基因组学本科

基因组学本科大规模基因组测序的几个支撑技术

Sanger双脱氧末端终止法

PCR技术

DNA自动测序仪的发展生物信息学分析软硬件设施DNA自动测序仪的发展

自动荧光毛细管凝胶电泳测序仪代表：安玛西亚公司MegaBACE1000

96个电泳读长高达500-600bp

日分析能力达1000个样品自动荧光垂直板凝胶电泳测序仪

代表：ABI公司377型垂直板自动测序仪

96个泳道读长高达700-800bp

日分析能力达300个样品

电泳，看谁跑得快荧光检测探头

短片段先检测到长片段后检测到大家有疑问的，可以询问和交流可以互相讨论下，但要小声点

PCR（聚合酶链式反应）原理反应所需物质：DNA模板、引物、DNA聚合酶、dNTP、缓冲液每个循环包括：变性（90℃）、退火（54℃）、延伸（72℃）大规模基因组测序的

两种策略逐步克隆法（ClonebyClone）全基因组霰弹法（WholeGenomeShot-gun)关于文库作为载体的基本要求

能在宿主细胞中进行独立的复制具有多克隆位点，可插入外源

DNA片段有合适的筛选标记，如抗药性大小合适，易于分离纯化拷贝数多

文库的概念含有某种生物体全部基因的随机片段的重组DNA克隆群体载体：能携带外源DNA进入宿主细胞的工具，常用的载体有质粒载体、噬菌体载体、细菌人工染色体等宿主：能容纳外源DNA片段的生物体，常用的有大肠杆菌、酵母等BAC文库的构建NotI、SacI脉冲场凝胶电泳得200Kb左右的大片段DNA

纯化后与载体连接

电转化，将连接产物导入大肠杆菌感受态细胞插有外源DNA片段的BAC载体在含有氯霉素的固体培养基中培养每一个菌落为带有相同外源DNA片段的单克隆BAC克隆的筛选“STS-PCR反应池”方案筛选种子克隆特定的STS标记

相互间具有重叠片段的BAC克隆根据STS信息组装成contig，并定位于基因组上Contig每一个菌落为带有相同外源DNA片段的单克隆RegionalmappingMinimaltilingpathselectedforsequencing.Regionalmapping人类基因组计划研究的主要成果和进展表现在这“四张图”上

遗传图谱又称为连锁图谱（linkagemap），指基因或DNA标志在染色体上的相对位置与遗传距离物理图谱以定位的DNA标记序列如STS作为路标，以DNA实际长度即bp、kb、Mb为图距的基因组图谱。转录图谱利用EST（expressedsequencetags

表达序列标签）作为标记所构建的分子遗传图谱序列图谱通过基因组测序得到的，以A、T、G、C为标记单位的基因组DNA序列

物理图谱的制作——序列标签位点（STS）作图

物理图谱是以特异的DNA序列为标志所展示的染色体图。标志之间的距离或图距以物理距离如碱基对（basepair；bp，Kb,Mb)表示。最精细的物理图是核苷酸顺序图，最粗略的物理图是染色体组型图。

STS图谱是最基本和最为有用的染色体物理图谱之一，STS（SequenceTaggedSite)本身是随机地从人类基因组上选择出来的长度在200～300bp左右的特异性短序列（每个STS在基因组中是唯一的，STS图谱就是以STS为路标（平均每100Kb一个），将DNA克隆片段有序地定位到基因组上。