药代动力学特征很差，因为这些短DNA链会由于肾脏过试者获得的生物样品中的可溶性CD27的水平进行定量；ii)基于在所述受试者的所述生物样品中所述可溶性CD27的量提供评价；和iii)如果在步骤ii)中所述受试者被鉴定为免疫所述受试者获得的生物样品中的可溶性CD27的水平进行定量；ii)基于在所述受试者的所果在步骤ii)中所述受试者被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者，则使用免疫检查点剂治疗的受试者中获得的生物样品中可溶性CD27的水平进行定量，ii)将在步骤i)中定量相应的预定参考值时，得出所述受试者将对所述治疗无应答的结论，或者当所述可溶性CD27的水平低于其相应的预定参考值时，得出所述受试者将对所述治疗具有应答的结论，剂作为组合制剂用于治疗被鉴定为免疫检查点抑制4抗体作为组合制剂用于治疗被鉴定为免疫检查点抑制剂治体作为组合制剂用于治疗被鉴定为免疫检查点抑制剂治[0064]在一个特定实施方式中，使用i)免疫检查点抑制剂和ii)抗血管生成化合物作为组合制剂用于治疗被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗生成刺激物(例如，缺氧或炎性细胞因子)导致血管生成生长因子如血管内皮生长因子(VEGF)或成纤维细胞生长因子(FGF)的诱导ii)化学治疗剂或放射疗法作为组合制剂用于治疗被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答[0070]在一个特定实施方式中，使用i)免疫检查点抑制剂和ii)抗血管生成化合物作为昔芬、雷洛昔芬，芳香化酶抑制剂4(5)-咪唑、4-羟基他莫昔芬、三噁昔芬、酮洛芬、使用机器将辐射(如X射线)聚焦在癌症部位被称为外部束放射疗法。伽马射线是另一种用治疗(CHART)，其中每天对受试者进行一次以上的放射疗法治疗(部分)；和大分割放射治[0078]在一些实施方式中，试剂盒或装置包含至少一种特异性针对可溶性CD27(如上所述固化在或未固化在固体支持物上)的结合配偶体(例如，抗体或适体)。在一些实施方式方式中，本发明的试剂盒或装置还包含指示由微处理器确定的概率的视觉显示和/或听觉相关。在27名患有转移性肾细胞癌的患者中，在抗PD-1/PD-L1疗法前测量的可溶性CD27(A.)和可溶性Tim-3(B.)的血浆浓度。根据其血浆CD27浓度(高于或低于中位数)将患者分[0087]图2：与肾细胞癌相关的预后临床参数与接受抗PD-1/PD-L1治疗的患者的生存期[0089]图3：与炎症相关的生物学参数与接受抗PD-1/PD-L1治疗的肾细胞癌患者的生存舒尼替尼治疗前测量的A.可溶性CD27和B.可溶性Tim-3的血浆浓度。根据高于或低于先前[0095]-另一组标本来自Preinsut临床研究，其中肾细胞癌患者在肾切除术前接受了两[0097]这两组患者的血浆均来自GeorgesPompidouEuropean医院(ClaudiadeToma)[0101]将Procartaplex试剂盒(Thermofischer)用于测量一组可溶性抑制剂或激活剂受[0106]1)可溶性CD27和可溶性Tim-3的血浆浓度与接受抗PD-1/PD-L1治疗的肾癌患者的[0107]在使用免疫疗法治疗的检查点患者队列中，只有在治疗开始前测量的2个参数11110.1[0110]表1：通过Cox模型确定的可溶性CD27和可溶性Tim-3的血浆浓度与生存期之间的[0115]为了验证这2个参数是否能预测对免疫疗法的应答或是否能够作为转移性肾细胞行了测量。我们发现Tim-3治疗前血浆浓度与患者生存期之间存在相关性(p＝0.03)(图[0121]表2：在使用抗P