DB53T 1145-2023 切花百合病毒种类高通量鉴定和检测技术规程

2023-05-23实施2023-05-23实施I本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定起草。1切花百合病毒种类高通量鉴定和检测技术规程仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。GB/T28071黄瓜绿斑驳花叶病毒检疫鉴定方法GB/T30989高通量基因测序技术规程GB/T35537高通量基因测序结果评价要求GB/T35890高通量测序数据序列格式规范切花百合病毒病cutlilyvirusdiseases又称“下一代测序技术”(Next-generation是指一种能够一次并行对大量核酸分子进行平行序列测定的技术，通常一次测序片段reads2过滤片段cleanreads指高通量测序reads序列过滤后的测序片段。单次测序可获得序列信息的基因片段数量或可测定的脱氧核糖核酸(以碱基表示)数量。碱基识别质量qualityofbasecalling3FASTQ是基于文本的、保存生物序列(通常是核酸序列)和其测序质量信息的、每四行表示一条序自动将输入的核苷酸序列翻译为氨基酸序列后(根据可能的读码框列可能翻译为六种氨基酸序列),比对数据库中的蛋白质序列。已公布的所有植物病毒分离物序列合集。地方地方4.1.1设备一次性手套，一次性采样袋研钵和研杵，1.5m,或2.0mL离心管，高压灭菌的打孔器(直径1cm)。44.3.1取样时限称取0.1g植物组织加液氮研磨成粉末状，迅速将其移入灭菌的1.5mL或2.0mL离心管中，加入1mL三氯甲烷并剧烈振荡混匀；4℃,12000g离心10min,取上清液，加0.6倍体积的异丙醇，颠倒混匀，室温保持5min;4℃,12000g离心10min,弃上清液，加75%的乙醇洗涤沉淀，4℃,7500g百合组织总RNA质量要求5PCR产物产量≥200ng;PCR产物片段大小为主带(210-250)bp,条带分布(150-500)bp;文库a)单个碱基位置的测序错误率应低于1%,最高不超过6%;b)Q20>90%;Q30>90%;5.3.1序列分析参数BlastX参数：blastx-queryreferences.fa-outresults.xls-dbnr-evalue2e-5-outfmt6VirusDetecthttp:///tool/VirusDetect/对高通量数据生物信息学分析结果进行判定，当“期望”值(E-Value)为“0”时，判定该样品存在病毒，“命中名称”为所鉴定病毒；当“期望”值(E-Value)无“0”结果时，判定该样品未发现已报道的切花百合病毒。6(资料性)病毒英文名病毒中文名科属12Narcissusmosaicvir345苹果凹茎病毒6百合无症病毒789紫云英矮缩病毒马蹄莲潜隐病毒百合斑驳病毒佰合HuN病毒百合病毒百合Y病毒葱黄条纹病毒苏铁坏死矮化病毒病毒英文名病毒英文名缩写病毒中文名科属/马蹄莲褪绿斑点病毒///注：“/”表示目前该病毒暂未归入相应的科、单一或复合病毒侵染百合植株后会造成叶片坏死、花叶、褪绿、斑驳和植株畸形等症状，图A图A.1常见的6类百合病毒病症状8(规范性)B.1.2Trinity参数B.1.3Trinity参数说明e)-CPU:软件所用线程6;-min_kmer_cov2;f)最小k-mer覆盖值，设置为2去除低丰度数据。输入网址/s/dnb/diamond/cmpr/49,进入网站(图C.1);点击“选择比对结果(图C.2);点击右上角“下载比对结果为Excel表格”,导出分析结果(图C.3,图C.4)。首页参考库为园艺作物病毒检测及无病毒苗木繁育技术做出贡献◎序列的前20字符〇完整序列确确定下载比对结果为Excel表格Bathycoccussp.RCC71234AAGACGCTCACCGGCAAGACCAAUubiquitinfamilypro163serine/threonine-pro4CGGGATTGCTCGCGCCCAAGATGAUF8259241kDaproteinApplestemgrooyingpolyproteinThunbergritllarymosaic44455对齐配截5QO190398.Q0190314.hypotheticalproteinHWQ6200打开Excel表格(图C.3,图C.4),第一行为分析结果参数。“查询”表示cluster_all.fasta或unigene.fasta输入序列编号；“序列”栏为高通量拼接序列；“命中”栏为比对植物病毒分离物库中同源性较高序列的登录号；“命中名称”栏为同源性较高的序列对应的病毒名称(图C.3)。单击期望列，点击按“升序”排序，勾选“扩展选定区域”(图C.3,图C.4)。期望值则判读为具有该病毒；“序列”栏为鉴定检测样品病毒序列，“命中名称”为鉴定病毒名，“%一致性”序列，则判读为该鉴定、检测样品无病毒(图C.4)。diamondmakedb--inICTV_p第二步：钻石比对'SqBase'=>array('dbconfig'=>'localhost','database'=>DNSP_PR'CmprHis'=>array('dbconfig'=>localhost,'database'=>DNSP_PR'SeqInfo'=>array('dbconfig'localhost,'database'=>DNSP_PREFIX,'tablenamevar$components=array(Tools'.'ZipFaUtil,'MultipieFileRearray','SeqUt$this->dw='t;//单位名称，留待扩展if(empty($this->user)){Scnd2="WHEREdanwei='$dw'AND(user='public'ORuser='Suser$fileok=$this->_check_dir_and_fp($k$kuds[$i]['fileok]=($fil//首次检测到库文件丢失的时间(此字段为空时才可以写，此字段不为空时，就不$this->SqBase->update(array('kufilenot'=>$nowstr),array($relpath=$dnhint.'.$kud['danwei'].I.$kud['user']./.return($kud['cktype']=='dir')?$kud['kutitle']:$kud['if(empty($dir)||!file_exists($dir)||!is_if($kud['altype']=='$relpath=$this->_get_ku_naif(!file_exists($fp)||!is_f$relpath=$this->_get_ku_n}I/$cmprhis=Sthis->CmprHis->where($cnd1)->order(array(id'=>DESC'))->limit$seq=strtoupper(trim$hasFile=array_key_exists('file',$form)&&!empt}if($refiles[0][error']!=O!is_uploaded_file($refiles[0][地方标$user='na';地方标$tmp_list_fp=$dir.'tmp-listtxt';$tmp_detail_fp=$dir$tmp_out_tsv_fp=$din.tmp-dif($firstChar!=>'&&$firs$cmd3="diamondblastx-d$dbn-q$getWholeSeq=array_keyexisSif($ext=='zip'){if(empty($rtnarr['filereturn$kud['danwei'].'.$kud['user'].'.$kud['name'];1//$rows[]=explode("\t",$liif(array_key_exists($seqid,$grp=array('hits'=>$hits,'query'=>"returnarray('hits'=>$hits,'groups'=>array($grp),'queries'=>0,'fields'=>$if(empty($cells)||count($cnd=array('dwun'=>$dwun,'$one=$this->SeqInfo-$seqname=empty($one)?":}$ext=($pos>0?substr($file_$avas=array('fa',fnal,'seq,if($type!='application/x-zip-compressed'&})(资料性)VirusDetect分析平台输入网址